ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51281

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 12, 8, 12, 8, 2, 7, 4, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.002, 0.014, 0.025, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.006, 0.017, 0.029, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.007, 0.019, 0.030, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.011, 0.028, 0.045, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.028 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.011, 0.030, 0.049, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.030 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.010, 0.032, 0.053, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.032 std_dev=0.021
C2' A 0, -0.027, 0.086, 0.200, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.086 std_dev=0.114
O4' A 0, -0.040, 0.085, 0.209, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.085 std_dev=0.124
O2' A 0, 0.002, 0.128, 0.253, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.128 std_dev=0.125
C4' A 0, -0.007, 0.169, 0.346, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.169 std_dev=0.176
C3' A 0, -0.036, 0.150, 0.337, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.150 std_dev=0.186
C5 B 0, 0.126, 0.321, 0.517, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.321 std_dev=0.195
C4 B 0, 0.106, 0.302, 0.498, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.302 std_dev=0.196
C6 B 0, 0.160, 0.371, 0.582, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.371 std_dev=0.211
N3 B 0, 0.134, 0.347, 0.561, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.347 std_dev=0.214
O4 B 0, 0.074, 0.292, 0.511, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.292 std_dev=0.218
N1 B 0, 0.169, 0.403, 0.636, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.403 std_dev=0.233
C2 B 0, 0.157, 0.395, 0.633, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.395 std_dev=0.238
O5' A 0, 0.076, 0.332, 0.588, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.332 std_dev=0.256
O2 B 0, 0.178, 0.450, 0.722, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.450 std_dev=0.272
O3' A 0, -0.060, 0.214, 0.487, 1.620 max_d=1.620 avg_d=0.214 std_dev=0.273
C1' B 0, 0.197, 0.471, 0.744, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.471 std_dev=0.273
C5' A 0, -0.002, 0.285, 0.571, 1.763 max_d=1.763 avg_d=0.285 std_dev=0.286
O4' B 0, 0.205, 0.494, 0.784, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.494 std_dev=0.289
C2' B 0, 0.213, 0.514, 0.814, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.514 std_dev=0.300
C4' B 0, 0.230, 0.547, 0.865, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.547 std_dev=0.317
O2' B 0, 0.202, 0.538, 0.873, 1.522 max_d=1.522 avg_d=0.538 std_dev=0.335
OP2 A 0, 0.040, 0.395, 0.749, 2.000 max_d=2.000 avg_d=0.395 std_dev=0.355
C3' B 0, 0.213, 0.599, 0.985, 1.953 max_d=1.953 avg_d=0.599 std_dev=0.386
C5' B 0, 0.182, 0.570, 0.957, 2.080 max_d=2.080 avg_d=0.570 std_dev=0.387
OP2 B 0, 0.174, 0.583, 0.991, 2.412 max_d=2.412 avg_d=0.583 std_dev=0.409
O5' B 0, 0.151, 0.598, 1.046, 2.652 max_d=2.652 avg_d=0.598 std_dev=0.448
O3' B 0, 0.166, 0.664, 1.163, 2.914 max_d=2.914 avg_d=0.664 std_dev=0.499
P A 0, -0.090, 0.418, 0.925, 3.152 max_d=3.152 avg_d=0.418 std_dev=0.508
P B 0, -0.012, 0.541, 1.094, 3.434 max_d=3.434 avg_d=0.541 std_dev=0.553
OP1 B 0, -0.244, 0.497, 1.238, 4.486 max_d=4.486 avg_d=0.497 std_dev=0.741
OP1 A 0, -0.231, 0.613, 1.458, 5.045 max_d=5.045 avg_d=0.613 std_dev=0.845

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.08 0.10
C2 0.02 0.00 0.09 0.09 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.13 0.05 0.07 0.08 0.16 0.18
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.07 0.09 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.12 0.08 0.06
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.06 0.08 0.08 0.06 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.17 0.08 0.05
C4 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.03 0.07 0.08 0.15 0.17
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.07 0.02 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.09 0.10 0.18 0.19
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.06 0.04 0.08 0.09 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.07 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.03 0.09 0.10 0.19 0.20
C8 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.03 0.10 0.12 0.14 0.18
N1 0.02 0.00 0.07 0.08 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.11 0.04 0.08 0.09 0.18 0.19
N3 0.02 0.00 0.09 0.08 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.11 0.05 0.06 0.08 0.14 0.16
N6 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.03 0.11 0.12 0.21 0.22
N7 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.11 0.13 0.19 0.20
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.09 0.12 0.15
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.08 0.09 0.05 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.03 0.12 0.06 0.05
O3' 0.01 0.13 0.02 0.00 0.07 0.01 0.06 0.02 0.08 0.07 0.11 0.11 0.08 0.06 0.03 0.04 0.00 0.01 0.05 0.25 0.10 0.09
O4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.09 0.07 0.09
O5' 0.03 0.07 0.03 0.04 0.07 0.01 0.09 0.00 0.09 0.10 0.08 0.06 0.11 0.11 0.06 0.03 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.08 0.12 0.17 0.08 0.07 0.10 0.07 0.10 0.12 0.09 0.08 0.12 0.13 0.09 0.12 0.25 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.16 0.08 0.08 0.15 0.02 0.18 0.02 0.19 0.14 0.18 0.14 0.21 0.19 0.12 0.06 0.10 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.18 0.06 0.05 0.17 0.03 0.19 0.01 0.20 0.18 0.19 0.16 0.22 0.20 0.15 0.05 0.09 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.09 0.13 0.14 0.09 0.11 0.13 0.14 0.12 0.10 0.09 0.09 0.11 0.10 0.09 0.10 0.18 0.54 0.15 0.16
C2 0.13 0.10 0.17 0.22 0.10 0.15 0.13 0.16 0.14 0.12 0.09 0.09 0.14 0.14 0.10 0.14 0.18 0.53 0.21 0.16
C2' 0.09 0.09 0.13 0.14 0.09 0.10 0.11 0.12 0.11 0.09 0.09 0.09 0.12 0.09 0.08 0.09 0.18 0.61 0.12 0.21
C3' 0.10 0.10 0.13 0.13 0.10 0.11 0.12 0.13 0.11 0.10 0.10 0.11 0.14 0.12 0.10 0.10 0.19 0.63 0.12 0.23
C4 0.10 0.08 0.14 0.16 0.08 0.12 0.12 0.14 0.12 0.10 0.08 0.08 0.11 0.09 0.08 0.10 0.17 0.56 0.16 0.16
C4' 0.12 0.11 0.14 0.15 0.13 0.14 0.15 0.16 0.14 0.12 0.11 0.12 0.14 0.13 0.12 0.13 0.19 0.53 0.14 0.17
C5 0.09 0.08 0.13 0.15 0.08 0.11 0.12 0.14 0.12 0.09 0.08 0.08 0.11 0.09 0.08 0.10 0.17 0.58 0.13 0.18
C5' 0.16 0.15 0.17 0.17 0.17 0.17 0.19 0.19 0.18 0.16 0.15 0.14 0.16 0.15 0.17 0.17 0.20 0.49 0.16 0.16
C6 0.11 0.09 0.15 0.18 0.09 0.12 0.12 0.14 0.12 0.10 0.09 0.09 0.12 0.11 0.10 0.11 0.17 0.58 0.15 0.17
C8 0.10 0.09 0.12 0.13 0.10 0.11 0.13 0.14 0.12 0.10 0.09 0.10 0.12 0.12 0.10 0.10 0.19 0.58 0.12 0.19
N1 0.13 0.10 0.18 0.22 0.10 0.14 0.13 0.15 0.14 0.12 0.10 0.10 0.14 0.15 0.11 0.13 0.17 0.56 0.19 0.16
N3 0.11 0.08 0.15 0.19 0.09 0.13 0.13 0.15 0.13 0.11 0.08 0.08 0.12 0.11 0.08 0.12 0.17 0.54 0.19 0.15
N6 0.11 0.09 0.16 0.18 0.09 0.12 0.12 0.13 0.12 0.10 0.10 0.10 0.13 0.11 0.12 0.10 0.17 0.61 0.13 0.19
N7 0.10 0.09 0.12 0.13 0.10 0.11 0.13 0.14 0.12 0.10 0.09 0.09 0.12 0.11 0.09 0.10 0.19 0.59 0.12 0.20
N9 0.09 0.08 0.13 0.14 0.09 0.11 0.13 0.14 0.12 0.09 0.08 0.09 0.11 0.09 0.09 0.10 0.18 0.56 0.14 0.17
O2' 0.09 0.08 0.13 0.14 0.08 0.10 0.11 0.12 0.10 0.09 0.08 0.09 0.12 0.09 0.08 0.09 0.17 0.60 0.13 0.19
O3' 0.10 0.10 0.13 0.13 0.10 0.10 0.11 0.13 0.11 0.10 0.10 0.11 0.15 0.13 0.10 0.10 0.21 0.67 0.12 0.27
O4' 0.11 0.10 0.13 0.14 0.11 0.13 0.15 0.16 0.14 0.11 0.10 0.11 0.13 0.12 0.11 0.12 0.19 0.50 0.16 0.15
O5' 0.15 0.14 0.16 0.16 0.17 0.17 0.19 0.18 0.18 0.15 0.14 0.14 0.17 0.16 0.18 0.17 0.20 0.51 0.15 0.18
OP1 0.18 0.18 0.14 0.15 0.19 0.22 0.20 0.22 0.19 0.18 0.18 0.18 0.15 0.13 0.20 0.24 0.15 0.40 0.13 0.11
OP2 0.21 0.19 0.21 0.20 0.26 0.23 0.28 0.25 0.26 0.22 0.21 0.16 0.19 0.15 0.29 0.24 0.22 0.40 0.21 0.17
P 0.24 0.23 0.23 0.24 0.28 0.28 0.30 0.29 0.29 0.25 0.24 0.21 0.19 0.16 0.30 0.29 0.24 0.34 0.25 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.11 0.01 0.00 0.11 0.33 0.08 0.14
C2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.15 0.01 0.03 0.15 0.46 0.10 0.19
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.08 0.06 0.02 0.04 0.09 0.00 0.02 0.05 0.01 0.15 0.29 0.09 0.16
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.03 0.08 0.02 0.01 0.05 0.01 0.04 0.09 0.09 0.04
C4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.08 0.00 0.02 0.19 0.61 0.13 0.25
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.11 0.08 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.01 0.02 0.19 0.65 0.13 0.27
C5' 0.03 0.05 0.08 0.01 0.09 0.01 0.11 0.00 0.10 0.06 0.07 0.04 0.04 0.06 0.09 0.01 0.01 0.08 0.14 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.03 0.19 0.59 0.12 0.24
N1 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.01 0.15 0.47 0.10 0.20
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.13 0.01 0.03 0.17 0.54 0.12 0.23
O2 0.02 0.01 0.09 0.08 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.21 0.02 0.05 0.13 0.39 0.09 0.17
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.07 0.04 0.07 0.04 0.06 0.04 0.09 0.16 0.00 0.05 0.08 0.02 0.14 0.27 0.10 0.16
O3' 0.11 0.15 0.02 0.01 0.08 0.02 0.05 0.06 0.04 0.09 0.13 0.21 0.05 0.00 0.08 0.08 0.10 0.14 0.15 0.11
O4 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.08 0.00 0.03 0.19 0.64 0.13 0.26
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.08 0.03 0.00 0.06 0.28 0.11 0.11
O5' 0.11 0.15 0.15 0.04 0.19 0.01 0.19 0.01 0.19 0.15 0.17 0.13 0.14 0.10 0.19 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.33 0.46 0.29 0.09 0.61 0.11 0.65 0.08 0.59 0.47 0.54 0.39 0.27 0.14 0.64 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.10 0.09 0.09 0.13 0.08 0.13 0.14 0.12 0.10 0.12 0.09 0.10 0.15 0.13 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.19 0.16 0.04 0.25 0.03 0.27 0.01 0.24 0.20 0.23 0.17 0.16 0.11 0.26 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00