ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51287

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 13, 12, 19, 18, 20, 7, 7, 4, 5, 7, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.017, 0.027, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.011, 0.023, 0.036, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.013, 0.028, 0.043, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.028 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.011, 0.026, 0.042, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.026 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.014, 0.030, 0.046, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.030 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.015, 0.036, 0.056, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.036 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.016, 0.040, 0.063, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.040 std_dev=0.024
N6 A 0, 0.027, 0.059, 0.091, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.059 std_dev=0.032
N7 A 0, 0.024, 0.058, 0.092, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.058 std_dev=0.034
C8 A 0, 0.026, 0.066, 0.106, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.066 std_dev=0.040
N3 B 0, 0.233, 0.420, 0.607, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.420 std_dev=0.187
O4' A 0, 0.000, 0.238, 0.476, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.238 std_dev=0.238
C2 B 0, 0.222, 0.465, 0.707, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.465 std_dev=0.242
N2 B 0, 0.199, 0.442, 0.685, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.442 std_dev=0.243
C4 B 0, 0.285, 0.535, 0.785, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.535 std_dev=0.250
C2' A 0, 0.014, 0.270, 0.525, 1.568 max_d=1.568 avg_d=0.270 std_dev=0.256
N9 B 0, 0.302, 0.584, 0.867, 1.510 max_d=1.510 avg_d=0.584 std_dev=0.283
C1' B 0, 0.243, 0.535, 0.828, 1.859 max_d=1.859 avg_d=0.535 std_dev=0.293
O2' B 0, 0.155, 0.460, 0.764, 2.077 max_d=2.077 avg_d=0.460 std_dev=0.304
C2' B 0, 0.189, 0.502, 0.815, 2.170 max_d=2.170 avg_d=0.502 std_dev=0.313
C5 B 0, 0.338, 0.698, 1.057, 1.758 max_d=1.758 avg_d=0.698 std_dev=0.360
N1 B 0, 0.262, 0.628, 0.993, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.628 std_dev=0.365
C8 B 0, 0.373, 0.745, 1.117, 2.050 max_d=2.050 avg_d=0.745 std_dev=0.372
C4' A 0, 0.110, 0.489, 0.868, 2.157 max_d=2.157 avg_d=0.489 std_dev=0.379
N7 B 0, 0.402, 0.824, 1.246, 2.188 max_d=2.188 avg_d=0.824 std_dev=0.422
C6 B 0, 0.325, 0.756, 1.186, 1.933 max_d=1.933 avg_d=0.756 std_dev=0.431
O2' A 0, -0.011, 0.440, 0.892, 2.053 max_d=2.053 avg_d=0.440 std_dev=0.452
O4' B 0, 0.254, 0.717, 1.180, 2.831 max_d=2.831 avg_d=0.717 std_dev=0.463
C3' B 0, 0.215, 0.710, 1.205, 3.258 max_d=3.258 avg_d=0.710 std_dev=0.495
C5' A 0, 0.199, 0.742, 1.286, 2.859 max_d=2.859 avg_d=0.742 std_dev=0.543
C3' A 0, 0.062, 0.612, 1.162, 2.258 max_d=2.258 avg_d=0.612 std_dev=0.550
O6 B 0, 0.382, 0.936, 1.490, 2.497 max_d=2.497 avg_d=0.936 std_dev=0.554
C4' B 0, 0.220, 0.796, 1.371, 3.501 max_d=3.501 avg_d=0.796 std_dev=0.576
O3' B 0, 0.136, 0.766, 1.396, 4.137 max_d=4.137 avg_d=0.766 std_dev=0.630
C5' B 0, 0.314, 1.119, 1.924, 4.244 max_d=4.244 avg_d=1.119 std_dev=0.805
O5' B 0, 0.402, 1.211, 2.019, 3.683 max_d=3.683 avg_d=1.211 std_dev=0.809
O5' A 0, 0.146, 0.966, 1.786, 3.929 max_d=3.929 avg_d=0.966 std_dev=0.820
OP2 B 0, 0.521, 1.427, 2.334, 4.064 max_d=4.064 avg_d=1.427 std_dev=0.907
O3' A 0, 0.053, 1.032, 2.010, 3.724 max_d=3.724 avg_d=1.032 std_dev=0.978
P B 0, 0.343, 1.476, 2.610, 5.234 max_d=5.234 avg_d=1.476 std_dev=1.134
P A 0, 0.006, 1.469, 2.932, 5.214 max_d=5.214 avg_d=1.469 std_dev=1.463
OP1 B 0, 0.249, 1.809, 3.370, 6.876 max_d=6.876 avg_d=1.809 std_dev=1.561
OP2 A 0, -0.016, 1.735, 3.487, 6.114 max_d=6.114 avg_d=1.735 std_dev=1.751
OP1 A 0, 0.019, 1.859, 3.700, 6.205 max_d=6.205 avg_d=1.859 std_dev=1.840

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.25 0.01 0.21 0.35 0.34 0.28
C2 0.03 0.00 0.17 0.13 0.01 0.10 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.34 0.45 0.16 0.35 0.54 0.73 0.54
C2' 0.00 0.17 0.00 0.01 0.09 0.02 0.06 0.16 0.09 0.11 0.14 0.17 0.08 0.08 0.03 0.01 0.04 0.02 0.39 0.62 0.57 0.48
C3' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.13 0.01 0.22 0.03 0.20 0.33 0.14 0.12 0.24 0.32 0.16 0.02 0.01 0.02 0.24 0.44 0.22 0.24
C4 0.02 0.01 0.09 0.13 0.00 0.08 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.25 0.09 0.38 0.56 0.72 0.55
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.11 0.18 0.10 0.10 0.13 0.17 0.08 0.21 0.03 0.01 0.02 0.25 0.16 0.07
C5 0.01 0.01 0.06 0.22 0.01 0.11 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.15 0.05 0.50 0.76 0.95 0.73
C5' 0.07 0.24 0.16 0.03 0.20 0.01 0.25 0.00 0.27 0.25 0.26 0.20 0.30 0.28 0.16 0.08 0.17 0.02 0.01 0.27 0.29 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.20 0.01 0.11 0.01 0.27 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.21 0.08 0.50 0.80 1.01 0.77
C8 0.02 0.01 0.11 0.33 0.01 0.18 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.22 0.20 0.09 0.55 0.75 0.85 0.71
N1 0.03 0.00 0.14 0.14 0.01 0.10 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.33 0.34 0.13 0.43 0.68 0.90 0.67
N3 0.03 0.00 0.17 0.12 0.00 0.10 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.30 0.45 0.16 0.30 0.47 0.61 0.46
N6 0.02 0.02 0.08 0.24 0.01 0.13 0.01 0.30 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.32 0.18 0.07 0.56 0.95 1.15 0.88
N7 0.02 0.01 0.08 0.32 0.01 0.17 0.01 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.25 0.20 0.06 0.59 0.90 1.06 0.84
N9 0.01 0.01 0.03 0.16 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.15 0.12 0.02 0.37 0.50 0.61 0.50
O2' 0.02 0.34 0.01 0.02 0.24 0.21 0.27 0.08 0.31 0.22 0.33 0.30 0.32 0.25 0.15 0.00 0.06 0.15 0.27 0.61 0.62 0.42
O3' 0.25 0.45 0.04 0.01 0.25 0.03 0.15 0.17 0.21 0.20 0.34 0.45 0.18 0.20 0.12 0.06 0.00 0.18 0.24 0.39 0.25 0.21
O4' 0.01 0.16 0.02 0.02 0.09 0.01 0.05 0.02 0.08 0.09 0.13 0.16 0.07 0.06 0.02 0.15 0.18 0.00 0.15 0.27 0.23 0.25
O5' 0.21 0.35 0.39 0.24 0.38 0.02 0.50 0.01 0.50 0.55 0.43 0.30 0.56 0.59 0.37 0.27 0.24 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.35 0.54 0.62 0.44 0.56 0.25 0.76 0.27 0.80 0.75 0.68 0.47 0.95 0.90 0.50 0.61 0.39 0.27 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.73 0.57 0.22 0.72 0.16 0.95 0.29 1.01 0.85 0.90 0.61 1.15 1.06 0.61 0.62 0.25 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.28 0.54 0.48 0.24 0.55 0.07 0.73 0.02 0.77 0.71 0.67 0.46 0.88 0.84 0.50 0.42 0.21 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.13 0.21 0.19 0.28 0.16 0.14 0.20 0.20 0.24 0.16 0.25 0.23 0.16 0.19 0.14 0.14 0.36 0.14 0.39 0.27 0.69 0.33 0.45
C2 0.15 0.13 0.17 0.20 0.13 0.13 0.13 0.14 0.13 0.14 0.14 0.15 0.13 0.14 0.14 0.14 0.25 0.16 0.24 0.13 0.40 0.24 0.25
C2' 0.24 0.37 0.33 0.44 0.34 0.29 0.39 0.37 0.44 0.34 0.43 0.37 0.32 0.39 0.31 0.21 0.49 0.23 0.60 0.47 0.94 0.55 0.69
C3' 0.25 0.44 0.30 0.42 0.39 0.27 0.47 0.35 0.55 0.39 0.54 0.44 0.36 0.47 0.34 0.19 0.49 0.25 0.61 0.61 0.95 0.55 0.71
C4 0.15 0.15 0.20 0.27 0.13 0.17 0.13 0.19 0.15 0.14 0.16 0.18 0.13 0.13 0.14 0.15 0.34 0.16 0.31 0.16 0.52 0.28 0.35
C4' 0.22 0.27 0.19 0.28 0.23 0.22 0.28 0.26 0.34 0.24 0.34 0.28 0.22 0.27 0.22 0.18 0.35 0.27 0.44 0.39 0.77 0.37 0.51
C5 0.19 0.15 0.23 0.30 0.15 0.23 0.15 0.25 0.15 0.17 0.16 0.17 0.14 0.16 0.17 0.20 0.38 0.21 0.30 0.16 0.46 0.29 0.34
C5' 0.35 0.27 0.28 0.34 0.27 0.36 0.29 0.38 0.33 0.30 0.33 0.27 0.26 0.30 0.30 0.33 0.40 0.41 0.46 0.38 0.74 0.40 0.52
C6 0.23 0.15 0.25 0.29 0.18 0.26 0.18 0.27 0.16 0.22 0.15 0.16 0.16 0.20 0.21 0.23 0.35 0.25 0.28 0.17 0.40 0.28 0.31
C8 0.17 0.18 0.22 0.32 0.15 0.22 0.16 0.25 0.19 0.15 0.20 0.20 0.14 0.16 0.15 0.19 0.41 0.18 0.35 0.21 0.57 0.32 0.42
N1 0.22 0.15 0.22 0.24 0.18 0.21 0.18 0.21 0.17 0.21 0.16 0.15 0.16 0.20 0.20 0.18 0.28 0.22 0.24 0.17 0.34 0.24 0.24
N3 0.14 0.14 0.18 0.23 0.12 0.13 0.12 0.15 0.13 0.12 0.14 0.16 0.12 0.12 0.12 0.14 0.29 0.15 0.30 0.14 0.52 0.27 0.32
N6 0.28 0.16 0.29 0.34 0.21 0.34 0.22 0.36 0.20 0.27 0.17 0.16 0.18 0.25 0.26 0.29 0.40 0.31 0.34 0.20 0.45 0.34 0.35
N7 0.20 0.16 0.24 0.33 0.16 0.25 0.16 0.28 0.17 0.18 0.18 0.19 0.15 0.17 0.18 0.22 0.42 0.22 0.33 0.18 0.51 0.32 0.39
N9 0.14 0.18 0.20 0.29 0.14 0.17 0.16 0.21 0.19 0.14 0.20 0.21 0.14 0.15 0.13 0.15 0.37 0.15 0.35 0.21 0.59 0.31 0.41
O2' 0.44 0.48 0.52 0.61 0.49 0.50 0.52 0.59 0.54 0.51 0.52 0.45 0.46 0.53 0.48 0.43 0.63 0.44 0.83 0.56 1.16 0.71 0.92
O3' 0.66 0.86 0.57 0.62 0.82 0.58 0.90 0.66 0.96 0.82 0.95 0.84 0.78 0.90 0.76 0.46 0.59 0.66 0.95 1.01 1.28 0.82 1.05
O4' 0.27 0.24 0.22 0.27 0.24 0.25 0.24 0.27 0.27 0.25 0.27 0.24 0.23 0.25 0.25 0.23 0.33 0.31 0.37 0.29 0.64 0.33 0.42
O5' 0.39 0.30 0.41 0.47 0.30 0.44 0.31 0.44 0.35 0.32 0.35 0.31 0.29 0.31 0.33 0.45 0.58 0.43 0.52 0.40 0.72 0.47 0.56
OP1 0.64 0.61 0.71 0.81 0.60 0.77 0.66 0.79 0.75 0.63 0.73 0.60 0.56 0.67 0.60 0.75 0.94 0.70 0.87 0.85 1.04 0.85 0.91
OP2 0.80 0.53 0.82 0.86 0.61 0.90 0.59 0.89 0.57 0.67 0.54 0.50 0.59 0.62 0.69 0.92 0.95 0.85 0.85 0.59 0.93 0.81 0.87
P 0.59 0.37 0.59 0.64 0.41 0.67 0.40 0.66 0.42 0.45 0.41 0.36 0.40 0.41 0.48 0.69 0.74 0.65 0.65 0.47 0.79 0.60 0.67

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.21 0.03 0.29 0.22 0.14
C2 0.04 0.00 0.14 0.19 0.01 0.09 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.23 0.04 0.48 0.02 0.79 0.47 0.45
C2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.08 0.02 0.07 0.02 0.09 0.08 0.11 0.16 0.14 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.24 0.09 0.32 0.18 0.20
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.12 0.00 0.14 0.03 0.16 0.15 0.18 0.22 0.17 0.15 0.08 0.02 0.01 0.02 0.30 0.17 0.37 0.23 0.27
C4 0.02 0.01 0.08 0.12 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.13 0.02 0.48 0.02 0.70 0.45 0.41
C4' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.10 0.10 0.09 0.10 0.08 0.11 0.05 0.06 0.03 0.01 0.02 0.11 0.18 0.29 0.05
C5 0.02 0.01 0.07 0.14 0.01 0.09 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.16 0.03 0.58 0.02 0.88 0.62 0.53
C5' 0.04 0.17 0.02 0.03 0.15 0.01 0.20 0.00 0.22 0.19 0.20 0.16 0.14 0.22 0.12 0.06 0.04 0.02 0.01 0.24 0.30 0.42 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.16 0.01 0.10 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.09 0.20 0.03 0.61 0.01 0.98 0.68 0.58
C8 0.01 0.02 0.08 0.15 0.01 0.10 0.01 0.19 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.17 0.04 0.55 0.03 0.69 0.54 0.43
N1 0.04 0.01 0.11 0.18 0.01 0.09 0.01 0.20 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.12 0.22 0.03 0.56 0.02 0.92 0.59 0.54
N2 0.06 0.01 0.16 0.22 0.02 0.10 0.02 0.16 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.17 0.27 0.06 0.44 0.03 0.76 0.43 0.43
N3 0.04 0.01 0.14 0.17 0.01 0.08 0.01 0.14 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.13 0.20 0.04 0.42 0.02 0.66 0.38 0.38
N7 0.01 0.01 0.08 0.15 0.01 0.11 0.00 0.22 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.19 0.04 0.62 0.03 0.88 0.70 0.55
N9 0.01 0.02 0.03 0.08 0.01 0.05 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.08 0.02 0.42 0.02 0.56 0.38 0.32
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.07 0.06 0.06 0.06 0.09 0.05 0.12 0.17 0.13 0.05 0.03 0.00 0.05 0.05 0.07 0.09 0.18 0.21 0.08
O3' 0.02 0.23 0.02 0.01 0.13 0.03 0.16 0.04 0.20 0.17 0.22 0.27 0.20 0.19 0.08 0.05 0.00 0.02 0.22 0.22 0.40 0.38 0.25
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.06 0.04 0.04 0.02 0.05 0.02 0.00 0.13 0.04 0.17 0.28 0.13
O5' 0.21 0.48 0.24 0.30 0.48 0.02 0.58 0.01 0.61 0.55 0.56 0.44 0.42 0.62 0.42 0.07 0.22 0.13 0.00 0.66 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.09 0.17 0.02 0.11 0.02 0.24 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.09 0.22 0.04 0.66 0.00 1.08 0.78 0.65
OP1 0.29 0.79 0.32 0.37 0.70 0.18 0.88 0.30 0.98 0.69 0.92 0.76 0.66 0.88 0.56 0.18 0.40 0.17 0.02 1.08 0.00 0.02 0.01
OP2 0.22 0.47 0.18 0.23 0.45 0.29 0.62 0.42 0.68 0.54 0.59 0.43 0.38 0.70 0.38 0.21 0.38 0.28 0.02 0.78 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.45 0.20 0.27 0.41 0.05 0.53 0.02 0.58 0.43 0.54 0.43 0.38 0.55 0.32 0.08 0.25 0.13 0.01 0.65 0.01 0.01 0.00