ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51278

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 2, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.005, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.005, 0.008, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.008 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.004, 0.008, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.008 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.005, 0.010, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.010 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.011 std_dev=0.005
N7 A 0, 0.007, 0.012, 0.017, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.012 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.007, 0.013, 0.018, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.013 std_dev=0.005
C8 A 0, 0.010, 0.017, 0.025, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.017 std_dev=0.007
N6 A 0, 0.009, 0.016, 0.024, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.007
O4' A 0, 0.242, 0.421, 0.600, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.421 std_dev=0.179
C2' A 0, 0.262, 0.454, 0.645, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.454 std_dev=0.191
O2' A 0, 0.302, 0.518, 0.735, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.518 std_dev=0.217
O6 B 0, 0.200, 0.438, 0.676, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.438 std_dev=0.238
N7 B 0, 0.249, 0.495, 0.740, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.495 std_dev=0.246
C4' A 0, 0.356, 0.622, 0.888, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.622 std_dev=0.266
C3' A 0, 0.401, 0.694, 0.987, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.694 std_dev=0.293
C6 B 0, 0.380, 0.709, 1.037, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.709 std_dev=0.329
C8 B 0, 0.412, 0.749, 1.086, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.749 std_dev=0.337
C5 B 0, 0.409, 0.748, 1.087, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.748 std_dev=0.339
O3' A 0, 0.549, 0.944, 1.339, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.944 std_dev=0.395
C5' A 0, 0.638, 1.113, 1.588, 1.514 max_d=1.514 avg_d=1.113 std_dev=0.475
O4' B 0, 0.569, 1.065, 1.561, 1.619 max_d=1.619 avg_d=1.065 std_dev=0.496
N9 B 0, 0.661, 1.168, 1.674, 1.621 max_d=1.621 avg_d=1.168 std_dev=0.506
N1 B 0, 0.665, 1.187, 1.709, 1.648 max_d=1.648 avg_d=1.187 std_dev=0.522
C4 B 0, 0.689, 1.219, 1.748, 1.686 max_d=1.686 avg_d=1.219 std_dev=0.529
O5' A 0, 0.748, 1.306, 1.863, 1.773 max_d=1.773 avg_d=1.306 std_dev=0.558
OP1 B 0, 0.851, 1.498, 2.145, 2.071 max_d=2.071 avg_d=1.498 std_dev=0.647
C1' B 0, 0.889, 1.559, 2.230, 2.149 max_d=2.149 avg_d=1.559 std_dev=0.671
C2 B 0, 0.930, 1.640, 2.351, 2.261 max_d=2.261 avg_d=1.640 std_dev=0.710
N3 B 0, 0.954, 1.677, 2.399, 2.302 max_d=2.302 avg_d=1.677 std_dev=0.723
C4' B 0, 0.948, 1.679, 2.409, 2.371 max_d=2.371 avg_d=1.679 std_dev=0.731
P B 0, 0.953, 1.684, 2.416, 2.349 max_d=2.349 avg_d=1.684 std_dev=0.732
C5' B 0, 1.038, 1.792, 2.547, 2.380 max_d=2.380 avg_d=1.792 std_dev=0.755
P A 0, 1.050, 1.817, 2.584, 2.404 max_d=2.404 avg_d=1.817 std_dev=0.767
O5' B 0, 1.067, 1.882, 2.698, 2.608 max_d=2.608 avg_d=1.882 std_dev=0.815
OP1 A 0, 1.182, 2.032, 2.881, 2.608 max_d=2.608 avg_d=2.032 std_dev=0.849
N2 B 0, 1.187, 2.090, 2.992, 2.877 max_d=2.877 avg_d=2.090 std_dev=0.902
OP2 B 0, 1.273, 2.202, 3.131, 2.943 max_d=2.943 avg_d=2.202 std_dev=0.929
C2' B 0, 1.402, 2.412, 3.422, 3.178 max_d=3.178 avg_d=2.412 std_dev=1.010
C3' B 0, 1.414, 2.440, 3.465, 3.244 max_d=3.244 avg_d=2.440 std_dev=1.025
OP2 A 0, 1.563, 2.676, 3.789, 3.431 max_d=3.431 avg_d=2.676 std_dev=1.113
O2' B 0, 1.686, 2.898, 4.110, 3.803 max_d=3.803 avg_d=2.898 std_dev=1.212
O3' B 0, 1.815, 3.120, 4.424, 4.102 max_d=4.102 avg_d=3.120 std_dev=1.305

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.05 0.12 0.12 0.18 0.14
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.04 0.09 0.07
C4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.06 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.04 0.09 0.07
C5' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.07 0.07 0.08 0.03 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.07 0.06 0.11 0.08
C8 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.03 0.08 0.07 0.09 0.08
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.10 0.10 0.15 0.11
N3 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.05 0.11 0.10 0.15 0.12
N6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.06 0.10 0.08
N7 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.07 0.06 0.09 0.08
N9 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.07 0.05
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.03
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.03 0.03
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.04
O5' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.07 0.08 0.10 0.11 0.07 0.07 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.12 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.02 0.06 0.07 0.10 0.10 0.06 0.06 0.03 0.04 0.07 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.18 0.03 0.01 0.09 0.02 0.09 0.02 0.11 0.09 0.15 0.15 0.10 0.09 0.07 0.05 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.14 0.02 0.01 0.07 0.02 0.07 0.00 0.08 0.08 0.11 0.12 0.08 0.08 0.05 0.03 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.13 0.11 0.10 0.09 0.10 0.08 0.14 0.07 0.10 0.10 0.17 0.12 0.10 0.09 0.14 0.11 0.09 0.18 0.07 0.17 0.15 0.14
C2 0.11 0.13 0.16 0.17 0.11 0.15 0.10 0.16 0.10 0.09 0.12 0.15 0.13 0.08 0.10 0.16 0.20 0.11 0.27 0.10 0.20 0.19 0.20
C2' 0.10 0.11 0.10 0.10 0.08 0.10 0.08 0.14 0.07 0.11 0.07 0.15 0.10 0.12 0.09 0.14 0.11 0.09 0.16 0.10 0.16 0.15 0.12
C3' 0.10 0.14 0.11 0.11 0.09 0.11 0.07 0.14 0.06 0.09 0.10 0.19 0.13 0.09 0.09 0.14 0.13 0.09 0.18 0.08 0.16 0.16 0.13
C4 0.10 0.14 0.13 0.13 0.10 0.12 0.08 0.14 0.08 0.09 0.12 0.16 0.13 0.09 0.09 0.14 0.14 0.10 0.21 0.06 0.18 0.16 0.16
C4' 0.11 0.16 0.12 0.12 0.11 0.11 0.09 0.14 0.09 0.09 0.13 0.20 0.14 0.09 0.10 0.14 0.13 0.10 0.19 0.08 0.17 0.16 0.14
C5 0.10 0.15 0.13 0.13 0.10 0.12 0.08 0.14 0.09 0.09 0.13 0.17 0.13 0.08 0.09 0.14 0.14 0.10 0.21 0.07 0.19 0.17 0.15
C5' 0.12 0.18 0.13 0.13 0.13 0.13 0.11 0.15 0.11 0.10 0.16 0.23 0.17 0.09 0.12 0.15 0.14 0.11 0.20 0.09 0.18 0.18 0.16
C6 0.11 0.14 0.15 0.16 0.11 0.14 0.10 0.15 0.11 0.09 0.13 0.15 0.13 0.08 0.10 0.15 0.17 0.11 0.24 0.11 0.20 0.18 0.18
C8 0.10 0.14 0.11 0.10 0.08 0.10 0.07 0.14 0.05 0.11 0.12 0.19 0.12 0.11 0.09 0.13 0.10 0.09 0.15 0.04 0.18 0.17 0.13
N1 0.12 0.13 0.16 0.18 0.11 0.15 0.10 0.17 0.11 0.10 0.13 0.14 0.13 0.09 0.11 0.16 0.20 0.12 0.27 0.11 0.20 0.19 0.20
N3 0.11 0.13 0.15 0.15 0.10 0.13 0.09 0.15 0.09 0.09 0.12 0.16 0.12 0.08 0.10 0.15 0.17 0.10 0.24 0.08 0.19 0.17 0.18
N6 0.11 0.14 0.15 0.16 0.12 0.14 0.12 0.16 0.13 0.10 0.14 0.15 0.13 0.10 0.11 0.14 0.17 0.12 0.24 0.13 0.20 0.19 0.18
N7 0.10 0.16 0.11 0.11 0.09 0.11 0.07 0.14 0.07 0.10 0.14 0.19 0.13 0.10 0.09 0.13 0.11 0.10 0.16 0.02 0.19 0.18 0.14
N9 0.10 0.14 0.12 0.11 0.09 0.11 0.08 0.14 0.06 0.10 0.11 0.17 0.12 0.10 0.09 0.14 0.12 0.09 0.18 0.05 0.18 0.16 0.14
O2' 0.10 0.09 0.11 0.08 0.08 0.09 0.09 0.13 0.07 0.13 0.05 0.14 0.09 0.14 0.10 0.15 0.08 0.09 0.15 0.11 0.16 0.13 0.11
O3' 0.09 0.13 0.10 0.12 0.08 0.10 0.06 0.14 0.05 0.08 0.08 0.19 0.12 0.08 0.08 0.13 0.13 0.08 0.17 0.08 0.15 0.16 0.13
O4' 0.11 0.15 0.12 0.11 0.11 0.11 0.09 0.14 0.09 0.10 0.13 0.19 0.13 0.10 0.10 0.14 0.12 0.10 0.19 0.08 0.18 0.16 0.15
O5' 0.10 0.18 0.12 0.13 0.12 0.12 0.10 0.14 0.12 0.07 0.17 0.22 0.16 0.07 0.10 0.13 0.14 0.10 0.19 0.09 0.17 0.17 0.15
OP1 0.13 0.20 0.14 0.14 0.14 0.13 0.11 0.14 0.13 0.10 0.17 0.24 0.18 0.09 0.12 0.16 0.14 0.12 0.20 0.10 0.17 0.17 0.15
OP2 0.11 0.19 0.13 0.13 0.13 0.11 0.11 0.13 0.13 0.07 0.18 0.23 0.17 0.07 0.10 0.14 0.15 0.09 0.20 0.11 0.15 0.16 0.14
P 0.11 0.19 0.13 0.13 0.12 0.12 0.10 0.14 0.12 0.07 0.17 0.23 0.16 0.07 0.10 0.14 0.14 0.10 0.19 0.09 0.16 0.17 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.17 0.05
C2 0.03 0.00 0.05 0.08 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.10 0.02 0.08 0.00 0.04 0.15 0.04
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.06 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 0.08 0.08 0.03
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.03 0.07 0.10 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.04 0.12 0.02 0.07
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.09 0.00 0.04 0.16 0.04
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.12 0.02
C5 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.11 0.00 0.07 0.16 0.06
C5' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.05 0.06 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.10 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.12 0.00 0.07 0.15 0.07
C8 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.11 0.01 0.07 0.18 0.06
N1 0.02 0.00 0.04 0.07 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.10 0.00 0.06 0.15 0.06
N2 0.03 0.00 0.06 0.10 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.12 0.03 0.07 0.01 0.03 0.15 0.03
N3 0.03 0.00 0.05 0.08 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.02 0.07 0.00 0.03 0.15 0.03
N7 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.13 0.01 0.09 0.17 0.07
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.00 0.04 0.17 0.04
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.07 0.10 0.01
O3' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.03 0.09 0.12 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.06 0.16 0.03 0.10
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.21 0.09
O5' 0.03 0.08 0.08 0.11 0.09 0.00 0.11 0.00 0.12 0.11 0.10 0.07 0.07 0.13 0.08 0.03 0.10 0.03 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.14 0.00 0.09 0.15 0.09
OP1 0.03 0.04 0.08 0.12 0.04 0.05 0.07 0.05 0.07 0.07 0.06 0.03 0.03 0.09 0.04 0.07 0.16 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00
OP2 0.17 0.15 0.08 0.02 0.16 0.12 0.16 0.10 0.15 0.18 0.15 0.15 0.15 0.17 0.17 0.10 0.03 0.21 0.01 0.15 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.04 0.03 0.07 0.04 0.02 0.06 0.00 0.07 0.06 0.06 0.03 0.03 0.07 0.04 0.01 0.10 0.09 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00