ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51277

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 3, 4, 17, 7, 12, 8, 1, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.013, 0.017, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.009, 0.016, 0.024, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.016 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.012, 0.019, 0.027, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.019 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.019, 0.030, 0.041, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.030 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.015, 0.026, 0.037, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.023, 0.039, 0.055, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.039 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.021, 0.040, 0.059, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.040 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.029, 0.050, 0.071, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.050 std_dev=0.021
O4' A 0, 0.080, 0.124, 0.168, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.124 std_dev=0.044
C2' A 0, 0.081, 0.135, 0.189, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.135 std_dev=0.054
C4' A 0, 0.153, 0.223, 0.292, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.223 std_dev=0.070
O2' A 0, 0.210, 0.295, 0.381, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.295 std_dev=0.086
C3' A 0, 0.141, 0.233, 0.324, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.233 std_dev=0.092
C5' A 0, 0.258, 0.380, 0.502, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.380 std_dev=0.122
O3' A 0, 0.236, 0.376, 0.515, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.376 std_dev=0.139
O6 B 0, 0.207, 0.365, 0.524, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.365 std_dev=0.159
O5' A 0, 0.301, 0.467, 0.634, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.467 std_dev=0.167
P A 0, 0.296, 0.464, 0.633, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.464 std_dev=0.168
OP1 A 0, 0.296, 0.466, 0.637, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.466 std_dev=0.170
C6 B 0, 0.289, 0.460, 0.631, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.460 std_dev=0.171
C5 B 0, 0.349, 0.528, 0.707, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.528 std_dev=0.179
OP2 A 0, 0.306, 0.489, 0.672, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.489 std_dev=0.183
N7 B 0, 0.336, 0.522, 0.708, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.522 std_dev=0.186
N1 B 0, 0.351, 0.549, 0.746, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.549 std_dev=0.198
C4 B 0, 0.446, 0.648, 0.849, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.648 std_dev=0.201
C8 B 0, 0.425, 0.632, 0.839, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.632 std_dev=0.207
N9 B 0, 0.491, 0.705, 0.920, 1.468 max_d=1.468 avg_d=0.705 std_dev=0.214
C2 B 0, 0.447, 0.670, 0.892, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.670 std_dev=0.223
N3 B 0, 0.498, 0.721, 0.945, 1.483 max_d=1.483 avg_d=0.721 std_dev=0.223
C1' B 0, 0.590, 0.830, 1.069, 1.733 max_d=1.733 avg_d=0.830 std_dev=0.240
C2' B 0, 0.663, 0.916, 1.169, 1.899 max_d=1.899 avg_d=0.916 std_dev=0.253
N2 B 0, 0.492, 0.753, 1.014, 1.539 max_d=1.539 avg_d=0.753 std_dev=0.261
O4' B 0, 0.560, 0.836, 1.111, 1.780 max_d=1.780 avg_d=0.836 std_dev=0.276
O2' B 0, 0.710, 0.988, 1.266, 1.939 max_d=1.939 avg_d=0.988 std_dev=0.278
C3' B 0, 0.696, 0.974, 1.253, 2.045 max_d=2.045 avg_d=0.974 std_dev=0.278
O5' B 0, 0.612, 0.893, 1.175, 1.907 max_d=1.907 avg_d=0.893 std_dev=0.282
P B 0, 0.575, 0.858, 1.140, 1.975 max_d=1.975 avg_d=0.858 std_dev=0.282
C4' B 0, 0.652, 0.937, 1.222, 1.977 max_d=1.977 avg_d=0.937 std_dev=0.285
OP1 B 0, 0.487, 0.781, 1.076, 2.001 max_d=2.001 avg_d=0.781 std_dev=0.294
C5' B 0, 0.623, 0.924, 1.225, 2.054 max_d=2.054 avg_d=0.924 std_dev=0.301
OP2 B 0, 0.610, 0.920, 1.230, 2.275 max_d=2.275 avg_d=0.920 std_dev=0.310
O3' B 0, 0.709, 1.062, 1.415, 2.484 max_d=2.484 avg_d=1.062 std_dev=0.353

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.06 0.06 0.04
C2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.07 0.02 0.08 0.10 0.12 0.09
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.06 0.04
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.09 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.08 0.10 0.11 0.09
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.05 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.10 0.12 0.13 0.11
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.07 0.08 0.06 0.04 0.08 0.08 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.11 0.13 0.15 0.12
C8 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.11 0.11 0.11 0.10
N1 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.02 0.10 0.12 0.14 0.11
N3 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.06 0.02 0.07 0.09 0.10 0.08
N6 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.12 0.15 0.17 0.14
N7 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.12 0.14 0.14 0.13
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.08 0.09 0.09 0.08
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03 0.05 0.05 0.02 0.07 0.07 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.04 0.09 0.05 0.05
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.03 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.04 0.04 0.00 0.01 0.05 0.11 0.07 0.06
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.06 0.07 0.06
O5' 0.04 0.08 0.03 0.03 0.08 0.01 0.10 0.01 0.11 0.11 0.10 0.07 0.12 0.12 0.08 0.04 0.05 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.06 0.10 0.08 0.09 0.10 0.06 0.12 0.05 0.13 0.11 0.12 0.09 0.15 0.14 0.09 0.09 0.11 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.12 0.06 0.05 0.11 0.03 0.13 0.02 0.15 0.11 0.14 0.10 0.17 0.14 0.09 0.05 0.07 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.09 0.04 0.04 0.09 0.02 0.11 0.02 0.12 0.10 0.11 0.08 0.14 0.13 0.08 0.05 0.06 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.08 0.10 0.09 0.09 0.13 0.10 0.19 0.09 0.13 0.08 0.09 0.08 0.13 0.10 0.13 0.17 0.13 0.20 0.10 0.23 0.23 0.21
C2 0.11 0.07 0.15 0.12 0.09 0.15 0.09 0.20 0.08 0.13 0.07 0.07 0.07 0.13 0.11 0.18 0.16 0.13 0.22 0.08 0.24 0.26 0.23
C2' 0.09 0.08 0.10 0.08 0.09 0.12 0.10 0.17 0.09 0.11 0.08 0.10 0.08 0.11 0.10 0.14 0.15 0.12 0.19 0.09 0.21 0.21 0.19
C3' 0.12 0.11 0.12 0.10 0.12 0.14 0.13 0.19 0.12 0.14 0.11 0.12 0.11 0.14 0.13 0.17 0.18 0.15 0.21 0.12 0.23 0.23 0.21
C4 0.10 0.07 0.12 0.09 0.08 0.13 0.09 0.19 0.08 0.12 0.07 0.07 0.07 0.12 0.10 0.15 0.16 0.12 0.20 0.09 0.23 0.24 0.21
C4' 0.12 0.11 0.11 0.10 0.12 0.15 0.13 0.20 0.12 0.14 0.11 0.12 0.11 0.15 0.13 0.14 0.19 0.16 0.22 0.13 0.24 0.23 0.22
C5 0.10 0.07 0.12 0.09 0.08 0.12 0.09 0.18 0.07 0.12 0.07 0.07 0.07 0.12 0.10 0.15 0.15 0.12 0.20 0.08 0.22 0.23 0.21
C5' 0.16 0.14 0.13 0.13 0.15 0.18 0.16 0.22 0.15 0.17 0.14 0.14 0.15 0.17 0.16 0.17 0.22 0.19 0.24 0.16 0.25 0.24 0.23
C6 0.10 0.07 0.14 0.10 0.09 0.13 0.09 0.18 0.08 0.12 0.07 0.08 0.08 0.12 0.11 0.18 0.15 0.12 0.20 0.08 0.23 0.23 0.21
C8 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.12 0.10 0.17 0.09 0.12 0.08 0.09 0.08 0.12 0.10 0.13 0.16 0.12 0.19 0.10 0.22 0.21 0.20
N1 0.11 0.07 0.16 0.12 0.09 0.14 0.10 0.20 0.08 0.13 0.07 0.08 0.08 0.12 0.11 0.19 0.16 0.13 0.21 0.08 0.23 0.25 0.22
N3 0.10 0.06 0.13 0.10 0.08 0.14 0.09 0.20 0.07 0.13 0.07 0.07 0.07 0.12 0.11 0.16 0.16 0.13 0.21 0.08 0.24 0.25 0.22
N6 0.11 0.09 0.15 0.11 0.10 0.13 0.10 0.18 0.09 0.12 0.09 0.09 0.09 0.12 0.11 0.19 0.15 0.12 0.19 0.09 0.22 0.22 0.20
N7 0.09 0.07 0.10 0.08 0.09 0.12 0.10 0.17 0.08 0.12 0.07 0.08 0.08 0.12 0.10 0.14 0.15 0.12 0.19 0.09 0.22 0.21 0.19
N9 0.10 0.07 0.10 0.09 0.09 0.13 0.10 0.18 0.08 0.12 0.07 0.08 0.07 0.12 0.10 0.13 0.16 0.13 0.20 0.10 0.23 0.23 0.21
O2' 0.09 0.08 0.10 0.08 0.08 0.12 0.09 0.17 0.08 0.11 0.08 0.09 0.08 0.11 0.09 0.13 0.15 0.12 0.18 0.09 0.20 0.21 0.18
O3' 0.13 0.13 0.13 0.10 0.13 0.15 0.13 0.20 0.13 0.14 0.13 0.14 0.13 0.14 0.13 0.19 0.19 0.15 0.21 0.13 0.23 0.23 0.21
O4' 0.11 0.10 0.10 0.10 0.11 0.15 0.12 0.20 0.11 0.14 0.10 0.11 0.10 0.14 0.12 0.12 0.19 0.15 0.21 0.12 0.24 0.24 0.22
O5' 0.17 0.15 0.14 0.14 0.17 0.19 0.17 0.23 0.17 0.18 0.15 0.15 0.15 0.19 0.17 0.18 0.22 0.20 0.25 0.17 0.26 0.25 0.24
OP1 0.20 0.20 0.16 0.16 0.20 0.20 0.20 0.24 0.20 0.21 0.20 0.20 0.20 0.21 0.20 0.21 0.25 0.23 0.26 0.20 0.27 0.26 0.25
OP2 0.20 0.20 0.16 0.16 0.20 0.21 0.21 0.24 0.21 0.21 0.20 0.19 0.20 0.21 0.20 0.21 0.24 0.23 0.26 0.21 0.28 0.26 0.25
P 0.19 0.18 0.15 0.15 0.19 0.20 0.19 0.24 0.19 0.20 0.18 0.17 0.18 0.20 0.19 0.19 0.24 0.22 0.26 0.19 0.27 0.25 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.09 0.00 0.07 0.01 0.11 0.05 0.05
C2 0.02 0.00 0.07 0.05 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.10 0.04 0.10 0.01 0.11 0.06 0.06
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.07 0.03 0.06 0.05 0.09 0.07 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.12 0.04 0.14 0.13 0.13
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.06 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.09 0.06 0.03
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.08 0.02 0.10 0.01 0.11 0.06 0.06
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.06 0.02 0.00 0.01 0.02 0.09 0.05 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.06 0.02 0.12 0.01 0.11 0.08 0.08
C5' 0.03 0.04 0.07 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.04 0.04 0.08 0.05 0.03 0.06 0.01 0.00 0.07 0.06 0.05 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.07 0.03 0.12 0.00 0.12 0.08 0.08
C8 0.01 0.01 0.06 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.05 0.02 0.12 0.01 0.11 0.07 0.07
N1 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.03 0.11 0.00 0.11 0.07 0.07
N2 0.03 0.00 0.09 0.06 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.11 0.04 0.09 0.01 0.10 0.06 0.05
N3 0.02 0.01 0.07 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.10 0.03 0.09 0.01 0.11 0.06 0.05
N7 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.05 0.01 0.12 0.01 0.11 0.09 0.08
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.07 0.01 0.10 0.01 0.11 0.06 0.06
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.06 0.06 0.08 0.03 0.09 0.09 0.07 0.10 0.07 0.10 0.06 0.00 0.03 0.03 0.12 0.10 0.14 0.12 0.14
O3' 0.09 0.10 0.02 0.01 0.08 0.02 0.06 0.06 0.07 0.05 0.08 0.11 0.10 0.05 0.07 0.03 0.00 0.07 0.07 0.06 0.10 0.10 0.07
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.05 0.03 0.13 0.05 0.06
O5' 0.07 0.10 0.12 0.03 0.10 0.01 0.12 0.00 0.12 0.12 0.11 0.09 0.09 0.12 0.10 0.12 0.07 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.06 0.03 0.12 0.00 0.12 0.10 0.10
OP1 0.11 0.11 0.14 0.09 0.11 0.09 0.11 0.06 0.12 0.11 0.11 0.10 0.11 0.11 0.11 0.14 0.10 0.13 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.06 0.13 0.06 0.06 0.05 0.08 0.05 0.08 0.07 0.07 0.06 0.06 0.09 0.06 0.12 0.10 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.13 0.03 0.06 0.02 0.08 0.01 0.08 0.07 0.07 0.05 0.05 0.08 0.06 0.14 0.07 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00