ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51298

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.011, 0.021, 0.031, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.016, 0.031, 0.046, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.031 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.016, 0.031, 0.047, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.031 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.005, 0.022, 0.038, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.022 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.020, 0.037, 0.055, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.037 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.021, 0.041, 0.060, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.041 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.014, 0.034, 0.053, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.034 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.010, 0.030, 0.050, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.030 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.016, 0.043, 0.071, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.043 std_dev=0.028
O2' B 0, 0.248, 0.763, 1.279, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.763 std_dev=0.515
N3 B 0, 0.162, 0.685, 1.208, 1.567 max_d=1.567 avg_d=0.685 std_dev=0.523
N2 B 0, 0.167, 0.717, 1.267, 1.660 max_d=1.660 avg_d=0.717 std_dev=0.550
C2 B 0, 0.160, 0.754, 1.348, 1.802 max_d=1.802 avg_d=0.754 std_dev=0.594
C2' B 0, 0.219, 0.816, 1.412, 1.776 max_d=1.776 avg_d=0.816 std_dev=0.596
C1' B 0, 0.311, 0.974, 1.636, 1.974 max_d=1.974 avg_d=0.974 std_dev=0.662
C4 B 0, 0.206, 0.876, 1.547, 2.016 max_d=2.016 avg_d=0.876 std_dev=0.670
N1 B 0, 0.290, 1.009, 1.729, 2.336 max_d=2.336 avg_d=1.009 std_dev=0.720
N9 B 0, 0.225, 0.977, 1.729, 2.185 max_d=2.185 avg_d=0.977 std_dev=0.752
O3' B 0, 0.314, 1.067, 1.819, 2.306 max_d=2.306 avg_d=1.067 std_dev=0.753
C3' B 0, 0.307, 1.065, 1.824, 2.253 max_d=2.253 avg_d=1.065 std_dev=0.759
C5 B 0, 0.332, 1.119, 1.907, 2.522 max_d=2.522 avg_d=1.119 std_dev=0.787
O4' B 0, 0.452, 1.240, 2.028, 2.371 max_d=2.371 avg_d=1.240 std_dev=0.788
C6 B 0, 0.397, 1.195, 1.992, 2.682 max_d=2.682 avg_d=1.195 std_dev=0.798
C4' B 0, 0.417, 1.220, 2.022, 2.428 max_d=2.428 avg_d=1.220 std_dev=0.803
O4' A 0, -0.005, 0.865, 1.735, 2.598 max_d=2.598 avg_d=0.865 std_dev=0.870
C2' A 0, 0.030, 0.911, 1.792, 2.654 max_d=2.654 avg_d=0.911 std_dev=0.881
O6 B 0, 0.561, 1.453, 2.345, 3.164 max_d=3.164 avg_d=1.453 std_dev=0.892
N7 B 0, 0.401, 1.320, 2.239, 2.920 max_d=2.920 avg_d=1.320 std_dev=0.919
C8 B 0, 0.308, 1.228, 2.148, 2.742 max_d=2.742 avg_d=1.228 std_dev=0.920
C5' B 0, 0.556, 1.526, 2.497, 2.847 max_d=2.847 avg_d=1.526 std_dev=0.970
O5' B 0, 0.847, 1.927, 3.006, 3.300 max_d=3.300 avg_d=1.927 std_dev=1.080
C4' A 0, 0.055, 1.138, 2.220, 3.414 max_d=3.414 avg_d=1.138 std_dev=1.082
O2' A 0, 0.051, 1.210, 2.370, 3.458 max_d=3.458 avg_d=1.210 std_dev=1.160
P B 0, 0.957, 2.242, 3.527, 3.846 max_d=3.846 avg_d=2.242 std_dev=1.285
C3' A 0, 0.066, 1.364, 2.663, 3.958 max_d=3.958 avg_d=1.364 std_dev=1.299
OP2 B 0, 0.989, 2.328, 3.667, 3.913 max_d=3.913 avg_d=2.328 std_dev=1.339
OP1 B 0, 1.126, 2.560, 3.994, 4.432 max_d=4.432 avg_d=2.560 std_dev=1.434
O3' A 0, 0.184, 1.871, 3.558, 5.309 max_d=5.309 avg_d=1.871 std_dev=1.687
C5' A 0, 0.015, 2.128, 4.241, 6.348 max_d=6.348 avg_d=2.128 std_dev=2.113
O5' A 0, 0.422, 2.910, 5.399, 7.481 max_d=7.481 avg_d=2.910 std_dev=2.489
OP2 A 0, 2.861, 5.923, 8.986, 10.979 max_d=10.979 avg_d=5.923 std_dev=3.063
P A 0, 1.219, 4.392, 7.564, 10.095 max_d=10.095 avg_d=4.392 std_dev=3.173
OP1 A 0, 1.214, 4.722, 8.230, 10.715 max_d=10.715 avg_d=4.722 std_dev=3.508

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.04 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.20 0.01 0.09 0.23 0.41 0.18
C2 0.06 0.00 0.32 0.36 0.02 0.55 0.02 0.97 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.45 0.35 0.49 1.05 1.10 0.83 1.01
C2' 0.01 0.32 0.00 0.01 0.18 0.01 0.11 0.08 0.16 0.12 0.26 0.32 0.12 0.08 0.04 0.01 0.06 0.02 0.26 0.26 0.28 0.25
C3' 0.02 0.36 0.01 0.00 0.12 0.01 0.19 0.02 0.14 0.49 0.22 0.37 0.21 0.43 0.18 0.02 0.01 0.02 0.28 0.29 0.14 0.22
C4 0.03 0.02 0.18 0.12 0.00 0.21 0.01 0.35 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.26 0.17 0.25 0.29 0.57 0.36 0.21
C4' 0.02 0.55 0.01 0.01 0.21 0.00 0.07 0.01 0.16 0.43 0.38 0.55 0.10 0.33 0.08 0.18 0.03 0.01 0.03 0.25 0.36 0.07
C5 0.02 0.02 0.11 0.19 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.26 0.17 0.10 0.32 0.81 0.94 0.54
C5' 0.02 0.97 0.08 0.02 0.35 0.01 0.13 0.00 0.28 0.70 0.68 0.92 0.18 0.56 0.14 0.11 0.14 0.02 0.01 0.40 0.40 0.02
C6 0.04 0.01 0.16 0.14 0.02 0.16 0.01 0.28 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.31 0.16 0.21 0.26 0.77 0.70 0.32
C8 0.03 0.03 0.12 0.49 0.01 0.43 0.02 0.70 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.28 0.34 0.27 1.08 1.27 1.72 1.35
N1 0.04 0.01 0.26 0.22 0.02 0.38 0.02 0.68 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.39 0.25 0.37 0.68 0.85 0.45 0.58
N3 0.06 0.01 0.32 0.37 0.01 0.55 0.01 0.92 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.41 0.35 0.50 0.98 1.01 0.73 0.91
N6 0.03 0.01 0.12 0.21 0.02 0.10 0.01 0.18 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.30 0.20 0.14 0.34 0.97 1.09 0.58
N7 0.02 0.02 0.08 0.43 0.01 0.33 0.00 0.56 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.27 0.32 0.15 0.95 1.36 1.77 1.30
N9 0.01 0.03 0.04 0.18 0.01 0.08 0.02 0.14 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.16 0.14 0.01 0.34 0.55 0.77 0.50
O2' 0.02 0.45 0.01 0.02 0.26 0.18 0.26 0.11 0.31 0.28 0.39 0.41 0.30 0.27 0.16 0.00 0.14 0.14 0.11 0.26 0.32 0.13
O3' 0.20 0.35 0.06 0.01 0.17 0.03 0.17 0.14 0.16 0.34 0.25 0.35 0.20 0.32 0.14 0.14 0.00 0.09 0.27 0.31 0.24 0.14
O4' 0.01 0.49 0.02 0.02 0.25 0.01 0.10 0.02 0.21 0.27 0.37 0.50 0.14 0.15 0.01 0.14 0.09 0.00 0.15 0.23 0.51 0.19
O5' 0.09 1.05 0.26 0.28 0.29 0.03 0.32 0.01 0.26 1.08 0.68 0.98 0.34 0.95 0.34 0.11 0.27 0.15 0.00 0.04 0.02 0.01
OP1 0.23 1.10 0.26 0.29 0.57 0.25 0.81 0.40 0.77 1.27 0.85 1.01 0.97 1.36 0.55 0.26 0.31 0.23 0.04 0.00 0.01 0.01
OP2 0.41 0.83 0.28 0.14 0.36 0.36 0.94 0.40 0.70 1.72 0.45 0.73 1.09 1.77 0.77 0.32 0.24 0.51 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 1.01 0.25 0.22 0.21 0.07 0.54 0.02 0.32 1.35 0.58 0.91 0.58 1.30 0.50 0.13 0.14 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.37 0.40 0.32 0.33 0.36 0.30 0.39 0.40 0.43 0.36 0.44 0.42 0.36 0.38 0.36 0.21 0.30 0.42 0.23 0.47 0.26 0.30 0.23
C2 0.30 0.16 0.30 0.31 0.17 0.26 0.16 0.33 0.16 0.22 0.16 0.20 0.15 0.18 0.23 0.21 0.32 0.33 0.15 0.17 0.22 0.19 0.15
C2' 0.37 0.39 0.46 0.49 0.38 0.35 0.40 0.38 0.43 0.38 0.43 0.38 0.38 0.40 0.37 0.31 0.57 0.36 0.49 0.47 0.55 0.51 0.49
C3' 0.32 0.59 0.22 0.25 0.49 0.23 0.57 0.23 0.67 0.45 0.68 0.62 0.48 0.54 0.41 0.19 0.36 0.35 0.50 0.73 0.54 0.48 0.49
C4 0.33 0.21 0.28 0.28 0.22 0.27 0.21 0.34 0.22 0.25 0.23 0.24 0.21 0.22 0.26 0.21 0.27 0.39 0.16 0.24 0.22 0.20 0.16
C4' 0.51 0.64 0.44 0.43 0.59 0.44 0.65 0.46 0.71 0.58 0.71 0.66 0.57 0.63 0.55 0.46 0.45 0.54 0.59 0.75 0.60 0.57 0.56
C5 0.35 0.18 0.27 0.26 0.20 0.30 0.18 0.34 0.18 0.26 0.19 0.22 0.18 0.21 0.26 0.25 0.25 0.44 0.21 0.20 0.28 0.22 0.22
C5' 1.02 1.42 0.98 0.99 1.30 0.93 1.44 0.95 1.56 1.28 1.56 1.42 1.25 1.41 1.19 0.90 0.96 0.99 1.18 1.64 1.17 1.27 1.18
C6 0.37 0.20 0.29 0.28 0.23 0.33 0.22 0.35 0.20 0.29 0.20 0.22 0.21 0.25 0.29 0.28 0.26 0.45 0.26 0.21 0.33 0.26 0.26
C8 0.36 0.25 0.27 0.26 0.23 0.30 0.23 0.35 0.27 0.27 0.28 0.28 0.23 0.24 0.28 0.25 0.25 0.45 0.20 0.30 0.27 0.21 0.21
N1 0.33 0.22 0.28 0.27 0.22 0.27 0.22 0.30 0.22 0.27 0.22 0.24 0.21 0.24 0.27 0.24 0.26 0.38 0.20 0.22 0.26 0.22 0.20
N3 0.32 0.20 0.31 0.33 0.23 0.28 0.21 0.37 0.20 0.26 0.20 0.21 0.22 0.22 0.27 0.21 0.33 0.35 0.17 0.22 0.22 0.22 0.16
N6 0.42 0.23 0.33 0.35 0.28 0.42 0.28 0.44 0.25 0.36 0.23 0.24 0.25 0.32 0.35 0.34 0.33 0.52 0.36 0.25 0.44 0.35 0.37
N7 0.37 0.20 0.27 0.27 0.21 0.34 0.19 0.37 0.20 0.27 0.22 0.24 0.19 0.21 0.27 0.27 0.27 0.47 0.25 0.23 0.33 0.24 0.26
N9 0.35 0.29 0.28 0.28 0.27 0.28 0.27 0.35 0.30 0.28 0.31 0.30 0.26 0.27 0.29 0.22 0.27 0.41 0.17 0.33 0.23 0.22 0.18
O2' 0.66 0.81 0.72 0.77 0.76 0.62 0.82 0.68 0.88 0.76 0.88 0.80 0.74 0.81 0.72 0.50 0.79 0.63 0.76 0.93 0.80 0.85 0.78
O3' 0.33 0.59 0.31 0.38 0.51 0.28 0.61 0.26 0.71 0.49 0.71 0.59 0.48 0.59 0.43 0.23 0.53 0.35 0.59 0.79 0.65 0.57 0.58
O4' 0.44 0.37 0.39 0.39 0.38 0.42 0.38 0.47 0.39 0.39 0.39 0.37 0.36 0.38 0.40 0.48 0.45 0.51 0.42 0.42 0.45 0.36 0.39
O5' 1.15 1.71 1.15 1.16 1.56 1.03 1.76 1.06 1.93 1.53 1.92 1.68 1.49 1.72 1.41 0.97 1.11 1.08 1.35 2.05 1.34 1.53 1.38
OP1 1.18 1.83 1.32 1.36 1.69 1.11 1.97 1.13 2.21 1.68 2.15 1.75 1.56 1.95 1.50 1.13 1.40 1.05 1.50 2.42 1.53 1.76 1.53
OP2 1.16 2.17 1.14 1.20 1.88 1.02 2.28 1.12 2.66 1.83 2.64 2.11 1.75 2.20 1.60 0.80 1.10 1.08 1.47 2.95 1.45 1.85 1.56
P 1.25 1.99 1.29 1.34 1.82 1.12 2.12 1.19 2.38 1.81 2.33 1.90 1.69 2.08 1.61 1.00 1.28 1.16 1.54 2.58 1.53 1.84 1.59

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.10 0.04 0.02 0.06 0.08 0.06 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.30 0.03 0.34 0.15 0.23
C2 0.07 0.00 0.15 0.19 0.03 0.10 0.03 0.29 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.16 0.23 0.08 0.39 0.05 0.35 0.25 0.31
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.06 0.04 0.04 0.04 0.05 0.10 0.11 0.20 0.14 0.09 0.03 0.01 0.03 0.02 0.26 0.04 0.34 0.06 0.21
C3' 0.03 0.19 0.01 0.00 0.12 0.01 0.14 0.02 0.15 0.20 0.17 0.24 0.17 0.19 0.10 0.03 0.01 0.03 0.28 0.16 0.35 0.07 0.22
C4 0.03 0.03 0.06 0.12 0.00 0.10 0.01 0.33 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.08 0.13 0.03 0.41 0.02 0.35 0.23 0.32
C4' 0.02 0.10 0.04 0.01 0.10 0.00 0.16 0.01 0.16 0.22 0.13 0.13 0.09 0.22 0.12 0.09 0.03 0.01 0.03 0.19 0.22 0.24 0.04
C5 0.02 0.03 0.04 0.14 0.01 0.16 0.00 0.44 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.07 0.16 0.03 0.46 0.01 0.40 0.35 0.40
C5' 0.10 0.29 0.04 0.02 0.33 0.01 0.44 0.00 0.45 0.48 0.38 0.25 0.25 0.52 0.31 0.10 0.08 0.02 0.01 0.51 0.35 0.37 0.02
C6 0.04 0.04 0.05 0.15 0.02 0.16 0.01 0.45 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03 0.01 0.02 0.10 0.17 0.04 0.47 0.01 0.42 0.41 0.43
C8 0.02 0.03 0.10 0.20 0.01 0.22 0.01 0.48 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.06 0.23 0.06 0.47 0.03 0.39 0.25 0.38
N1 0.06 0.02 0.11 0.17 0.04 0.13 0.02 0.38 0.02 0.03 0.00 0.04 0.03 0.02 0.04 0.14 0.20 0.06 0.43 0.04 0.37 0.34 0.37
N2 0.08 0.02 0.20 0.24 0.04 0.13 0.04 0.25 0.05 0.04 0.04 0.00 0.03 0.05 0.05 0.20 0.31 0.09 0.37 0.08 0.35 0.23 0.29
N3 0.06 0.02 0.14 0.17 0.01 0.09 0.02 0.25 0.03 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.02 0.13 0.20 0.07 0.36 0.04 0.33 0.19 0.28
N7 0.03 0.03 0.09 0.19 0.02 0.22 0.00 0.52 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.00 0.02 0.07 0.23 0.05 0.51 0.04 0.45 0.40 0.46
N9 0.01 0.04 0.03 0.10 0.01 0.12 0.01 0.31 0.02 0.01 0.04 0.05 0.02 0.02 0.00 0.04 0.10 0.02 0.39 0.02 0.34 0.16 0.28
O2' 0.03 0.16 0.01 0.03 0.08 0.09 0.07 0.10 0.10 0.06 0.14 0.20 0.13 0.07 0.04 0.00 0.07 0.09 0.11 0.09 0.24 0.11 0.12
O3' 0.03 0.23 0.03 0.01 0.13 0.03 0.16 0.08 0.17 0.23 0.20 0.31 0.20 0.23 0.10 0.07 0.00 0.03 0.23 0.19 0.30 0.19 0.20
O4' 0.01 0.08 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.06 0.09 0.07 0.05 0.02 0.09 0.03 0.00 0.29 0.04 0.36 0.27 0.26
O5' 0.30 0.39 0.26 0.28 0.41 0.03 0.46 0.01 0.47 0.47 0.43 0.37 0.36 0.51 0.39 0.11 0.23 0.29 0.00 0.51 0.03 0.03 0.02
O6 0.03 0.05 0.04 0.16 0.02 0.19 0.01 0.51 0.01 0.03 0.04 0.08 0.04 0.04 0.02 0.09 0.19 0.04 0.51 0.00 0.48 0.51 0.50
OP1 0.34 0.35 0.34 0.35 0.35 0.22 0.40 0.35 0.42 0.39 0.37 0.35 0.33 0.45 0.34 0.24 0.30 0.36 0.03 0.48 0.00 0.02 0.01
OP2 0.15 0.25 0.06 0.07 0.23 0.24 0.35 0.37 0.41 0.25 0.34 0.23 0.19 0.40 0.16 0.11 0.19 0.27 0.03 0.51 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.31 0.21 0.22 0.32 0.04 0.40 0.02 0.43 0.38 0.37 0.29 0.28 0.46 0.28 0.12 0.20 0.26 0.02 0.50 0.01 0.01 0.00