ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51291

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 2, 12, 13, 8, 5, 3, 2, 1, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.013, 0.023, 0.032, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.001, 0.015, 0.029, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.015 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.019, 0.034, 0.049, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.034 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.012, 0.030, 0.047, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.030 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.017, 0.035, 0.052, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.035 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.018, 0.036, 0.053, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.036 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.028, 0.050, 0.072, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.050 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.032, 0.057, 0.082, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.057 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.045, 0.075, 0.105, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.075 std_dev=0.030
N7 A 0, 0.038, 0.071, 0.104, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.071 std_dev=0.033
C8 A 0, 0.053, 0.096, 0.139, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.096 std_dev=0.043
N3 B 0, 0.168, 0.359, 0.551, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.359 std_dev=0.191
O2' B 0, 0.345, 0.547, 0.750, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.547 std_dev=0.202
C2' B 0, 0.282, 0.516, 0.751, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.516 std_dev=0.235
C2 B 0, 0.187, 0.431, 0.674, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.431 std_dev=0.244
C4 B 0, 0.167, 0.414, 0.661, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.414 std_dev=0.247
C1' B 0, 0.236, 0.486, 0.737, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.486 std_dev=0.250
C2' A 0, 0.112, 0.362, 0.613, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.362 std_dev=0.250
N2 B 0, 0.195, 0.447, 0.699, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.447 std_dev=0.252
N9 B 0, 0.181, 0.457, 0.732, 1.471 max_d=1.471 avg_d=0.457 std_dev=0.276
O4' A 0, 0.047, 0.353, 0.658, 1.499 max_d=1.499 avg_d=0.353 std_dev=0.305
C3' B 0, 0.411, 0.733, 1.054, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.733 std_dev=0.321
N1 B 0, 0.245, 0.567, 0.888, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.567 std_dev=0.322
O4' B 0, 0.335, 0.669, 1.004, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.669 std_dev=0.334
C5 B 0, 0.182, 0.519, 0.855, 1.523 max_d=1.523 avg_d=0.519 std_dev=0.337
O3' B 0, 0.553, 0.905, 1.256, 1.735 max_d=1.735 avg_d=0.905 std_dev=0.351
C8 B 0, 0.183, 0.541, 0.900, 1.980 max_d=1.980 avg_d=0.541 std_dev=0.359
C6 B 0, 0.244, 0.615, 0.986, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.615 std_dev=0.371
N7 B 0, 0.186, 0.582, 0.979, 2.035 max_d=2.035 avg_d=0.582 std_dev=0.396
C4' B 0, 0.383, 0.786, 1.188, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.786 std_dev=0.402
C4' A 0, 0.149, 0.585, 1.021, 2.035 max_d=2.035 avg_d=0.585 std_dev=0.436
O6 B 0, 0.312, 0.770, 1.228, 1.903 max_d=1.903 avg_d=0.770 std_dev=0.458
C3' A 0, 0.405, 0.870, 1.334, 2.009 max_d=2.009 avg_d=0.870 std_dev=0.465
C5' B 0, 0.531, 1.066, 1.601, 2.027 max_d=2.027 avg_d=1.066 std_dev=0.535
O2' A 0, 0.196, 0.758, 1.320, 1.997 max_d=1.997 avg_d=0.758 std_dev=0.562
C5' A 0, 0.388, 1.221, 2.055, 4.204 max_d=4.204 avg_d=1.221 std_dev=0.834
O3' A 0, 0.660, 1.521, 2.382, 2.689 max_d=2.689 avg_d=1.521 std_dev=0.861
OP2 B 0, 1.074, 1.995, 2.915, 4.419 max_d=4.419 avg_d=1.995 std_dev=0.921
O5' A 0, 0.733, 1.730, 2.727, 4.923 max_d=4.923 avg_d=1.730 std_dev=0.997
O5' B 0, 0.969, 2.024, 3.079, 4.485 max_d=4.485 avg_d=2.024 std_dev=1.055
P B 0, 0.852, 2.258, 3.665, 5.676 max_d=5.676 avg_d=2.258 std_dev=1.406
P A 0, 0.841, 2.389, 3.938, 7.566 max_d=7.566 avg_d=2.389 std_dev=1.548
OP1 A 0, 1.311, 3.083, 4.854, 8.301 max_d=8.301 avg_d=3.083 std_dev=1.772
OP2 A 0, 2.138, 4.126, 6.114, 8.795 max_d=8.795 avg_d=4.126 std_dev=1.988
OP1 B 0, 0.635, 2.680, 4.726, 7.683 max_d=7.683 avg_d=2.680 std_dev=2.046

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.34 0.00 0.27 0.39 0.50 0.31
C2 0.04 0.00 0.20 0.13 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.35 0.59 0.16 0.23 0.72 0.72 0.42
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.10 0.02 0.06 0.22 0.10 0.11 0.16 0.19 0.09 0.07 0.02 0.00 0.06 0.02 0.57 0.63 0.72 0.59
C3' 0.02 0.13 0.00 0.00 0.13 0.01 0.23 0.02 0.20 0.36 0.14 0.13 0.25 0.35 0.18 0.02 0.01 0.03 0.32 0.36 0.32 0.25
C4 0.02 0.01 0.10 0.13 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.27 0.36 0.09 0.31 0.72 0.76 0.50
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.07 0.16 0.07 0.09 0.09 0.14 0.07 0.29 0.03 0.01 0.02 0.24 0.30 0.10
C5 0.02 0.01 0.06 0.23 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.33 0.22 0.05 0.43 0.96 0.95 0.69
C5' 0.09 0.13 0.22 0.02 0.12 0.01 0.17 0.00 0.17 0.24 0.14 0.12 0.20 0.24 0.13 0.09 0.24 0.02 0.01 0.32 0.38 0.02
C6 0.03 0.01 0.10 0.20 0.01 0.07 0.01 0.17 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.36 0.30 0.08 0.39 1.00 0.96 0.67
C8 0.01 0.01 0.11 0.36 0.01 0.16 0.01 0.24 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.30 0.21 0.10 0.59 0.98 1.00 0.82
N1 0.04 0.00 0.16 0.14 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.36 0.46 0.13 0.29 0.87 0.84 0.54
N3 0.04 0.00 0.19 0.13 0.00 0.09 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 0.60 0.16 0.21 0.62 0.64 0.37
N6 0.03 0.01 0.09 0.25 0.02 0.09 0.02 0.20 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.39 0.23 0.07 0.46 1.15 1.07 0.79
N7 0.01 0.01 0.07 0.35 0.01 0.14 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.34 0.19 0.05 0.58 1.13 1.12 0.88
N9 0.00 0.02 0.02 0.18 0.01 0.07 0.01 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.20 0.20 0.01 0.38 0.66 0.73 0.53
O2' 0.02 0.35 0.00 0.02 0.27 0.29 0.33 0.09 0.36 0.30 0.36 0.31 0.39 0.34 0.20 0.00 0.08 0.18 0.43 0.60 0.76 0.49
O3' 0.34 0.59 0.06 0.01 0.36 0.03 0.22 0.24 0.30 0.21 0.46 0.60 0.23 0.19 0.20 0.08 0.00 0.23 0.33 0.54 0.41 0.33
O4' 0.00 0.16 0.02 0.03 0.09 0.01 0.05 0.02 0.08 0.10 0.13 0.16 0.07 0.05 0.01 0.18 0.23 0.00 0.11 0.22 0.41 0.19
O5' 0.27 0.23 0.57 0.32 0.31 0.02 0.43 0.01 0.39 0.59 0.29 0.21 0.46 0.58 0.38 0.43 0.33 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.39 0.72 0.63 0.36 0.72 0.24 0.96 0.32 1.00 0.98 0.87 0.62 1.15 1.13 0.66 0.60 0.54 0.22 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.50 0.72 0.72 0.32 0.76 0.30 0.95 0.38 0.96 1.00 0.84 0.64 1.07 1.12 0.73 0.76 0.41 0.41 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.31 0.42 0.59 0.25 0.50 0.10 0.69 0.02 0.67 0.82 0.54 0.37 0.79 0.88 0.53 0.49 0.33 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.16 0.14 0.21 0.30 0.14 0.15 0.14 0.18 0.15 0.15 0.15 0.15 0.15 0.14 0.15 0.15 0.42 0.19 0.37 0.15 0.75 0.30 0.46
C2 0.16 0.11 0.14 0.16 0.12 0.11 0.12 0.12 0.11 0.14 0.12 0.13 0.11 0.13 0.14 0.11 0.24 0.19 0.24 0.11 0.43 0.21 0.25
C2' 0.33 0.37 0.38 0.49 0.37 0.35 0.38 0.41 0.38 0.38 0.37 0.36 0.36 0.39 0.37 0.29 0.58 0.33 0.60 0.38 1.04 0.52 0.72
C3' 0.30 0.40 0.35 0.47 0.37 0.30 0.41 0.37 0.44 0.38 0.44 0.40 0.36 0.41 0.35 0.27 0.63 0.31 0.57 0.46 1.00 0.54 0.69
C4 0.15 0.10 0.18 0.25 0.11 0.13 0.11 0.15 0.11 0.13 0.11 0.13 0.11 0.12 0.13 0.13 0.37 0.16 0.29 0.11 0.55 0.22 0.37
C4' 0.18 0.19 0.20 0.29 0.18 0.13 0.19 0.16 0.21 0.18 0.21 0.21 0.18 0.19 0.18 0.15 0.45 0.22 0.36 0.23 0.76 0.35 0.46
C5 0.16 0.14 0.19 0.27 0.14 0.16 0.14 0.18 0.15 0.16 0.15 0.17 0.13 0.15 0.15 0.15 0.39 0.17 0.28 0.16 0.45 0.22 0.37
C5' 0.17 0.21 0.20 0.30 0.19 0.13 0.21 0.15 0.25 0.19 0.24 0.22 0.18 0.21 0.18 0.16 0.46 0.20 0.32 0.27 0.68 0.35 0.42
C6 0.18 0.16 0.18 0.24 0.16 0.16 0.17 0.17 0.17 0.18 0.17 0.18 0.15 0.18 0.18 0.16 0.34 0.18 0.24 0.18 0.33 0.22 0.30
C8 0.15 0.13 0.20 0.32 0.13 0.17 0.13 0.21 0.14 0.15 0.15 0.17 0.12 0.14 0.14 0.15 0.46 0.16 0.34 0.16 0.59 0.26 0.45
N1 0.18 0.14 0.15 0.17 0.16 0.13 0.16 0.13 0.15 0.17 0.15 0.16 0.14 0.17 0.17 0.12 0.24 0.18 0.20 0.16 0.31 0.17 0.23
N3 0.15 0.09 0.16 0.21 0.11 0.11 0.10 0.12 0.10 0.12 0.10 0.12 0.10 0.11 0.13 0.12 0.31 0.18 0.28 0.10 0.56 0.24 0.32
N6 0.21 0.18 0.22 0.27 0.19 0.22 0.21 0.23 0.22 0.23 0.20 0.20 0.17 0.23 0.21 0.20 0.35 0.21 0.26 0.23 0.25 0.30 0.32
N7 0.16 0.15 0.20 0.31 0.14 0.19 0.16 0.23 0.17 0.17 0.17 0.19 0.13 0.17 0.16 0.17 0.45 0.17 0.32 0.19 0.49 0.27 0.43
N9 0.15 0.11 0.19 0.29 0.12 0.14 0.11 0.17 0.11 0.13 0.12 0.14 0.11 0.12 0.13 0.14 0.42 0.16 0.33 0.12 0.64 0.25 0.43
O2' 0.48 0.47 0.39 0.40 0.48 0.41 0.47 0.44 0.44 0.48 0.44 0.47 0.48 0.47 0.49 0.38 0.40 0.49 0.61 0.41 1.05 0.59 0.70
O3' 0.77 0.85 0.49 0.47 0.82 0.59 0.85 0.61 0.86 0.83 0.86 0.85 0.81 0.85 0.81 0.47 0.46 0.80 0.81 0.87 1.13 0.85 0.89
O4' 0.21 0.17 0.19 0.24 0.17 0.17 0.17 0.16 0.18 0.18 0.18 0.18 0.18 0.17 0.18 0.17 0.37 0.25 0.29 0.19 0.62 0.27 0.36
O5' 0.32 0.42 0.38 0.48 0.39 0.33 0.44 0.36 0.48 0.39 0.47 0.42 0.37 0.44 0.36 0.35 0.63 0.31 0.45 0.52 0.73 0.50 0.53
OP1 0.84 0.81 1.00 1.11 0.85 0.96 0.91 1.00 0.94 0.91 0.89 0.74 0.79 0.94 0.86 0.96 1.28 0.84 1.05 1.00 1.20 1.13 1.08
OP2 0.70 0.64 0.80 0.88 0.64 0.82 0.67 0.82 0.70 0.67 0.69 0.62 0.63 0.67 0.66 0.88 1.06 0.72 0.86 0.75 1.01 0.87 0.89
P 0.46 0.49 0.61 0.71 0.49 0.57 0.54 0.60 0.59 0.51 0.57 0.47 0.45 0.55 0.48 0.60 0.89 0.47 0.67 0.65 0.87 0.70 0.72

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.23 0.02 0.34 0.20 0.16
C2 0.05 0.00 0.14 0.19 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.24 0.04 0.51 0.02 0.98 0.55 0.54
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.01 0.06 0.02 0.08 0.08 0.11 0.18 0.14 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.24 0.08 0.32 0.19 0.23
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.11 0.00 0.09 0.02 0.12 0.13 0.16 0.23 0.18 0.11 0.05 0.02 0.01 0.01 0.32 0.12 0.37 0.21 0.30
C4 0.02 0.01 0.07 0.11 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.12 0.02 0.50 0.01 0.86 0.55 0.48
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.08 0.07 0.08 0.10 0.07 0.08 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.09 0.22 0.23 0.04
C5 0.02 0.01 0.06 0.09 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.12 0.03 0.61 0.01 1.06 0.74 0.61
C5' 0.03 0.15 0.02 0.02 0.13 0.01 0.16 0.00 0.18 0.14 0.17 0.15 0.12 0.17 0.10 0.04 0.03 0.02 0.01 0.20 0.32 0.40 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.12 0.01 0.08 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.16 0.03 0.64 0.00 1.20 0.81 0.67
C8 0.02 0.01 0.08 0.13 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.15 0.05 0.57 0.02 0.78 0.67 0.50
N1 0.04 0.01 0.11 0.16 0.01 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.11 0.20 0.03 0.59 0.01 1.14 0.70 0.63
N2 0.06 0.01 0.18 0.23 0.02 0.10 0.02 0.15 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.16 0.31 0.06 0.48 0.03 0.96 0.49 0.53
N3 0.05 0.01 0.14 0.18 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.11 0.22 0.05 0.45 0.01 0.82 0.45 0.45
N7 0.01 0.01 0.08 0.11 0.01 0.08 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.15 0.04 0.64 0.02 1.04 0.84 0.63
N9 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.44 0.02 0.65 0.46 0.38
O2' 0.01 0.12 0.00 0.02 0.06 0.04 0.06 0.04 0.08 0.05 0.11 0.16 0.11 0.05 0.02 0.00 0.05 0.04 0.05 0.08 0.19 0.13 0.09
O3' 0.02 0.24 0.02 0.01 0.12 0.02 0.12 0.03 0.16 0.15 0.20 0.31 0.22 0.15 0.06 0.05 0.00 0.02 0.25 0.17 0.43 0.20 0.28
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.06 0.05 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.14 0.04 0.24 0.21 0.09
O5' 0.23 0.51 0.24 0.32 0.50 0.02 0.61 0.01 0.64 0.57 0.59 0.48 0.45 0.64 0.44 0.05 0.25 0.14 0.00 0.68 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.08 0.12 0.01 0.09 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.08 0.17 0.04 0.68 0.00 1.32 0.92 0.74
OP1 0.34 0.98 0.32 0.37 0.86 0.22 1.06 0.32 1.20 0.78 1.14 0.96 0.82 1.04 0.65 0.19 0.43 0.24 0.02 1.32 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.55 0.19 0.21 0.55 0.23 0.74 0.40 0.81 0.67 0.70 0.49 0.45 0.84 0.46 0.13 0.20 0.21 0.02 0.92 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.54 0.23 0.30 0.48 0.04 0.61 0.01 0.67 0.50 0.63 0.53 0.45 0.63 0.38 0.09 0.28 0.09 0.01 0.74 0.01 0.01 0.00