ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51305

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 2, 9, 8, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.003, 0.012, 0.022, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.003, 0.013, 0.024, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.001, 0.013, 0.025, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.013 std_dev=0.012
N2 A 0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.023 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.001, 0.016, 0.030, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.016 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.001, 0.019, 0.038, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.019 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.002, 0.022, 0.041, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.022 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.002, 0.029, 0.057, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.029 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.001, 0.034, 0.068, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.034 std_dev=0.034
OP2 B 0, 0.141, 0.251, 0.361, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.251 std_dev=0.110
C2' A 0, 0.007, 0.121, 0.234, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.121 std_dev=0.113
O4' A 0, -0.006, 0.114, 0.235, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.114 std_dev=0.120
P B 0, 0.155, 0.288, 0.421, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.288 std_dev=0.133
O2' A 0, 0.025, 0.162, 0.299, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.162 std_dev=0.137
OP1 B 0, 0.139, 0.328, 0.516, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.328 std_dev=0.189
C4' A 0, -0.006, 0.189, 0.384, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.189 std_dev=0.195
C3' A 0, 0.006, 0.203, 0.399, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.203 std_dev=0.197
O5' A 0, 0.037, 0.294, 0.551, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.294 std_dev=0.257
C5' A 0, -0.005, 0.286, 0.578, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.286 std_dev=0.292
C5' B 0, 0.161, 0.455, 0.750, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.455 std_dev=0.294
O5' B 0, 0.121, 0.416, 0.710, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.416 std_dev=0.295
O3' A 0, 0.007, 0.313, 0.619, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.313 std_dev=0.306
P A 0, -0.023, 0.389, 0.801, 1.812 max_d=1.812 avg_d=0.389 std_dev=0.412
C5 B 0, 0.058, 0.495, 0.932, 1.561 max_d=1.561 avg_d=0.495 std_dev=0.437
C4' B 0, 0.066, 0.531, 0.997, 1.830 max_d=1.830 avg_d=0.531 std_dev=0.466
C6 B 0, 0.035, 0.502, 0.970, 1.824 max_d=1.824 avg_d=0.502 std_dev=0.468
OP2 A 0, -0.038, 0.438, 0.913, 1.939 max_d=1.939 avg_d=0.438 std_dev=0.476
C4 B 0, 0.020, 0.504, 0.989, 1.744 max_d=1.744 avg_d=0.504 std_dev=0.484
OP1 A 0, -0.042, 0.445, 0.933, 2.212 max_d=2.212 avg_d=0.445 std_dev=0.487
O4 B 0, 0.026, 0.515, 1.005, 1.807 max_d=1.807 avg_d=0.515 std_dev=0.490
C3' B 0, 0.015, 0.525, 1.035, 2.085 max_d=2.085 avg_d=0.525 std_dev=0.510
O3' B 0, 0.048, 0.586, 1.123, 2.089 max_d=2.089 avg_d=0.586 std_dev=0.538
N3 B 0, -0.014, 0.551, 1.116, 2.008 max_d=2.008 avg_d=0.551 std_dev=0.565
N1 B 0, -0.028, 0.548, 1.124, 2.176 max_d=2.176 avg_d=0.548 std_dev=0.576
O4' B 0, 0.005, 0.585, 1.166, 2.382 max_d=2.382 avg_d=0.585 std_dev=0.580
C2 B 0, -0.031, 0.592, 1.215, 2.137 max_d=2.137 avg_d=0.592 std_dev=0.623
C1' B 0, -0.064, 0.609, 1.282, 2.703 max_d=2.703 avg_d=0.609 std_dev=0.673
C2' B 0, -0.089, 0.606, 1.301, 2.837 max_d=2.837 avg_d=0.606 std_dev=0.695
O2 B 0, -0.034, 0.693, 1.420, 2.539 max_d=2.539 avg_d=0.693 std_dev=0.727
O2' B 0, -0.190, 0.754, 1.698, 4.093 max_d=4.093 avg_d=0.754 std_dev=0.944

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.10 0.07
C2 0.01 0.00 0.11 0.10 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.14 0.07 0.08 0.01 0.08 0.17 0.12
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.07 0.01 0.06 0.01 0.08 0.04 0.10 0.12 0.11 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.08 0.10 0.07 0.04
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.10 0.06 0.10 0.11 0.09 0.06 0.04 0.02 0.00 0.00 0.05 0.10 0.13 0.11 0.08
C4 0.01 0.01 0.07 0.07 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.09 0.04 0.07 0.01 0.08 0.16 0.11
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.02 0.02
C5 0.00 0.00 0.06 0.08 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.10 0.03 0.08 0.01 0.10 0.18 0.12
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.08 0.07 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.08 0.10 0.00 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.13 0.04 0.09 0.00 0.11 0.18 0.13
C8 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.03 0.08 0.01 0.09 0.15 0.10
N1 0.01 0.00 0.10 0.10 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.14 0.06 0.09 0.01 0.10 0.18 0.12
N2 0.02 0.00 0.12 0.11 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.15 0.08 0.07 0.01 0.08 0.17 0.12
N3 0.01 0.00 0.11 0.09 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.11 0.06 0.07 0.01 0.07 0.16 0.11
N7 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.02 0.09 0.01 0.12 0.18 0.12
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.14 0.09
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.07 0.03 0.05 0.03 0.08 0.03 0.11 0.14 0.11 0.02 0.02 0.00 0.05 0.03 0.04 0.08 0.13 0.07 0.05
O3' 0.02 0.14 0.02 0.00 0.09 0.01 0.10 0.03 0.13 0.07 0.14 0.15 0.11 0.08 0.04 0.05 0.00 0.01 0.09 0.14 0.22 0.21 0.15
O4' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.06 0.08 0.06 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.03 0.06 0.12 0.09
O5' 0.04 0.08 0.03 0.05 0.07 0.01 0.08 0.01 0.09 0.08 0.09 0.07 0.07 0.09 0.06 0.04 0.09 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.08 0.10 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.14 0.03 0.10 0.00 0.13 0.19 0.13
OP1 0.05 0.08 0.10 0.13 0.08 0.09 0.10 0.07 0.11 0.09 0.10 0.08 0.07 0.12 0.07 0.13 0.22 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.17 0.07 0.11 0.16 0.02 0.18 0.02 0.18 0.15 0.18 0.17 0.16 0.18 0.14 0.07 0.21 0.12 0.01 0.19 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.12 0.04 0.08 0.11 0.02 0.12 0.01 0.13 0.10 0.12 0.12 0.11 0.12 0.09 0.05 0.15 0.09 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.10 0.13 0.08 0.13 0.06 0.09 0.06 0.08 0.08 0.13 0.11 0.24 0.11 0.15 0.06 0.06 0.11 0.11 0.07
C2 0.10 0.12 0.17 0.09 0.17 0.07 0.15 0.07 0.11 0.09 0.15 0.12 0.23 0.13 0.20 0.07 0.06 0.11 0.10 0.06
C2' 0.15 0.16 0.19 0.11 0.13 0.13 0.14 0.15 0.15 0.15 0.16 0.18 0.28 0.11 0.14 0.13 0.11 0.12 0.11 0.13
C3' 0.17 0.19 0.19 0.11 0.17 0.13 0.16 0.15 0.16 0.16 0.20 0.22 0.28 0.11 0.18 0.14 0.11 0.11 0.10 0.13
C4 0.10 0.16 0.14 0.08 0.23 0.06 0.17 0.06 0.13 0.12 0.21 0.16 0.21 0.13 0.29 0.08 0.07 0.10 0.12 0.07
C4' 0.11 0.13 0.15 0.07 0.12 0.07 0.10 0.07 0.10 0.11 0.14 0.15 0.26 0.10 0.14 0.07 0.06 0.10 0.11 0.06
C5 0.16 0.25 0.14 0.11 0.33 0.10 0.27 0.09 0.21 0.20 0.30 0.24 0.18 0.15 0.39 0.15 0.11 0.10 0.13 0.10
C5' 0.10 0.14 0.13 0.07 0.14 0.05 0.10 0.06 0.09 0.10 0.16 0.16 0.24 0.11 0.17 0.06 0.07 0.12 0.13 0.07
C6 0.18 0.26 0.15 0.12 0.35 0.12 0.32 0.11 0.24 0.22 0.31 0.25 0.18 0.16 0.40 0.18 0.13 0.10 0.13 0.11
C8 0.16 0.24 0.14 0.10 0.31 0.10 0.24 0.09 0.19 0.19 0.29 0.24 0.19 0.13 0.37 0.15 0.11 0.10 0.12 0.10
N1 0.12 0.19 0.15 0.10 0.28 0.08 0.25 0.07 0.18 0.16 0.24 0.18 0.18 0.15 0.31 0.11 0.08 0.10 0.12 0.08
N2 0.19 0.15 0.23 0.12 0.15 0.13 0.18 0.12 0.19 0.17 0.14 0.16 0.29 0.14 0.15 0.16 0.12 0.13 0.10 0.08
N3 0.09 0.10 0.16 0.08 0.14 0.07 0.11 0.07 0.09 0.08 0.13 0.11 0.24 0.12 0.17 0.07 0.06 0.11 0.11 0.06
N7 0.19 0.29 0.15 0.12 0.36 0.13 0.30 0.12 0.24 0.24 0.34 0.28 0.19 0.15 0.43 0.19 0.14 0.10 0.13 0.11
N9 0.10 0.17 0.13 0.08 0.22 0.07 0.16 0.06 0.12 0.12 0.21 0.17 0.21 0.12 0.27 0.09 0.08 0.10 0.12 0.08
O2' 0.20 0.19 0.22 0.13 0.18 0.16 0.20 0.17 0.21 0.20 0.18 0.19 0.34 0.12 0.19 0.18 0.14 0.13 0.14 0.15
O3' 0.24 0.26 0.24 0.16 0.23 0.20 0.24 0.22 0.24 0.24 0.26 0.29 0.33 0.15 0.24 0.22 0.16 0.17 0.13 0.19
O4' 0.08 0.10 0.13 0.10 0.13 0.08 0.10 0.07 0.09 0.08 0.13 0.11 0.24 0.14 0.15 0.07 0.09 0.15 0.15 0.09
O5' 0.11 0.16 0.12 0.07 0.18 0.06 0.13 0.06 0.11 0.12 0.20 0.18 0.21 0.11 0.22 0.09 0.09 0.12 0.14 0.08
O6 0.23 0.31 0.18 0.16 0.40 0.17 0.37 0.16 0.30 0.28 0.36 0.30 0.18 0.19 0.43 0.24 0.18 0.12 0.15 0.15
OP1 0.11 0.16 0.13 0.08 0.16 0.08 0.13 0.09 0.12 0.12 0.18 0.17 0.21 0.12 0.19 0.10 0.12 0.15 0.17 0.13
OP2 0.20 0.23 0.18 0.19 0.25 0.19 0.23 0.19 0.21 0.21 0.25 0.23 0.21 0.23 0.28 0.20 0.23 0.23 0.25 0.22
P 0.14 0.19 0.13 0.12 0.21 0.12 0.17 0.12 0.15 0.15 0.21 0.19 0.19 0.16 0.24 0.14 0.15 0.18 0.19 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.05 0.12 0.07
C2 0.02 0.00 0.07 0.11 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.09 0.01 0.03 0.11 0.11 0.20 0.12
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.02 0.06 0.03 0.07 0.02 0.05 0.12 0.00 0.02 0.05 0.01 0.10 0.09 0.17 0.11
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.10 0.00 0.08 0.01 0.07 0.07 0.11 0.13 0.01 0.01 0.10 0.02 0.06 0.11 0.09 0.06
C4 0.01 0.00 0.04 0.10 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.10 0.00 0.02 0.15 0.17 0.28 0.17
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.09 0.02 0.04 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.06 0.08 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.01 0.04 0.16 0.18 0.29 0.19
C5' 0.03 0.04 0.03 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.07 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.07 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.01 0.04 0.15 0.14 0.23 0.16
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.01 0.11 0.10 0.18 0.11
N3 0.02 0.00 0.05 0.11 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.10 0.00 0.02 0.13 0.14 0.24 0.15
O2 0.03 0.00 0.12 0.13 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.12 0.01 0.05 0.10 0.10 0.18 0.10
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.09 0.09 0.08 0.06 0.07 0.05 0.08 0.08 0.00 0.05 0.11 0.06 0.05 0.09 0.15 0.06
O3' 0.03 0.09 0.02 0.01 0.10 0.02 0.09 0.06 0.08 0.05 0.10 0.12 0.05 0.00 0.10 0.02 0.07 0.21 0.13 0.11
O4 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.10 0.00 0.02 0.15 0.18 0.30 0.18
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.06 0.02 0.02 0.00 0.08 0.06 0.10 0.07
O5' 0.06 0.11 0.10 0.06 0.15 0.01 0.16 0.01 0.15 0.11 0.13 0.10 0.05 0.07 0.15 0.08 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.05 0.11 0.09 0.11 0.17 0.05 0.18 0.05 0.14 0.10 0.14 0.10 0.09 0.21 0.18 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.20 0.17 0.09 0.28 0.03 0.29 0.02 0.23 0.18 0.24 0.18 0.15 0.13 0.30 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.12 0.11 0.06 0.17 0.01 0.19 0.01 0.16 0.11 0.15 0.10 0.06 0.11 0.18 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00