ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51282

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 7, 18, 14, 9, 4, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.001, 0.009, 0.016, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.002, 0.012, 0.023, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.013 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.017, 0.034, 0.051, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.034 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.019, 0.040, 0.060, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.040 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.007, 0.028, 0.049, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.028 std_dev=0.021
C2' A 0, 0.034, 0.085, 0.135, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.085 std_dev=0.050
O4' A 0, 0.014, 0.073, 0.132, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.073 std_dev=0.059
O2' A 0, 0.063, 0.128, 0.193, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.128 std_dev=0.065
C3' A 0, 0.113, 0.200, 0.286, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.200 std_dev=0.087
C4' A 0, 0.092, 0.180, 0.268, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.180 std_dev=0.088
O3' A 0, 0.186, 0.313, 0.440, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.313 std_dev=0.127
C5 B 0, 0.152, 0.289, 0.427, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.289 std_dev=0.138
C4 B 0, 0.173, 0.315, 0.456, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.315 std_dev=0.141
C5' A 0, 0.130, 0.272, 0.414, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.272 std_dev=0.142
O5' A 0, 0.147, 0.307, 0.467, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.307 std_dev=0.160
O4 B 0, 0.214, 0.381, 0.548, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.381 std_dev=0.167
C6 B 0, 0.121, 0.309, 0.496, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.309 std_dev=0.188
N3 B 0, 0.170, 0.361, 0.552, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.361 std_dev=0.191
N1 B 0, 0.133, 0.342, 0.552, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.342 std_dev=0.209
C2 B 0, 0.160, 0.376, 0.592, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.376 std_dev=0.216
P A 0, 0.173, 0.395, 0.617, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.395 std_dev=0.222
OP2 A 0, 0.180, 0.446, 0.713, 1.718 max_d=1.718 avg_d=0.446 std_dev=0.267
C1' B 0, 0.112, 0.381, 0.651, 1.891 max_d=1.891 avg_d=0.381 std_dev=0.270
O2 B 0, 0.165, 0.438, 0.711, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.438 std_dev=0.273
OP1 A 0, 0.234, 0.509, 0.784, 1.606 max_d=1.606 avg_d=0.509 std_dev=0.275
O4' B 0, 0.109, 0.419, 0.728, 2.326 max_d=2.326 avg_d=0.419 std_dev=0.310
C2' B 0, 0.072, 0.393, 0.714, 2.286 max_d=2.286 avg_d=0.393 std_dev=0.321
OP1 B 0, 0.146, 0.489, 0.832, 2.740 max_d=2.740 avg_d=0.489 std_dev=0.343
O2' B 0, 0.108, 0.456, 0.805, 2.117 max_d=2.117 avg_d=0.456 std_dev=0.349
C4' B 0, 0.051, 0.420, 0.790, 2.861 max_d=2.861 avg_d=0.420 std_dev=0.369
C3' B 0, 0.043, 0.416, 0.790, 2.789 max_d=2.789 avg_d=0.416 std_dev=0.373
O3' B 0, 0.054, 0.448, 0.841, 2.746 max_d=2.746 avg_d=0.448 std_dev=0.393
C5' B 0, 0.039, 0.443, 0.847, 3.185 max_d=3.185 avg_d=0.443 std_dev=0.404
P B 0, 0.042, 0.461, 0.881, 3.395 max_d=3.395 avg_d=0.461 std_dev=0.419
O5' B 0, -0.003, 0.427, 0.856, 3.152 max_d=3.152 avg_d=0.427 std_dev=0.430
OP2 B 0, 0.101, 0.663, 1.224, 4.401 max_d=4.401 avg_d=0.663 std_dev=0.561

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.12 0.05
C2 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.03 0.10 0.08 0.13 0.08
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.10 0.05
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.05 0.07 0.06 0.06 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.06 0.09 0.07 0.05
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.09 0.07 0.13 0.07
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.08 0.07 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.11 0.09 0.14 0.09
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.04 0.07 0.08 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.09 0.04 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.02 0.12 0.10 0.14 0.10
C8 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.11 0.08 0.14 0.08
N1 0.02 0.00 0.05 0.07 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.09 0.02 0.11 0.09 0.13 0.09
N3 0.02 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.08 0.03 0.09 0.07 0.12 0.07
N6 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.08 0.02 0.12 0.11 0.15 0.11
N7 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.13 0.10 0.14 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.08 0.06 0.13 0.06
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.02 0.06 0.06 0.05 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.09 0.09 0.04
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.08 0.05 0.09 0.08 0.08 0.06 0.04 0.03 0.00 0.01 0.08 0.12 0.08 0.07
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.06 0.12 0.06
O5' 0.05 0.10 0.04 0.06 0.09 0.01 0.11 0.01 0.12 0.11 0.11 0.09 0.12 0.13 0.08 0.04 0.08 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.05 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.09 0.09 0.10 0.08 0.09 0.07 0.11 0.10 0.06 0.09 0.12 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.13 0.10 0.07 0.13 0.07 0.14 0.04 0.14 0.14 0.13 0.12 0.15 0.14 0.13 0.09 0.08 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.08 0.05 0.05 0.07 0.02 0.09 0.01 0.10 0.08 0.09 0.07 0.11 0.10 0.06 0.04 0.07 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.12 0.10 0.11 0.09 0.14 0.12 0.16 0.12 0.11 0.11 0.14 0.11 0.14 0.08 0.14 0.17 0.30 0.27 0.19
C2 0.16 0.16 0.14 0.15 0.14 0.17 0.15 0.18 0.16 0.16 0.16 0.17 0.14 0.17 0.14 0.18 0.19 0.30 0.33 0.23
C2' 0.11 0.11 0.08 0.10 0.09 0.12 0.12 0.14 0.11 0.10 0.11 0.13 0.09 0.12 0.09 0.13 0.15 0.29 0.25 0.18
C3' 0.10 0.10 0.08 0.09 0.10 0.11 0.12 0.14 0.11 0.10 0.10 0.12 0.09 0.11 0.10 0.12 0.15 0.28 0.21 0.16
C4 0.13 0.13 0.11 0.12 0.11 0.14 0.13 0.16 0.13 0.12 0.13 0.15 0.11 0.14 0.10 0.15 0.17 0.29 0.28 0.20
C4' 0.11 0.11 0.09 0.10 0.10 0.13 0.12 0.16 0.11 0.10 0.10 0.13 0.10 0.13 0.10 0.14 0.16 0.29 0.22 0.17
C5 0.12 0.13 0.10 0.11 0.11 0.12 0.12 0.14 0.13 0.12 0.13 0.15 0.11 0.13 0.10 0.13 0.16 0.29 0.25 0.18
C5' 0.12 0.11 0.10 0.11 0.12 0.14 0.14 0.16 0.13 0.11 0.11 0.13 0.11 0.13 0.13 0.15 0.18 0.28 0.19 0.16
C6 0.14 0.15 0.12 0.13 0.13 0.13 0.14 0.15 0.14 0.14 0.15 0.16 0.12 0.14 0.14 0.15 0.16 0.28 0.27 0.19
C8 0.11 0.11 0.09 0.10 0.09 0.12 0.12 0.14 0.11 0.10 0.10 0.13 0.11 0.12 0.09 0.12 0.16 0.29 0.22 0.17
N1 0.16 0.16 0.14 0.15 0.15 0.16 0.15 0.17 0.16 0.16 0.16 0.17 0.14 0.16 0.16 0.17 0.18 0.29 0.31 0.22
N3 0.15 0.14 0.12 0.14 0.12 0.15 0.14 0.18 0.15 0.14 0.14 0.16 0.12 0.15 0.11 0.16 0.18 0.30 0.32 0.22
N6 0.14 0.15 0.12 0.12 0.15 0.12 0.14 0.13 0.14 0.14 0.16 0.16 0.13 0.14 0.17 0.14 0.15 0.27 0.23 0.17
N7 0.10 0.11 0.09 0.09 0.09 0.11 0.12 0.13 0.11 0.10 0.11 0.13 0.10 0.12 0.08 0.11 0.15 0.28 0.21 0.16
N9 0.12 0.12 0.10 0.11 0.09 0.13 0.12 0.16 0.12 0.11 0.11 0.14 0.11 0.13 0.08 0.14 0.16 0.30 0.26 0.19
O2' 0.12 0.12 0.09 0.10 0.09 0.13 0.12 0.15 0.12 0.11 0.11 0.14 0.10 0.13 0.09 0.14 0.15 0.30 0.28 0.19
O3' 0.11 0.11 0.09 0.10 0.11 0.12 0.13 0.14 0.12 0.10 0.11 0.12 0.10 0.11 0.12 0.13 0.16 0.28 0.21 0.16
O4' 0.12 0.12 0.11 0.12 0.10 0.15 0.13 0.17 0.12 0.11 0.11 0.15 0.12 0.15 0.10 0.15 0.17 0.30 0.26 0.19
O5' 0.16 0.15 0.13 0.14 0.16 0.18 0.18 0.19 0.17 0.15 0.15 0.16 0.13 0.16 0.17 0.19 0.23 0.28 0.20 0.19
OP1 0.13 0.13 0.14 0.14 0.15 0.14 0.16 0.15 0.14 0.13 0.13 0.14 0.16 0.15 0.18 0.15 0.15 0.30 0.18 0.16
OP2 0.12 0.12 0.12 0.12 0.16 0.13 0.17 0.14 0.15 0.13 0.13 0.13 0.14 0.13 0.20 0.14 0.15 0.30 0.16 0.16
P 0.13 0.12 0.11 0.12 0.14 0.14 0.16 0.15 0.14 0.12 0.12 0.13 0.13 0.14 0.17 0.15 0.17 0.29 0.17 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.08 0.25 0.07 0.08
C2 0.02 0.00 0.06 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.06 0.01 0.04 0.11 0.30 0.08 0.11
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.01 0.05 0.09 0.00 0.02 0.03 0.01 0.17 0.17 0.19 0.12
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.03 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.13 0.12 0.22 0.10
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.00 0.02 0.13 0.31 0.15 0.15
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.15 0.09 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.02 0.14 0.31 0.16 0.16
C5' 0.02 0.05 0.04 0.02 0.09 0.01 0.11 0.00 0.09 0.06 0.07 0.05 0.04 0.02 0.10 0.01 0.01 0.08 0.11 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.04 0.13 0.30 0.12 0.14
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.10 0.29 0.08 0.11
N3 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.06 0.01 0.04 0.12 0.31 0.11 0.13
O2 0.03 0.00 0.09 0.06 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.09 0.02 0.07 0.10 0.29 0.08 0.11
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.04 0.06 0.02 0.09 0.16 0.00 0.04 0.07 0.01 0.19 0.17 0.24 0.16
O3' 0.03 0.06 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.06 0.09 0.04 0.00 0.04 0.03 0.08 0.13 0.21 0.08
O4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.04 0.00 0.04 0.14 0.30 0.17 0.17
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.07 0.01 0.03 0.04 0.00 0.06 0.28 0.09 0.14
O5' 0.08 0.11 0.17 0.13 0.13 0.01 0.14 0.01 0.13 0.10 0.12 0.10 0.19 0.08 0.14 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.25 0.30 0.17 0.12 0.31 0.15 0.31 0.08 0.30 0.29 0.31 0.29 0.17 0.13 0.30 0.28 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.08 0.19 0.22 0.15 0.09 0.16 0.11 0.12 0.08 0.11 0.08 0.24 0.21 0.17 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.11 0.12 0.10 0.15 0.03 0.16 0.01 0.14 0.11 0.13 0.11 0.16 0.08 0.17 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00