ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51309

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 2, 1, 2, 4, 1, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, -0.001, 0.010, 0.020, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C2 A 0, -0.003, 0.013, 0.029, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.013 std_dev=0.016
N1 A 0, -0.001, 0.015, 0.031, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.015 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.001, 0.017, 0.034, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C1' A 0, -0.001, 0.017, 0.034, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.017 std_dev=0.018
C5 A 0, -0.004, 0.014, 0.031, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.014 std_dev=0.018
C4 A 0, -0.003, 0.017, 0.038, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.017 std_dev=0.021
N9 A 0, -0.006, 0.022, 0.050, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.022 std_dev=0.028
O6 A 0, -0.004, 0.027, 0.058, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.027 std_dev=0.031
N2 A 0, -0.005, 0.030, 0.066, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.030 std_dev=0.035
N7 A 0, -0.012, 0.028, 0.067, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.028 std_dev=0.040
C8 A 0, -0.015, 0.033, 0.082, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.033 std_dev=0.049
O4' A 0, 0.037, 0.154, 0.270, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.154 std_dev=0.117
C4' A 0, 0.085, 0.250, 0.415, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.250 std_dev=0.165
C2' A 0, 0.037, 0.233, 0.428, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.233 std_dev=0.196
C3' A 0, 0.085, 0.376, 0.667, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.376 std_dev=0.291
O2' A 0, 0.022, 0.354, 0.686, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.354 std_dev=0.332
C5' A 0, 0.102, 0.442, 0.782, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.442 std_dev=0.340
P B 0, 0.459, 0.821, 1.183, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.821 std_dev=0.362
OP2 B 0, 0.396, 0.774, 1.151, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.774 std_dev=0.377
C5' B 0, 0.326, 0.755, 1.184, 1.572 max_d=1.572 avg_d=0.755 std_dev=0.429
C4' B 0, 0.515, 0.966, 1.417, 1.664 max_d=1.664 avg_d=0.966 std_dev=0.451
C3' B 0, 0.532, 0.994, 1.456, 1.590 max_d=1.590 avg_d=0.994 std_dev=0.462
O3' A 0, 0.131, 0.601, 1.071, 1.382 max_d=1.382 avg_d=0.601 std_dev=0.470
O5' B 0, 0.554, 1.060, 1.566, 1.733 max_d=1.733 avg_d=1.060 std_dev=0.506
OP1 B 0, 0.584, 1.097, 1.610, 1.933 max_d=1.933 avg_d=1.097 std_dev=0.513
P A 0, 0.332, 0.852, 1.371, 1.814 max_d=1.814 avg_d=0.852 std_dev=0.520
C6 B 0, 0.382, 0.941, 1.500, 1.799 max_d=1.799 avg_d=0.941 std_dev=0.559
C5 B 0, 0.399, 0.959, 1.518, 1.938 max_d=1.938 avg_d=0.959 std_dev=0.560
OP1 A 0, 0.382, 0.942, 1.503, 2.066 max_d=2.066 avg_d=0.942 std_dev=0.560
O4' B 0, 0.537, 1.098, 1.658, 1.783 max_d=1.783 avg_d=1.098 std_dev=0.561
OP2 A 0, 0.342, 0.912, 1.482, 1.784 max_d=1.784 avg_d=0.912 std_dev=0.570
N1 B 0, 0.441, 1.061, 1.682, 2.067 max_d=2.067 avg_d=1.061 std_dev=0.620
C1' B 0, 0.528, 1.179, 1.831, 2.149 max_d=2.149 avg_d=1.179 std_dev=0.652
C2' B 0, 0.568, 1.222, 1.876, 2.137 max_d=2.137 avg_d=1.222 std_dev=0.654
C4 B 0, 0.434, 1.090, 1.747, 2.358 max_d=2.358 avg_d=1.090 std_dev=0.656
C2 B 0, 0.474, 1.165, 1.856, 2.414 max_d=2.414 avg_d=1.165 std_dev=0.691
O5' A 0, 0.211, 0.908, 1.606, 2.085 max_d=2.085 avg_d=0.908 std_dev=0.698
N3 B 0, 0.456, 1.169, 1.882, 2.525 max_d=2.525 avg_d=1.169 std_dev=0.713
O4 B 0, 0.461, 1.191, 1.921, 2.643 max_d=2.643 avg_d=1.191 std_dev=0.730
O3' B 0, 0.622, 1.361, 2.101, 2.451 max_d=2.451 avg_d=1.361 std_dev=0.740
O2 B 0, 0.552, 1.300, 2.048, 2.652 max_d=2.652 avg_d=1.300 std_dev=0.748
O2' B 0, 0.653, 1.621, 2.590, 3.071 max_d=3.071 avg_d=1.621 std_dev=0.968

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.14 0.03 0.11 0.34 0.08
C2 0.04 0.00 0.11 0.14 0.01 0.07 0.02 0.09 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.12 0.17 0.03 0.43 0.02 0.30 0.22 0.27
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.05 0.02 0.07 0.02 0.08 0.09 0.08 0.14 0.11 0.09 0.04 0.00 0.02 0.01 0.27 0.09 0.25 0.25 0.15
C3' 0.02 0.14 0.01 0.00 0.10 0.00 0.14 0.03 0.15 0.18 0.13 0.17 0.13 0.19 0.10 0.02 0.01 0.01 0.38 0.18 0.34 0.20 0.23
C4 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.13 0.01 0.42 0.02 0.27 0.22 0.24
C4' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.08 0.06 0.09 0.07 0.08 0.04 0.10 0.01 0.00 0.01 0.08 0.11 0.37 0.03
C5 0.01 0.02 0.07 0.14 0.01 0.06 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.19 0.01 0.51 0.02 0.32 0.21 0.31
C5' 0.02 0.09 0.02 0.03 0.06 0.01 0.06 0.00 0.07 0.08 0.08 0.11 0.09 0.08 0.04 0.10 0.03 0.01 0.01 0.08 0.14 0.42 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.07 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.21 0.01 0.55 0.01 0.36 0.24 0.35
C8 0.01 0.03 0.09 0.18 0.01 0.08 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.05 0.21 0.02 0.45 0.03 0.25 0.21 0.24
N1 0.03 0.01 0.08 0.13 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.10 0.18 0.02 0.51 0.01 0.34 0.23 0.32
N2 0.05 0.01 0.14 0.17 0.02 0.09 0.02 0.11 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.15 0.21 0.05 0.41 0.02 0.30 0.23 0.26
N3 0.03 0.01 0.11 0.13 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.12 0.15 0.03 0.37 0.02 0.26 0.23 0.22
N7 0.01 0.02 0.09 0.19 0.01 0.08 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.05 0.24 0.02 0.53 0.03 0.32 0.21 0.32
N9 0.00 0.02 0.04 0.10 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.11 0.01 0.35 0.02 0.21 0.25 0.18
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.06 0.10 0.04 0.10 0.07 0.05 0.10 0.15 0.12 0.05 0.01 0.00 0.02 0.07 0.14 0.06 0.23 0.25 0.10
O3' 0.02 0.17 0.02 0.01 0.13 0.01 0.19 0.03 0.21 0.21 0.18 0.21 0.15 0.24 0.11 0.02 0.00 0.01 0.35 0.25 0.42 0.18 0.29
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.11 0.03 0.07 0.45 0.15
O5' 0.14 0.43 0.27 0.38 0.42 0.01 0.51 0.01 0.55 0.45 0.51 0.41 0.37 0.53 0.35 0.14 0.35 0.11 0.00 0.60 0.02 0.02 0.00
O6 0.03 0.02 0.09 0.18 0.02 0.08 0.02 0.08 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.06 0.25 0.03 0.60 0.00 0.39 0.29 0.39
OP1 0.11 0.30 0.25 0.34 0.27 0.11 0.32 0.14 0.36 0.25 0.34 0.30 0.26 0.32 0.21 0.23 0.42 0.07 0.02 0.39 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.22 0.25 0.20 0.22 0.37 0.21 0.42 0.24 0.21 0.23 0.23 0.23 0.21 0.25 0.25 0.18 0.45 0.02 0.29 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.27 0.15 0.23 0.24 0.03 0.31 0.01 0.35 0.24 0.32 0.26 0.22 0.32 0.18 0.10 0.29 0.15 0.00 0.39 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.54 0.71 0.44 0.17 0.68 0.21 0.52 0.17 0.49 0.58 0.76 0.77 0.47 0.20 0.73 0.53 0.43 0.25 0.25 0.29
C2 0.52 0.65 0.42 0.19 0.60 0.21 0.46 0.17 0.46 0.55 0.67 0.68 0.40 0.24 0.60 0.52 0.42 0.18 0.19 0.28
C2' 0.54 0.69 0.46 0.21 0.65 0.23 0.52 0.20 0.50 0.57 0.74 0.75 0.51 0.24 0.71 0.53 0.46 0.23 0.21 0.29
C3' 0.60 0.73 0.51 0.27 0.71 0.30 0.60 0.23 0.57 0.63 0.77 0.77 0.56 0.27 0.76 0.59 0.52 0.29 0.26 0.36
C4 0.55 0.71 0.44 0.19 0.71 0.22 0.57 0.17 0.53 0.60 0.77 0.75 0.42 0.25 0.76 0.55 0.41 0.27 0.25 0.29
C4' 0.57 0.72 0.47 0.20 0.70 0.24 0.57 0.19 0.54 0.61 0.77 0.77 0.51 0.21 0.75 0.56 0.46 0.27 0.25 0.31
C5 0.58 0.73 0.44 0.23 0.77 0.25 0.65 0.19 0.59 0.64 0.79 0.75 0.41 0.31 0.82 0.59 0.38 0.33 0.27 0.30
C5' 0.55 0.70 0.45 0.20 0.68 0.23 0.56 0.21 0.53 0.59 0.75 0.75 0.48 0.25 0.74 0.54 0.43 0.28 0.23 0.28
C6 0.58 0.70 0.43 0.25 0.74 0.27 0.65 0.21 0.60 0.63 0.74 0.71 0.38 0.35 0.77 0.60 0.37 0.34 0.27 0.30
C8 0.59 0.75 0.45 0.21 0.79 0.24 0.65 0.19 0.59 0.65 0.82 0.79 0.43 0.28 0.86 0.59 0.39 0.34 0.28 0.31
N1 0.55 0.66 0.43 0.24 0.66 0.25 0.57 0.19 0.54 0.59 0.69 0.68 0.38 0.31 0.67 0.57 0.39 0.26 0.23 0.29
N2 0.47 0.57 0.41 0.18 0.45 0.19 0.32 0.19 0.34 0.47 0.56 0.63 0.40 0.20 0.44 0.45 0.45 0.11 0.16 0.28
N3 0.52 0.67 0.43 0.18 0.62 0.20 0.46 0.17 0.45 0.55 0.71 0.72 0.43 0.21 0.64 0.51 0.43 0.20 0.22 0.28
N7 0.60 0.75 0.45 0.23 0.81 0.26 0.68 0.21 0.62 0.66 0.82 0.77 0.41 0.32 0.87 0.61 0.38 0.37 0.29 0.31
N9 0.56 0.73 0.44 0.19 0.73 0.22 0.58 0.17 0.54 0.61 0.79 0.77 0.44 0.24 0.79 0.56 0.41 0.29 0.26 0.30
O2' 0.43 0.58 0.36 0.15 0.54 0.18 0.42 0.25 0.40 0.46 0.63 0.65 0.44 0.24 0.58 0.43 0.41 0.21 0.13 0.20
O3' 0.65 0.75 0.56 0.33 0.73 0.36 0.64 0.26 0.62 0.67 0.78 0.79 0.63 0.31 0.77 0.64 0.58 0.31 0.28 0.41
O4' 0.54 0.71 0.44 0.17 0.69 0.22 0.54 0.17 0.51 0.59 0.76 0.77 0.47 0.19 0.74 0.54 0.43 0.27 0.27 0.30
O5' 1.00 1.11 0.80 0.53 1.18 0.66 1.11 0.50 1.05 1.06 1.17 1.11 0.80 0.31 1.25 1.05 0.90 0.49 0.70 0.75
O6 0.59 0.69 0.43 0.29 0.74 0.30 0.67 0.26 0.62 0.63 0.73 0.69 0.37 0.40 0.78 0.61 0.35 0.39 0.29 0.31
OP1 0.91 1.04 0.72 0.44 1.09 0.54 1.00 0.38 0.94 0.97 1.10 1.06 0.73 0.27 1.15 0.93 0.75 0.34 0.53 0.57
OP2 0.60 0.70 0.42 0.27 0.74 0.33 0.69 0.30 0.65 0.65 0.75 0.70 0.42 0.36 0.80 0.66 0.55 0.28 0.37 0.39
P 0.83 0.95 0.63 0.37 1.01 0.48 0.93 0.35 0.87 0.88 1.01 0.96 0.63 0.25 1.07 0.86 0.70 0.33 0.52 0.54

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.28 0.33 0.30 0.30
C2 0.03 0.00 0.10 0.10 0.01 0.07 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.10 0.02 0.02 0.37 0.35 0.39 0.38
C2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.04 0.01 0.08 0.03 0.10 0.02 0.07 0.21 0.00 0.02 0.05 0.02 0.16 0.19 0.30 0.18
C3' 0.02 0.10 0.00 0.00 0.23 0.01 0.31 0.02 0.30 0.15 0.14 0.15 0.02 0.01 0.24 0.01 0.09 0.20 0.30 0.11
C4 0.02 0.01 0.04 0.23 0.00 0.19 0.01 0.42 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.26 0.01 0.01 0.33 0.39 0.43 0.39
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.19 0.00 0.25 0.01 0.24 0.11 0.12 0.08 0.06 0.02 0.20 0.01 0.01 0.22 0.28 0.04
C5 0.01 0.01 0.08 0.31 0.01 0.25 0.00 0.49 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.36 0.01 0.03 0.30 0.38 0.43 0.37
C5' 0.06 0.21 0.03 0.02 0.42 0.01 0.49 0.00 0.43 0.25 0.32 0.11 0.06 0.03 0.46 0.02 0.01 0.37 0.35 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.30 0.01 0.24 0.00 0.43 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.32 0.01 0.03 0.29 0.33 0.38 0.32
N1 0.01 0.01 0.02 0.15 0.01 0.11 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.12 0.02 0.01 0.32 0.32 0.34 0.34
N3 0.02 0.00 0.07 0.14 0.00 0.12 0.01 0.32 0.02 0.01 0.00 0.01 0.16 0.14 0.01 0.02 0.36 0.36 0.42 0.40
O2 0.05 0.01 0.21 0.15 0.02 0.08 0.02 0.11 0.01 0.02 0.01 0.00 0.30 0.22 0.02 0.03 0.40 0.37 0.39 0.40
O2' 0.02 0.18 0.00 0.02 0.09 0.06 0.04 0.06 0.06 0.05 0.16 0.30 0.00 0.08 0.11 0.10 0.05 0.21 0.28 0.08
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.26 0.02 0.36 0.03 0.32 0.12 0.14 0.22 0.08 0.00 0.29 0.02 0.28 0.42 0.42 0.31
O4 0.02 0.02 0.05 0.24 0.01 0.20 0.01 0.46 0.01 0.02 0.01 0.02 0.11 0.29 0.00 0.02 0.32 0.42 0.45 0.41
O4' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.10 0.02 0.02 0.00 0.30 0.43 0.25 0.33
O5' 0.28 0.37 0.16 0.09 0.33 0.01 0.30 0.01 0.29 0.32 0.36 0.40 0.05 0.28 0.32 0.30 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.33 0.35 0.19 0.20 0.39 0.22 0.38 0.37 0.33 0.32 0.36 0.37 0.21 0.42 0.42 0.43 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.39 0.30 0.30 0.43 0.28 0.43 0.35 0.38 0.34 0.42 0.39 0.28 0.42 0.45 0.25 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.30 0.38 0.18 0.11 0.39 0.04 0.37 0.01 0.32 0.34 0.40 0.40 0.08 0.31 0.41 0.33 0.00 0.01 0.01 0.00