ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51283

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 9, 3, 7, 1, 4, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.004, 0.007, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.007, 0.015, 0.022, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.007
N7 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.022 std_dev=0.012
N6 A 0, 0.003, 0.015, 0.028, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.014, 0.029, 0.043, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.029 std_dev=0.015
C3' A 0, 0.055, 0.105, 0.155, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.105 std_dev=0.050
O4' A 0, 0.030, 0.084, 0.137, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.084 std_dev=0.053
O3' A 0, 0.078, 0.136, 0.193, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.136 std_dev=0.057
C4' A 0, 0.048, 0.110, 0.171, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.110 std_dev=0.061
C2' A 0, 0.031, 0.101, 0.172, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.101 std_dev=0.070
O2' A 0, 0.086, 0.199, 0.312, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.199 std_dev=0.113
C5' A 0, 0.077, 0.195, 0.314, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.195 std_dev=0.119
O5' B 0, 0.213, 0.393, 0.574, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.393 std_dev=0.180
O5' A 0, 0.098, 0.281, 0.465, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.281 std_dev=0.183
C5 B 0, 0.163, 0.356, 0.548, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.356 std_dev=0.192
P B 0, 0.182, 0.383, 0.584, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.383 std_dev=0.201
O4 B 0, 0.152, 0.355, 0.557, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.355 std_dev=0.202
OP1 B 0, 0.249, 0.453, 0.656, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.453 std_dev=0.204
C6 B 0, 0.175, 0.388, 0.600, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.388 std_dev=0.212
C4 B 0, 0.160, 0.374, 0.589, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.374 std_dev=0.215
C5' B 0, 0.220, 0.444, 0.669, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.444 std_dev=0.225
O4' B 0, 0.208, 0.458, 0.708, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.458 std_dev=0.250
N1 B 0, 0.177, 0.436, 0.695, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.436 std_dev=0.259
N3 B 0, 0.161, 0.421, 0.682, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.421 std_dev=0.261
C4' B 0, 0.200, 0.481, 0.762, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.481 std_dev=0.281
C2 B 0, 0.164, 0.450, 0.737, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.450 std_dev=0.286
C1' B 0, 0.195, 0.492, 0.788, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.492 std_dev=0.296
P A 0, 0.099, 0.401, 0.703, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.401 std_dev=0.302
OP2 B 0, 0.328, 0.637, 0.946, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.637 std_dev=0.309
C3' B 0, 0.180, 0.514, 0.848, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.514 std_dev=0.334
O2 B 0, 0.159, 0.494, 0.830, 1.489 max_d=1.489 avg_d=0.494 std_dev=0.335
OP1 A 0, 0.113, 0.462, 0.810, 1.849 max_d=1.849 avg_d=0.462 std_dev=0.349
C2' B 0, 0.172, 0.542, 0.912, 1.486 max_d=1.486 avg_d=0.542 std_dev=0.370
OP2 A 0, 0.087, 0.474, 0.860, 1.821 max_d=1.821 avg_d=0.474 std_dev=0.386
O3' B 0, 0.193, 0.589, 0.986, 1.602 max_d=1.602 avg_d=0.589 std_dev=0.396
O2' B 0, 0.178, 0.633, 1.088, 1.772 max_d=1.772 avg_d=0.633 std_dev=0.455

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.06 0.09 0.07
C2 0.02 0.00 0.07 0.06 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.05 0.06 0.13 0.26 0.22 0.20
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.07 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.06 0.07 0.05
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02
C4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.10 0.17 0.19 0.15
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.12 0.19 0.23 0.18
C5' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.04 0.07 0.06 0.06 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.13 0.24 0.26 0.20
C8 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.12 0.13 0.19 0.14
N1 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.04 0.04 0.13 0.26 0.25 0.21
N3 0.01 0.00 0.07 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.05 0.06 0.11 0.20 0.18 0.16
N6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.14 0.25 0.28 0.22
N7 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.13 0.17 0.23 0.17
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.09 0.12 0.15 0.12
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.08 0.10 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.07 0.05
O3' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.09 0.06 0.04
O4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.06 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.06 0.08 0.06
O5' 0.06 0.13 0.05 0.01 0.10 0.00 0.12 0.00 0.13 0.12 0.13 0.11 0.14 0.13 0.09 0.04 0.03 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.26 0.06 0.05 0.17 0.05 0.19 0.04 0.24 0.13 0.26 0.20 0.25 0.17 0.12 0.06 0.09 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.22 0.07 0.05 0.19 0.04 0.23 0.07 0.26 0.19 0.25 0.18 0.28 0.23 0.15 0.07 0.06 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.20 0.05 0.02 0.15 0.01 0.18 0.01 0.20 0.14 0.21 0.16 0.22 0.17 0.12 0.05 0.04 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.10 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.10 0.12 0.09 0.07 0.08 0.09 0.08 0.14 0.16 0.07
C2 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07 0.10 0.08 0.07 0.10 0.10 0.07 0.09 0.10 0.09 0.10 0.17 0.15 0.12
C2' 0.10 0.11 0.09 0.08 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.11 0.13 0.10 0.08 0.09 0.10 0.08 0.15 0.14 0.07
C3' 0.09 0.11 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.10 0.12 0.10 0.07 0.09 0.10 0.08 0.14 0.15 0.07
C4 0.08 0.10 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.11 0.08 0.07 0.09 0.09 0.08 0.15 0.14 0.08
C4' 0.09 0.10 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.10 0.12 0.09 0.07 0.09 0.09 0.08 0.12 0.16 0.08
C5 0.08 0.09 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.11 0.08 0.07 0.09 0.09 0.08 0.15 0.14 0.07
C5' 0.09 0.11 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.12 0.13 0.09 0.08 0.10 0.09 0.09 0.11 0.15 0.09
C6 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07 0.09 0.08 0.07 0.11 0.10 0.07 0.08 0.11 0.09 0.09 0.16 0.13 0.08
C8 0.09 0.11 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.11 0.12 0.10 0.08 0.08 0.10 0.08 0.14 0.18 0.07
N1 0.07 0.09 0.07 0.09 0.09 0.09 0.07 0.10 0.08 0.07 0.10 0.10 0.07 0.10 0.12 0.09 0.10 0.18 0.14 0.11
N3 0.08 0.09 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.10 0.11 0.07 0.08 0.09 0.09 0.09 0.16 0.14 0.10
N6 0.07 0.09 0.07 0.08 0.09 0.09 0.07 0.10 0.08 0.07 0.11 0.10 0.07 0.09 0.13 0.09 0.09 0.17 0.12 0.07
N7 0.09 0.10 0.09 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.11 0.12 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.15 0.18 0.07
N9 0.09 0.10 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.10 0.12 0.09 0.07 0.08 0.09 0.08 0.14 0.16 0.07
O2' 0.11 0.11 0.10 0.09 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.13 0.11 0.08 0.09 0.11 0.09 0.17 0.15 0.07
O3' 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09 0.09 0.11 0.09 0.10 0.09 0.10 0.12 0.09 0.07 0.09 0.10 0.08 0.14 0.17 0.08
O4' 0.09 0.10 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.10 0.12 0.09 0.07 0.09 0.08 0.08 0.12 0.16 0.08
O5' 0.12 0.14 0.12 0.11 0.12 0.12 0.11 0.11 0.11 0.12 0.14 0.15 0.12 0.11 0.13 0.13 0.11 0.11 0.15 0.09
OP1 0.20 0.20 0.18 0.18 0.19 0.20 0.19 0.20 0.19 0.20 0.21 0.20 0.18 0.17 0.20 0.20 0.20 0.24 0.16 0.18
OP2 0.26 0.27 0.26 0.25 0.27 0.25 0.25 0.25 0.25 0.26 0.28 0.28 0.26 0.25 0.27 0.25 0.25 0.27 0.19 0.22
P 0.18 0.19 0.17 0.16 0.18 0.17 0.17 0.17 0.17 0.18 0.20 0.19 0.17 0.16 0.19 0.18 0.16 0.19 0.14 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.17 0.17 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01 0.05 0.20 0.20 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.07 0.26 0.07
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.06 0.27 0.10
C4 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.02 0.07 0.24 0.18 0.11
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.07 0.13 0.03
C5 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.08 0.24 0.14 0.11
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.06 0.01 0.00 0.06 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.06 0.23 0.14 0.09
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.20 0.17 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01 0.06 0.22 0.20 0.09
O2 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.01 0.01 0.05 0.19 0.22 0.06
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.06 0.26 0.07
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.03 0.05 0.07 0.03 0.00 0.06 0.01 0.06 0.15 0.32 0.15
O4 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.02 0.08 0.24 0.19 0.12
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.19 0.08 0.05
O5' 0.04 0.05 0.04 0.04 0.07 0.01 0.08 0.00 0.06 0.05 0.06 0.05 0.03 0.06 0.08 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.17 0.20 0.07 0.06 0.24 0.07 0.24 0.06 0.23 0.20 0.22 0.19 0.06 0.15 0.24 0.19 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.17 0.20 0.26 0.27 0.18 0.13 0.14 0.03 0.14 0.17 0.20 0.22 0.26 0.32 0.19 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.07 0.10 0.11 0.03 0.11 0.01 0.09 0.06 0.09 0.06 0.07 0.15 0.12 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00