ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51290

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 3, 14, 9, 13, 8, 2, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.001, 0.010, 0.018, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.010 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.004, 0.014, 0.023, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.007, 0.020, 0.032, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.010, 0.025, 0.041, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.025 std_dev=0.015
N6 A 0, 0.011, 0.031, 0.051, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.031 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.010, 0.031, 0.052, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.031 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.012, 0.040, 0.068, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.040 std_dev=0.028
C2' B 0, 0.200, 0.404, 0.607, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.404 std_dev=0.203
C4 B 0, 0.201, 0.417, 0.632, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.417 std_dev=0.215
O2' B 0, 0.178, 0.400, 0.622, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.400 std_dev=0.222
N3 B 0, 0.170, 0.403, 0.636, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.403 std_dev=0.233
N9 B 0, 0.219, 0.454, 0.689, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.454 std_dev=0.235
C1' B 0, 0.161, 0.397, 0.634, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.397 std_dev=0.236
C5 B 0, 0.270, 0.535, 0.799, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.535 std_dev=0.264
N1 B 0, 0.249, 0.519, 0.790, 1.529 max_d=1.529 avg_d=0.519 std_dev=0.271
C6 B 0, 0.294, 0.567, 0.840, 1.512 max_d=1.512 avg_d=0.567 std_dev=0.273
C2 B 0, 0.208, 0.482, 0.755, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.482 std_dev=0.274
C3' B 0, 0.221, 0.502, 0.783, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.502 std_dev=0.281
O4' A 0, 0.289, 0.594, 0.899, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.594 std_dev=0.305
O3' B 0, 0.223, 0.536, 0.848, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.536 std_dev=0.312
O4' B 0, 0.178, 0.492, 0.805, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.492 std_dev=0.314
C2' A 0, 0.293, 0.609, 0.924, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.609 std_dev=0.315
C8 B 0, 0.309, 0.630, 0.950, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.630 std_dev=0.321
N2 B 0, 0.313, 0.639, 0.966, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.639 std_dev=0.326
O6 B 0, 0.345, 0.681, 1.018, 1.657 max_d=1.657 avg_d=0.681 std_dev=0.336
N7 B 0, 0.337, 0.680, 1.022, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.680 std_dev=0.342
C4' B 0, 0.203, 0.561, 0.919, 1.765 max_d=1.765 avg_d=0.561 std_dev=0.358
O2' A 0, 0.254, 0.684, 1.114, 1.686 max_d=1.686 avg_d=0.684 std_dev=0.430
C4' A 0, 0.483, 0.955, 1.426, 1.890 max_d=1.890 avg_d=0.955 std_dev=0.472
C3' A 0, 0.498, 1.001, 1.505, 1.983 max_d=1.983 avg_d=1.001 std_dev=0.504
C5' B 0, 0.340, 0.848, 1.356, 2.416 max_d=2.416 avg_d=0.848 std_dev=0.508
O5' B 0, 0.464, 1.072, 1.680, 2.318 max_d=2.318 avg_d=1.072 std_dev=0.608
C5' A 0, 0.839, 1.518, 2.197, 2.522 max_d=2.522 avg_d=1.518 std_dev=0.679
O3' A 0, 0.692, 1.425, 2.158, 2.884 max_d=2.884 avg_d=1.425 std_dev=0.733
P B 0, 0.583, 1.453, 2.323, 3.245 max_d=3.245 avg_d=1.453 std_dev=0.870
OP2 B 0, 0.471, 1.379, 2.288, 3.585 max_d=3.585 avg_d=1.379 std_dev=0.908
O5' A 0, 0.688, 1.928, 3.168, 4.388 max_d=4.388 avg_d=1.928 std_dev=1.240
OP1 B 0, 0.509, 1.877, 3.244, 5.646 max_d=5.646 avg_d=1.877 std_dev=1.367
P A 0, 1.176, 3.056, 4.936, 6.197 max_d=6.197 avg_d=3.056 std_dev=1.880
OP1 A 0, 1.867, 3.881, 5.894, 6.617 max_d=6.617 avg_d=3.881 std_dev=2.013
OP2 A 0, 0.990, 3.711, 6.432, 8.614 max_d=8.614 avg_d=3.711 std_dev=2.721

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.17 0.01 0.31 0.40 0.38 0.33
C2 0.03 0.00 0.22 0.18 0.01 0.07 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.27 0.15 0.39 0.68 0.80 0.59
C2' 0.00 0.22 0.00 0.01 0.12 0.02 0.06 0.14 0.11 0.12 0.18 0.22 0.09 0.07 0.02 0.00 0.03 0.02 0.46 0.47 0.58 0.46
C3' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.17 0.01 0.22 0.02 0.23 0.26 0.21 0.16 0.25 0.27 0.15 0.02 0.01 0.02 0.36 0.43 0.55 0.30
C4 0.01 0.01 0.12 0.17 0.00 0.08 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.14 0.15 0.08 0.47 0.67 0.93 0.67
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.11 0.18 0.09 0.06 0.14 0.18 0.09 0.20 0.03 0.00 0.02 0.20 0.19 0.07
C5 0.01 0.01 0.06 0.22 0.00 0.12 0.00 0.35 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.15 0.05 0.62 0.85 1.34 0.93
C5' 0.10 0.26 0.14 0.02 0.27 0.01 0.35 0.00 0.35 0.36 0.31 0.22 0.38 0.39 0.25 0.07 0.16 0.03 0.01 0.24 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.23 0.01 0.11 0.01 0.35 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.17 0.08 0.60 0.89 1.37 0.95
C8 0.01 0.01 0.12 0.26 0.01 0.18 0.00 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.20 0.22 0.08 0.75 0.79 1.39 0.99
N1 0.02 0.00 0.18 0.21 0.01 0.09 0.01 0.31 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.22 0.13 0.49 0.80 1.10 0.78
N3 0.02 0.01 0.22 0.16 0.00 0.06 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.27 0.14 0.35 0.60 0.65 0.50
N6 0.02 0.01 0.09 0.25 0.01 0.14 0.01 0.38 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.18 0.20 0.07 0.68 1.00 1.63 1.11
N7 0.01 0.01 0.07 0.27 0.01 0.18 0.00 0.39 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.20 0.23 0.04 0.78 0.94 1.65 1.13
N9 0.01 0.01 0.02 0.15 0.00 0.09 0.01 0.25 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.11 0.09 0.01 0.51 0.60 0.88 0.65
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.14 0.20 0.16 0.07 0.17 0.20 0.20 0.22 0.18 0.20 0.11 0.00 0.06 0.16 0.25 0.34 0.32 0.27
O3' 0.17 0.27 0.03 0.01 0.15 0.03 0.15 0.16 0.17 0.22 0.22 0.27 0.20 0.23 0.09 0.06 0.00 0.14 0.31 0.61 0.38 0.28
O4' 0.01 0.15 0.02 0.02 0.08 0.00 0.05 0.03 0.08 0.08 0.13 0.14 0.07 0.04 0.01 0.16 0.14 0.00 0.23 0.34 0.16 0.24
O5' 0.31 0.39 0.46 0.36 0.47 0.02 0.62 0.01 0.60 0.75 0.49 0.35 0.68 0.78 0.51 0.25 0.31 0.23 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.40 0.68 0.47 0.43 0.67 0.20 0.85 0.24 0.89 0.79 0.80 0.60 1.00 0.94 0.60 0.34 0.61 0.34 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.38 0.80 0.58 0.55 0.93 0.19 1.34 0.31 1.37 1.39 1.10 0.65 1.63 1.65 0.88 0.32 0.38 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.33 0.59 0.46 0.30 0.67 0.07 0.93 0.02 0.95 0.99 0.78 0.50 1.11 1.13 0.65 0.27 0.28 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.16 0.19 0.16 0.29 0.17 0.15 0.18 0.24 0.20 0.16 0.20 0.22 0.17 0.18 0.16 0.15 0.37 0.16 0.44 0.21 0.92 0.37 0.53
C2 0.15 0.14 0.17 0.23 0.11 0.13 0.12 0.13 0.13 0.12 0.14 0.16 0.12 0.12 0.12 0.11 0.31 0.18 0.25 0.14 0.50 0.25 0.25
C2' 0.30 0.33 0.28 0.39 0.34 0.29 0.37 0.40 0.38 0.36 0.36 0.32 0.31 0.39 0.33 0.26 0.44 0.29 0.64 0.40 1.14 0.62 0.75
C3' 0.32 0.30 0.35 0.49 0.35 0.35 0.41 0.46 0.42 0.41 0.36 0.25 0.29 0.44 0.36 0.29 0.56 0.30 0.67 0.45 1.17 0.73 0.81
C4 0.17 0.14 0.14 0.26 0.14 0.13 0.14 0.17 0.15 0.15 0.15 0.17 0.14 0.15 0.15 0.14 0.35 0.16 0.34 0.16 0.68 0.30 0.40
C4' 0.17 0.17 0.18 0.32 0.17 0.15 0.20 0.26 0.22 0.20 0.20 0.19 0.16 0.22 0.17 0.14 0.41 0.16 0.48 0.26 0.99 0.48 0.59
C5 0.19 0.14 0.14 0.24 0.15 0.13 0.16 0.16 0.15 0.18 0.15 0.17 0.14 0.18 0.17 0.17 0.34 0.17 0.31 0.16 0.56 0.30 0.37
C5' 0.28 0.22 0.31 0.42 0.24 0.29 0.25 0.35 0.25 0.27 0.23 0.23 0.24 0.27 0.26 0.29 0.50 0.28 0.44 0.28 0.90 0.56 0.57
C6 0.19 0.13 0.14 0.20 0.15 0.14 0.16 0.14 0.15 0.19 0.14 0.15 0.14 0.18 0.17 0.17 0.31 0.19 0.24 0.16 0.41 0.27 0.27
C8 0.19 0.18 0.15 0.28 0.17 0.15 0.19 0.22 0.19 0.19 0.19 0.22 0.17 0.20 0.18 0.19 0.38 0.17 0.39 0.21 0.74 0.37 0.49
N1 0.18 0.14 0.14 0.19 0.14 0.13 0.14 0.12 0.14 0.16 0.14 0.15 0.13 0.16 0.15 0.11 0.29 0.19 0.20 0.15 0.36 0.23 0.20
N3 0.16 0.13 0.17 0.26 0.12 0.13 0.12 0.17 0.13 0.13 0.14 0.15 0.12 0.12 0.13 0.12 0.34 0.17 0.33 0.14 0.67 0.28 0.36
N6 0.22 0.14 0.17 0.20 0.18 0.18 0.19 0.18 0.17 0.23 0.15 0.15 0.15 0.22 0.21 0.22 0.29 0.22 0.24 0.18 0.35 0.29 0.26
N7 0.20 0.16 0.15 0.26 0.17 0.15 0.18 0.20 0.18 0.20 0.17 0.19 0.16 0.20 0.18 0.20 0.36 0.18 0.35 0.19 0.62 0.35 0.43
N9 0.17 0.18 0.15 0.28 0.16 0.14 0.17 0.21 0.18 0.17 0.18 0.21 0.16 0.17 0.16 0.16 0.37 0.16 0.40 0.19 0.79 0.35 0.48
O2' 0.29 0.29 0.21 0.27 0.29 0.22 0.30 0.29 0.31 0.30 0.31 0.31 0.27 0.31 0.28 0.29 0.32 0.27 0.65 0.32 1.21 0.54 0.73
O3' 0.43 0.48 0.38 0.49 0.50 0.40 0.58 0.51 0.61 0.57 0.55 0.44 0.44 0.61 0.50 0.33 0.55 0.42 0.80 0.66 1.32 0.88 0.94
O4' 0.22 0.23 0.18 0.28 0.20 0.19 0.20 0.23 0.22 0.19 0.23 0.26 0.22 0.20 0.20 0.19 0.36 0.24 0.40 0.23 0.86 0.34 0.48
O5' 0.44 0.29 0.57 0.70 0.38 0.51 0.40 0.57 0.37 0.46 0.31 0.25 0.33 0.45 0.43 0.53 0.85 0.43 0.73 0.39 1.11 0.77 0.82
OP1 0.78 0.51 0.88 0.99 0.67 0.87 0.70 0.90 0.65 0.79 0.55 0.42 0.59 0.77 0.74 0.88 1.12 0.79 0.98 0.68 1.28 1.15 1.06
OP2 0.84 0.40 1.21 1.45 0.62 1.17 0.58 1.26 0.46 0.76 0.37 0.32 0.55 0.68 0.75 1.16 1.75 0.88 1.23 0.45 1.54 1.30 1.31
P 0.61 0.30 0.84 0.99 0.46 0.80 0.44 0.85 0.37 0.57 0.29 0.26 0.41 0.52 0.55 0.81 1.20 0.63 0.90 0.38 1.24 0.97 0.98

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.17 0.02 0.28 0.27 0.11
C2 0.03 0.00 0.14 0.22 0.01 0.11 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.25 0.03 0.47 0.01 0.97 0.36 0.48
C2' 0.00 0.14 0.00 0.01 0.06 0.02 0.04 0.02 0.05 0.10 0.10 0.18 0.15 0.08 0.03 0.01 0.02 0.01 0.25 0.05 0.35 0.22 0.20
C3' 0.01 0.22 0.01 0.00 0.11 0.01 0.08 0.02 0.11 0.16 0.17 0.28 0.21 0.13 0.05 0.02 0.01 0.02 0.34 0.10 0.41 0.20 0.29
C4 0.02 0.01 0.06 0.11 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.11 0.02 0.44 0.01 0.80 0.35 0.38
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.08 0.00 0.08 0.01 0.10 0.09 0.11 0.13 0.10 0.09 0.05 0.06 0.02 0.00 0.02 0.11 0.20 0.27 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.08 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.09 0.03 0.50 0.01 0.95 0.42 0.45
C5' 0.04 0.22 0.02 0.02 0.18 0.01 0.21 0.00 0.24 0.17 0.24 0.23 0.19 0.20 0.13 0.07 0.04 0.01 0.01 0.26 0.30 0.38 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.11 0.01 0.10 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.11 0.03 0.54 0.01 1.10 0.44 0.52
C8 0.01 0.01 0.10 0.16 0.01 0.09 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.18 0.04 0.44 0.02 0.62 0.40 0.32
N1 0.03 0.01 0.10 0.17 0.01 0.11 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.19 0.03 0.52 0.01 1.10 0.41 0.53
N2 0.04 0.01 0.18 0.28 0.02 0.13 0.02 0.23 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.14 0.33 0.05 0.46 0.02 0.98 0.35 0.49
N3 0.03 0.01 0.15 0.21 0.01 0.10 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.23 0.03 0.42 0.01 0.81 0.33 0.40
N7 0.01 0.02 0.08 0.13 0.01 0.09 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.16 0.04 0.51 0.03 0.86 0.46 0.43
N9 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.02 0.36 0.02 0.57 0.32 0.27
O2' 0.02 0.11 0.01 0.02 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.05 0.09 0.14 0.10 0.05 0.03 0.00 0.04 0.05 0.08 0.07 0.21 0.20 0.07
O3' 0.02 0.25 0.02 0.01 0.11 0.02 0.09 0.04 0.11 0.18 0.19 0.33 0.23 0.16 0.05 0.04 0.00 0.02 0.28 0.12 0.48 0.22 0.31
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.02 0.05 0.02 0.00 0.10 0.04 0.13 0.33 0.14
O5' 0.17 0.47 0.25 0.34 0.44 0.02 0.50 0.01 0.54 0.44 0.52 0.46 0.42 0.51 0.36 0.08 0.28 0.10 0.00 0.57 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01 0.11 0.01 0.26 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.07 0.12 0.04 0.57 0.00 1.19 0.48 0.56
OP1 0.28 0.97 0.35 0.41 0.80 0.20 0.95 0.30 1.10 0.62 1.10 0.98 0.81 0.86 0.57 0.21 0.48 0.13 0.02 1.19 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.36 0.22 0.20 0.35 0.27 0.42 0.38 0.44 0.40 0.41 0.35 0.33 0.46 0.32 0.20 0.22 0.33 0.02 0.48 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.48 0.20 0.29 0.38 0.03 0.45 0.01 0.52 0.32 0.53 0.49 0.40 0.43 0.27 0.07 0.31 0.14 0.01 0.56 0.01 0.01 0.00