ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51308

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.007, 0.018, 0.028, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.011, 0.024, 0.036, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.024 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.021 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.007, 0.027, 0.046, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.027 std_dev=0.019
O6 A 0, 0.005, 0.031, 0.056, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.031 std_dev=0.025
N2 A 0, 0.019, 0.047, 0.076, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.047 std_dev=0.028
N7 A 0, 0.009, 0.040, 0.072, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.040 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.008, 0.047, 0.085, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.047 std_dev=0.039
O4' A 0, 0.073, 0.160, 0.247, 0.291 max_d=0.291 avg_d=0.160 std_dev=0.087
C2' A 0, 0.082, 0.175, 0.268, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.175 std_dev=0.093
P A 0, 0.172, 0.352, 0.532, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.352 std_dev=0.180
O5' A 0, 0.086, 0.276, 0.465, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.276 std_dev=0.190
C4' A 0, 0.103, 0.313, 0.522, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.313 std_dev=0.210
C5' A 0, 0.177, 0.413, 0.648, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.413 std_dev=0.236
O2' A 0, -0.039, 0.231, 0.501, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.231 std_dev=0.270
OP1 B 0, 0.308, 0.608, 0.909, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.608 std_dev=0.301
C3' A 0, 0.026, 0.373, 0.721, 1.590 max_d=1.590 avg_d=0.373 std_dev=0.348
P B 0, 0.290, 0.653, 1.016, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.653 std_dev=0.363
OP2 A 0, -0.195, 0.391, 0.978, 2.687 max_d=2.687 avg_d=0.391 std_dev=0.587
OP1 A 0, 0.065, 0.667, 1.269, 2.862 max_d=2.862 avg_d=0.667 std_dev=0.602
OP2 B 0, 0.441, 1.049, 1.657, 1.708 max_d=1.708 avg_d=1.049 std_dev=0.608
O3' A 0, -0.102, 0.567, 1.235, 3.063 max_d=3.063 avg_d=0.567 std_dev=0.668
O5' B 0, 0.621, 1.972, 3.323, 3.332 max_d=3.332 avg_d=1.972 std_dev=1.351
C5 B 0, 0.427, 2.527, 4.628, 8.432 max_d=8.432 avg_d=2.527 std_dev=2.100
C6 B 0, 0.917, 3.156, 5.394, 6.405 max_d=6.405 avg_d=3.156 std_dev=2.238
C5' B 0, 0.961, 3.298, 5.635, 5.478 max_d=5.478 avg_d=3.298 std_dev=2.337
C4 B 0, 0.628, 3.457, 6.287, 10.873 max_d=10.873 avg_d=3.457 std_dev=2.830
O4 B 0, 0.005, 3.010, 6.016, 12.975 max_d=12.975 avg_d=3.010 std_dev=3.005
N1 B 0, 1.353, 4.726, 8.099, 7.535 max_d=7.535 avg_d=4.726 std_dev=3.373
C4' B 0, 1.237, 4.761, 8.286, 7.924 max_d=7.924 avg_d=4.761 std_dev=3.525
O4' B 0, 1.357, 4.976, 8.596, 8.093 max_d=8.093 avg_d=4.976 std_dev=3.620
N3 B 0, 1.333, 5.019, 8.704, 10.819 max_d=10.819 avg_d=5.019 std_dev=3.685
C1' B 0, 1.438, 5.426, 9.413, 8.889 max_d=8.889 avg_d=5.426 std_dev=3.988
C3' B 0, 1.199, 5.236, 9.274, 8.834 max_d=8.834 avg_d=5.236 std_dev=4.037
C2 B 0, 1.614, 5.732, 9.850, 9.091 max_d=9.091 avg_d=5.732 std_dev=4.118
C2' B 0, 1.304, 5.530, 9.756, 9.270 max_d=9.270 avg_d=5.530 std_dev=4.226
O2' B 0, 1.428, 6.509, 11.590, 10.941 max_d=10.941 avg_d=6.509 std_dev=5.081
O3' B 0, 1.516, 6.603, 11.691, 11.114 max_d=11.114 avg_d=6.603 std_dev=5.088
O2 B 0, 1.978, 7.162, 12.346, 11.510 max_d=11.510 avg_d=7.162 std_dev=5.184

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.15 0.00 0.10 0.01 0.42 0.06 0.18
C2 0.02 0.00 0.11 0.13 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.24 0.04 0.07 0.02 0.50 0.28 0.14
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.10 0.07 0.04 0.10 0.13 0.11 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.21 0.07 0.31 0.14 0.24
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.13 0.01 0.18 0.02 0.19 0.20 0.15 0.13 0.11 0.22 0.12 0.02 0.01 0.01 0.07 0.22 0.07 0.08 0.07
C4 0.01 0.01 0.07 0.13 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.13 0.02 0.06 0.01 0.49 0.26 0.14
C4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.06 0.10 0.04 0.05 0.03 0.10 0.05 0.17 0.03 0.00 0.01 0.08 0.14 0.09 0.04
C5 0.00 0.01 0.05 0.18 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.16 0.09 0.02 0.08 0.01 0.50 0.38 0.11
C5' 0.04 0.03 0.10 0.02 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.07 0.04 0.05 0.03 0.09 0.02 0.07 0.12 0.01 0.01 0.08 0.04 0.18 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.19 0.01 0.06 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.18 0.11 0.03 0.09 0.00 0.50 0.43 0.09
C8 0.01 0.01 0.04 0.20 0.01 0.10 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.10 0.03 0.08 0.02 0.47 0.30 0.12
N1 0.02 0.01 0.10 0.15 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.18 0.17 0.04 0.07 0.02 0.51 0.37 0.11
N2 0.03 0.00 0.13 0.13 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.31 0.05 0.08 0.04 0.50 0.26 0.14
N3 0.02 0.01 0.11 0.11 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.24 0.04 0.07 0.02 0.49 0.22 0.15
N7 0.01 0.01 0.04 0.22 0.00 0.10 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.11 0.02 0.11 0.02 0.47 0.42 0.09
N9 0.00 0.01 0.02 0.12 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.10 0.06 0.01 0.06 0.01 0.47 0.19 0.15
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.14 0.17 0.16 0.07 0.18 0.11 0.18 0.16 0.14 0.15 0.10 0.00 0.03 0.13 0.13 0.18 0.22 0.10 0.17
O3' 0.15 0.24 0.01 0.01 0.13 0.03 0.09 0.12 0.11 0.10 0.17 0.31 0.24 0.11 0.06 0.03 0.00 0.11 0.14 0.12 0.19 0.13 0.15
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.13 0.11 0.00 0.07 0.03 0.40 0.07 0.13
O5' 0.10 0.07 0.21 0.07 0.06 0.01 0.08 0.01 0.09 0.08 0.07 0.08 0.07 0.11 0.06 0.13 0.14 0.07 0.00 0.12 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.02 0.07 0.22 0.01 0.08 0.01 0.08 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.18 0.12 0.03 0.12 0.00 0.48 0.50 0.08
OP1 0.42 0.50 0.31 0.07 0.49 0.14 0.50 0.04 0.50 0.47 0.51 0.50 0.49 0.47 0.47 0.22 0.19 0.40 0.01 0.48 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.28 0.14 0.08 0.26 0.09 0.38 0.18 0.43 0.30 0.37 0.26 0.22 0.42 0.19 0.10 0.13 0.07 0.02 0.50 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.14 0.24 0.07 0.14 0.04 0.11 0.01 0.09 0.12 0.11 0.14 0.15 0.09 0.15 0.17 0.15 0.13 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.79 1.57 0.50 0.10 2.18 0.58 1.74 0.65 1.26 1.20 2.03 1.50 0.66 0.35 2.63 0.83 0.11 0.17 0.27 0.29
C2 0.53 1.10 0.34 0.35 1.60 0.32 1.41 0.48 1.02 0.89 1.41 0.98 0.29 0.55 1.83 0.55 0.09 0.16 0.31 0.26
C2' 0.64 1.58 0.46 0.25 2.29 0.34 1.81 0.47 1.27 1.17 2.10 1.48 0.54 0.29 2.80 0.49 0.13 0.26 0.27 0.25
C3' 0.88 1.81 0.68 0.16 2.43 0.45 1.91 0.48 1.39 1.36 2.31 1.76 0.86 0.25 2.94 0.71 0.17 0.33 0.26 0.25
C4 1.05 1.58 0.76 0.28 2.00 0.84 1.67 0.80 1.29 1.30 1.89 1.54 0.97 0.52 2.29 1.14 0.23 0.18 0.25 0.30
C4' 0.93 1.78 0.63 0.10 2.35 0.64 1.85 0.64 1.36 1.34 2.25 1.76 0.84 0.36 2.84 0.91 0.14 0.20 0.23 0.27
C5 1.64 2.06 1.35 0.86 2.04 1.36 1.69 1.12 1.50 1.74 2.17 2.14 1.58 1.07 2.18 1.72 0.47 0.19 0.24 0.33
C5' 1.20 1.95 0.88 0.42 2.37 0.95 1.85 0.83 1.40 1.49 2.36 2.03 1.22 0.72 2.83 1.22 0.24 0.21 0.22 0.28
C6 1.74 1.94 1.48 1.00 1.73 1.49 1.50 1.22 1.45 1.74 1.89 2.05 1.64 1.17 1.77 1.86 0.56 0.19 0.25 0.32
C8 1.67 2.24 1.35 0.87 2.33 1.36 1.83 1.10 1.54 1.80 2.48 2.38 1.69 1.14 2.59 1.70 0.44 0.19 0.24 0.33
N1 1.03 1.24 0.83 0.36 1.43 0.88 1.30 0.84 1.09 1.12 1.36 1.22 0.92 0.55 1.58 1.17 0.29 0.18 0.23 0.29
N2 0.67 1.26 0.73 1.02 1.59 0.38 1.38 0.29 1.07 1.02 1.51 1.21 0.53 1.20 1.72 0.28 0.36 0.12 0.44 0.20
N3 0.58 1.27 0.37 0.33 1.85 0.35 1.56 0.52 1.12 0.99 1.65 1.15 0.34 0.50 2.17 0.58 0.09 0.16 0.31 0.27
N7 2.01 2.52 1.69 1.20 2.29 1.65 1.80 1.28 1.66 2.06 2.60 2.74 2.01 1.48 2.40 2.03 0.58 0.20 0.26 0.34
N9 1.14 1.75 0.83 0.35 2.18 0.91 1.76 0.84 1.35 1.40 2.11 1.74 1.09 0.60 2.54 1.20 0.25 0.18 0.24 0.31
O2' 0.32 1.33 0.35 0.64 1.96 0.51 1.45 0.69 0.92 0.86 1.84 1.30 0.08 0.72 2.46 0.19 0.27 0.11 0.34 0.31
O3' 0.68 1.68 0.53 0.21 2.30 0.31 1.75 0.51 1.23 1.20 2.19 1.63 0.66 0.23 2.81 0.41 0.14 0.24 0.09 0.17
O4' 0.97 1.71 0.61 0.14 2.23 0.76 1.77 0.76 1.31 1.31 2.14 1.69 0.83 0.43 2.68 1.05 0.18 0.16 0.25 0.31
O5' 1.56 2.23 1.26 0.80 2.40 1.26 1.84 1.01 1.49 1.72 2.53 2.42 1.67 1.14 2.79 1.55 0.35 0.23 0.24 0.28
O6 2.29 2.33 2.01 1.57 1.65 2.01 1.42 1.56 1.58 2.12 2.05 2.58 2.16 1.76 1.58 2.43 0.81 0.19 0.33 0.34
OP1 1.78 2.27 1.56 1.25 2.14 1.63 1.55 1.34 1.33 1.74 2.43 2.63 2.10 1.74 2.47 1.79 0.58 0.32 0.25 0.41
OP2 2.35 3.05 2.00 1.48 2.79 1.84 2.19 1.32 1.97 2.41 3.17 3.47 2.42 1.84 3.05 2.24 0.76 0.59 0.67 0.61
P 1.92 2.49 1.62 1.19 2.37 1.64 1.79 1.27 1.55 1.94 2.66 2.83 2.09 1.60 2.68 1.92 0.52 0.12 0.16 0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.30 0.01 0.00 0.13 0.38 0.11 0.29
C2 0.01 0.00 0.22 0.29 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.08 0.01 0.16 0.11 0.36 0.24 0.21
C2' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.02 0.01 0.17 0.20 0.23 0.01 0.15 0.39 0.00 0.03 0.03 0.01 0.45 0.44 0.51 0.51
C3' 0.01 0.29 0.00 0.00 0.38 0.00 0.34 0.02 0.28 0.24 0.36 0.24 0.02 0.01 0.40 0.02 0.08 0.21 0.15 0.09
C4 0.01 0.01 0.02 0.38 0.00 0.14 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.35 0.17 0.00 0.02 0.30 0.59 0.32 0.18
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.14 0.00 0.22 0.01 0.22 0.09 0.06 0.09 0.30 0.02 0.14 0.00 0.02 0.37 0.13 0.04
C5 0.01 0.02 0.17 0.34 0.01 0.22 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.02 0.47 0.20 0.01 0.12 0.35 0.65 0.25 0.20
C5' 0.07 0.05 0.20 0.02 0.14 0.01 0.23 0.00 0.20 0.05 0.05 0.12 0.09 0.20 0.15 0.01 0.01 0.44 0.24 0.01
C6 0.01 0.01 0.23 0.28 0.01 0.22 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.43 0.12 0.01 0.17 0.26 0.45 0.15 0.21
N1 0.00 0.01 0.01 0.24 0.01 0.09 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.06 0.01 0.01 0.11 0.34 0.16 0.22
N3 0.01 0.00 0.15 0.36 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.07 0.01 0.12 0.21 0.44 0.30 0.18
O2 0.02 0.00 0.39 0.24 0.01 0.09 0.02 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.20 0.20 0.01 0.27 0.06 0.36 0.24 0.24
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.35 0.30 0.47 0.09 0.43 0.21 0.18 0.20 0.00 0.06 0.37 0.22 0.34 0.40 0.39 0.42
O3' 0.30 0.08 0.03 0.01 0.17 0.02 0.20 0.20 0.12 0.06 0.07 0.20 0.06 0.00 0.20 0.22 0.18 0.48 0.36 0.40
O4 0.01 0.01 0.03 0.40 0.00 0.14 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.37 0.20 0.00 0.03 0.34 0.68 0.37 0.19
O4' 0.00 0.16 0.01 0.02 0.02 0.00 0.12 0.01 0.17 0.01 0.12 0.27 0.22 0.22 0.03 0.00 0.07 0.46 0.16 0.17
O5' 0.13 0.11 0.45 0.08 0.30 0.02 0.35 0.01 0.26 0.11 0.21 0.06 0.34 0.18 0.34 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.38 0.36 0.44 0.21 0.59 0.37 0.65 0.44 0.45 0.34 0.44 0.36 0.40 0.48 0.68 0.46 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.24 0.51 0.15 0.32 0.13 0.25 0.24 0.15 0.16 0.30 0.24 0.39 0.36 0.37 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.21 0.51 0.09 0.18 0.04 0.20 0.01 0.21 0.22 0.18 0.24 0.42 0.40 0.19 0.17 0.00 0.01 0.01 0.00