ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51293

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 4, 8, 3, 3, 3, 2, 5, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.011, 0.020, 0.030, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.020 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.016, 0.027, 0.038, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.027 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.017, 0.029, 0.041, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.029 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.019, 0.032, 0.044, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.032 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.023 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.013, 0.027, 0.041, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.027 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.027, 0.049, 0.072, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.049 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.018, 0.043, 0.069, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.043 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.010, 0.036, 0.062, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.036 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.032, 0.126, 0.220, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.126 std_dev=0.094
C2' A 0, 0.032, 0.156, 0.280, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.156 std_dev=0.124
C4' A 0, 0.092, 0.255, 0.419, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.255 std_dev=0.164
C3' A 0, 0.080, 0.267, 0.454, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.267 std_dev=0.187
N1 B 0, 0.137, 0.329, 0.522, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.329 std_dev=0.193
C6 B 0, 0.195, 0.391, 0.587, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.391 std_dev=0.196
N2 B 0, 0.197, 0.398, 0.600, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.398 std_dev=0.201
O2' A 0, 0.059, 0.264, 0.469, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.264 std_dev=0.205
C2 B 0, 0.117, 0.325, 0.532, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.325 std_dev=0.208
C5 B 0, 0.177, 0.386, 0.595, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.386 std_dev=0.209
C4 B 0, 0.143, 0.375, 0.607, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.375 std_dev=0.232
N3 B 0, 0.126, 0.365, 0.604, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.365 std_dev=0.239
O6 B 0, 0.246, 0.492, 0.739, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.492 std_dev=0.247
N7 B 0, 0.208, 0.464, 0.719, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.464 std_dev=0.256
C5' A 0, 0.122, 0.405, 0.687, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.405 std_dev=0.282
C8 B 0, 0.201, 0.486, 0.771, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.486 std_dev=0.285
N9 B 0, 0.173, 0.460, 0.748, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.460 std_dev=0.288
O3' A 0, 0.133, 0.433, 0.734, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.433 std_dev=0.300
O5' A 0, 0.107, 0.438, 0.769, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.438 std_dev=0.331
C1' B 0, 0.163, 0.544, 0.926, 1.484 max_d=1.484 avg_d=0.544 std_dev=0.381
C2' B 0, 0.240, 0.653, 1.067, 1.657 max_d=1.657 avg_d=0.653 std_dev=0.414
O4' B 0, 0.177, 0.606, 1.035, 1.566 max_d=1.566 avg_d=0.606 std_dev=0.429
C3' B 0, 0.275, 0.718, 1.162, 1.774 max_d=1.774 avg_d=0.718 std_dev=0.443
O2' B 0, 0.303, 0.790, 1.277, 1.840 max_d=1.840 avg_d=0.790 std_dev=0.487
C4' B 0, 0.180, 0.678, 1.175, 1.809 max_d=1.809 avg_d=0.678 std_dev=0.497
P A 0, 0.064, 0.565, 1.066, 2.024 max_d=2.024 avg_d=0.565 std_dev=0.501
O3' B 0, 0.411, 0.921, 1.431, 1.996 max_d=1.996 avg_d=0.921 std_dev=0.510
C5' B 0, 0.356, 0.875, 1.393, 2.121 max_d=2.121 avg_d=0.875 std_dev=0.518
O5' B 0, 0.323, 0.856, 1.389, 2.317 max_d=2.317 avg_d=0.856 std_dev=0.533
OP2 A 0, 0.059, 0.604, 1.150, 2.305 max_d=2.305 avg_d=0.604 std_dev=0.546
OP2 B 0, 0.536, 1.123, 1.711, 2.782 max_d=2.782 avg_d=1.123 std_dev=0.588
OP1 A 0, 0.084, 0.694, 1.304, 2.424 max_d=2.424 avg_d=0.694 std_dev=0.610
P B 0, 0.344, 1.047, 1.749, 3.252 max_d=3.252 avg_d=1.047 std_dev=0.703
OP1 B 0, 0.296, 1.242, 2.188, 4.224 max_d=4.224 avg_d=1.242 std_dev=0.946

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.08 0.11 0.09
C2 0.03 0.00 0.10 0.09 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.12 0.04 0.15 0.17 0.28 0.21
C2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.06 0.05 0.08 0.10 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.09 0.05
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.06 0.00 0.09 0.02 0.09 0.12 0.09 0.08 0.10 0.11 0.06 0.02 0.01 0.01 0.05 0.08 0.08 0.05
C4 0.02 0.01 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.07 0.02 0.16 0.17 0.25 0.20
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.06 0.10 0.03 0.03 0.08 0.10 0.04 0.05 0.01 0.00 0.02 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.09 0.02 0.22 0.26 0.33 0.27
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.08 0.01 0.13 0.00 0.14 0.16 0.10 0.04 0.17 0.18 0.08 0.05 0.02 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.09 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.10 0.02 0.23 0.28 0.37 0.30
C8 0.01 0.01 0.05 0.12 0.01 0.10 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.04 0.13 0.03 0.22 0.24 0.26 0.24
N1 0.02 0.00 0.08 0.09 0.01 0.03 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.15 0.11 0.03 0.20 0.24 0.34 0.27
N3 0.03 0.01 0.10 0.08 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.11 0.04 0.12 0.13 0.23 0.17
N6 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01 0.08 0.02 0.17 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.10 0.12 0.03 0.27 0.34 0.43 0.35
N7 0.01 0.01 0.03 0.11 0.01 0.10 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.13 0.03 0.25 0.30 0.35 0.31
N9 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.15 0.15 0.19 0.17
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.09 0.05 0.07 0.05 0.11 0.04 0.15 0.16 0.10 0.03 0.03 0.00 0.03 0.06 0.05 0.06 0.08 0.06
O3' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.07 0.01 0.09 0.02 0.10 0.13 0.11 0.11 0.12 0.13 0.05 0.03 0.00 0.01 0.07 0.11 0.10 0.07
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.06 0.08 0.08 0.07
O5' 0.07 0.15 0.05 0.05 0.16 0.02 0.22 0.01 0.23 0.22 0.20 0.12 0.27 0.25 0.15 0.05 0.07 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.08 0.17 0.06 0.08 0.17 0.06 0.26 0.06 0.28 0.24 0.24 0.13 0.34 0.30 0.15 0.06 0.11 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.11 0.28 0.09 0.08 0.25 0.03 0.33 0.03 0.37 0.26 0.34 0.23 0.43 0.35 0.19 0.08 0.10 0.08 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.21 0.05 0.05 0.20 0.02 0.27 0.02 0.30 0.24 0.27 0.17 0.35 0.31 0.17 0.06 0.07 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.14 0.13 0.19 0.20 0.13 0.13 0.13 0.13 0.14 0.13 0.14 0.14 0.12 0.13 0.13 0.20 0.27 0.16 0.19 0.15 0.20 0.25 0.19
C2 0.31 0.13 0.30 0.31 0.21 0.30 0.18 0.30 0.14 0.23 0.13 0.12 0.19 0.20 0.25 0.32 0.34 0.32 0.31 0.14 0.33 0.34 0.30
C2' 0.15 0.15 0.16 0.19 0.14 0.13 0.15 0.15 0.16 0.14 0.16 0.15 0.14 0.14 0.14 0.19 0.27 0.16 0.19 0.17 0.20 0.27 0.21
C3' 0.14 0.15 0.17 0.20 0.14 0.13 0.15 0.14 0.17 0.13 0.17 0.16 0.13 0.14 0.13 0.20 0.27 0.16 0.19 0.19 0.20 0.26 0.20
C4 0.21 0.12 0.24 0.26 0.16 0.21 0.14 0.21 0.12 0.17 0.11 0.12 0.15 0.15 0.18 0.26 0.32 0.23 0.24 0.11 0.26 0.28 0.23
C4' 0.15 0.16 0.19 0.20 0.15 0.14 0.16 0.14 0.19 0.15 0.19 0.18 0.14 0.16 0.15 0.21 0.26 0.17 0.20 0.20 0.20 0.26 0.20
C5 0.24 0.12 0.27 0.30 0.17 0.26 0.15 0.25 0.12 0.19 0.11 0.11 0.16 0.17 0.20 0.29 0.36 0.27 0.26 0.11 0.29 0.29 0.25
C5' 0.18 0.16 0.22 0.23 0.15 0.17 0.17 0.17 0.19 0.17 0.20 0.18 0.14 0.18 0.16 0.25 0.30 0.20 0.21 0.22 0.21 0.26 0.21
C6 0.29 0.12 0.31 0.34 0.19 0.32 0.17 0.32 0.14 0.23 0.12 0.11 0.17 0.20 0.24 0.34 0.40 0.33 0.31 0.13 0.35 0.34 0.30
C8 0.18 0.12 0.24 0.26 0.14 0.19 0.13 0.19 0.12 0.16 0.12 0.13 0.14 0.14 0.16 0.26 0.33 0.21 0.21 0.12 0.23 0.25 0.20
N1 0.33 0.13 0.34 0.36 0.21 0.36 0.19 0.35 0.15 0.26 0.13 0.11 0.18 0.22 0.27 0.38 0.40 0.36 0.34 0.15 0.38 0.36 0.33
N3 0.23 0.13 0.24 0.26 0.18 0.22 0.15 0.23 0.12 0.19 0.11 0.11 0.17 0.16 0.20 0.25 0.30 0.24 0.26 0.11 0.28 0.30 0.25
N6 0.30 0.13 0.33 0.37 0.20 0.37 0.18 0.37 0.15 0.25 0.12 0.11 0.17 0.21 0.25 0.35 0.44 0.36 0.35 0.14 0.40 0.37 0.35
N7 0.22 0.12 0.26 0.29 0.15 0.24 0.14 0.23 0.12 0.18 0.11 0.12 0.14 0.15 0.18 0.28 0.36 0.24 0.24 0.11 0.27 0.27 0.22
N9 0.17 0.13 0.22 0.24 0.14 0.17 0.13 0.17 0.13 0.15 0.13 0.13 0.14 0.14 0.15 0.23 0.30 0.19 0.21 0.13 0.22 0.26 0.20
O2' 0.21 0.21 0.21 0.24 0.21 0.20 0.22 0.21 0.22 0.21 0.22 0.21 0.21 0.22 0.21 0.23 0.30 0.22 0.23 0.22 0.23 0.31 0.26
O3' 0.17 0.20 0.17 0.20 0.19 0.15 0.21 0.17 0.24 0.19 0.24 0.20 0.18 0.21 0.17 0.20 0.27 0.18 0.20 0.27 0.20 0.29 0.23
O4' 0.17 0.16 0.22 0.22 0.15 0.16 0.17 0.15 0.18 0.17 0.18 0.17 0.15 0.17 0.16 0.23 0.28 0.18 0.21 0.19 0.21 0.26 0.20
O5' 0.24 0.15 0.30 0.31 0.18 0.26 0.17 0.25 0.17 0.20 0.17 0.15 0.17 0.19 0.21 0.33 0.38 0.26 0.27 0.19 0.28 0.28 0.24
OP1 0.27 0.18 0.32 0.33 0.19 0.30 0.20 0.28 0.22 0.22 0.21 0.18 0.18 0.21 0.22 0.37 0.41 0.29 0.29 0.25 0.30 0.27 0.25
OP2 0.38 0.20 0.44 0.46 0.27 0.44 0.24 0.43 0.20 0.31 0.19 0.18 0.25 0.27 0.32 0.49 0.55 0.41 0.42 0.20 0.45 0.37 0.38
P 0.31 0.18 0.37 0.38 0.22 0.35 0.20 0.33 0.19 0.25 0.19 0.18 0.20 0.23 0.26 0.42 0.46 0.33 0.33 0.21 0.35 0.29 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.02 0.08 0.15 0.07
C2 0.04 0.00 0.10 0.14 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.18 0.04 0.15 0.01 0.17 0.22 0.14
C2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.07 0.04 0.09 0.11 0.09 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.11 0.07 0.15 0.10 0.09
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.10 0.00 0.10 0.03 0.13 0.07 0.14 0.15 0.12 0.09 0.05 0.02 0.00 0.01 0.16 0.13 0.19 0.09 0.12
C4 0.02 0.01 0.06 0.10 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.12 0.02 0.14 0.01 0.15 0.20 0.13
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.07 0.06 0.06 0.04 0.07 0.04 0.05 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.11 0.02
C5 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.13 0.02 0.17 0.01 0.18 0.23 0.17
C5' 0.03 0.08 0.02 0.03 0.09 0.01 0.12 0.00 0.13 0.12 0.11 0.07 0.07 0.14 0.07 0.05 0.04 0.02 0.01 0.14 0.06 0.12 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.13 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.17 0.02 0.18 0.01 0.20 0.25 0.19
C8 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.04 0.17 0.02 0.15 0.19 0.15
N1 0.04 0.01 0.09 0.14 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.10 0.19 0.03 0.17 0.01 0.19 0.24 0.17
N2 0.05 0.01 0.11 0.15 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.13 0.20 0.06 0.14 0.02 0.17 0.21 0.13
N3 0.04 0.01 0.09 0.12 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.15 0.04 0.13 0.01 0.15 0.19 0.12
N7 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.07 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.11 0.04 0.19 0.02 0.18 0.23 0.19
N9 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.06 0.01 0.12 0.01 0.12 0.17 0.11
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.06 0.05 0.05 0.05 0.08 0.03 0.10 0.13 0.10 0.04 0.02 0.00 0.06 0.04 0.04 0.08 0.12 0.10 0.04
O3' 0.01 0.18 0.02 0.00 0.12 0.01 0.13 0.04 0.17 0.08 0.19 0.20 0.15 0.11 0.06 0.06 0.00 0.01 0.18 0.18 0.26 0.13 0.17
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.06 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.09 0.03 0.08 0.19 0.11
O5' 0.07 0.15 0.11 0.16 0.14 0.01 0.17 0.01 0.18 0.17 0.17 0.14 0.13 0.19 0.12 0.04 0.18 0.09 0.00 0.19 0.02 0.03 0.01
O6 0.02 0.01 0.07 0.13 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.08 0.18 0.03 0.19 0.00 0.22 0.27 0.21
OP1 0.08 0.17 0.15 0.19 0.15 0.07 0.18 0.06 0.20 0.15 0.19 0.17 0.15 0.18 0.12 0.12 0.26 0.08 0.02 0.22 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.22 0.10 0.09 0.20 0.11 0.23 0.12 0.25 0.19 0.24 0.21 0.19 0.23 0.17 0.10 0.13 0.19 0.03 0.27 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.14 0.09 0.12 0.13 0.02 0.17 0.01 0.19 0.15 0.17 0.13 0.12 0.19 0.11 0.04 0.17 0.11 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00