ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51307

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 6, 7, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.009, 0.017, 0.025, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.005, 0.015, 0.026, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.012, 0.028, 0.044, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.028 std_dev=0.016
O6 A 0, 0.006, 0.023, 0.039, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.023 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N2 A 0, 0.003, 0.025, 0.047, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.025 std_dev=0.022
OP1 B 0, 0.093, 0.267, 0.440, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.267 std_dev=0.174
OP2 B 0, 0.114, 0.291, 0.467, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.291 std_dev=0.176
P B 0, 0.085, 0.280, 0.476, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.280 std_dev=0.196
O5' B 0, 0.170, 0.445, 0.719, 1.531 max_d=1.531 avg_d=0.445 std_dev=0.275
C5' B 0, 0.179, 0.594, 1.009, 2.327 max_d=2.327 avg_d=0.594 std_dev=0.415
C2' A 0, -0.270, 0.240, 0.751, 2.567 max_d=2.567 avg_d=0.240 std_dev=0.510
O4' A 0, -0.273, 0.243, 0.759, 2.594 max_d=2.594 avg_d=0.243 std_dev=0.516
C4' B 0, 0.166, 0.719, 1.271, 3.091 max_d=3.091 avg_d=0.719 std_dev=0.552
C3' B 0, 0.146, 0.724, 1.302, 3.195 max_d=3.195 avg_d=0.724 std_dev=0.578
O3' A 0, -0.171, 0.410, 0.992, 3.037 max_d=3.037 avg_d=0.410 std_dev=0.582
C3' A 0, -0.282, 0.343, 0.968, 3.186 max_d=3.186 avg_d=0.343 std_dev=0.625
C4' A 0, -0.320, 0.319, 0.958, 3.235 max_d=3.235 avg_d=0.319 std_dev=0.639
O4' B 0, 0.181, 0.827, 1.473, 3.557 max_d=3.557 avg_d=0.827 std_dev=0.646
C2' B 0, 0.221, 0.872, 1.523, 3.598 max_d=3.598 avg_d=0.872 std_dev=0.651
C1' B 0, 0.197, 0.904, 1.610, 3.892 max_d=3.892 avg_d=0.904 std_dev=0.706
O2' B 0, 0.200, 0.908, 1.615, 3.881 max_d=3.881 avg_d=0.908 std_dev=0.707
C6 B 0, 0.114, 0.864, 1.614, 4.068 max_d=4.068 avg_d=0.864 std_dev=0.750
N1 B 0, 0.188, 0.952, 1.717, 4.220 max_d=4.220 avg_d=0.952 std_dev=0.764
O2' A 0, -0.402, 0.384, 1.171, 3.970 max_d=3.970 avg_d=0.384 std_dev=0.787
C5 B 0, 0.071, 0.884, 1.696, 4.385 max_d=4.385 avg_d=0.884 std_dev=0.813
C2 B 0, 0.261, 1.105, 1.950, 4.723 max_d=4.723 avg_d=1.105 std_dev=0.845
C4 B 0, 0.096, 0.978, 1.860, 4.807 max_d=4.807 avg_d=0.978 std_dev=0.882
O2 B 0, 0.390, 1.278, 2.167, 5.032 max_d=5.032 avg_d=1.278 std_dev=0.889
N3 B 0, 0.199, 1.090, 1.980, 4.938 max_d=4.938 avg_d=1.090 std_dev=0.891
O3' B 0, -0.089, 0.806, 1.701, 4.805 max_d=4.805 avg_d=0.806 std_dev=0.895
O4 B 0, -0.040, 0.911, 1.861, 5.074 max_d=5.074 avg_d=0.911 std_dev=0.950
C5' A 0, -0.635, 0.596, 1.827, 6.218 max_d=6.218 avg_d=0.596 std_dev=1.231
O5' A 0, -0.497, 0.909, 2.315, 7.175 max_d=7.175 avg_d=0.909 std_dev=1.406
P A 0, -0.918, 1.084, 3.086, 9.946 max_d=9.946 avg_d=1.084 std_dev=2.002
OP1 A 0, -0.897, 1.179, 3.255, 10.241 max_d=10.241 avg_d=1.179 std_dev=2.076
OP2 A 0, -1.050, 1.187, 3.424, 10.810 max_d=10.810 avg_d=1.187 std_dev=2.237

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.13 0.00 0.08 0.01 0.22 0.21 0.16
C2 0.02 0.00 0.29 0.46 0.00 0.21 0.01 0.35 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.27 0.05 0.59 0.01 1.05 0.97 0.84
C2' 0.00 0.29 0.00 0.00 0.14 0.01 0.06 0.10 0.12 0.15 0.21 0.35 0.28 0.08 0.01 0.00 0.02 0.01 0.23 0.08 0.27 0.38 0.30
C3' 0.01 0.46 0.00 0.00 0.25 0.01 0.18 0.02 0.27 0.07 0.38 0.54 0.43 0.04 0.07 0.02 0.01 0.01 0.13 0.24 0.19 0.18 0.16
C4 0.01 0.00 0.14 0.25 0.00 0.11 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.03 0.23 0.01 0.57 0.38 0.36
C4' 0.01 0.21 0.01 0.01 0.11 0.00 0.08 0.01 0.12 0.05 0.17 0.25 0.20 0.02 0.03 0.12 0.02 0.00 0.02 0.11 0.10 0.06 0.04
C5 0.01 0.01 0.06 0.18 0.00 0.08 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.06 0.02 0.14 0.01 0.57 0.35 0.32
C5' 0.04 0.35 0.10 0.02 0.14 0.01 0.08 0.00 0.16 0.17 0.27 0.45 0.30 0.10 0.05 0.04 0.11 0.01 0.01 0.13 0.07 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.12 0.27 0.00 0.12 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.12 0.03 0.29 0.00 0.75 0.56 0.49
C8 0.01 0.00 0.15 0.07 0.00 0.05 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.21 0.15 0.03 0.26 0.01 0.45 0.49 0.39
N1 0.01 0.00 0.21 0.38 0.01 0.17 0.00 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.21 0.04 0.48 0.01 0.97 0.87 0.73
N2 0.03 0.00 0.35 0.54 0.01 0.25 0.01 0.45 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.36 0.07 0.74 0.01 1.30 1.28 1.08
N3 0.02 0.00 0.28 0.43 0.00 0.20 0.00 0.30 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.23 0.05 0.49 0.01 0.84 0.72 0.66
N7 0.01 0.01 0.08 0.04 0.00 0.02 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.19 0.08 0.03 0.15 0.01 0.46 0.38 0.31
N9 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.07 0.01 0.07 0.01 0.34 0.24 0.20
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.03 0.12 0.10 0.04 0.07 0.21 0.04 0.17 0.11 0.19 0.08 0.00 0.04 0.08 0.19 0.10 0.31 0.49 0.32
O3' 0.13 0.27 0.02 0.01 0.09 0.02 0.06 0.11 0.12 0.15 0.21 0.36 0.23 0.08 0.07 0.04 0.00 0.09 0.13 0.11 0.27 0.18 0.19
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.07 0.05 0.03 0.01 0.08 0.09 0.00 0.11 0.03 0.22 0.23 0.17
O5' 0.08 0.59 0.23 0.13 0.23 0.02 0.14 0.01 0.29 0.26 0.48 0.74 0.49 0.15 0.07 0.19 0.13 0.11 0.00 0.24 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.08 0.24 0.01 0.11 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.11 0.03 0.24 0.00 0.73 0.53 0.45
OP1 0.22 1.05 0.27 0.19 0.57 0.10 0.57 0.07 0.75 0.45 0.97 1.30 0.84 0.46 0.34 0.31 0.27 0.22 0.02 0.73 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.97 0.38 0.18 0.38 0.06 0.35 0.02 0.56 0.49 0.87 1.28 0.72 0.38 0.24 0.49 0.18 0.23 0.02 0.53 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.84 0.30 0.16 0.36 0.04 0.32 0.01 0.49 0.39 0.73 1.08 0.66 0.31 0.20 0.32 0.19 0.17 0.00 0.45 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.42 0.52 0.43 0.32 0.53 0.32 0.40 0.37 0.38 0.43 0.57 0.55 0.63 0.33 0.60 0.39 0.17 0.11 0.10 0.11
C2 0.42 0.52 0.45 0.25 0.58 0.27 0.50 0.32 0.44 0.46 0.57 0.53 0.54 0.33 0.62 0.36 0.17 0.10 0.11 0.11
C2' 0.37 0.54 0.40 0.33 0.55 0.36 0.34 0.50 0.31 0.40 0.63 0.60 0.63 0.35 0.66 0.35 0.21 0.26 0.24 0.23
C3' 0.30 0.50 0.29 0.42 0.58 0.40 0.34 0.58 0.27 0.34 0.63 0.55 0.47 0.50 0.75 0.31 0.34 0.46 0.43 0.39
C4 0.41 0.51 0.44 0.30 0.52 0.31 0.39 0.37 0.37 0.43 0.56 0.54 0.62 0.32 0.57 0.37 0.17 0.11 0.10 0.10
C4' 0.45 0.65 0.39 0.33 0.76 0.28 0.57 0.37 0.47 0.52 0.77 0.67 0.57 0.40 0.92 0.38 0.15 0.22 0.20 0.14
C5 0.39 0.46 0.43 0.31 0.40 0.33 0.25 0.40 0.29 0.38 0.49 0.50 0.63 0.31 0.43 0.36 0.16 0.11 0.11 0.09
C5' 0.50 0.81 0.38 0.31 0.97 0.24 0.71 0.35 0.56 0.62 0.97 0.83 0.57 0.40 1.18 0.40 0.19 0.38 0.35 0.25
C6 0.37 0.43 0.44 0.29 0.37 0.32 0.24 0.40 0.26 0.36 0.44 0.47 0.59 0.31 0.40 0.34 0.16 0.11 0.12 0.09
C8 0.38 0.44 0.41 0.33 0.35 0.34 0.27 0.41 0.32 0.37 0.46 0.50 0.65 0.31 0.38 0.38 0.16 0.11 0.11 0.09
N1 0.39 0.48 0.45 0.25 0.49 0.28 0.41 0.34 0.37 0.42 0.51 0.49 0.54 0.32 0.51 0.33 0.17 0.10 0.09 0.09
N2 0.42 0.53 0.45 0.23 0.61 0.25 0.56 0.27 0.48 0.48 0.58 0.52 0.49 0.33 0.65 0.36 0.18 0.11 0.16 0.13
N3 0.43 0.54 0.45 0.27 0.60 0.29 0.49 0.33 0.43 0.47 0.60 0.55 0.58 0.33 0.65 0.37 0.17 0.11 0.11 0.11
N7 0.37 0.41 0.40 0.33 0.27 0.35 0.23 0.42 0.30 0.34 0.41 0.48 0.65 0.30 0.27 0.38 0.16 0.11 0.13 0.10
N9 0.41 0.50 0.43 0.32 0.49 0.32 0.35 0.38 0.35 0.41 0.55 0.54 0.63 0.32 0.55 0.38 0.17 0.11 0.10 0.10
O2' 0.45 0.58 0.53 0.30 0.50 0.33 0.35 0.41 0.36 0.45 0.61 0.65 0.78 0.28 0.56 0.39 0.18 0.10 0.11 0.11
O3' 0.35 0.56 0.36 0.31 0.63 0.31 0.42 0.46 0.34 0.41 0.67 0.60 0.55 0.39 0.77 0.30 0.21 0.30 0.26 0.24
O4' 0.49 0.62 0.45 0.32 0.71 0.30 0.58 0.31 0.51 0.54 0.71 0.63 0.62 0.36 0.82 0.45 0.18 0.13 0.11 0.14
O5' 0.45 0.78 0.35 0.47 0.95 0.42 0.63 0.60 0.48 0.56 0.98 0.82 0.53 0.56 1.21 0.40 0.45 0.65 0.63 0.54
O6 0.32 0.34 0.42 0.30 0.25 0.35 0.14 0.44 0.14 0.27 0.32 0.40 0.59 0.30 0.30 0.33 0.16 0.11 0.16 0.11
OP1 0.36 0.72 0.39 0.78 0.91 0.73 0.58 1.00 0.43 0.47 0.94 0.77 0.37 0.93 1.17 0.40 0.96 1.31 1.18 1.12
OP2 0.20 0.68 0.24 0.74 0.88 0.70 0.45 1.00 0.25 0.34 0.96 0.76 0.24 0.89 1.19 0.35 0.95 1.34 1.22 1.14
P 0.22 0.74 0.13 0.58 0.94 0.51 0.54 0.78 0.31 0.42 0.99 0.79 0.28 0.73 1.24 0.18 0.72 1.07 0.97 0.88

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.12 0.01 0.00 0.22 0.23 0.26 0.26
C2 0.02 0.00 0.04 0.09 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.11 0.01 0.02 0.28 0.32 0.39 0.37
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.08 0.03 0.01 0.04 0.06 0.00 0.02 0.04 0.01 0.28 0.25 0.32 0.30
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.20 0.00 0.23 0.02 0.21 0.12 0.15 0.07 0.02 0.01 0.21 0.01 0.09 0.09 0.12 0.07
C4 0.01 0.00 0.03 0.20 0.00 0.12 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.20 0.12 0.00 0.02 0.32 0.43 0.49 0.46
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.12 0.00 0.14 0.01 0.13 0.07 0.08 0.04 0.14 0.02 0.12 0.00 0.01 0.06 0.10 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.23 0.00 0.14 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.17 0.01 0.04 0.32 0.44 0.46 0.45
C5' 0.04 0.11 0.08 0.02 0.21 0.01 0.24 0.00 0.20 0.12 0.16 0.08 0.06 0.08 0.22 0.01 0.01 0.13 0.15 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.21 0.00 0.13 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.14 0.01 0.03 0.29 0.38 0.39 0.40
N1 0.00 0.01 0.01 0.12 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.04 0.01 0.01 0.27 0.31 0.36 0.35
N3 0.01 0.00 0.04 0.15 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.09 0.01 0.02 0.31 0.37 0.45 0.41
O2 0.03 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.21 0.22 0.01 0.04 0.27 0.28 0.37 0.34
O2' 0.01 0.19 0.00 0.02 0.20 0.14 0.14 0.06 0.09 0.11 0.22 0.21 0.00 0.04 0.22 0.11 0.12 0.11 0.27 0.17
O3' 0.12 0.11 0.02 0.01 0.12 0.02 0.17 0.08 0.14 0.04 0.09 0.22 0.04 0.00 0.14 0.08 0.21 0.29 0.34 0.25
O4 0.01 0.01 0.04 0.21 0.00 0.12 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.14 0.00 0.03 0.34 0.46 0.52 0.48
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.11 0.08 0.03 0.00 0.15 0.18 0.15 0.19
O5' 0.22 0.28 0.28 0.09 0.32 0.01 0.32 0.01 0.29 0.27 0.31 0.27 0.12 0.21 0.34 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.23 0.32 0.25 0.09 0.43 0.06 0.44 0.13 0.38 0.31 0.37 0.28 0.11 0.29 0.46 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.39 0.32 0.12 0.49 0.10 0.46 0.15 0.39 0.36 0.45 0.37 0.27 0.34 0.52 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.37 0.30 0.07 0.46 0.03 0.45 0.01 0.40 0.35 0.41 0.34 0.17 0.25 0.48 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00