ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51274

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N7 B 0, -0.041, 1.509, 3.058, 3.400 max_d=3.400 avg_d=1.509 std_dev=1.549
N7 A 0, -0.314, 1.499, 3.312, 3.809 max_d=3.809 avg_d=1.499 std_dev=1.813
N6 A 0, -0.392, 1.931, 4.254, 4.807 max_d=4.807 avg_d=1.931 std_dev=2.323
C5 B 0, -0.235, 2.129, 4.493, 5.018 max_d=5.018 avg_d=2.129 std_dev=2.364
N6 B 0, -0.243, 2.187, 4.617, 5.162 max_d=5.162 avg_d=2.187 std_dev=2.430
C5 A 0, -0.448, 2.060, 4.567, 5.228 max_d=5.228 avg_d=2.060 std_dev=2.507
C8 B 0, -0.234, 2.417, 5.068, 5.659 max_d=5.659 avg_d=2.417 std_dev=2.651
C6 B 0, -0.303, 2.443, 5.189, 5.802 max_d=5.802 avg_d=2.443 std_dev=2.746
C6 A 0, -0.495, 2.276, 5.047, 5.736 max_d=5.736 avg_d=2.276 std_dev=2.771
C8 A 0, -0.515, 2.439, 5.393, 6.141 max_d=6.141 avg_d=2.439 std_dev=2.954
C4 B 0, -0.463, 3.115, 6.692, 7.494 max_d=7.494 avg_d=3.115 std_dev=3.578
N9 B 0, -0.493, 3.227, 6.946, 7.779 max_d=7.779 avg_d=3.227 std_dev=3.719
C4 A 0, -0.671, 3.086, 6.843, 7.793 max_d=7.793 avg_d=3.086 std_dev=3.757
N9 A 0, -0.697, 3.244, 7.186, 8.176 max_d=8.176 avg_d=3.244 std_dev=3.941
N1 B 0, -0.507, 3.520, 7.548, 8.453 max_d=8.453 avg_d=3.520 std_dev=4.028
N1 A 0, -0.739, 3.342, 7.423, 8.397 max_d=8.397 avg_d=3.342 std_dev=4.081
N3 B 0, -0.644, 4.056, 8.756, 9.813 max_d=9.813 avg_d=4.056 std_dev=4.700
C2 B 0, -0.624, 4.135, 8.894, 9.961 max_d=9.961 avg_d=4.135 std_dev=4.759
N3 A 0, -0.875, 3.994, 8.862, 10.060 max_d=10.060 avg_d=3.994 std_dev=4.869
C2 A 0, -0.885, 3.992, 8.869, 10.043 max_d=10.043 avg_d=3.992 std_dev=4.877
C1' B 0, -0.737, 4.309, 9.355, 10.488 max_d=10.488 avg_d=4.309 std_dev=5.046
C1' A 0, -0.959, 4.335, 9.629, 10.924 max_d=10.924 avg_d=4.335 std_dev=5.294
OP2 A 0, -0.635, 4.662, 9.958, 11.226 max_d=11.226 avg_d=4.662 std_dev=5.296
O5' A 0, -0.516, 4.840, 10.196, 11.382 max_d=11.382 avg_d=4.840 std_dev=5.356
O4' B 0, -0.794, 4.588, 9.970, 11.204 max_d=11.204 avg_d=4.588 std_dev=5.382
P A 0, -0.783, 4.720, 10.223, 11.515 max_d=11.515 avg_d=4.720 std_dev=5.503
O4' A 0, -0.930, 4.698, 10.325, 11.651 max_d=11.651 avg_d=4.698 std_dev=5.628
C2' A 0, -0.964, 4.743, 10.450, 11.891 max_d=11.891 avg_d=4.743 std_dev=5.707
C3' A 0, -0.910, 4.819, 10.547, 11.934 max_d=11.934 avg_d=4.819 std_dev=5.728
C2' B 0, -0.923, 5.164, 11.251, 12.625 max_d=12.625 avg_d=5.164 std_dev=6.087
O2' B 0, -0.908, 5.320, 11.549, 12.994 max_d=12.994 avg_d=5.320 std_dev=6.229
C4' A 0, -1.048, 5.248, 11.543, 13.006 max_d=13.006 avg_d=5.248 std_dev=6.295
C5' A 0, -0.939, 5.363, 11.665, 13.106 max_d=13.106 avg_d=5.363 std_dev=6.302
OP1 A 0, -0.876, 5.680, 12.235, 13.770 max_d=13.770 avg_d=5.680 std_dev=6.556
O3' A 0, -0.998, 5.606, 12.210, 13.809 max_d=13.809 avg_d=5.606 std_dev=6.604
C4' B 0, -1.017, 5.711, 12.439, 13.978 max_d=13.978 avg_d=5.711 std_dev=6.728
O2' A 0, -1.128, 5.867, 12.861, 14.602 max_d=14.602 avg_d=5.867 std_dev=6.995
C5' B 0, -1.078, 5.963, 13.004, 14.638 max_d=14.638 avg_d=5.963 std_dev=7.041
C3' B 0, -1.092, 6.165, 13.423, 15.058 max_d=15.058 avg_d=6.165 std_dev=7.257
O5' B 0, -1.134, 6.492, 14.119, 15.936 max_d=15.936 avg_d=6.492 std_dev=7.627
O3' B 0, -1.134, 6.700, 14.534, 16.335 max_d=16.335 avg_d=6.700 std_dev=7.834
OP2 B 0, -1.419, 7.106, 15.631, 17.582 max_d=17.582 avg_d=7.106 std_dev=8.525
P B 0, -1.431, 7.352, 16.134, 18.205 max_d=18.205 avg_d=7.352 std_dev=8.783
OP1 B 0, -1.574, 8.433, 18.440, 20.811 max_d=20.811 avg_d=8.433 std_dev=10.007

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.10 0.28 0.20 0.04
C2 0.03 0.00 0.44 0.40 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.43 0.55 0.18 0.27 0.28 0.39 0.24
C2' 0.00 0.44 0.00 0.00 0.24 0.01 0.12 0.02 0.21 0.18 0.35 0.44 0.16 0.08 0.02 0.01 0.02 0.01 0.24 0.33 0.13 0.13
C3' 0.02 0.40 0.00 0.00 0.17 0.00 0.06 0.02 0.15 0.30 0.30 0.38 0.09 0.20 0.06 0.02 0.01 0.01 0.34 0.42 0.07 0.18
C4 0.02 0.01 0.24 0.17 0.00 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.21 0.23 0.10 0.27 0.29 0.43 0.22
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.13 0.04 0.07 0.07 0.11 0.05 0.08 0.02 0.00 0.01 0.29 0.24 0.01
C5 0.01 0.01 0.12 0.06 0.01 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.13 0.10 0.07 0.34 0.26 0.63 0.29
C5' 0.03 0.05 0.02 0.02 0.07 0.00 0.12 0.00 0.13 0.18 0.09 0.03 0.16 0.18 0.09 0.07 0.04 0.02 0.01 0.37 0.37 0.01
C6 0.02 0.01 0.21 0.15 0.02 0.04 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.22 0.23 0.11 0.35 0.25 0.66 0.33
C8 0.03 0.02 0.18 0.30 0.01 0.13 0.01 0.18 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.13 0.32 0.10 0.37 0.30 0.63 0.24
N1 0.02 0.01 0.35 0.30 0.02 0.04 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.35 0.43 0.16 0.31 0.26 0.54 0.30
N3 0.03 0.01 0.44 0.38 0.00 0.07 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.41 0.49 0.16 0.23 0.29 0.32 0.19
N6 0.03 0.02 0.16 0.09 0.02 0.07 0.02 0.16 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.18 0.15 0.10 0.38 0.21 0.79 0.37
N7 0.02 0.01 0.08 0.20 0.01 0.11 0.00 0.18 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.21 0.06 0.40 0.25 0.79 0.32
N9 0.00 0.02 0.02 0.06 0.01 0.05 0.02 0.09 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.05 0.02 0.26 0.30 0.39 0.18
O2' 0.03 0.43 0.01 0.02 0.21 0.08 0.13 0.07 0.22 0.13 0.35 0.41 0.18 0.04 0.03 0.00 0.02 0.09 0.16 0.31 0.13 0.10
O3' 0.02 0.55 0.02 0.01 0.23 0.02 0.10 0.04 0.23 0.32 0.43 0.49 0.15 0.21 0.05 0.02 0.00 0.02 0.35 0.50 0.11 0.20
O4' 0.01 0.18 0.01 0.01 0.10 0.00 0.07 0.02 0.11 0.10 0.16 0.16 0.10 0.06 0.02 0.09 0.02 0.00 0.13 0.28 0.21 0.08
O5' 0.10 0.27 0.24 0.34 0.27 0.01 0.34 0.01 0.35 0.37 0.31 0.23 0.38 0.40 0.26 0.16 0.35 0.13 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.28 0.28 0.33 0.42 0.29 0.29 0.26 0.37 0.25 0.30 0.26 0.29 0.21 0.25 0.30 0.31 0.50 0.28 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.39 0.13 0.07 0.43 0.24 0.63 0.37 0.66 0.63 0.54 0.32 0.79 0.79 0.39 0.13 0.11 0.21 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.24 0.13 0.18 0.22 0.01 0.29 0.01 0.33 0.24 0.30 0.19 0.37 0.32 0.18 0.10 0.20 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.26 0.21 0.25 0.24 0.30 0.22 0.40 0.22 0.20 0.24 0.27 0.19 0.19 0.23 0.16 0.23 0.28 0.41 0.38 0.40 0.36
C2 0.17 0.15 0.15 0.16 0.17 0.20 0.16 0.26 0.14 0.18 0.14 0.16 0.12 0.17 0.18 0.11 0.17 0.20 0.45 0.42 0.21 0.33
C2' 0.10 0.24 0.11 0.12 0.15 0.14 0.16 0.12 0.23 0.08 0.26 0.19 0.25 0.10 0.11 0.09 0.16 0.15 0.79 0.81 0.84 0.81
C3' 0.16 0.49 0.24 0.19 0.31 0.17 0.36 0.15 0.50 0.15 0.56 0.37 0.60 0.24 0.20 0.25 0.18 0.17 0.86 0.92 1.10 0.96
C4 0.22 0.19 0.18 0.22 0.21 0.28 0.19 0.35 0.17 0.21 0.17 0.21 0.13 0.19 0.22 0.13 0.22 0.27 0.44 0.41 0.31 0.35
C4' 0.18 0.08 0.09 0.20 0.08 0.34 0.04 0.42 0.12 0.11 0.13 0.08 0.23 0.03 0.13 0.05 0.22 0.32 0.42 0.45 0.69 0.49
C5 0.25 0.16 0.20 0.25 0.21 0.33 0.18 0.39 0.12 0.24 0.12 0.20 0.10 0.20 0.24 0.13 0.25 0.33 0.40 0.38 0.27 0.31
C5' 0.19 0.18 0.05 0.22 0.04 0.45 0.13 0.54 0.30 0.07 0.31 0.06 0.48 0.06 0.09 0.15 0.25 0.42 0.33 0.39 0.78 0.46
C6 0.24 0.11 0.18 0.23 0.17 0.30 0.14 0.36 0.09 0.25 0.09 0.15 0.11 0.19 0.23 0.11 0.24 0.31 0.39 0.37 0.17 0.27
C8 0.28 0.22 0.23 0.29 0.24 0.38 0.20 0.46 0.16 0.23 0.18 0.25 0.10 0.19 0.26 0.15 0.28 0.36 0.38 0.37 0.39 0.34
N1 0.19 0.11 0.15 0.18 0.15 0.23 0.14 0.28 0.10 0.20 0.10 0.14 0.09 0.17 0.19 0.10 0.19 0.23 0.42 0.40 0.15 0.29
N3 0.18 0.19 0.16 0.18 0.19 0.22 0.19 0.29 0.17 0.18 0.18 0.19 0.15 0.18 0.19 0.12 0.18 0.22 0.46 0.43 0.28 0.36
N6 0.29 0.07 0.20 0.26 0.15 0.35 0.10 0.40 0.08 0.30 0.08 0.12 0.16 0.18 0.25 0.11 0.28 0.38 0.34 0.33 0.10 0.21
N7 0.30 0.17 0.23 0.30 0.24 0.40 0.18 0.48 0.11 0.26 0.12 0.23 0.13 0.20 0.27 0.14 0.30 0.40 0.37 0.35 0.32 0.30
N9 0.24 0.23 0.21 0.25 0.23 0.31 0.21 0.40 0.19 0.21 0.20 0.24 0.14 0.19 0.23 0.15 0.24 0.30 0.42 0.39 0.38 0.36
O2' 0.10 0.14 0.08 0.11 0.10 0.14 0.09 0.12 0.10 0.08 0.13 0.12 0.09 0.07 0.09 0.07 0.16 0.15 0.77 0.78 0.78 0.77
O3' 0.28 0.70 0.38 0.34 0.47 0.31 0.50 0.35 0.67 0.25 0.76 0.57 0.73 0.34 0.33 0.36 0.28 0.29 1.08 1.17 1.38 1.23
O4' 0.40 0.41 0.34 0.44 0.39 0.57 0.33 0.71 0.32 0.32 0.36 0.42 0.24 0.28 0.37 0.22 0.39 0.53 0.14 0.12 0.26 0.12
O5' 0.14 0.35 0.20 0.14 0.22 0.34 0.34 0.42 0.53 0.18 0.52 0.22 0.76 0.29 0.15 0.36 0.21 0.33 0.48 0.52 0.92 0.59
OP1 0.65 0.30 0.45 0.72 0.42 1.07 0.27 1.25 0.10 0.44 0.10 0.45 0.25 0.29 0.52 0.18 0.71 1.01 0.35 0.29 0.33 0.20
OP2 0.62 1.38 0.90 0.58 1.05 0.25 1.24 0.19 1.62 0.79 1.67 1.10 1.93 1.03 0.80 1.15 0.51 0.26 0.96 1.06 1.71 1.20
P 0.22 0.32 0.13 0.27 0.13 0.62 0.30 0.75 0.56 0.10 0.55 0.13 0.88 0.22 0.10 0.34 0.31 0.59 0.19 0.27 0.81 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.48 0.48 0.18 0.22
C2 0.04 0.00 0.06 0.05 0.01 0.16 0.01 0.30 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.14 0.03 0.10 0.76 0.69 0.74 0.64
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.02 0.03 0.04 0.07 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.50 0.51 0.31 0.18
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.29 0.67 0.14
C4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.09 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.03 0.06 0.75 0.65 0.37 0.53
C4' 0.00 0.16 0.01 0.00 0.09 0.00 0.07 0.00 0.09 0.03 0.13 0.15 0.08 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.53 0.11
C5 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.76 0.67 0.46 0.57
C5' 0.04 0.30 0.05 0.01 0.19 0.00 0.17 0.00 0.21 0.06 0.27 0.28 0.19 0.10 0.09 0.04 0.02 0.01 0.01 0.41 0.40 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.09 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.02 0.05 0.78 0.70 0.65 0.64
C8 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.06 0.05 0.65 0.59 0.17 0.43
N1 0.03 0.00 0.04 0.05 0.01 0.13 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.02 0.08 0.77 0.70 0.77 0.67
N3 0.04 0.00 0.07 0.04 0.00 0.15 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.03 0.11 0.77 0.68 0.50 0.57
N6 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.08 0.02 0.19 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.06 0.03 0.04 0.78 0.71 0.69 0.66
N7 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.05 0.03 0.72 0.64 0.34 0.52
N9 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.65 0.59 0.13 0.41
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.08 0.01 0.05 0.04 0.07 0.03 0.11 0.14 0.06 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.47 0.47 0.36 0.15
O3' 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.06 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.04 0.00 0.02 0.09 0.12 0.79 0.27
O4' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.05 0.08 0.11 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.31 0.40 0.22 0.15
O5' 0.48 0.76 0.50 0.11 0.75 0.01 0.76 0.01 0.78 0.65 0.77 0.77 0.78 0.72 0.65 0.47 0.09 0.31 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.48 0.69 0.51 0.29 0.65 0.27 0.67 0.41 0.70 0.59 0.70 0.68 0.71 0.64 0.59 0.47 0.12 0.40 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.74 0.31 0.67 0.37 0.53 0.46 0.40 0.65 0.17 0.77 0.50 0.69 0.34 0.13 0.36 0.79 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.64 0.18 0.14 0.53 0.11 0.57 0.01 0.64 0.43 0.67 0.57 0.66 0.52 0.41 0.15 0.27 0.15 0.00 0.01 0.01 0.00