ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51301

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C3' A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C5 A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.000, 0.024, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N6 A 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
N9 A 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
N7 A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
N7 B 0, 0.000, 0.042, 0.085, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.042 std_dev=0.042
C8 A 0, 0.000, 0.045, 0.089, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.045 std_dev=0.045
C5 B 0, 0.000, 0.046, 0.092, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.046 std_dev=0.046
C8 B 0, 0.000, 0.048, 0.096, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.048 std_dev=0.048
O4' A 0, 0.000, 0.049, 0.098, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.049 std_dev=0.049
C4 B 0, 0.000, 0.051, 0.102, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.051 std_dev=0.051
N9 B 0, 0.000, 0.056, 0.112, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.056 std_dev=0.056
C6 B 0, 0.000, 0.058, 0.115, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.058 std_dev=0.058
O6 B 0, 0.000, 0.063, 0.125, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.063 std_dev=0.063
C4' A 0, 0.000, 0.064, 0.129, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.064 std_dev=0.064
N3 B 0, 0.000, 0.071, 0.141, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.071 std_dev=0.071
N1 B 0, 0.000, 0.071, 0.142, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.071 std_dev=0.071
C2 B 0, 0.000, 0.076, 0.152, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.076 std_dev=0.076
O3' A 0, 0.000, 0.079, 0.158, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.079 std_dev=0.079
N2 B 0, 0.000, 0.088, 0.176, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.088 std_dev=0.088
C1' B 0, 0.000, 0.105, 0.210, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.105 std_dev=0.105
C2' A 0, 0.000, 0.115, 0.230, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.115 std_dev=0.115
O4' B 0, 0.000, 0.145, 0.291, 0.291 max_d=0.291 avg_d=0.145 std_dev=0.145
C5' A 0, 0.000, 0.146, 0.292, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.146 std_dev=0.146
C2' B 0, 0.000, 0.199, 0.398, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.199 std_dev=0.199
O5' A 0, 0.000, 0.227, 0.454, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.227 std_dev=0.227
C4' B 0, 0.000, 0.238, 0.475, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.238 std_dev=0.238
OP2 A 0, 0.000, 0.240, 0.480, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.240 std_dev=0.240
O2' A 0, 0.000, 0.252, 0.504, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.252 std_dev=0.252
C3' B 0, 0.000, 0.260, 0.519, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.260 std_dev=0.260
O3' B 0, 0.000, 0.266, 0.532, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.266 std_dev=0.266
O2' B 0, 0.000, 0.267, 0.535, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.267 std_dev=0.267
O5' B 0, 0.000, 0.269, 0.538, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.269 std_dev=0.269
P A 0, 0.000, 0.281, 0.563, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.281 std_dev=0.281
C5' B 0, 0.000, 0.297, 0.594, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.297 std_dev=0.297
OP1 A 0, 0.000, 0.310, 0.621, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.310 std_dev=0.310
OP2 B 0, 0.000, 0.400, 0.801, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.400 std_dev=0.400
P B 0, 0.000, 0.417, 0.835, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.417 std_dev=0.417
OP1 B 0, 0.000, 0.551, 1.101, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.551 std_dev=0.551

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.02
C2 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.16 0.04 0.02 0.09 0.12 0.07 0.10
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.07 0.06 0.07 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02 0.02
C4 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.00 0.00 0.08 0.11 0.06 0.08
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00
C5 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.01 0.01 0.09 0.13 0.07 0.10
C5' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.04 0.02 0.07 0.08 0.04 0.05 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.00
C6 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.03 0.00 0.10 0.15 0.08 0.11
C8 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.07 0.10 0.05 0.06
N1 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.04 0.01 0.10 0.14 0.08 0.11
N3 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.14 0.03 0.02 0.07 0.10 0.05 0.08
N6 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.03 0.01 0.10 0.16 0.08 0.11
N7 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.09 0.13 0.07 0.09
N9 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.06 0.09 0.04 0.05
O2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.09 0.05 0.08 0.05 0.12 0.01 0.15 0.14 0.11 0.04 0.03 0.00 0.03 0.03 0.05 0.07 0.03 0.04
O3' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01
O5' 0.03 0.09 0.03 0.05 0.08 0.01 0.09 0.01 0.10 0.07 0.10 0.07 0.10 0.09 0.06 0.05 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.06 0.12 0.04 0.05 0.11 0.04 0.13 0.05 0.15 0.10 0.14 0.10 0.16 0.13 0.09 0.07 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.07 0.01 0.02 0.06 0.00 0.07 0.01 0.08 0.05 0.08 0.05 0.08 0.07 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.10 0.01 0.02 0.08 0.00 0.10 0.00 0.11 0.06 0.11 0.08 0.11 0.09 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.04 0.10 0.15 0.03 0.16 0.03 0.17 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.03 0.10 0.16 0.11 0.12 0.05 0.17 0.11 0.14
C2 0.03 0.02 0.04 0.09 0.00 0.10 0.00 0.11 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.05 0.12 0.06 0.06 0.03 0.09 0.04 0.07
C2' 0.10 0.07 0.13 0.16 0.07 0.18 0.08 0.21 0.09 0.07 0.09 0.05 0.06 0.07 0.07 0.12 0.16 0.14 0.17 0.10 0.21 0.16 0.19
C3' 0.07 0.03 0.11 0.15 0.02 0.17 0.02 0.20 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.03 0.10 0.16 0.11 0.15 0.05 0.23 0.15 0.19
C4 0.04 0.05 0.07 0.11 0.01 0.12 0.02 0.13 0.04 0.00 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.08 0.13 0.07 0.08 0.04 0.13 0.07 0.10
C4' 0.06 0.00 0.10 0.15 0.01 0.16 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.10 0.16 0.08 0.15 0.00 0.23 0.14 0.19
C5 0.05 0.05 0.08 0.12 0.02 0.12 0.02 0.13 0.04 0.01 0.05 0.07 0.03 0.01 0.01 0.10 0.15 0.07 0.09 0.05 0.15 0.09 0.11
C5' 0.03 0.01 0.08 0.13 0.02 0.12 0.04 0.15 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.09 0.15 0.04 0.11 0.02 0.23 0.12 0.17
C6 0.05 0.04 0.07 0.12 0.02 0.11 0.02 0.12 0.03 0.01 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.10 0.15 0.07 0.08 0.04 0.13 0.08 0.10
C8 0.05 0.06 0.09 0.14 0.03 0.13 0.03 0.14 0.04 0.01 0.06 0.07 0.04 0.01 0.02 0.11 0.15 0.06 0.11 0.05 0.18 0.12 0.14
N1 0.03 0.02 0.05 0.10 0.00 0.11 0.01 0.11 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.07 0.13 0.06 0.07 0.03 0.11 0.05 0.08
N3 0.03 0.03 0.05 0.09 0.00 0.11 0.00 0.11 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.00 0.01 0.05 0.12 0.07 0.06 0.03 0.09 0.04 0.07
N6 0.06 0.05 0.09 0.13 0.03 0.12 0.03 0.13 0.04 0.02 0.05 0.06 0.03 0.02 0.02 0.12 0.16 0.07 0.09 0.05 0.15 0.10 0.12
N7 0.05 0.06 0.09 0.14 0.03 0.12 0.03 0.14 0.04 0.01 0.06 0.07 0.04 0.02 0.02 0.12 0.16 0.06 0.11 0.05 0.17 0.12 0.13
N9 0.05 0.06 0.08 0.13 0.02 0.13 0.02 0.14 0.04 0.01 0.06 0.07 0.04 0.01 0.02 0.09 0.14 0.08 0.10 0.05 0.15 0.10 0.12
O2' 0.13 0.01 0.16 0.20 0.08 0.22 0.09 0.26 0.08 0.11 0.04 0.06 0.03 0.11 0.10 0.13 0.19 0.19 0.23 0.10 0.27 0.23 0.26
O3' 0.09 0.03 0.13 0.17 0.04 0.18 0.04 0.22 0.05 0.05 0.04 0.02 0.03 0.04 0.05 0.11 0.17 0.13 0.19 0.06 0.26 0.19 0.23
O4' 0.06 0.02 0.11 0.16 0.00 0.17 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.16 0.09 0.13 0.01 0.20 0.13 0.16
O5' 0.01 0.05 0.05 0.09 0.01 0.07 0.02 0.09 0.01 0.05 0.04 0.09 0.03 0.04 0.02 0.07 0.10 0.01 0.05 0.02 0.16 0.07 0.10
OP1 0.04 0.08 0.08 0.12 0.02 0.08 0.00 0.09 0.03 0.03 0.06 0.11 0.06 0.02 0.01 0.11 0.14 0.03 0.07 0.03 0.21 0.10 0.13
OP2 0.02 0.04 0.06 0.10 0.01 0.08 0.02 0.11 0.01 0.04 0.03 0.07 0.02 0.04 0.02 0.07 0.11 0.03 0.08 0.02 0.21 0.10 0.14
P 0.02 0.05 0.05 0.09 0.00 0.07 0.02 0.08 0.01 0.05 0.04 0.09 0.03 0.05 0.02 0.07 0.11 0.01 0.05 0.02 0.18 0.07 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.06 0.05 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.06 0.03 0.04
C2 0.05 0.00 0.04 0.08 0.01 0.10 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.10 0.10 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.08 0.03 0.05
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.05 0.10 0.07 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03
C4 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.01 0.04 0.04 0.03
C4' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.03 0.09 0.13 0.09 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04 0.00 0.07 0.08 0.06
C5' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.07 0.12 0.07 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01
C6 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.06 0.02 0.00 0.05 0.08 0.04
C8 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02 0.09 0.00 0.13 0.11 0.12
N1 0.04 0.00 0.02 0.05 0.01 0.09 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.08 0.09 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00
N2 0.06 0.00 0.05 0.10 0.00 0.13 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.13 0.11 0.06 0.00 0.06 0.01 0.05
N3 0.05 0.00 0.04 0.07 0.00 0.09 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.10 0.09 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02
N7 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.08 0.01 0.13 0.13 0.12
N9 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.07 0.05 0.06
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03 0.03 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.03 0.06 0.09 0.05 0.07
O3' 0.02 0.10 0.02 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.08 0.13 0.10 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03
O4' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.09 0.11 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.03 0.01 0.03
O5' 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.09 0.02 0.06 0.03 0.08 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00
O6 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.06 0.03 0.00 0.07 0.10 0.06
OP1 0.06 0.03 0.08 0.05 0.04 0.02 0.07 0.00 0.05 0.13 0.00 0.06 0.02 0.13 0.07 0.09 0.05 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.08 0.11 0.04 0.01 0.01 0.13 0.05 0.05 0.00 0.01 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.02 0.05 0.03 0.03 0.01 0.06 0.01 0.04 0.12 0.00 0.05 0.02 0.12 0.06 0.07 0.03 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00