ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51297

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 2, 1, 2, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.010 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.010 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.003, 0.012, 0.022, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.011 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.004, 0.015, 0.027, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.003, 0.018, 0.033, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.018 std_dev=0.015
O2' A 0, 0.047, 0.205, 0.362, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.205 std_dev=0.157
C2' A 0, 0.009, 0.181, 0.354, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.181 std_dev=0.173
O4' A 0, -0.025, 0.173, 0.371, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.173 std_dev=0.198
O2' B 0, 0.251, 0.468, 0.684, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.468 std_dev=0.217
N3 B 0, 0.208, 0.433, 0.658, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.433 std_dev=0.225
C2 B 0, 0.206, 0.455, 0.704, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.455 std_dev=0.249
N2 B 0, 0.162, 0.416, 0.671, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.416 std_dev=0.255
C2' B 0, 0.243, 0.499, 0.754, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.499 std_dev=0.255
C1' B 0, 0.276, 0.541, 0.805, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.541 std_dev=0.264
C4 B 0, 0.263, 0.546, 0.830, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.546 std_dev=0.283
N1 B 0, 0.258, 0.561, 0.864, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.561 std_dev=0.303
C4' A 0, -0.030, 0.280, 0.590, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.280 std_dev=0.310
O4' B 0, 0.307, 0.619, 0.931, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.619 std_dev=0.312
N9 B 0, 0.279, 0.596, 0.912, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.596 std_dev=0.317
C3' A 0, -0.031, 0.286, 0.603, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.286 std_dev=0.317
C6 B 0, 0.315, 0.671, 1.028, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.671 std_dev=0.356
C5 B 0, 0.308, 0.667, 1.025, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.667 std_dev=0.358
C3' B 0, 0.188, 0.581, 0.974, 1.525 max_d=1.525 avg_d=0.581 std_dev=0.393
C4' B 0, 0.225, 0.623, 1.020, 1.545 max_d=1.545 avg_d=0.623 std_dev=0.398
O6 B 0, 0.362, 0.778, 1.193, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.778 std_dev=0.416
C8 B 0, 0.307, 0.734, 1.162, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.734 std_dev=0.427
N7 B 0, 0.331, 0.780, 1.229, 1.610 max_d=1.610 avg_d=0.780 std_dev=0.449
O3' A 0, -0.028, 0.420, 0.869, 1.379 max_d=1.379 avg_d=0.420 std_dev=0.449
O3' B 0, 0.158, 0.616, 1.073, 1.787 max_d=1.787 avg_d=0.616 std_dev=0.457
C5' A 0, -0.053, 0.463, 0.979, 1.626 max_d=1.626 avg_d=0.463 std_dev=0.516
O5' A 0, -0.037, 0.487, 1.012, 1.711 max_d=1.711 avg_d=0.487 std_dev=0.525
C5' B 0, 0.156, 0.734, 1.313, 2.203 max_d=2.203 avg_d=0.734 std_dev=0.579
OP1 A 0, 0.044, 0.639, 1.235, 1.964 max_d=1.964 avg_d=0.639 std_dev=0.595
P A 0, -0.007, 0.590, 1.187, 2.096 max_d=2.096 avg_d=0.590 std_dev=0.597
O5' B 0, 0.204, 0.820, 1.437, 2.349 max_d=2.349 avg_d=0.820 std_dev=0.616
OP2 A 0, 0.015, 0.669, 1.324, 2.351 max_d=2.351 avg_d=0.669 std_dev=0.655
OP2 B 0, 0.116, 1.121, 2.125, 3.788 max_d=3.788 avg_d=1.121 std_dev=1.004
P B 0, -0.004, 1.022, 2.048, 3.864 max_d=3.864 avg_d=1.022 std_dev=1.026
OP1 B 0, -0.165, 1.294, 2.754, 5.445 max_d=5.445 avg_d=1.294 std_dev=1.459

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.11 0.13 0.15
C2 0.02 0.00 0.16 0.23 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.28 0.05 0.22 0.27 0.36 0.32
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.09 0.01 0.05 0.01 0.08 0.06 0.13 0.16 0.07 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.06
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.14 0.00 0.13 0.01 0.17 0.09 0.21 0.21 0.16 0.08 0.06 0.01 0.00 0.00 0.02 0.09 0.03 0.02
C4 0.01 0.00 0.09 0.14 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.15 0.02 0.18 0.25 0.29 0.29
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05
C5 0.01 0.00 0.05 0.13 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.14 0.01 0.22 0.31 0.36 0.35
C5' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.10 0.00 0.13 0.00 0.14 0.14 0.14 0.10 0.16 0.15 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.08 0.17 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.20 0.02 0.24 0.35 0.41 0.38
C8 0.01 0.01 0.06 0.09 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.10 0.04 0.18 0.26 0.21 0.28
N1 0.02 0.01 0.13 0.21 0.01 0.09 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.26 0.03 0.24 0.32 0.41 0.37
N3 0.02 0.00 0.16 0.21 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.24 0.05 0.18 0.23 0.30 0.28
N6 0.01 0.01 0.07 0.16 0.01 0.09 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.19 0.01 0.26 0.39 0.45 0.42
N7 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.10 0.03 0.22 0.33 0.32 0.35
N9 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.12 0.20 0.20 0.23
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.05 0.04 0.05 0.03 0.07 0.04 0.09 0.10 0.07 0.04 0.02 0.00 0.05 0.05 0.02 0.03 0.04 0.07
O3' 0.02 0.28 0.02 0.00 0.15 0.02 0.14 0.02 0.20 0.10 0.26 0.24 0.19 0.10 0.05 0.05 0.00 0.02 0.02 0.17 0.10 0.07
O4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.14 0.13 0.15
O5' 0.04 0.22 0.01 0.02 0.18 0.01 0.22 0.01 0.24 0.18 0.24 0.18 0.26 0.22 0.12 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.11 0.27 0.03 0.09 0.25 0.02 0.31 0.04 0.35 0.26 0.32 0.23 0.39 0.33 0.20 0.03 0.17 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.36 0.04 0.03 0.29 0.03 0.36 0.01 0.41 0.21 0.41 0.30 0.45 0.32 0.20 0.04 0.10 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.32 0.06 0.02 0.29 0.05 0.35 0.01 0.38 0.28 0.37 0.28 0.42 0.35 0.23 0.07 0.07 0.15 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.16 0.07 0.08 0.13 0.07 0.15 0.08 0.17 0.14 0.17 0.18 0.13 0.15 0.13 0.08 0.07 0.11 0.14 0.18 0.29 0.52 0.36
C2 0.11 0.14 0.09 0.09 0.12 0.08 0.13 0.10 0.14 0.11 0.15 0.15 0.12 0.12 0.11 0.06 0.06 0.12 0.15 0.15 0.17 0.32 0.21
C2' 0.23 0.35 0.18 0.17 0.31 0.17 0.33 0.19 0.36 0.29 0.37 0.36 0.31 0.32 0.28 0.13 0.12 0.22 0.20 0.38 0.30 0.58 0.41
C3' 0.25 0.32 0.23 0.23 0.29 0.21 0.30 0.22 0.32 0.28 0.33 0.33 0.29 0.29 0.27 0.19 0.20 0.24 0.22 0.33 0.35 0.61 0.45
C4 0.07 0.15 0.06 0.06 0.09 0.07 0.09 0.06 0.11 0.08 0.14 0.19 0.11 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.12 0.12 0.25 0.47 0.32
C4' 0.12 0.19 0.11 0.11 0.14 0.11 0.15 0.11 0.18 0.13 0.21 0.23 0.16 0.14 0.13 0.11 0.10 0.12 0.15 0.20 0.32 0.52 0.37
C5 0.06 0.19 0.07 0.08 0.11 0.11 0.11 0.10 0.14 0.07 0.17 0.23 0.16 0.08 0.08 0.12 0.13 0.07 0.14 0.14 0.28 0.49 0.33
C5' 0.12 0.20 0.13 0.13 0.12 0.11 0.13 0.11 0.17 0.11 0.21 0.25 0.15 0.11 0.11 0.13 0.13 0.12 0.15 0.18 0.41 0.54 0.42
C6 0.12 0.22 0.11 0.12 0.17 0.14 0.16 0.14 0.18 0.12 0.21 0.23 0.20 0.14 0.13 0.13 0.16 0.11 0.12 0.18 0.23 0.41 0.26
C8 0.06 0.17 0.05 0.06 0.10 0.11 0.10 0.10 0.13 0.09 0.16 0.22 0.13 0.10 0.07 0.12 0.12 0.08 0.18 0.13 0.37 0.59 0.42
N1 0.13 0.21 0.10 0.09 0.18 0.09 0.18 0.09 0.20 0.15 0.21 0.20 0.20 0.17 0.15 0.07 0.08 0.12 0.13 0.19 0.17 0.31 0.19
N3 0.11 0.12 0.09 0.10 0.10 0.08 0.10 0.10 0.11 0.10 0.12 0.14 0.10 0.10 0.10 0.06 0.07 0.11 0.14 0.11 0.20 0.39 0.26
N6 0.18 0.25 0.18 0.20 0.22 0.23 0.21 0.24 0.23 0.18 0.24 0.25 0.24 0.19 0.20 0.19 0.25 0.17 0.15 0.22 0.25 0.41 0.26
N7 0.06 0.19 0.08 0.10 0.11 0.14 0.11 0.14 0.14 0.07 0.18 0.24 0.16 0.08 0.07 0.14 0.16 0.08 0.18 0.13 0.36 0.57 0.40
N9 0.08 0.15 0.06 0.06 0.10 0.07 0.11 0.07 0.13 0.10 0.15 0.20 0.12 0.11 0.09 0.09 0.07 0.09 0.14 0.14 0.31 0.53 0.37
O2' 0.20 0.35 0.13 0.13 0.30 0.15 0.34 0.16 0.39 0.29 0.40 0.37 0.29 0.33 0.26 0.12 0.10 0.20 0.22 0.42 0.26 0.53 0.35
O3' 0.30 0.39 0.29 0.29 0.35 0.27 0.38 0.27 0.41 0.34 0.42 0.41 0.36 0.36 0.33 0.25 0.27 0.28 0.26 0.42 0.34 0.62 0.46
O4' 0.06 0.18 0.07 0.08 0.10 0.06 0.10 0.05 0.14 0.07 0.18 0.24 0.13 0.08 0.07 0.09 0.08 0.06 0.12 0.15 0.30 0.48 0.33
O5' 0.20 0.20 0.21 0.20 0.17 0.17 0.16 0.17 0.17 0.18 0.19 0.24 0.18 0.16 0.18 0.19 0.19 0.20 0.24 0.17 0.53 0.63 0.54
OP1 0.28 0.18 0.27 0.26 0.20 0.27 0.19 0.27 0.16 0.26 0.17 0.22 0.19 0.22 0.25 0.27 0.26 0.30 0.40 0.15 0.71 0.81 0.72
OP2 0.32 0.26 0.34 0.34 0.26 0.34 0.24 0.34 0.23 0.29 0.25 0.29 0.26 0.26 0.29 0.36 0.35 0.33 0.49 0.22 0.73 0.85 0.75
P 0.30 0.21 0.30 0.30 0.23 0.29 0.21 0.29 0.18 0.27 0.20 0.24 0.22 0.23 0.27 0.31 0.30 0.32 0.43 0.17 0.73 0.82 0.73

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.14 0.01 0.09 0.36 0.17
C2 0.01 0.00 0.07 0.15 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.16 0.01 0.26 0.01 0.09 0.23 0.13
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.08 0.07 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.19 0.05 0.19 0.24 0.07
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.11 0.00 0.13 0.01 0.15 0.06 0.16 0.15 0.13 0.10 0.07 0.01 0.01 0.02 0.27 0.16 0.38 0.13 0.15
C4 0.00 0.00 0.04 0.11 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.11 0.01 0.27 0.01 0.08 0.23 0.13
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.12 0.10 0.10 0.06 0.06 0.12 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.13 0.11 0.30 0.10
C5 0.00 0.00 0.03 0.13 0.00 0.11 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.13 0.01 0.33 0.01 0.11 0.16 0.15
C5' 0.02 0.16 0.01 0.01 0.16 0.01 0.22 0.00 0.24 0.20 0.20 0.13 0.13 0.25 0.13 0.03 0.03 0.01 0.01 0.27 0.26 0.27 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.15 0.00 0.12 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.17 0.01 0.34 0.00 0.13 0.15 0.16
C8 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.10 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.34 0.01 0.10 0.19 0.16
N1 0.01 0.00 0.06 0.16 0.00 0.10 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.18 0.01 0.31 0.00 0.11 0.18 0.14
N2 0.01 0.00 0.08 0.15 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.17 0.02 0.23 0.01 0.08 0.25 0.13
N3 0.01 0.00 0.07 0.13 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.13 0.01 0.23 0.01 0.08 0.27 0.13
N7 0.01 0.01 0.02 0.10 0.00 0.12 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.02 0.37 0.01 0.13 0.14 0.18
N9 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.25 0.01 0.08 0.27 0.14
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.06 0.08 0.06 0.01 0.02 0.00 0.04 0.06 0.05 0.04 0.14 0.32 0.17
O3' 0.01 0.16 0.02 0.01 0.11 0.02 0.13 0.03 0.17 0.06 0.18 0.17 0.13 0.11 0.06 0.04 0.00 0.02 0.22 0.19 0.52 0.08 0.21
O4' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.02 0.00 0.04 0.02 0.15 0.44 0.25
O5' 0.14 0.26 0.19 0.27 0.27 0.01 0.33 0.01 0.34 0.34 0.31 0.23 0.23 0.37 0.25 0.05 0.22 0.04 0.00 0.37 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.05 0.16 0.01 0.13 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.19 0.02 0.37 0.00 0.15 0.14 0.18
OP1 0.09 0.09 0.19 0.38 0.08 0.11 0.11 0.26 0.13 0.10 0.11 0.08 0.08 0.13 0.08 0.14 0.52 0.15 0.02 0.15 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 0.23 0.24 0.13 0.23 0.30 0.16 0.27 0.15 0.19 0.18 0.25 0.27 0.14 0.27 0.32 0.08 0.44 0.01 0.14 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.13 0.07 0.15 0.13 0.10 0.15 0.01 0.16 0.16 0.14 0.13 0.13 0.18 0.14 0.17 0.21 0.25 0.00 0.18 0.01 0.00 0.00