ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51273

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 7, 4, 4, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N7 B 0, 0.427, 1.324, 2.222, 3.720 max_d=3.720 avg_d=1.324 std_dev=0.898
N7 A 0, -0.697, 0.419, 1.535, 3.723 max_d=3.723 avg_d=0.419 std_dev=1.116
N6 B 0, 0.041, 1.226, 2.410, 4.585 max_d=4.585 avg_d=1.226 std_dev=1.184
N6 A 0, -0.824, 0.482, 1.787, 4.417 max_d=4.417 avg_d=0.482 std_dev=1.306
C5 B 0, -0.359, 0.975, 2.309, 4.831 max_d=4.831 avg_d=0.975 std_dev=1.334
C6 B 0, -0.395, 1.067, 2.530, 5.288 max_d=5.288 avg_d=1.067 std_dev=1.463
C5 A 0, -0.964, 0.532, 2.028, 4.976 max_d=4.976 avg_d=0.532 std_dev=1.496
C8 B 0, 0.544, 2.093, 3.641, 6.207 max_d=6.207 avg_d=2.093 std_dev=1.548
C6 A 0, -0.992, 0.569, 2.130, 5.283 max_d=5.283 avg_d=0.569 std_dev=1.561
C8 A 0, -1.174, 0.682, 2.539, 6.157 max_d=6.157 avg_d=0.682 std_dev=1.856
C4 B 0, -0.615, 1.454, 3.522, 7.436 max_d=7.436 avg_d=1.454 std_dev=2.068
N9 B 0, 0.045, 2.155, 4.266, 8.074 max_d=8.074 avg_d=2.155 std_dev=2.111
N1 B 0, -0.459, 1.707, 3.874, 7.943 max_d=7.943 avg_d=1.707 std_dev=2.167
C4 A 0, -1.474, 0.826, 3.126, 7.634 max_d=7.634 avg_d=0.826 std_dev=2.300
N1 A 0, -1.494, 0.832, 3.158, 7.888 max_d=7.888 avg_d=0.832 std_dev=2.326
N9 A 0, -1.589, 0.895, 3.379, 8.194 max_d=8.194 avg_d=0.895 std_dev=2.484
C2 B 0, -1.063, 1.667, 4.398, 9.584 max_d=9.584 avg_d=1.667 std_dev=2.731
N3 B 0, -1.330, 1.469, 4.267, 9.607 max_d=9.607 avg_d=1.469 std_dev=2.798
C1' B 0, 0.084, 2.946, 5.807, 10.934 max_d=10.934 avg_d=2.946 std_dev=2.861
C2 A 0, -1.839, 1.025, 3.888, 9.654 max_d=9.654 avg_d=1.025 std_dev=2.864
N3 A 0, -1.906, 1.040, 3.986, 9.819 max_d=9.819 avg_d=1.040 std_dev=2.946
O2' A 0, 1.492, 4.469, 7.445, 12.083 max_d=12.083 avg_d=4.469 std_dev=2.976
O4' B 0, 1.184, 4.181, 7.178, 11.865 max_d=11.865 avg_d=4.181 std_dev=2.997
C2' B 0, 0.946, 3.967, 6.989, 11.874 max_d=11.874 avg_d=3.967 std_dev=3.022
O5' B 0, 2.335, 5.435, 8.536, 12.150 max_d=12.150 avg_d=5.435 std_dev=3.101
C2' A 0, 0.040, 3.178, 6.317, 12.010 max_d=12.010 avg_d=3.178 std_dev=3.138
OP2 B 0, 3.340, 6.593, 9.846, 11.505 max_d=11.505 avg_d=6.593 std_dev=3.253
P B 0, 2.748, 6.018, 9.289, 12.545 max_d=12.545 avg_d=6.018 std_dev=3.271
O4' A 0, -0.249, 3.099, 6.447, 12.532 max_d=12.532 avg_d=3.099 std_dev=3.348
C1' A 0, -2.180, 1.177, 4.534, 11.036 max_d=11.036 avg_d=1.177 std_dev=3.357
OP1 B 0, 2.860, 6.238, 9.616, 13.265 max_d=13.265 avg_d=6.238 std_dev=3.378
C3' B 0, 1.898, 5.334, 8.771, 13.482 max_d=13.482 avg_d=5.334 std_dev=3.437
O2' B 0, 0.110, 3.586, 7.061, 13.295 max_d=13.295 avg_d=3.586 std_dev=3.475
C4' B 0, 1.920, 5.444, 8.969, 13.849 max_d=13.849 avg_d=5.444 std_dev=3.524
C5' B 0, 2.657, 6.289, 9.922, 14.120 max_d=14.120 avg_d=6.289 std_dev=3.632
O3' B 0, 2.321, 6.222, 10.123, 15.261 max_d=15.261 avg_d=6.222 std_dev=3.901
O5' A 0, 2.614, 6.539, 10.463, 14.918 max_d=14.918 avg_d=6.539 std_dev=3.924
C5' A 0, 1.693, 5.694, 9.695, 15.675 max_d=15.675 avg_d=5.694 std_dev=4.001
C4' A 0, -0.386, 3.619, 7.624, 14.920 max_d=14.920 avg_d=3.619 std_dev=4.005
C3' A 0, -0.789, 3.243, 7.276, 14.817 max_d=14.817 avg_d=3.243 std_dev=4.033
P A 0, 4.064, 8.561, 13.058, 15.970 max_d=15.970 avg_d=8.561 std_dev=4.497
O3' A 0, -1.571, 2.984, 7.540, 16.297 max_d=16.297 avg_d=2.984 std_dev=4.555
OP2 A 0, 4.672, 9.249, 13.825, 15.343 max_d=15.343 avg_d=9.249 std_dev=4.577
OP1 A 0, 4.574, 9.669, 14.764, 18.183 max_d=18.183 avg_d=9.669 std_dev=5.095

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.00 0.20 0.30 0.22 0.15
C2 0.03 0.00 0.46 0.40 0.01 0.33 0.01 0.75 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.35 0.09 0.14 0.60 0.95 1.31 1.13
C2' 0.01 0.46 0.00 0.01 0.23 0.02 0.09 0.07 0.19 0.26 0.35 0.46 0.13 0.16 0.03 0.01 0.07 0.02 0.38 0.69 0.41 0.40
C3' 0.01 0.40 0.01 0.00 0.18 0.00 0.08 0.02 0.17 0.20 0.30 0.38 0.11 0.13 0.03 0.02 0.01 0.01 0.24 0.72 0.20 0.32
C4 0.02 0.01 0.23 0.18 0.00 0.15 0.00 0.32 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.12 0.07 0.18 0.33 0.47 0.46
C4' 0.01 0.33 0.02 0.00 0.15 0.00 0.06 0.00 0.13 0.18 0.25 0.32 0.08 0.12 0.02 0.02 0.05 0.00 0.01 0.33 0.14 0.04
C5 0.01 0.01 0.09 0.08 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.15 0.03 0.19 0.23 0.31 0.28
C5' 0.03 0.75 0.07 0.02 0.32 0.00 0.15 0.00 0.30 0.36 0.57 0.70 0.21 0.25 0.07 0.06 0.06 0.01 0.01 0.31 0.30 0.02
C6 0.01 0.01 0.19 0.17 0.01 0.13 0.01 0.30 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.12 0.06 0.18 0.50 0.50 0.53
C8 0.01 0.02 0.26 0.20 0.01 0.18 0.01 0.36 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.18 0.23 0.08 0.63 0.52 0.84 0.51
N1 0.02 0.00 0.35 0.30 0.01 0.25 0.01 0.57 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.28 0.09 0.11 0.41 0.84 1.01 0.93
N3 0.03 0.00 0.46 0.38 0.01 0.32 0.01 0.70 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.33 0.09 0.14 0.53 0.74 1.11 0.96
N6 0.01 0.01 0.13 0.11 0.01 0.08 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.13 0.14 0.04 0.17 0.42 0.36 0.40
N7 0.01 0.02 0.16 0.13 0.01 0.12 0.00 0.25 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.11 0.21 0.05 0.52 0.33 0.71 0.36
N9 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.18 0.01 0.27 0.20 0.30 0.16
O2' 0.02 0.35 0.01 0.02 0.17 0.02 0.09 0.06 0.17 0.18 0.28 0.33 0.13 0.11 0.03 0.00 0.08 0.02 0.40 0.82 0.54 0.49
O3' 0.20 0.09 0.07 0.01 0.12 0.05 0.15 0.06 0.12 0.23 0.09 0.09 0.14 0.21 0.18 0.08 0.00 0.16 0.10 0.67 0.17 0.24
O4' 0.00 0.14 0.02 0.01 0.07 0.00 0.03 0.01 0.06 0.08 0.11 0.14 0.04 0.05 0.01 0.02 0.16 0.00 0.05 0.10 0.13 0.11
O5' 0.20 0.60 0.38 0.24 0.18 0.01 0.19 0.01 0.18 0.63 0.41 0.53 0.17 0.52 0.27 0.40 0.10 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.30 0.95 0.69 0.72 0.33 0.33 0.23 0.31 0.50 0.52 0.84 0.74 0.42 0.33 0.20 0.82 0.67 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.22 1.31 0.41 0.20 0.47 0.14 0.31 0.30 0.50 0.84 1.01 1.11 0.36 0.71 0.30 0.54 0.17 0.13 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.15 1.13 0.40 0.32 0.46 0.04 0.28 0.02 0.53 0.51 0.93 0.96 0.40 0.36 0.16 0.49 0.24 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.15 0.16 0.30 0.11 0.17 0.12 0.27 0.13 0.20 0.17 0.12 0.15 0.17 0.15 0.42 0.28 0.22 0.28 0.86 0.43 0.35
C2 0.16 0.15 0.29 0.38 0.12 0.35 0.10 0.43 0.11 0.14 0.14 0.14 0.12 0.11 0.14 0.66 0.43 0.26 0.47 0.56 1.05 0.53
C2' 0.13 0.62 0.12 0.38 0.32 0.12 0.31 0.25 0.52 0.11 0.67 0.46 0.58 0.13 0.16 0.21 0.40 0.13 0.24 1.08 0.31 0.44
C3' 0.10 0.51 0.09 0.36 0.25 0.12 0.23 0.24 0.40 0.11 0.54 0.38 0.43 0.10 0.12 0.25 0.37 0.13 0.24 1.02 0.34 0.40
C4 0.15 0.12 0.22 0.32 0.11 0.21 0.10 0.26 0.11 0.16 0.14 0.11 0.13 0.13 0.13 0.53 0.31 0.16 0.31 0.76 0.64 0.34
C4' 0.08 0.27 0.11 0.30 0.12 0.13 0.11 0.22 0.20 0.11 0.29 0.20 0.21 0.10 0.08 0.41 0.26 0.11 0.25 0.89 0.47 0.34
C5 0.15 0.12 0.24 0.28 0.11 0.19 0.10 0.25 0.12 0.16 0.14 0.11 0.15 0.13 0.14 0.55 0.26 0.15 0.29 0.78 0.60 0.32
C5' 0.18 0.54 0.16 0.33 0.31 0.17 0.28 0.16 0.42 0.10 0.56 0.43 0.43 0.12 0.19 0.40 0.28 0.16 0.19 0.97 0.43 0.30
C6 0.15 0.15 0.31 0.30 0.12 0.28 0.10 0.34 0.12 0.14 0.15 0.14 0.14 0.11 0.13 0.65 0.30 0.21 0.38 0.66 0.87 0.41
C8 0.18 0.16 0.17 0.23 0.12 0.19 0.12 0.30 0.15 0.22 0.20 0.12 0.20 0.20 0.17 0.41 0.19 0.25 0.28 0.93 0.33 0.36
N1 0.16 0.16 0.33 0.36 0.13 0.38 0.11 0.47 0.12 0.14 0.16 0.16 0.12 0.11 0.14 0.70 0.40 0.29 0.49 0.54 1.13 0.57
N3 0.15 0.13 0.24 0.36 0.11 0.27 0.10 0.33 0.11 0.14 0.13 0.12 0.12 0.12 0.13 0.58 0.39 0.19 0.38 0.65 0.83 0.42
N6 0.16 0.18 0.36 0.27 0.14 0.29 0.11 0.37 0.14 0.14 0.17 0.17 0.15 0.11 0.14 0.70 0.25 0.25 0.38 0.64 0.89 0.41
N7 0.18 0.14 0.21 0.22 0.12 0.17 0.12 0.27 0.14 0.21 0.18 0.11 0.21 0.19 0.16 0.47 0.17 0.21 0.26 0.90 0.35 0.32
N9 0.16 0.14 0.18 0.29 0.11 0.17 0.11 0.26 0.13 0.19 0.17 0.11 0.16 0.16 0.15 0.45 0.26 0.19 0.28 0.86 0.45 0.33
O2' 0.19 0.74 0.21 0.43 0.40 0.19 0.39 0.37 0.63 0.19 0.81 0.56 0.70 0.20 0.22 0.20 0.49 0.24 0.33 1.15 0.40 0.57
O3' 0.31 0.36 0.26 0.37 0.29 0.32 0.29 0.42 0.32 0.34 0.38 0.31 0.33 0.32 0.30 0.41 0.39 0.40 0.37 0.99 0.41 0.48
O4' 0.15 0.16 0.19 0.26 0.13 0.16 0.13 0.25 0.14 0.17 0.17 0.14 0.14 0.16 0.14 0.51 0.21 0.16 0.29 0.80 0.55 0.36
O5' 0.43 0.63 0.26 0.58 0.50 0.49 0.47 0.46 0.55 0.38 0.63 0.56 0.55 0.39 0.43 0.18 0.48 0.47 0.46 0.73 0.75 0.44
OP1 0.27 0.38 0.30 0.32 0.28 0.31 0.28 0.36 0.33 0.30 0.40 0.32 0.35 0.29 0.27 0.63 0.28 0.30 0.39 1.10 0.55 0.44
OP2 0.80 1.33 0.56 0.78 0.99 0.75 0.94 0.63 1.14 0.68 1.34 1.17 1.13 0.72 0.82 0.33 0.69 0.82 0.59 1.05 0.74 0.55
P 0.31 0.58 0.22 0.37 0.39 0.35 0.37 0.37 0.48 0.30 0.59 0.48 0.48 0.31 0.32 0.46 0.29 0.37 0.39 1.10 0.56 0.44

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.25 0.00 0.15 0.38 0.16 0.16
C2 0.02 0.00 0.28 0.23 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.14 0.16 0.10 0.46 0.16 0.10
C2' 0.00 0.28 0.00 0.00 0.15 0.01 0.08 0.18 0.14 0.13 0.23 0.28 0.10 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.38 0.61 0.31 0.43
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.22 0.00 0.28 0.02 0.30 0.22 0.28 0.19 0.32 0.28 0.17 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.09 0.07
C4 0.01 0.01 0.15 0.22 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.08 0.09 0.09 0.48 0.13 0.10
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.06 0.13 0.04 0.04 0.08 0.12 0.06 0.24 0.02 0.00 0.02 0.12 0.20 0.02
C5 0.01 0.01 0.08 0.28 0.00 0.08 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.22 0.06 0.05 0.13 0.54 0.25 0.11
C5' 0.07 0.09 0.18 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.11 0.05 0.07 0.17 0.01 0.01 0.26 0.30 0.01
C6 0.01 0.01 0.14 0.30 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.07 0.08 0.14 0.54 0.29 0.12
C8 0.01 0.01 0.13 0.22 0.01 0.13 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.31 0.08 0.09 0.11 0.56 0.19 0.10
N1 0.01 0.00 0.23 0.28 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.08 0.13 0.13 0.50 0.23 0.11
N3 0.02 0.00 0.28 0.19 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.17 0.16 0.10 0.44 0.11 0.10
N6 0.01 0.01 0.10 0.32 0.01 0.08 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.12 0.06 0.17 0.56 0.37 0.15
N7 0.01 0.01 0.06 0.28 0.01 0.12 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.31 0.12 0.05 0.15 0.58 0.31 0.12
N9 0.00 0.01 0.01 0.17 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.07 0.01 0.09 0.48 0.09 0.11
O2' 0.02 0.10 0.00 0.01 0.12 0.24 0.22 0.07 0.19 0.31 0.11 0.11 0.24 0.31 0.17 0.00 0.03 0.17 0.30 0.58 0.28 0.37
O3' 0.25 0.14 0.02 0.01 0.08 0.02 0.06 0.17 0.07 0.08 0.08 0.17 0.12 0.12 0.07 0.03 0.00 0.18 0.20 0.42 0.21 0.24
O4' 0.00 0.16 0.02 0.01 0.09 0.00 0.05 0.01 0.08 0.09 0.13 0.16 0.06 0.05 0.01 0.17 0.18 0.00 0.04 0.10 0.20 0.05
O5' 0.15 0.10 0.38 0.07 0.09 0.02 0.13 0.01 0.14 0.11 0.13 0.10 0.17 0.15 0.09 0.30 0.20 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.38 0.46 0.61 0.07 0.48 0.12 0.54 0.26 0.54 0.56 0.50 0.44 0.56 0.58 0.48 0.58 0.42 0.10 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.16 0.16 0.31 0.09 0.13 0.20 0.25 0.30 0.29 0.19 0.23 0.11 0.37 0.31 0.09 0.28 0.21 0.20 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.10 0.43 0.07 0.10 0.02 0.11 0.01 0.12 0.10 0.11 0.10 0.15 0.12 0.11 0.37 0.24 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00