ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51300

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.004, 0.019, 0.035, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.004, 0.021, 0.038, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.005, 0.025, 0.045, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.006, 0.031, 0.056, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.031 std_dev=0.025
C5 A 0, 0.009, 0.039, 0.069, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.039 std_dev=0.030
C4 A 0, 0.010, 0.045, 0.080, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.045 std_dev=0.035
N9 A 0, 0.013, 0.053, 0.093, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.053 std_dev=0.040
O4' A 0, 0.005, 0.048, 0.092, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.048 std_dev=0.043
N6 A 0, 0.017, 0.076, 0.134, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.076 std_dev=0.058
N7 A 0, 0.022, 0.091, 0.160, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.091 std_dev=0.069
C8 A 0, 0.025, 0.103, 0.181, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.103 std_dev=0.078
C2' A 0, 0.035, 0.147, 0.259, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.147 std_dev=0.112
C4' A 0, 0.048, 0.166, 0.284, 0.265 max_d=0.265 avg_d=0.166 std_dev=0.118
O5' A 0, 0.061, 0.210, 0.359, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.210 std_dev=0.149
C5' A 0, 0.062, 0.210, 0.359, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.210 std_dev=0.149
C3' A 0, 0.054, 0.218, 0.382, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.218 std_dev=0.164
O2' A 0, 0.063, 0.260, 0.456, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.260 std_dev=0.197
P A 0, 0.076, 0.280, 0.484, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.280 std_dev=0.204
O3' A 0, 0.073, 0.300, 0.527, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.300 std_dev=0.227
N2 B 0, -0.005, 0.224, 0.454, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.224 std_dev=0.229
OP1 A 0, 0.095, 0.335, 0.575, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.335 std_dev=0.240
OP2 A 0, 0.086, 0.363, 0.641, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.363 std_dev=0.277
C2 B 0, 0.000, 0.317, 0.634, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.317 std_dev=0.317
N3 B 0, -0.012, 0.335, 0.683, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.335 std_dev=0.348
O2' B 0, -0.008, 0.347, 0.703, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.347 std_dev=0.355
N1 B 0, 0.027, 0.411, 0.794, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.411 std_dev=0.384
C2' B 0, -0.058, 0.393, 0.844, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.393 std_dev=0.451
C1' B 0, -0.013, 0.438, 0.889, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.438 std_dev=0.451
C4 B 0, 0.015, 0.475, 0.935, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.475 std_dev=0.460
O4' B 0, 0.011, 0.489, 0.967, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.489 std_dev=0.478
C4' B 0, 0.008, 0.501, 0.993, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.501 std_dev=0.492
C6 B 0, 0.043, 0.541, 1.038, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.541 std_dev=0.497
C3' B 0, -0.035, 0.476, 0.986, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.476 std_dev=0.511
N9 B 0, 0.018, 0.537, 1.055, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.537 std_dev=0.518
C5' B 0, 0.063, 0.590, 1.117, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.590 std_dev=0.527
O3' B 0, -0.046, 0.483, 1.012, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.483 std_dev=0.529
C5 B 0, 0.041, 0.582, 1.123, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.582 std_dev=0.541
O6 B 0, 0.054, 0.601, 1.147, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.601 std_dev=0.546
O5' B 0, 0.134, 0.708, 1.283, 1.406 max_d=1.406 avg_d=0.708 std_dev=0.574
C8 B 0, 0.051, 0.697, 1.343, 1.556 max_d=1.556 avg_d=0.697 std_dev=0.646
N7 B 0, 0.063, 0.723, 1.382, 1.594 max_d=1.594 avg_d=0.723 std_dev=0.659
P B 0, 0.190, 0.890, 1.591, 1.711 max_d=1.711 avg_d=0.890 std_dev=0.700
OP2 B 0, 0.187, 0.952, 1.717, 1.873 max_d=1.873 avg_d=0.952 std_dev=0.765
OP1 B 0, 0.289, 1.062, 1.835, 1.817 max_d=1.817 avg_d=1.062 std_dev=0.773

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01
C2 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.05 0.04 0.02 0.08 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.03
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.02 0.00 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.05 0.05 0.05
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.04 0.02 0.06 0.06 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.05 0.06 0.07 0.06
C8 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.04 0.02 0.04
N1 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.04 0.04 0.05 0.05
N3 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02
N6 0.01 0.00 0.06 0.08 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.06 0.08 0.09 0.08
N7 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.06 0.05 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02
O2' 0.02 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.01 0.02
O3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03 0.06 0.05 0.05 0.03 0.09 0.06 0.02 0.02 0.00 0.02 0.06 0.09 0.03 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02 0.05 0.03
O5' 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.04 0.01 0.06 0.05 0.01 0.02 0.06 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.01 0.02 0.04 0.05 0.02 0.03 0.05 0.01 0.06 0.04 0.04 0.01 0.08 0.06 0.01 0.05 0.09 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.07 0.02 0.05 0.02 0.09 0.05 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.04 0.05 0.02 0.08 0.06 0.02 0.02 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.05 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.05 0.07 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.05 0.01 0.05 0.05 0.19 0.04
C2 0.04 0.05 0.07 0.07 0.04 0.04 0.05 0.03 0.06 0.05 0.05 0.05 0.03 0.06 0.04 0.13 0.10 0.05 0.03 0.06 0.10 0.15 0.03
C2' 0.07 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.04 0.04 0.08 0.04 0.06 0.06 0.18 0.05
C3' 0.07 0.05 0.05 0.05 0.05 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.03 0.05 0.08 0.04 0.05 0.07 0.18 0.05
C4 0.03 0.04 0.04 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.06 0.02 0.03 0.02 0.09 0.06 0.04 0.02 0.04 0.09 0.17 0.03
C4' 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.01 0.03 0.04 0.21 0.05
C5 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.05 0.02 0.05 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.04 0.04 0.09 0.07 0.04 0.04 0.02 0.13 0.17 0.05
C5' 0.04 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.01 0.03 0.06 0.20 0.04
C6 0.05 0.02 0.08 0.08 0.04 0.07 0.04 0.06 0.03 0.06 0.02 0.04 0.02 0.05 0.06 0.11 0.09 0.05 0.06 0.03 0.15 0.16 0.07
C8 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.06 0.01 0.02 0.02 0.07 0.04 0.03 0.03 0.02 0.10 0.18 0.04
N1 0.05 0.03 0.09 0.09 0.04 0.06 0.04 0.06 0.04 0.05 0.03 0.04 0.02 0.05 0.05 0.14 0.11 0.05 0.06 0.04 0.14 0.15 0.06
N3 0.04 0.06 0.04 0.04 0.05 0.03 0.06 0.02 0.06 0.05 0.06 0.07 0.04 0.06 0.04 0.10 0.07 0.05 0.01 0.07 0.08 0.17 0.02
N6 0.07 0.01 0.08 0.09 0.06 0.08 0.06 0.08 0.04 0.09 0.02 0.04 0.03 0.08 0.08 0.11 0.09 0.07 0.08 0.04 0.19 0.16 0.10
N7 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.05 0.02 0.05 0.01 0.04 0.02 0.06 0.01 0.03 0.04 0.08 0.06 0.04 0.04 0.01 0.13 0.17 0.05
N9 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.05 0.07 0.02 0.02 0.02 0.07 0.03 0.04 0.01 0.04 0.08 0.18 0.03
O2' 0.06 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.06 0.04 0.05 0.04 0.20 0.07
O3' 0.08 0.05 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.04 0.06 0.08 0.05 0.05 0.07 0.19 0.07
O4' 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.06 0.02 0.02 0.02 0.06 0.03 0.04 0.01 0.04 0.05 0.21 0.05
O5' 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.01 0.07 0.20 0.04
OP1 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.01 0.02 0.07 0.20 0.04
OP2 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.10 0.19 0.03
P 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.08 0.21 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.15 0.04
C2 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.00 0.05 0.26 0.10
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.13 0.06
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.06 0.03 0.03 0.08 0.06
C4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.24 0.08
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.27 0.10
C5' 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.09 0.02 0.01
C6 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.10 0.29 0.11
C8 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.03 0.21 0.07
N1 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.08 0.28 0.11
N2 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.26 0.10
N3 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.23 0.08
N7 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.26 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.20 0.06
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.04 0.09 0.08 0.03
O3' 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.06 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03 0.03 0.00 0.01 0.10 0.03 0.07 0.05 0.08
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.09 0.11 0.03
O5' 0.01 0.03 0.03 0.06 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.06 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.10 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.12 0.30 0.12
OP1 0.05 0.05 0.02 0.03 0.03 0.08 0.07 0.09 0.10 0.03 0.08 0.04 0.02 0.08 0.01 0.09 0.07 0.09 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.26 0.13 0.08 0.24 0.04 0.27 0.02 0.29 0.21 0.28 0.26 0.23 0.26 0.20 0.08 0.05 0.11 0.01 0.30 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.10 0.06 0.06 0.08 0.02 0.10 0.01 0.11 0.07 0.11 0.10 0.08 0.10 0.06 0.03 0.08 0.03 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00