ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51303

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 4, 19, 22, 16, 19, 14, 10, 13, 13, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.005, 0.019, 0.034, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.002, 0.018, 0.035, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.018 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.004, 0.020, 0.037, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.020 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.004, 0.021, 0.037, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.021 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.003, 0.023, 0.043, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.023 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.004, 0.024, 0.045, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.024 std_dev=0.021
N2 A 0, 0.006, 0.035, 0.064, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.035 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.005, 0.036, 0.066, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.036 std_dev=0.030
O6 A 0, 0.006, 0.037, 0.068, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.037 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.005, 0.040, 0.075, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.040 std_dev=0.035
P B 0, 0.235, 0.443, 0.652, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.443 std_dev=0.208
OP2 B 0, 0.232, 0.443, 0.653, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.443 std_dev=0.211
OP1 B 0, 0.359, 0.766, 1.174, 1.698 max_d=1.698 avg_d=0.766 std_dev=0.407
O4' A 0, -0.195, 0.293, 0.780, 2.413 max_d=2.413 avg_d=0.293 std_dev=0.488
C2' A 0, -0.171, 0.334, 0.838, 2.569 max_d=2.569 avg_d=0.334 std_dev=0.504
O2' A 0, -0.167, 0.436, 1.038, 3.193 max_d=3.193 avg_d=0.436 std_dev=0.603
C4' A 0, -0.207, 0.447, 1.100, 3.327 max_d=3.327 avg_d=0.447 std_dev=0.653
C3' A 0, -0.276, 0.499, 1.273, 3.888 max_d=3.888 avg_d=0.499 std_dev=0.775
O5' B 0, 0.048, 0.827, 1.607, 3.505 max_d=3.505 avg_d=0.827 std_dev=0.780
O3' A 0, -0.330, 0.742, 1.814, 5.484 max_d=5.484 avg_d=0.742 std_dev=1.072
C5' B 0, -0.050, 1.107, 2.264, 5.610 max_d=5.610 avg_d=1.107 std_dev=1.157
C5' A 0, -0.404, 0.784, 1.972, 5.949 max_d=5.949 avg_d=0.784 std_dev=1.188
O5' A 0, -0.590, 0.802, 2.193, 6.903 max_d=6.903 avg_d=0.802 std_dev=1.391
C4' B 0, -0.416, 1.200, 2.815, 7.985 max_d=7.985 avg_d=1.200 std_dev=1.615
C6 B 0, -0.402, 1.387, 3.175, 8.985 max_d=8.985 avg_d=1.387 std_dev=1.789
O4' B 0, -0.515, 1.322, 3.158, 9.272 max_d=9.272 avg_d=1.322 std_dev=1.836
C3' B 0, -0.727, 1.132, 2.991, 9.028 max_d=9.028 avg_d=1.132 std_dev=1.859
C5 B 0, -0.384, 1.491, 3.366, 9.568 max_d=9.568 avg_d=1.491 std_dev=1.875
P A 0, -0.824, 1.188, 3.200, 9.925 max_d=9.925 avg_d=1.188 std_dev=2.012
OP2 A 0, -0.804, 1.274, 3.352, 10.462 max_d=10.462 avg_d=1.274 std_dev=2.078
O3' B 0, -0.889, 1.240, 3.369, 11.152 max_d=11.152 avg_d=1.240 std_dev=2.129
N1 B 0, -0.795, 1.416, 3.627, 10.772 max_d=10.772 avg_d=1.416 std_dev=2.211
C1' B 0, -0.859, 1.384, 3.627, 10.942 max_d=10.942 avg_d=1.384 std_dev=2.243
OP1 A 0, -0.868, 1.399, 3.665, 11.173 max_d=11.173 avg_d=1.399 std_dev=2.267
C2' B 0, -1.038, 1.277, 3.592, 11.366 max_d=11.366 avg_d=1.277 std_dev=2.315
C4 B 0, -0.744, 1.628, 4.000, 12.287 max_d=12.287 avg_d=1.628 std_dev=2.372
O4 B 0, -0.779, 1.776, 4.331, 13.831 max_d=13.831 avg_d=1.776 std_dev=2.555
C2 B 0, -1.102, 1.604, 4.309, 12.803 max_d=12.803 avg_d=1.604 std_dev=2.706
O2' B 0, -1.242, 1.486, 4.214, 13.089 max_d=13.089 avg_d=1.486 std_dev=2.728
N3 B 0, -1.061, 1.679, 4.420, 13.538 max_d=13.538 avg_d=1.679 std_dev=2.740
O2 B 0, -1.397, 1.748, 4.893, 14.605 max_d=14.605 avg_d=1.748 std_dev=3.145

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.26 0.13 0.09
C2 0.04 0.00 0.18 0.42 0.01 0.36 0.01 0.54 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.44 0.21 0.70 0.01 1.28 1.03 0.97
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.08 0.01 0.03 0.02 0.06 0.11 0.12 0.22 0.18 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.05 0.39 0.12 0.14
C3' 0.01 0.42 0.00 0.00 0.16 0.00 0.06 0.02 0.12 0.30 0.29 0.56 0.41 0.22 0.07 0.02 0.01 0.01 0.12 0.09 0.40 0.13 0.17
C4 0.02 0.01 0.08 0.16 0.00 0.15 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.15 0.11 0.28 0.01 0.62 0.40 0.38
C4' 0.01 0.36 0.01 0.00 0.15 0.00 0.05 0.01 0.13 0.23 0.26 0.47 0.34 0.16 0.04 0.06 0.02 0.00 0.01 0.09 0.17 0.10 0.05
C5 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.06 0.17 0.01 0.40 0.26 0.22
C5' 0.02 0.54 0.02 0.02 0.21 0.01 0.10 0.00 0.20 0.35 0.40 0.71 0.48 0.26 0.07 0.06 0.03 0.01 0.01 0.15 0.08 0.11 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.12 0.01 0.13 0.01 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.13 0.10 0.29 0.01 0.63 0.46 0.40
C8 0.02 0.01 0.11 0.30 0.01 0.23 0.01 0.35 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.29 0.11 0.45 0.02 0.28 0.52 0.48
N1 0.03 0.01 0.12 0.29 0.01 0.26 0.01 0.40 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.30 0.17 0.54 0.01 1.04 0.84 0.76
N2 0.05 0.01 0.22 0.56 0.01 0.47 0.01 0.71 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.14 0.61 0.25 0.89 0.02 1.65 1.34 1.28
N3 0.04 0.01 0.18 0.41 0.01 0.34 0.01 0.48 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.41 0.20 0.61 0.01 1.11 0.82 0.82
N7 0.01 0.01 0.08 0.22 0.01 0.16 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.25 0.06 0.35 0.02 0.23 0.46 0.39
N9 0.00 0.02 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.11 0.02 0.24 0.16 0.11
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.05 0.06 0.04 0.06 0.06 0.06 0.09 0.14 0.11 0.05 0.03 0.00 0.05 0.05 0.05 0.06 0.35 0.10 0.11
O3' 0.02 0.44 0.02 0.01 0.15 0.02 0.08 0.03 0.13 0.29 0.30 0.61 0.41 0.25 0.07 0.05 0.00 0.02 0.14 0.11 0.42 0.21 0.22
O4' 0.01 0.21 0.01 0.01 0.11 0.00 0.06 0.01 0.10 0.11 0.17 0.25 0.20 0.06 0.01 0.05 0.02 0.00 0.08 0.08 0.16 0.17 0.11
O5' 0.05 0.70 0.07 0.12 0.28 0.01 0.17 0.01 0.29 0.45 0.54 0.89 0.61 0.35 0.11 0.05 0.14 0.08 0.00 0.23 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.06 0.11 0.08 0.23 0.00 0.51 0.38 0.31
OP1 0.26 1.28 0.39 0.40 0.62 0.17 0.40 0.08 0.63 0.28 1.04 1.65 1.11 0.23 0.24 0.35 0.42 0.16 0.02 0.51 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 1.03 0.12 0.13 0.40 0.10 0.26 0.11 0.46 0.52 0.84 1.34 0.82 0.46 0.16 0.10 0.21 0.17 0.02 0.38 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.97 0.14 0.17 0.38 0.05 0.22 0.02 0.40 0.48 0.76 1.28 0.82 0.39 0.11 0.11 0.22 0.11 0.01 0.31 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.62 1.16 0.45 0.30 1.49 0.32 1.20 0.42 0.91 0.88 1.44 1.16 0.42 0.29 1.78 0.50 0.33 0.23 0.24 0.18
C2 0.59 1.04 0.48 0.33 1.24 0.28 1.06 0.32 0.84 0.82 1.22 1.06 0.41 0.31 1.36 0.46 0.31 0.26 0.23 0.18
C2' 0.74 1.32 0.52 0.31 1.64 0.35 1.28 0.43 0.99 1.01 1.62 1.35 0.50 0.28 1.97 0.59 0.36 0.24 0.29 0.19
C3' 0.60 1.19 0.40 0.28 1.52 0.32 1.16 0.51 0.86 0.87 1.50 1.22 0.40 0.35 1.87 0.46 0.37 0.45 0.46 0.35
C4 0.45 0.90 0.35 0.29 1.22 0.29 1.02 0.41 0.75 0.68 1.14 0.91 0.35 0.32 1.45 0.36 0.29 0.20 0.23 0.17
C4' 0.55 1.11 0.41 0.36 1.46 0.38 1.12 0.55 0.82 0.81 1.42 1.14 0.41 0.44 1.80 0.43 0.39 0.47 0.46 0.37
C5 0.45 0.72 0.52 0.51 1.00 0.45 0.88 0.51 0.67 0.57 0.92 0.75 0.58 0.56 1.20 0.39 0.30 0.17 0.23 0.16
C5' 0.49 0.96 0.49 0.58 1.31 0.57 0.99 0.73 0.72 0.69 1.26 0.97 0.52 0.71 1.65 0.44 0.56 0.69 0.64 0.57
C6 0.45 0.65 0.57 0.56 0.84 0.48 0.77 0.52 0.60 0.51 0.79 0.72 0.62 0.60 1.00 0.39 0.31 0.16 0.22 0.16
C8 0.52 0.83 0.57 0.55 1.15 0.48 0.99 0.54 0.76 0.67 1.05 0.83 0.64 0.61 1.39 0.46 0.33 0.17 0.23 0.16
N1 0.32 0.71 0.29 0.24 0.92 0.22 0.81 0.35 0.60 0.51 0.87 0.77 0.28 0.29 1.05 0.25 0.23 0.20 0.23 0.16
N2 0.89 1.30 0.82 0.67 1.36 0.52 1.17 0.40 1.04 1.09 1.42 1.33 0.75 0.61 1.40 0.70 0.44 0.35 0.23 0.21
N3 0.63 1.14 0.50 0.33 1.40 0.30 1.16 0.35 0.90 0.88 1.36 1.15 0.44 0.29 1.58 0.49 0.33 0.26 0.23 0.18
N7 0.62 0.80 0.74 0.71 1.05 0.60 0.95 0.60 0.77 0.69 0.96 0.83 0.82 0.77 1.25 0.53 0.35 0.16 0.22 0.16
N9 0.48 0.94 0.39 0.34 1.28 0.33 1.06 0.44 0.79 0.72 1.20 0.93 0.41 0.37 1.55 0.40 0.31 0.20 0.23 0.17
O2' 0.95 1.56 0.74 0.50 1.82 0.50 1.42 0.48 1.14 1.21 1.84 1.61 0.73 0.45 2.14 0.76 0.46 0.25 0.25 0.21
O3' 0.72 1.34 0.48 0.27 1.63 0.33 1.23 0.49 0.94 0.99 1.64 1.39 0.49 0.31 1.98 0.55 0.38 0.48 0.48 0.36
O4' 0.54 1.05 0.43 0.39 1.41 0.39 1.11 0.52 0.83 0.79 1.35 1.06 0.43 0.44 1.71 0.43 0.35 0.35 0.34 0.27
O5' 0.55 0.82 0.66 0.80 1.15 0.77 0.89 0.90 0.66 0.62 1.09 0.83 0.72 0.96 1.48 0.55 0.73 0.85 0.80 0.73
O6 0.75 0.78 0.92 0.88 0.79 0.75 0.79 0.69 0.75 0.72 0.80 0.88 0.97 0.90 0.88 0.66 0.43 0.19 0.21 0.17
OP1 0.83 0.75 1.01 1.19 0.92 1.21 0.75 1.39 0.73 0.71 0.90 0.79 1.06 1.35 1.19 0.93 1.25 1.49 1.38 1.33
OP2 0.88 0.77 1.11 1.29 0.92 1.24 0.76 1.34 0.72 0.74 0.89 0.83 1.19 1.49 1.19 0.93 1.19 1.34 1.23 1.18
P 0.72 0.75 0.90 1.07 1.00 1.05 0.78 1.18 0.67 0.65 0.95 0.78 0.96 1.24 1.30 0.77 1.03 1.21 1.10 1.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.07 0.02 0.00 0.16 0.35 0.20 0.27
C2 0.03 0.00 0.11 0.13 0.01 0.12 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.11 0.01 0.13 0.32 0.48 0.45 0.47
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.02 0.10 0.05 0.11 0.03 0.09 0.21 0.00 0.02 0.06 0.01 0.13 0.27 0.19 0.15
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.15 0.00 0.17 0.02 0.16 0.08 0.14 0.18 0.02 0.01 0.16 0.01 0.09 0.31 0.15 0.10
C4 0.02 0.01 0.05 0.15 0.00 0.09 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.15 0.00 0.03 0.32 0.54 0.51 0.50
C4' 0.01 0.12 0.02 0.00 0.09 0.00 0.15 0.01 0.16 0.05 0.10 0.22 0.10 0.02 0.10 0.00 0.01 0.18 0.09 0.05
C5 0.02 0.01 0.10 0.17 0.01 0.15 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.18 0.01 0.10 0.40 0.62 0.55 0.57
C5' 0.05 0.22 0.05 0.02 0.21 0.01 0.28 0.00 0.27 0.12 0.22 0.38 0.07 0.07 0.23 0.02 0.01 0.17 0.14 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.16 0.01 0.16 0.00 0.27 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.16 0.01 0.13 0.39 0.58 0.46 0.53
N1 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.07 0.02 0.02 0.24 0.43 0.32 0.37
N3 0.02 0.00 0.09 0.14 0.01 0.10 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.13 0.01 0.09 0.32 0.51 0.51 0.50
O2 0.05 0.01 0.21 0.18 0.01 0.22 0.02 0.38 0.02 0.02 0.01 0.00 0.24 0.18 0.02 0.23 0.47 0.61 0.60 0.62
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.09 0.10 0.14 0.07 0.14 0.05 0.11 0.24 0.00 0.04 0.09 0.07 0.09 0.31 0.17 0.10
O3' 0.07 0.11 0.02 0.01 0.15 0.02 0.18 0.07 0.16 0.07 0.13 0.18 0.04 0.00 0.17 0.06 0.19 0.55 0.26 0.27
O4 0.02 0.01 0.06 0.16 0.00 0.10 0.01 0.23 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.17 0.00 0.04 0.34 0.57 0.56 0.53
O4' 0.00 0.13 0.01 0.01 0.03 0.00 0.10 0.02 0.13 0.02 0.09 0.23 0.07 0.06 0.04 0.00 0.16 0.40 0.18 0.28
O5' 0.16 0.32 0.13 0.09 0.32 0.01 0.40 0.01 0.39 0.24 0.32 0.47 0.09 0.19 0.34 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.35 0.48 0.27 0.31 0.54 0.18 0.62 0.17 0.58 0.43 0.51 0.61 0.31 0.55 0.57 0.40 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.45 0.19 0.15 0.51 0.09 0.55 0.14 0.46 0.32 0.51 0.60 0.17 0.26 0.56 0.18 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.47 0.15 0.10 0.50 0.05 0.57 0.02 0.53 0.37 0.50 0.62 0.10 0.27 0.53 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00