ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51272

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 3, 4, 4, 1, 2, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N7 B 0, -0.145, 1.471, 3.087, 3.916 max_d=3.916 avg_d=1.471 std_dev=1.616
N6 B 0, -0.008, 1.698, 3.403, 4.278 max_d=4.278 avg_d=1.698 std_dev=1.705
N7 A 0, -0.541, 1.279, 3.098, 4.417 max_d=4.417 avg_d=1.279 std_dev=1.819
N6 A 0, -0.598, 1.391, 3.381, 4.629 max_d=4.629 avg_d=1.391 std_dev=1.990
C5 B 0, -0.293, 1.776, 3.844, 4.902 max_d=4.902 avg_d=1.776 std_dev=2.069
C6 B 0, -0.218, 1.934, 4.086, 5.182 max_d=5.182 avg_d=1.934 std_dev=2.152
C5 A 0, -0.749, 1.564, 3.876, 5.466 max_d=5.466 avg_d=1.564 std_dev=2.313
C6 A 0, -0.802, 1.645, 4.093, 5.642 max_d=5.642 avg_d=1.645 std_dev=2.448
C8 B 0, -0.508, 2.263, 5.034, 6.458 max_d=6.458 avg_d=2.263 std_dev=2.771
C8 A 0, -0.891, 2.072, 5.035, 6.933 max_d=6.933 avg_d=2.072 std_dev=2.963
C4 B 0, -0.670, 2.616, 5.902, 7.586 max_d=7.586 avg_d=2.616 std_dev=3.286
N1 B 0, -0.533, 2.814, 6.162, 7.870 max_d=7.870 avg_d=2.814 std_dev=3.347
C4 A 0, -1.132, 2.393, 5.918, 8.149 max_d=8.149 avg_d=2.393 std_dev=3.525
N9 B 0, -0.739, 2.857, 6.452, 8.296 max_d=8.296 avg_d=2.857 std_dev=3.595
N1 A 0, -1.191, 2.476, 6.143, 8.309 max_d=8.309 avg_d=2.476 std_dev=3.667
N9 A 0, -1.226, 2.607, 6.440, 8.834 max_d=8.834 avg_d=2.607 std_dev=3.833
C2 B 0, -0.808, 3.330, 7.469, 9.568 max_d=9.568 avg_d=3.330 std_dev=4.138
N3 B 0, -0.898, 3.337, 7.573, 9.730 max_d=9.730 avg_d=3.337 std_dev=4.236
OP2 B 0, 0.383, 4.660, 8.938, 11.489 max_d=11.489 avg_d=4.660 std_dev=4.277
C2 A 0, -1.482, 2.980, 7.442, 10.080 max_d=10.080 avg_d=2.980 std_dev=4.462
N3 A 0, -1.468, 3.049, 7.565, 10.287 max_d=10.287 avg_d=3.049 std_dev=4.517
C1' B 0, -0.995, 3.846, 8.688, 11.159 max_d=11.159 avg_d=3.846 std_dev=4.842
O5' B 0, -0.543, 4.460, 9.463, 12.408 max_d=12.408 avg_d=4.460 std_dev=5.003
C1' A 0, -1.710, 3.454, 8.618, 11.700 max_d=11.700 avg_d=3.454 std_dev=5.164
O4' B 0, -0.985, 4.183, 9.351, 12.018 max_d=12.018 avg_d=4.183 std_dev=5.168
O4' A 0, -0.878, 4.308, 9.493, 12.540 max_d=12.540 avg_d=4.308 std_dev=5.186
C3' B 0, -0.648, 4.577, 9.801, 12.541 max_d=12.541 avg_d=4.577 std_dev=5.224
C2' B 0, -1.051, 4.230, 9.510, 12.287 max_d=12.287 avg_d=4.230 std_dev=5.281
P B 0, -0.528, 4.853, 10.234, 13.415 max_d=13.415 avg_d=4.853 std_dev=5.381
C2' A 0, -0.904, 4.530, 9.964, 13.288 max_d=13.288 avg_d=4.530 std_dev=5.434
O2' A 0, -0.422, 5.333, 11.088, 14.839 max_d=14.839 avg_d=5.333 std_dev=5.755
C4' B 0, -1.002, 4.818, 10.638, 13.741 max_d=13.741 avg_d=4.818 std_dev=5.820
OP2 A 0, 1.018, 6.891, 12.765, 16.285 max_d=16.285 avg_d=6.891 std_dev=5.874
O3' B 0, -0.365, 5.535, 11.434, 14.419 max_d=14.419 avg_d=5.535 std_dev=5.900
O5' A 0, 0.266, 6.227, 12.189, 16.337 max_d=16.337 avg_d=6.227 std_dev=5.962
C5' B 0, -0.990, 5.009, 11.008, 14.323 max_d=14.323 avg_d=5.009 std_dev=5.999
OP1 B 0, 0.030, 6.186, 12.341, 15.881 max_d=15.881 avg_d=6.186 std_dev=6.155
P A 0, 0.601, 6.783, 12.965, 16.063 max_d=16.063 avg_d=6.783 std_dev=6.182
C5' A 0, -0.133, 6.134, 12.401, 16.380 max_d=16.380 avg_d=6.134 std_dev=6.267
C4' A 0, -1.057, 5.246, 11.549, 15.155 max_d=15.155 avg_d=5.246 std_dev=6.303
C3' A 0, -1.048, 5.311, 11.669, 15.407 max_d=15.407 avg_d=5.311 std_dev=6.358
O2' B 0, -1.333, 5.125, 11.583, 14.966 max_d=14.966 avg_d=5.125 std_dev=6.458
OP1 A 0, 1.055, 7.867, 14.680, 18.784 max_d=18.784 avg_d=7.867 std_dev=6.812
O3' A 0, -1.092, 6.203, 13.498, 18.057 max_d=18.057 avg_d=6.203 std_dev=7.295

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.10 0.03 0.02 0.03 0.05 0.05 0.01 0.01 0.04 0.32 0.01 0.30 0.48 0.62 0.28
C2 0.05 0.00 0.46 0.35 0.04 0.26 0.02 0.41 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.58 0.43 0.39 0.51 0.79 0.91 0.58
C2' 0.01 0.46 0.00 0.01 0.22 0.03 0.10 0.24 0.19 0.27 0.35 0.46 0.13 0.15 0.04 0.01 0.08 0.03 0.56 0.74 0.83 0.62
C3' 0.03 0.35 0.01 0.00 0.24 0.01 0.28 0.04 0.31 0.32 0.33 0.32 0.33 0.33 0.19 0.04 0.02 0.02 0.35 0.59 0.68 0.44
C4 0.03 0.04 0.22 0.24 0.00 0.12 0.01 0.22 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.29 0.29 0.21 0.44 0.74 0.84 0.48
C4' 0.02 0.26 0.03 0.01 0.12 0.00 0.12 0.01 0.13 0.28 0.20 0.26 0.16 0.24 0.09 0.26 0.07 0.01 0.04 0.33 0.43 0.12
C5 0.02 0.02 0.10 0.28 0.01 0.12 0.00 0.25 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.29 0.24 0.09 0.58 0.94 1.03 0.66
C5' 0.10 0.41 0.24 0.04 0.22 0.01 0.25 0.00 0.26 0.48 0.33 0.39 0.30 0.44 0.20 0.14 0.16 0.03 0.01 0.30 0.37 0.03
C6 0.03 0.01 0.19 0.31 0.01 0.13 0.01 0.26 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.33 0.28 0.17 0.56 0.95 1.06 0.66
C8 0.02 0.05 0.27 0.32 0.01 0.28 0.03 0.48 0.03 0.00 0.03 0.03 0.05 0.02 0.01 0.49 0.25 0.25 0.80 1.04 1.09 0.84
N1 0.03 0.01 0.35 0.33 0.02 0.20 0.02 0.33 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.46 0.36 0.31 0.52 0.86 0.98 0.60
N3 0.05 0.01 0.46 0.32 0.01 0.26 0.02 0.39 0.03 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.56 0.43 0.40 0.47 0.72 0.82 0.51
N6 0.05 0.02 0.13 0.33 0.02 0.16 0.03 0.30 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.07 0.04 0.34 0.28 0.14 0.65 1.09 1.21 0.78
N7 0.01 0.02 0.15 0.33 0.01 0.24 0.01 0.44 0.03 0.02 0.03 0.01 0.07 0.00 0.02 0.42 0.25 0.15 0.79 1.15 1.21 0.89
N9 0.01 0.04 0.04 0.19 0.02 0.09 0.01 0.20 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.21 0.22 0.02 0.48 0.71 0.81 0.48
O2' 0.04 0.58 0.01 0.04 0.29 0.26 0.29 0.14 0.33 0.49 0.46 0.56 0.34 0.42 0.21 0.00 0.15 0.18 0.46 0.68 0.89 0.59
O3' 0.32 0.43 0.08 0.02 0.29 0.07 0.24 0.16 0.28 0.25 0.36 0.43 0.28 0.25 0.22 0.15 0.00 0.23 0.37 0.64 0.74 0.46
O4' 0.01 0.39 0.03 0.02 0.21 0.01 0.09 0.03 0.17 0.25 0.31 0.40 0.14 0.15 0.02 0.18 0.23 0.00 0.18 0.44 0.53 0.22
O5' 0.30 0.51 0.56 0.35 0.44 0.04 0.58 0.01 0.56 0.80 0.52 0.47 0.65 0.79 0.48 0.46 0.37 0.18 0.00 0.03 0.04 0.02
OP1 0.48 0.79 0.74 0.59 0.74 0.33 0.94 0.30 0.95 1.04 0.86 0.72 1.09 1.15 0.71 0.68 0.64 0.44 0.03 0.00 0.03 0.02
OP2 0.62 0.91 0.83 0.68 0.84 0.43 1.03 0.37 1.06 1.09 0.98 0.82 1.21 1.21 0.81 0.89 0.74 0.53 0.04 0.03 0.00 0.02
P 0.28 0.58 0.62 0.44 0.48 0.12 0.66 0.03 0.66 0.84 0.60 0.51 0.78 0.89 0.48 0.59 0.46 0.22 0.02 0.02 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.27 0.31 0.60 0.25 0.36 0.24 0.53 0.26 0.26 0.28 0.25 0.28 0.25 0.25 0.51 0.48 0.26 0.83 0.95 1.52 0.73
C2 0.25 0.17 0.24 0.65 0.18 0.43 0.17 0.60 0.17 0.23 0.18 0.17 0.20 0.18 0.22 0.34 0.65 0.34 0.85 0.90 1.53 0.83
C2' 0.37 0.58 0.40 0.66 0.45 0.41 0.44 0.51 0.52 0.34 0.60 0.52 0.53 0.36 0.38 0.57 0.56 0.34 0.82 1.01 1.48 0.72
C3' 0.58 0.65 0.62 0.48 0.60 0.42 0.60 0.43 0.63 0.57 0.66 0.62 0.64 0.57 0.58 1.00 0.44 0.54 0.73 1.22 1.31 0.71
C4 0.22 0.17 0.24 0.59 0.18 0.36 0.17 0.54 0.17 0.24 0.18 0.16 0.20 0.20 0.21 0.42 0.50 0.27 0.82 0.95 1.52 0.74
C4' 0.41 0.56 0.46 0.40 0.46 0.30 0.45 0.40 0.52 0.39 0.58 0.50 0.54 0.40 0.42 0.87 0.35 0.38 0.72 1.04 1.38 0.64
C5 0.22 0.16 0.23 0.57 0.17 0.35 0.16 0.52 0.17 0.24 0.17 0.15 0.20 0.20 0.21 0.40 0.45 0.27 0.81 0.96 1.47 0.69
C5' 0.65 0.93 0.69 0.47 0.75 0.48 0.73 0.49 0.85 0.59 0.96 0.83 0.87 0.61 0.66 1.13 0.57 0.59 0.73 1.17 1.30 0.66
C6 0.24 0.18 0.22 0.60 0.18 0.39 0.17 0.55 0.19 0.23 0.19 0.17 0.23 0.18 0.21 0.34 0.53 0.30 0.83 0.94 1.49 0.73
C8 0.27 0.25 0.30 0.55 0.26 0.34 0.26 0.49 0.25 0.29 0.25 0.25 0.26 0.28 0.27 0.52 0.38 0.27 0.78 0.99 1.41 0.63
N1 0.26 0.19 0.25 0.64 0.20 0.44 0.19 0.60 0.19 0.24 0.19 0.19 0.22 0.19 0.23 0.32 0.64 0.35 0.85 0.90 1.53 0.81
N3 0.22 0.16 0.23 0.63 0.16 0.40 0.15 0.57 0.16 0.22 0.17 0.15 0.20 0.18 0.20 0.38 0.59 0.30 0.85 0.92 1.54 0.80
N6 0.25 0.23 0.23 0.58 0.22 0.38 0.22 0.53 0.24 0.23 0.24 0.21 0.28 0.21 0.23 0.32 0.50 0.31 0.81 0.97 1.41 0.67
N7 0.25 0.19 0.26 0.53 0.21 0.34 0.21 0.48 0.19 0.27 0.19 0.19 0.20 0.26 0.24 0.47 0.36 0.27 0.78 0.99 1.38 0.61
N9 0.24 0.23 0.28 0.58 0.22 0.35 0.22 0.51 0.23 0.26 0.24 0.22 0.24 0.24 0.24 0.48 0.44 0.26 0.81 0.96 1.49 0.70
O2' 0.62 0.92 0.68 1.05 0.74 0.73 0.71 0.82 0.83 0.54 0.94 0.85 0.83 0.57 0.63 0.61 0.99 0.53 1.06 0.89 1.75 0.93
O3' 0.56 0.72 0.62 0.52 0.62 0.41 0.60 0.45 0.66 0.52 0.73 0.67 0.66 0.53 0.57 1.01 0.48 0.50 0.72 1.11 1.31 0.68
O4' 0.27 0.43 0.34 0.49 0.31 0.29 0.30 0.48 0.38 0.26 0.45 0.36 0.41 0.25 0.27 0.65 0.36 0.25 0.79 0.93 1.49 0.69
O5' 1.01 1.27 1.05 0.80 1.10 0.84 1.08 0.76 1.21 0.93 1.31 1.19 1.23 0.95 1.01 1.49 0.99 0.93 0.85 1.49 1.15 0.83
OP1 1.61 1.94 1.70 1.53 1.70 1.48 1.63 1.37 1.77 1.45 1.95 1.83 1.72 1.44 1.59 2.07 1.74 1.50 1.45 1.93 1.63 1.43
OP2 1.74 2.07 1.71 1.42 1.86 1.52 1.83 1.37 1.97 1.64 2.11 1.97 1.93 1.66 1.75 2.20 1.67 1.68 1.26 2.06 1.15 1.32
P 1.29 1.67 1.36 1.09 1.41 1.10 1.37 0.95 1.54 1.16 1.71 1.55 1.52 1.17 1.29 1.82 1.39 1.19 0.98 1.75 1.12 1.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.04 0.32 0.01 0.20 0.79 0.20 0.34
C2 0.04 0.00 0.17 0.19 0.03 0.06 0.02 0.12 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.41 0.43 0.08 0.38 0.92 0.68 0.33
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.09 0.03 0.06 0.18 0.09 0.09 0.14 0.17 0.08 0.07 0.03 0.01 0.03 0.04 0.39 0.69 0.28 0.49
C3' 0.03 0.19 0.01 0.00 0.22 0.01 0.32 0.02 0.31 0.38 0.25 0.16 0.37 0.40 0.23 0.03 0.01 0.02 0.30 0.33 0.23 0.17
C4 0.02 0.03 0.09 0.22 0.00 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.35 0.23 0.05 0.40 0.93 0.61 0.31
C4' 0.03 0.06 0.03 0.01 0.09 0.00 0.15 0.01 0.14 0.23 0.09 0.06 0.18 0.22 0.12 0.31 0.03 0.01 0.03 0.27 0.18 0.12
C5 0.01 0.02 0.06 0.32 0.01 0.15 0.00 0.25 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.40 0.12 0.03 0.53 0.98 0.86 0.37
C5' 0.06 0.12 0.18 0.02 0.16 0.01 0.25 0.00 0.25 0.31 0.18 0.09 0.31 0.34 0.16 0.16 0.20 0.02 0.01 0.28 0.33 0.04
C6 0.02 0.02 0.09 0.31 0.01 0.14 0.01 0.25 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.45 0.17 0.04 0.55 0.99 0.95 0.40
C8 0.02 0.04 0.09 0.38 0.01 0.23 0.03 0.31 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.27 0.20 0.07 0.55 0.99 0.68 0.34
N1 0.03 0.01 0.14 0.25 0.02 0.09 0.02 0.18 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.44 0.29 0.06 0.48 0.96 0.85 0.36
N3 0.04 0.01 0.17 0.16 0.01 0.06 0.03 0.09 0.04 0.02 0.03 0.00 0.05 0.02 0.03 0.36 0.45 0.08 0.32 0.89 0.54 0.31
N6 0.03 0.02 0.08 0.37 0.01 0.18 0.02 0.31 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.04 0.02 0.47 0.16 0.05 0.62 1.01 1.10 0.45
N7 0.02 0.02 0.07 0.40 0.01 0.22 0.01 0.34 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.36 0.19 0.05 0.62 1.01 0.94 0.41
N9 0.01 0.03 0.03 0.23 0.01 0.12 0.01 0.16 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.24 0.13 0.02 0.37 0.91 0.46 0.30
O2' 0.04 0.41 0.01 0.03 0.35 0.31 0.40 0.16 0.45 0.27 0.44 0.36 0.47 0.36 0.24 0.00 0.06 0.22 0.32 0.53 0.21 0.36
O3' 0.32 0.43 0.03 0.01 0.23 0.03 0.12 0.20 0.17 0.20 0.29 0.45 0.16 0.19 0.13 0.06 0.00 0.19 0.37 0.57 0.41 0.33
O4' 0.01 0.08 0.04 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.04 0.07 0.06 0.08 0.05 0.05 0.02 0.22 0.19 0.00 0.09 0.74 0.20 0.35
O5' 0.20 0.38 0.39 0.30 0.40 0.03 0.53 0.01 0.55 0.55 0.48 0.32 0.62 0.62 0.37 0.32 0.37 0.09 0.00 0.04 0.03 0.01
OP1 0.79 0.92 0.69 0.33 0.93 0.27 0.98 0.28 0.99 0.99 0.96 0.89 1.01 1.01 0.91 0.53 0.57 0.74 0.04 0.00 0.05 0.02
OP2 0.20 0.68 0.28 0.23 0.61 0.18 0.86 0.33 0.95 0.68 0.85 0.54 1.10 0.94 0.46 0.21 0.41 0.20 0.03 0.05 0.00 0.02
P 0.34 0.33 0.49 0.17 0.31 0.12 0.37 0.04 0.40 0.34 0.36 0.31 0.45 0.41 0.30 0.36 0.33 0.35 0.01 0.02 0.02 0.00