ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51299

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 4, 0, 0, 1, 1, 1, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.002, 0.014, 0.025, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.002, 0.013, 0.025, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.013 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.003, 0.018, 0.032, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.001, 0.018, 0.035, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.018 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.002, 0.020, 0.039, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.020 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.004, 0.025, 0.047, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.025 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.000, 0.027, 0.053, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.027 std_dev=0.026
N6 A 0, 0.006, 0.035, 0.064, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.035 std_dev=0.029
C8 A 0, -0.001, 0.034, 0.069, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.034 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.188, 0.339, 0.489, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.339 std_dev=0.150
C2' A 0, 0.209, 0.360, 0.511, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.360 std_dev=0.151
C4' A 0, 0.294, 0.545, 0.796, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.545 std_dev=0.251
N3 B 0, 0.446, 0.732, 1.018, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.732 std_dev=0.286
C5' A 0, 0.543, 0.894, 1.245, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.894 std_dev=0.351
O2' A 0, 0.224, 0.588, 0.952, 1.486 max_d=1.486 avg_d=0.588 std_dev=0.364
C2 B 0, 0.583, 0.984, 1.384, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.984 std_dev=0.401
C3' A 0, 0.290, 0.698, 1.107, 1.664 max_d=1.664 avg_d=0.698 std_dev=0.409
C4 B 0, 0.587, 1.012, 1.438, 1.495 max_d=1.495 avg_d=1.012 std_dev=0.425
N2 B 0, 0.386, 0.838, 1.291, 1.612 max_d=1.612 avg_d=0.838 std_dev=0.453
N9 B 0, 0.614, 1.101, 1.588, 1.649 max_d=1.649 avg_d=1.101 std_dev=0.487
C1' B 0, 0.749, 1.243, 1.738, 1.748 max_d=1.748 avg_d=1.243 std_dev=0.495
C5 B 0, 0.877, 1.472, 2.066, 2.087 max_d=2.087 avg_d=1.472 std_dev=0.594
N1 B 0, 0.960, 1.560, 2.161, 2.081 max_d=2.081 avg_d=1.560 std_dev=0.601
C8 B 0, 0.744, 1.384, 2.025, 2.077 max_d=2.077 avg_d=1.384 std_dev=0.641
O4' B 0, 0.944, 1.595, 2.246, 2.282 max_d=2.282 avg_d=1.595 std_dev=0.651
C2' B 0, 1.111, 1.766, 2.422, 2.359 max_d=2.359 avg_d=1.766 std_dev=0.655
C6 B 0, 1.134, 1.824, 2.514, 2.474 max_d=2.474 avg_d=1.824 std_dev=0.690
O2' B 0, 1.238, 1.932, 2.627, 2.410 max_d=2.410 avg_d=1.932 std_dev=0.694
N7 B 0, 0.898, 1.627, 2.356, 2.377 max_d=2.377 avg_d=1.627 std_dev=0.729
O3' A 0, 0.253, 1.094, 1.934, 3.283 max_d=3.283 avg_d=1.094 std_dev=0.841
O6 B 0, 1.469, 2.362, 3.255, 3.169 max_d=3.169 avg_d=2.362 std_dev=0.893
C3' B 0, 1.557, 2.473, 3.389, 3.272 max_d=3.272 avg_d=2.473 std_dev=0.916
C4' B 0, 1.491, 2.423, 3.355, 3.245 max_d=3.245 avg_d=2.423 std_dev=0.932
O5' A 0, 0.563, 1.599, 2.635, 3.394 max_d=3.394 avg_d=1.599 std_dev=1.036
O3' B 0, 2.007, 3.150, 4.293, 4.061 max_d=4.061 avg_d=3.150 std_dev=1.143
C5' B 0, 1.814, 2.976, 4.139, 3.962 max_d=3.962 avg_d=2.976 std_dev=1.162
P A 0, 0.969, 2.331, 3.692, 4.580 max_d=4.580 avg_d=2.331 std_dev=1.362
OP2 A 0, 0.977, 2.410, 3.843, 4.864 max_d=4.864 avg_d=2.410 std_dev=1.433
O5' B 0, 1.755, 3.551, 5.348, 6.418 max_d=6.418 avg_d=3.551 std_dev=1.796
OP1 A 0, 1.311, 3.167, 5.023, 6.276 max_d=6.276 avg_d=3.167 std_dev=1.856
P B 0, 2.224, 4.327, 6.430, 7.515 max_d=7.515 avg_d=4.327 std_dev=2.103
OP2 B 0, 2.515, 4.858, 7.200, 8.065 max_d=8.065 avg_d=4.858 std_dev=2.343
OP1 B 0, 2.341, 4.932, 7.524, 8.725 max_d=8.725 avg_d=4.932 std_dev=2.592

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.25 0.00 0.30 0.41 0.34 0.23
C2 0.03 0.00 0.08 0.06 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.35 0.41 0.05 0.50 0.58 0.68 0.39
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.15 0.08 0.04 0.09 0.07 0.09 0.05 0.03 0.00 0.02 0.02 0.46 0.65 0.40 0.45
C3' 0.02 0.06 0.00 0.00 0.10 0.01 0.21 0.01 0.18 0.34 0.10 0.06 0.23 0.33 0.16 0.01 0.01 0.02 0.33 0.45 0.13 0.24
C4 0.01 0.01 0.06 0.10 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.28 0.22 0.02 0.59 0.66 0.68 0.47
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.10 0.01 0.08 0.15 0.05 0.02 0.11 0.15 0.07 0.21 0.02 0.00 0.01 0.15 0.31 0.07
C5 0.01 0.01 0.06 0.21 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.07 0.02 0.79 0.87 0.96 0.71
C5' 0.05 0.07 0.15 0.01 0.09 0.01 0.16 0.00 0.16 0.18 0.12 0.05 0.20 0.21 0.09 0.06 0.14 0.02 0.01 0.37 0.42 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.18 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.35 0.14 0.03 0.79 0.88 1.04 0.72
C8 0.01 0.01 0.04 0.34 0.00 0.15 0.01 0.18 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.18 0.03 0.87 0.94 0.86 0.74
N1 0.03 0.00 0.09 0.10 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.37 0.28 0.04 0.65 0.73 0.89 0.57
N3 0.02 0.01 0.07 0.06 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.31 0.43 0.04 0.42 0.52 0.54 0.30
N6 0.02 0.02 0.09 0.23 0.01 0.11 0.01 0.20 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.36 0.09 0.03 0.90 1.03 1.23 0.88
N7 0.01 0.01 0.05 0.33 0.01 0.15 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.16 0.03 0.95 1.06 1.11 0.88
N9 0.00 0.02 0.03 0.16 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.09 0.01 0.58 0.65 0.57 0.44
O2' 0.01 0.35 0.00 0.01 0.28 0.21 0.29 0.06 0.35 0.14 0.37 0.31 0.36 0.23 0.16 0.00 0.02 0.15 0.25 0.51 0.29 0.32
O3' 0.25 0.41 0.02 0.01 0.22 0.02 0.07 0.14 0.14 0.18 0.28 0.43 0.09 0.16 0.09 0.02 0.00 0.16 0.18 0.50 0.14 0.21
O4' 0.00 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.15 0.16 0.00 0.11 0.15 0.35 0.12
O5' 0.30 0.50 0.46 0.33 0.59 0.01 0.79 0.01 0.79 0.87 0.65 0.42 0.90 0.95 0.58 0.25 0.18 0.11 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.41 0.58 0.65 0.45 0.66 0.15 0.87 0.37 0.88 0.94 0.73 0.52 1.03 1.06 0.65 0.51 0.50 0.15 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.68 0.40 0.13 0.68 0.31 0.96 0.42 1.04 0.86 0.89 0.54 1.23 1.11 0.57 0.29 0.14 0.35 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.39 0.45 0.24 0.47 0.07 0.71 0.02 0.72 0.74 0.57 0.30 0.88 0.88 0.44 0.32 0.21 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.20 0.14 0.18 0.15 0.10 0.18 0.12 0.23 0.14 0.24 0.22 0.15 0.17 0.13 0.10 0.22 0.11 0.25 0.25 0.30 0.28 0.29
C2 0.17 0.17 0.17 0.18 0.19 0.14 0.20 0.14 0.19 0.20 0.18 0.16 0.18 0.20 0.19 0.12 0.20 0.16 0.20 0.18 0.22 0.34 0.22
C2' 0.17 0.24 0.23 0.29 0.23 0.21 0.27 0.26 0.30 0.24 0.28 0.21 0.21 0.27 0.22 0.14 0.32 0.17 0.41 0.32 0.49 0.46 0.49
C3' 0.26 0.51 0.27 0.33 0.45 0.25 0.54 0.31 0.62 0.45 0.61 0.49 0.41 0.53 0.39 0.13 0.32 0.26 0.50 0.69 0.58 0.51 0.58
C4 0.14 0.18 0.17 0.19 0.16 0.14 0.16 0.14 0.18 0.15 0.19 0.19 0.16 0.16 0.15 0.13 0.23 0.15 0.20 0.18 0.26 0.35 0.24
C4' 0.14 0.33 0.17 0.22 0.26 0.13 0.32 0.16 0.39 0.25 0.40 0.34 0.24 0.30 0.21 0.10 0.24 0.14 0.32 0.45 0.38 0.33 0.37
C5 0.20 0.18 0.22 0.24 0.18 0.20 0.18 0.20 0.18 0.20 0.18 0.18 0.17 0.19 0.19 0.20 0.29 0.21 0.31 0.18 0.42 0.51 0.35
C5' 0.13 0.31 0.16 0.21 0.22 0.13 0.29 0.13 0.38 0.21 0.39 0.33 0.22 0.28 0.17 0.15 0.26 0.15 0.26 0.45 0.29 0.29 0.31
C6 0.25 0.17 0.26 0.28 0.21 0.25 0.21 0.25 0.19 0.25 0.17 0.17 0.19 0.23 0.24 0.25 0.32 0.26 0.41 0.19 0.53 0.64 0.45
C8 0.15 0.19 0.18 0.22 0.15 0.16 0.16 0.16 0.19 0.14 0.20 0.21 0.15 0.15 0.15 0.16 0.28 0.17 0.24 0.20 0.36 0.42 0.29
N1 0.25 0.17 0.25 0.25 0.22 0.23 0.22 0.22 0.20 0.26 0.18 0.16 0.19 0.24 0.25 0.23 0.27 0.24 0.33 0.20 0.40 0.55 0.36
N3 0.12 0.18 0.14 0.17 0.16 0.11 0.17 0.12 0.18 0.15 0.18 0.19 0.16 0.16 0.15 0.10 0.19 0.12 0.22 0.18 0.24 0.27 0.23
N6 0.29 0.18 0.31 0.34 0.23 0.32 0.23 0.32 0.20 0.29 0.18 0.17 0.20 0.27 0.27 0.31 0.39 0.31 0.60 0.20 0.76 0.84 0.64
N7 0.20 0.18 0.22 0.25 0.17 0.21 0.17 0.21 0.18 0.18 0.19 0.20 0.17 0.17 0.18 0.21 0.31 0.21 0.34 0.18 0.48 0.55 0.39
N9 0.12 0.19 0.15 0.19 0.14 0.12 0.16 0.13 0.19 0.13 0.20 0.21 0.15 0.15 0.13 0.12 0.24 0.13 0.19 0.21 0.26 0.32 0.24
O2' 0.46 0.34 0.56 0.64 0.44 0.54 0.44 0.61 0.39 0.49 0.34 0.24 0.40 0.47 0.48 0.46 0.67 0.47 0.77 0.38 0.82 0.72 0.85
O3' 0.75 1.02 0.68 0.72 0.96 0.69 1.06 0.77 1.14 0.97 1.13 0.98 0.91 1.05 0.90 0.51 0.63 0.75 0.96 1.20 1.05 0.88 1.04
O4' 0.11 0.19 0.11 0.14 0.12 0.10 0.16 0.09 0.22 0.11 0.24 0.24 0.13 0.15 0.10 0.11 0.19 0.14 0.18 0.25 0.21 0.21 0.21
O5' 0.31 0.33 0.48 0.54 0.27 0.43 0.32 0.42 0.42 0.26 0.42 0.34 0.27 0.30 0.26 0.55 0.69 0.32 0.57 0.50 0.53 0.53 0.60
OP1 0.54 0.62 0.75 0.87 0.62 0.66 0.68 0.69 0.74 0.64 0.71 0.59 0.58 0.69 0.60 0.71 1.06 0.54 0.79 0.81 0.73 0.93 0.87
OP2 0.51 0.38 0.70 0.78 0.35 0.69 0.33 0.68 0.39 0.36 0.42 0.42 0.37 0.32 0.40 0.81 0.96 0.54 0.65 0.45 0.62 0.59 0.65
P 0.24 0.35 0.42 0.50 0.26 0.37 0.33 0.36 0.45 0.23 0.45 0.37 0.25 0.31 0.22 0.49 0.68 0.27 0.42 0.54 0.37 0.46 0.46

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.34 0.03 0.37 0.17 0.30
C2 0.04 0.00 0.08 0.10 0.02 0.06 0.02 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.07 0.12 0.04 0.55 0.01 0.60 0.55 0.55
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.07 0.07 0.11 0.08 0.07 0.02 0.01 0.02 0.01 0.15 0.07 0.20 0.23 0.10
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.07 0.10 0.08 0.12 0.09 0.10 0.03 0.01 0.01 0.01 0.12 0.08 0.28 0.39 0.11
C4 0.02 0.02 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.64 0.01 0.70 0.59 0.62
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.06 0.05 0.08 0.05 0.06 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.04 0.18 0.34 0.04
C5 0.02 0.02 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.08 0.02 0.81 0.01 0.93 0.84 0.82
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.05 0.01 0.08 0.00 0.08 0.10 0.06 0.07 0.05 0.11 0.05 0.05 0.04 0.01 0.01 0.09 0.35 0.39 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.10 0.02 0.81 0.01 0.96 0.90 0.85
C8 0.01 0.02 0.07 0.10 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.05 0.11 0.02 0.86 0.02 0.96 0.80 0.84
N1 0.04 0.00 0.07 0.08 0.01 0.05 0.02 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.11 0.03 0.69 0.00 0.79 0.74 0.71
N2 0.06 0.00 0.11 0.12 0.02 0.08 0.02 0.07 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.10 0.16 0.06 0.45 0.01 0.49 0.47 0.45
N3 0.04 0.01 0.08 0.09 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.11 0.04 0.49 0.01 0.52 0.44 0.47
N7 0.01 0.02 0.07 0.10 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.12 0.02 0.93 0.02 1.10 1.00 0.96
N9 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.63 0.02 0.67 0.50 0.59
O2' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.07 0.10 0.06 0.05 0.02 0.00 0.03 0.02 0.18 0.06 0.26 0.43 0.22
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.06 0.03 0.08 0.04 0.10 0.11 0.11 0.16 0.11 0.12 0.03 0.03 0.00 0.02 0.26 0.12 0.43 0.79 0.38
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.31 0.03 0.38 0.11 0.28
O5' 0.34 0.55 0.15 0.12 0.64 0.03 0.81 0.01 0.81 0.86 0.69 0.45 0.49 0.93 0.63 0.18 0.26 0.31 0.00 0.89 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.12 0.03 0.89 0.00 1.09 1.05 0.96
OP1 0.37 0.60 0.20 0.28 0.70 0.18 0.93 0.35 0.96 0.96 0.79 0.49 0.52 1.10 0.67 0.26 0.43 0.38 0.02 1.09 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.55 0.23 0.39 0.59 0.34 0.84 0.39 0.90 0.80 0.74 0.47 0.44 1.00 0.50 0.43 0.79 0.11 0.02 1.05 0.01 0.00 0.01
P 0.30 0.55 0.10 0.11 0.62 0.04 0.82 0.02 0.85 0.84 0.71 0.45 0.47 0.96 0.59 0.22 0.38 0.28 0.01 0.96 0.01 0.01 0.00