ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51296

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.012, 0.023, 0.035, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.023 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.012, 0.025, 0.038, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.025 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.012, 0.026, 0.041, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.026 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.012, 0.027, 0.041, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.027 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.011, 0.026, 0.041, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.009, 0.025, 0.040, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.016, 0.034, 0.051, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.034 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.008, 0.026, 0.044, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.026 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.021, 0.057, 0.093, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.057 std_dev=0.036
O4' A 0, 0.108, 0.242, 0.376, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.242 std_dev=0.134
O2' A 0, 0.144, 0.287, 0.429, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.287 std_dev=0.142
C2' A 0, 0.104, 0.248, 0.392, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.248 std_dev=0.144
N3 B 0, 0.181, 0.403, 0.626, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.403 std_dev=0.223
C5 B 0, 0.368, 0.593, 0.818, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.593 std_dev=0.225
C2 B 0, 0.129, 0.356, 0.582, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.356 std_dev=0.226
C4' A 0, 0.155, 0.391, 0.626, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.391 std_dev=0.235
C4 B 0, 0.271, 0.509, 0.747, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.509 std_dev=0.238
C3' A 0, 0.163, 0.402, 0.641, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.402 std_dev=0.239
N7 B 0, 0.533, 0.834, 1.134, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.834 std_dev=0.301
N2 B 0, 0.212, 0.518, 0.823, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.518 std_dev=0.305
N1 B 0, 0.374, 0.685, 0.996, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.685 std_dev=0.311
O3' A 0, 0.256, 0.581, 0.906, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.581 std_dev=0.325
C6 B 0, 0.388, 0.757, 1.127, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.757 std_dev=0.369
C5' A 0, 0.265, 0.676, 1.086, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.676 std_dev=0.410
C8 B 0, 0.524, 0.945, 1.366, 1.732 max_d=1.732 avg_d=0.945 std_dev=0.421
N9 B 0, 0.397, 0.877, 1.357, 1.850 max_d=1.850 avg_d=0.877 std_dev=0.480
O6 B 0, 0.548, 1.133, 1.719, 1.892 max_d=1.892 avg_d=1.133 std_dev=0.585
O5' A 0, 0.165, 0.827, 1.489, 1.894 max_d=1.894 avg_d=0.827 std_dev=0.662
O5' B 0, 0.776, 1.453, 2.130, 2.617 max_d=2.617 avg_d=1.453 std_dev=0.677
O4' B 0, 0.768, 1.535, 2.301, 2.982 max_d=2.982 avg_d=1.535 std_dev=0.767
C5' B 0, 1.178, 1.951, 2.724, 3.219 max_d=3.219 avg_d=1.951 std_dev=0.773
OP2 B 0, 0.731, 1.552, 2.374, 3.257 max_d=3.257 avg_d=1.552 std_dev=0.821
C4' B 0, 1.027, 1.877, 2.728, 3.420 max_d=3.420 avg_d=1.877 std_dev=0.850
C3' B 0, 1.008, 1.914, 2.820, 3.495 max_d=3.495 avg_d=1.914 std_dev=0.906
C1' B 0, 0.473, 1.392, 2.311, 3.035 max_d=3.035 avg_d=1.392 std_dev=0.919
P B 0, 0.434, 1.359, 2.285, 3.205 max_d=3.205 avg_d=1.359 std_dev=0.925
P A 0, 0.175, 1.143, 2.111, 2.807 max_d=2.807 avg_d=1.143 std_dev=0.968
O3' B 0, 1.285, 2.370, 3.455, 4.122 max_d=4.122 avg_d=2.370 std_dev=1.085
OP2 A 0, 0.235, 1.338, 2.442, 3.380 max_d=3.380 avg_d=1.338 std_dev=1.104
OP1 A 0, 0.224, 1.400, 2.577, 3.403 max_d=3.403 avg_d=1.400 std_dev=1.177
C2' B 0, 0.600, 1.893, 3.186, 3.874 max_d=3.874 avg_d=1.893 std_dev=1.293
OP1 B 0, 0.348, 1.655, 2.962, 4.052 max_d=4.052 avg_d=1.655 std_dev=1.307
O2' B 0, 0.395, 2.722, 5.049, 6.028 max_d=6.028 avg_d=2.722 std_dev=2.327

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.28 0.13 0.19 0.13
C2 0.03 0.00 0.18 0.23 0.02 0.13 0.02 0.22 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.16 0.27 0.03 0.32 0.26 0.58 0.32
C2' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.10 0.02 0.06 0.01 0.09 0.05 0.14 0.18 0.08 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.21 0.11 0.28 0.09
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.14 0.01 0.11 0.02 0.15 0.09 0.20 0.21 0.14 0.08 0.05 0.01 0.01 0.02 0.22 0.23 0.32 0.19
C4 0.01 0.02 0.10 0.14 0.00 0.10 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.14 0.02 0.38 0.31 0.55 0.34
C4' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.10 0.00 0.12 0.01 0.13 0.10 0.13 0.11 0.15 0.13 0.06 0.05 0.02 0.00 0.02 0.09 0.14 0.15
C5 0.02 0.02 0.06 0.11 0.01 0.12 0.00 0.24 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.12 0.04 0.44 0.46 0.73 0.49
C5' 0.04 0.22 0.01 0.02 0.19 0.01 0.24 0.00 0.26 0.20 0.25 0.18 0.29 0.25 0.14 0.05 0.05 0.02 0.01 0.25 0.16 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.15 0.01 0.13 0.01 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.17 0.04 0.42 0.49 0.79 0.52
C8 0.02 0.02 0.05 0.09 0.01 0.10 0.01 0.20 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.10 0.06 0.50 0.47 0.62 0.48
N1 0.02 0.00 0.14 0.20 0.01 0.13 0.02 0.25 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.13 0.24 0.03 0.37 0.39 0.71 0.43
N3 0.03 0.00 0.18 0.21 0.01 0.11 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.24 0.03 0.31 0.21 0.48 0.26
N6 0.03 0.01 0.08 0.14 0.01 0.15 0.01 0.29 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.08 0.15 0.05 0.45 0.59 0.90 0.61
N7 0.02 0.02 0.03 0.08 0.01 0.13 0.00 0.25 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.08 0.06 0.49 0.57 0.79 0.59
N9 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.14 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.05 0.02 0.40 0.29 0.45 0.30
O2' 0.03 0.16 0.01 0.01 0.08 0.05 0.06 0.05 0.09 0.04 0.13 0.15 0.08 0.03 0.03 0.00 0.04 0.06 0.05 0.23 0.12 0.20
O3' 0.02 0.27 0.02 0.01 0.14 0.02 0.12 0.05 0.17 0.10 0.24 0.24 0.15 0.08 0.05 0.04 0.00 0.03 0.21 0.30 0.33 0.26
O4' 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.06 0.03 0.03 0.05 0.06 0.02 0.06 0.03 0.00 0.24 0.22 0.15 0.21
O5' 0.28 0.32 0.21 0.22 0.38 0.02 0.44 0.01 0.42 0.50 0.37 0.31 0.45 0.49 0.40 0.05 0.21 0.24 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.13 0.26 0.11 0.23 0.31 0.09 0.46 0.25 0.49 0.47 0.39 0.21 0.59 0.57 0.29 0.23 0.30 0.22 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.19 0.58 0.28 0.32 0.55 0.14 0.73 0.16 0.79 0.62 0.71 0.48 0.90 0.79 0.45 0.12 0.33 0.15 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.32 0.09 0.19 0.34 0.15 0.49 0.01 0.52 0.48 0.43 0.26 0.61 0.59 0.30 0.20 0.26 0.21 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.54 0.17 1.02 0.64 0.27 0.36 0.19 0.33 0.13 0.34 0.16 0.23 0.27 0.23 0.39 1.12 0.32 0.35 0.54 0.14 0.56 0.75 0.60
C2 0.29 0.15 1.07 0.55 0.23 0.11 0.23 0.11 0.21 0.28 0.16 0.11 0.19 0.26 0.26 1.29 0.32 0.16 0.26 0.22 0.33 0.42 0.30
C2' 0.50 0.30 0.95 0.61 0.39 0.36 0.34 0.37 0.28 0.42 0.26 0.26 0.38 0.37 0.44 0.91 0.33 0.39 0.58 0.26 0.59 0.81 0.65
C3' 0.53 0.29 1.01 0.65 0.37 0.38 0.32 0.37 0.26 0.41 0.25 0.26 0.38 0.34 0.44 1.04 0.37 0.38 0.58 0.25 0.57 0.80 0.64
C4 0.50 0.13 1.15 0.66 0.27 0.28 0.21 0.22 0.13 0.34 0.10 0.10 0.25 0.26 0.37 1.43 0.39 0.25 0.41 0.11 0.39 0.56 0.44
C4' 0.54 0.20 1.02 0.66 0.27 0.38 0.19 0.33 0.18 0.32 0.22 0.23 0.28 0.22 0.38 1.11 0.34 0.36 0.56 0.24 0.58 0.78 0.62
C5 0.54 0.11 1.26 0.71 0.26 0.30 0.21 0.23 0.12 0.35 0.08 0.08 0.23 0.26 0.38 1.71 0.50 0.25 0.38 0.10 0.31 0.49 0.39
C5' 0.62 0.17 1.11 0.73 0.28 0.46 0.18 0.40 0.17 0.35 0.19 0.20 0.28 0.23 0.42 1.29 0.46 0.43 0.58 0.24 0.58 0.78 0.63
C6 0.45 0.11 1.26 0.67 0.24 0.21 0.21 0.17 0.15 0.32 0.10 0.07 0.19 0.26 0.33 1.81 0.51 0.15 0.27 0.14 0.22 0.37 0.28
C8 0.63 0.13 1.24 0.75 0.29 0.42 0.19 0.35 0.09 0.39 0.10 0.16 0.26 0.26 0.43 1.62 0.50 0.39 0.50 0.09 0.45 0.63 0.53
N1 0.32 0.12 1.18 0.60 0.21 0.12 0.22 0.13 0.19 0.29 0.14 0.09 0.16 0.26 0.27 1.64 0.42 0.14 0.21 0.20 0.23 0.32 0.23
N3 0.37 0.15 1.03 0.57 0.25 0.17 0.22 0.14 0.18 0.30 0.13 0.08 0.24 0.26 0.31 1.16 0.29 0.17 0.37 0.17 0.41 0.55 0.41
N6 0.46 0.10 1.30 0.70 0.23 0.22 0.21 0.19 0.15 0.33 0.10 0.07 0.17 0.27 0.33 1.97 0.60 0.14 0.24 0.15 0.21 0.30 0.25
N7 0.62 0.11 1.30 0.76 0.28 0.39 0.20 0.31 0.09 0.38 0.08 0.12 0.24 0.27 0.42 1.79 0.55 0.34 0.44 0.08 0.37 0.54 0.45
N9 0.57 0.14 1.15 0.69 0.28 0.37 0.20 0.32 0.11 0.36 0.11 0.16 0.27 0.26 0.41 1.39 0.41 0.35 0.50 0.10 0.47 0.66 0.54
O2' 0.43 0.30 0.77 0.52 0.35 0.32 0.33 0.35 0.30 0.39 0.29 0.28 0.34 0.35 0.39 0.60 0.29 0.36 0.58 0.30 0.64 0.85 0.68
O3' 0.51 0.37 0.95 0.62 0.42 0.38 0.39 0.38 0.36 0.45 0.34 0.35 0.42 0.41 0.46 0.88 0.36 0.39 0.61 0.36 0.62 0.86 0.68
O4' 0.57 0.19 1.04 0.67 0.24 0.38 0.15 0.33 0.17 0.31 0.24 0.27 0.25 0.19 0.37 1.19 0.35 0.36 0.55 0.24 0.57 0.75 0.61
O5' 0.49 0.33 1.02 0.57 0.32 0.25 0.30 0.19 0.31 0.34 0.34 0.37 0.33 0.30 0.37 1.26 0.37 0.20 0.38 0.33 0.48 0.62 0.51
OP1 0.70 0.37 1.17 0.70 0.49 0.42 0.45 0.34 0.37 0.58 0.34 0.34 0.45 0.51 0.59 1.39 0.39 0.42 0.62 0.35 0.70 0.93 0.79
OP2 0.60 0.36 1.10 0.58 0.40 0.36 0.37 0.32 0.34 0.46 0.35 0.39 0.39 0.40 0.48 1.46 0.40 0.36 0.45 0.32 0.59 0.70 0.61
P 0.71 0.37 1.20 0.72 0.48 0.42 0.43 0.33 0.35 0.56 0.33 0.35 0.45 0.48 0.58 1.49 0.42 0.41 0.58 0.33 0.67 0.86 0.74

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.28 0.01 0.10 0.03 0.23 0.13 0.19
C2 0.02 0.00 0.38 0.34 0.01 0.04 0.02 0.07 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.14 0.14 0.18 0.33 0.02 0.54 0.60 0.42
C2' 0.00 0.38 0.00 0.00 0.17 0.01 0.05 0.15 0.09 0.27 0.24 0.49 0.39 0.21 0.04 0.01 0.04 0.03 0.41 0.07 0.36 0.59 0.37
C3' 0.03 0.34 0.00 0.00 0.32 0.01 0.36 0.02 0.38 0.32 0.37 0.33 0.30 0.36 0.26 0.02 0.01 0.04 0.20 0.39 0.38 0.33 0.24
C4 0.01 0.01 0.17 0.32 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.23 0.06 0.09 0.37 0.01 0.55 0.56 0.44
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.16 0.01 0.15 0.25 0.07 0.08 0.05 0.25 0.12 0.33 0.04 0.01 0.02 0.18 0.14 0.04 0.11
C5 0.02 0.02 0.05 0.36 0.00 0.16 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.49 0.11 0.02 0.52 0.01 0.74 0.78 0.61
C5' 0.04 0.07 0.15 0.02 0.13 0.01 0.26 0.00 0.25 0.34 0.15 0.08 0.07 0.38 0.16 0.18 0.25 0.02 0.02 0.31 0.13 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.38 0.01 0.15 0.01 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.48 0.10 0.03 0.53 0.01 0.80 0.85 0.65
C8 0.02 0.02 0.27 0.32 0.01 0.25 0.01 0.34 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.58 0.21 0.16 0.54 0.02 0.68 0.63 0.58
N1 0.02 0.00 0.24 0.37 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.28 0.08 0.11 0.44 0.02 0.69 0.75 0.55
N2 0.03 0.00 0.49 0.33 0.01 0.08 0.02 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.27 0.21 0.22 0.28 0.02 0.48 0.55 0.37
N3 0.02 0.01 0.39 0.30 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.16 0.19 0.27 0.02 0.45 0.48 0.34
N7 0.02 0.02 0.21 0.36 0.01 0.25 0.00 0.38 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.66 0.22 0.12 0.61 0.03 0.83 0.85 0.71
N9 0.01 0.02 0.04 0.26 0.00 0.12 0.01 0.16 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.29 0.08 0.01 0.34 0.02 0.47 0.43 0.38
O2' 0.02 0.14 0.01 0.02 0.23 0.33 0.49 0.18 0.48 0.58 0.28 0.27 0.17 0.66 0.29 0.00 0.10 0.24 0.26 0.61 0.25 0.59 0.24
O3' 0.28 0.14 0.04 0.01 0.06 0.04 0.11 0.25 0.10 0.21 0.08 0.21 0.16 0.22 0.08 0.10 0.00 0.13 0.21 0.14 0.60 0.34 0.39
O4' 0.01 0.18 0.03 0.04 0.09 0.01 0.02 0.02 0.03 0.16 0.11 0.22 0.19 0.12 0.01 0.24 0.13 0.00 0.22 0.02 0.33 0.30 0.37
O5' 0.10 0.33 0.41 0.20 0.37 0.02 0.52 0.02 0.53 0.54 0.44 0.28 0.27 0.61 0.34 0.26 0.21 0.22 0.00 0.59 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.07 0.39 0.01 0.18 0.01 0.31 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.61 0.14 0.02 0.59 0.00 0.90 0.96 0.74
OP1 0.23 0.54 0.36 0.38 0.55 0.14 0.74 0.13 0.80 0.68 0.69 0.48 0.45 0.83 0.47 0.25 0.60 0.33 0.02 0.90 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.60 0.59 0.33 0.56 0.04 0.78 0.02 0.85 0.63 0.75 0.55 0.48 0.85 0.43 0.59 0.34 0.30 0.02 0.96 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.42 0.37 0.24 0.44 0.11 0.61 0.02 0.65 0.58 0.55 0.37 0.34 0.71 0.38 0.24 0.39 0.37 0.01 0.74 0.01 0.01 0.00