ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51310

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 2, 2, 3, 2, 0, 2, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.009, 0.023, 0.036, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.023 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.014, 0.031, 0.047, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.031 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.008, 0.025, 0.042, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.025 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.005, 0.023, 0.041, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.023 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.008, 0.026, 0.044, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.026 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.020, 0.043, 0.065, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.043 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.018, 0.043, 0.068, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.043 std_dev=0.025
O6 A 0, 0.014, 0.046, 0.077, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.046 std_dev=0.031
N2 A 0, 0.011, 0.058, 0.105, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.058 std_dev=0.047
O4' A 0, 0.020, 0.144, 0.267, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.144 std_dev=0.124
C2' A 0, -0.002, 0.146, 0.295, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.146 std_dev=0.148
C4' A 0, 0.035, 0.214, 0.394, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.214 std_dev=0.180
O2' A 0, -0.006, 0.196, 0.399, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.196 std_dev=0.203
C3' A 0, 0.006, 0.231, 0.456, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.231 std_dev=0.225
O5' A 0, 0.129, 0.426, 0.723, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.426 std_dev=0.297
P B 0, 0.374, 0.700, 1.025, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.700 std_dev=0.325
OP2 B 0, 0.416, 0.742, 1.068, 1.499 max_d=1.499 avg_d=0.742 std_dev=0.326
C5' A 0, 0.040, 0.370, 0.700, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.370 std_dev=0.330
O3' A 0, -0.010, 0.337, 0.684, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.337 std_dev=0.347
O4 B 0, 0.489, 0.850, 1.210, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.850 std_dev=0.360
P A 0, 0.253, 0.648, 1.042, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.648 std_dev=0.394
C4 B 0, 0.447, 0.850, 1.254, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.850 std_dev=0.403
O5' B 0, 0.437, 0.852, 1.268, 1.784 max_d=1.784 avg_d=0.852 std_dev=0.416
OP2 A 0, 0.314, 0.750, 1.187, 1.616 max_d=1.616 avg_d=0.750 std_dev=0.437
OP1 B 0, 0.229, 0.693, 1.156, 1.632 max_d=1.632 avg_d=0.693 std_dev=0.463
OP1 A 0, 0.225, 0.735, 1.245, 1.983 max_d=1.983 avg_d=0.735 std_dev=0.510
N3 B 0, 0.565, 1.084, 1.602, 2.343 max_d=2.343 avg_d=1.084 std_dev=0.519
N1 B 0, 0.474, 0.993, 1.513, 1.856 max_d=1.856 avg_d=0.993 std_dev=0.520
C5 B 0, 0.429, 0.952, 1.475, 2.358 max_d=2.358 avg_d=0.952 std_dev=0.523
C6 B 0, 0.451, 0.999, 1.547, 2.254 max_d=2.254 avg_d=0.999 std_dev=0.548
C2 B 0, 0.603, 1.186, 1.769, 2.535 max_d=2.535 avg_d=1.186 std_dev=0.583
C1' B 0, 0.520, 1.117, 1.715, 2.089 max_d=2.089 avg_d=1.117 std_dev=0.597
C3' B 0, 0.541, 1.149, 1.756, 2.095 max_d=2.095 avg_d=1.149 std_dev=0.607
O4' B 0, 0.465, 1.092, 1.719, 2.293 max_d=2.293 avg_d=1.092 std_dev=0.627
C5' B 0, 0.478, 1.110, 1.742, 2.572 max_d=2.572 avg_d=1.110 std_dev=0.632
C2' B 0, 0.542, 1.199, 1.855, 2.357 max_d=2.357 avg_d=1.199 std_dev=0.657
C4' B 0, 0.520, 1.187, 1.855, 2.465 max_d=2.465 avg_d=1.187 std_dev=0.668
O3' B 0, 0.593, 1.342, 2.091, 2.489 max_d=2.489 avg_d=1.342 std_dev=0.749
O2' B 0, 0.587, 1.490, 2.392, 3.342 max_d=3.342 avg_d=1.490 std_dev=0.902
O2 B 0, 0.465, 1.461, 2.457, 4.684 max_d=4.684 avg_d=1.461 std_dev=0.996

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.07 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.08 0.04 0.09 0.14 0.08
C2 0.05 0.00 0.12 0.11 0.02 0.06 0.02 0.07 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.15 0.17 0.05 0.13 0.03 0.14 0.20 0.13
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.07 0.01 0.05 0.02 0.06 0.06 0.09 0.16 0.12 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.05 0.12 0.13 0.08
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.07 0.11 0.09 0.15 0.11 0.10 0.04 0.02 0.01 0.01 0.11 0.07 0.14 0.15 0.11
C4 0.02 0.02 0.07 0.06 0.00 0.03 0.01 0.06 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.07 0.08 0.03 0.12 0.03 0.13 0.19 0.13
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.08 0.04 0.09 0.06 0.08 0.03 0.06 0.02 0.00 0.02 0.07 0.10 0.06 0.03
C5 0.02 0.02 0.05 0.06 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.05 0.08 0.04 0.15 0.03 0.15 0.20 0.15
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.06 0.01 0.09 0.00 0.09 0.11 0.07 0.08 0.07 0.12 0.05 0.06 0.05 0.02 0.01 0.11 0.11 0.04 0.02
C6 0.03 0.02 0.06 0.07 0.02 0.05 0.01 0.09 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.08 0.09 0.05 0.15 0.01 0.16 0.21 0.17
C8 0.02 0.04 0.06 0.11 0.02 0.08 0.01 0.11 0.03 0.00 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.05 0.12 0.05 0.15 0.04 0.14 0.18 0.14
N1 0.04 0.00 0.09 0.09 0.02 0.04 0.02 0.07 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.12 0.13 0.04 0.14 0.02 0.15 0.21 0.15
N2 0.07 0.01 0.16 0.15 0.03 0.09 0.03 0.08 0.03 0.05 0.02 0.00 0.03 0.04 0.05 0.20 0.22 0.08 0.13 0.04 0.14 0.20 0.13
N3 0.05 0.01 0.12 0.11 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.14 0.15 0.05 0.12 0.02 0.13 0.19 0.13
N7 0.02 0.04 0.05 0.10 0.02 0.08 0.01 0.12 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.00 0.02 0.04 0.11 0.05 0.17 0.04 0.16 0.21 0.17
N9 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.11 0.04 0.11 0.17 0.11
O2' 0.02 0.15 0.01 0.02 0.07 0.06 0.05 0.06 0.08 0.05 0.12 0.20 0.14 0.04 0.02 0.00 0.05 0.05 0.05 0.07 0.13 0.11 0.06
O3' 0.02 0.17 0.03 0.01 0.08 0.02 0.08 0.05 0.09 0.12 0.13 0.22 0.15 0.11 0.04 0.05 0.00 0.01 0.15 0.09 0.20 0.23 0.16
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.08 0.05 0.05 0.02 0.05 0.01 0.00 0.11 0.06 0.11 0.15 0.11
O5' 0.08 0.13 0.07 0.11 0.12 0.02 0.15 0.01 0.15 0.15 0.14 0.13 0.12 0.17 0.11 0.05 0.15 0.11 0.00 0.17 0.01 0.02 0.01
O6 0.04 0.03 0.05 0.07 0.03 0.07 0.03 0.11 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.07 0.09 0.06 0.17 0.00 0.18 0.22 0.19
OP1 0.09 0.14 0.12 0.14 0.13 0.10 0.15 0.11 0.16 0.14 0.15 0.14 0.13 0.16 0.11 0.13 0.20 0.11 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01
OP2 0.14 0.20 0.13 0.15 0.19 0.06 0.20 0.04 0.21 0.18 0.21 0.20 0.19 0.21 0.17 0.11 0.23 0.15 0.02 0.22 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.13 0.08 0.11 0.13 0.03 0.15 0.02 0.17 0.14 0.15 0.13 0.13 0.17 0.11 0.06 0.16 0.11 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.40 0.50 0.40 0.23 0.48 0.25 0.41 0.22 0.38 0.43 0.52 0.55 0.57 0.25 0.50 0.36 0.21 0.19 0.12 0.13
C2 0.32 0.35 0.39 0.19 0.32 0.21 0.44 0.20 0.39 0.33 0.32 0.43 0.53 0.22 0.30 0.28 0.20 0.18 0.19 0.15
C2' 0.41 0.50 0.37 0.27 0.46 0.28 0.39 0.25 0.38 0.43 0.52 0.55 0.52 0.28 0.49 0.39 0.25 0.20 0.19 0.14
C3' 0.41 0.50 0.37 0.27 0.48 0.30 0.42 0.27 0.40 0.44 0.52 0.54 0.50 0.29 0.51 0.41 0.26 0.21 0.20 0.14
C4 0.36 0.45 0.39 0.20 0.44 0.23 0.49 0.22 0.43 0.40 0.46 0.53 0.53 0.22 0.44 0.33 0.20 0.20 0.12 0.13
C4' 0.40 0.50 0.38 0.24 0.47 0.26 0.41 0.24 0.39 0.43 0.52 0.54 0.54 0.26 0.50 0.38 0.22 0.21 0.15 0.14
C5 0.32 0.46 0.38 0.18 0.42 0.21 0.56 0.24 0.48 0.36 0.47 0.61 0.49 0.21 0.43 0.31 0.21 0.23 0.12 0.12
C5' 0.41 0.50 0.37 0.25 0.49 0.28 0.45 0.25 0.42 0.44 0.53 0.55 0.52 0.27 0.53 0.40 0.24 0.23 0.16 0.16
C6 0.28 0.44 0.37 0.18 0.36 0.21 0.61 0.25 0.52 0.30 0.44 0.67 0.45 0.22 0.37 0.27 0.22 0.23 0.13 0.12
C8 0.37 0.50 0.39 0.19 0.49 0.23 0.52 0.24 0.46 0.41 0.53 0.61 0.52 0.21 0.53 0.35 0.21 0.24 0.12 0.12
N1 0.28 0.38 0.38 0.18 0.33 0.19 0.56 0.21 0.49 0.30 0.36 0.57 0.47 0.22 0.32 0.25 0.20 0.18 0.14 0.12
N2 0.32 0.30 0.39 0.23 0.30 0.24 0.35 0.22 0.32 0.31 0.28 0.34 0.56 0.25 0.32 0.29 0.23 0.21 0.28 0.21
N3 0.36 0.42 0.40 0.21 0.38 0.23 0.40 0.21 0.38 0.38 0.40 0.46 0.55 0.23 0.35 0.32 0.20 0.18 0.16 0.15
N7 0.34 0.49 0.38 0.18 0.46 0.22 0.57 0.25 0.49 0.37 0.51 0.65 0.48 0.21 0.49 0.32 0.22 0.26 0.14 0.13
N9 0.39 0.49 0.40 0.21 0.49 0.24 0.47 0.23 0.43 0.43 0.52 0.56 0.54 0.23 0.51 0.36 0.20 0.21 0.12 0.13
O2' 0.39 0.48 0.36 0.27 0.40 0.28 0.38 0.26 0.37 0.41 0.49 0.57 0.53 0.28 0.41 0.37 0.26 0.20 0.20 0.14
O3' 0.42 0.49 0.36 0.32 0.45 0.33 0.40 0.28 0.40 0.44 0.50 0.53 0.48 0.32 0.46 0.42 0.29 0.22 0.25 0.15
O4' 0.40 0.50 0.40 0.22 0.48 0.24 0.42 0.22 0.39 0.43 0.52 0.55 0.58 0.25 0.51 0.36 0.20 0.20 0.12 0.14
O5' 0.42 0.52 0.36 0.29 0.53 0.32 0.52 0.29 0.48 0.46 0.55 0.58 0.48 0.32 0.57 0.44 0.30 0.26 0.23 0.20
O6 0.25 0.48 0.37 0.21 0.35 0.23 0.65 0.29 0.56 0.27 0.46 0.78 0.42 0.25 0.36 0.26 0.26 0.27 0.20 0.17
OP1 0.44 0.51 0.36 0.31 0.52 0.35 0.54 0.35 0.50 0.47 0.54 0.57 0.47 0.33 0.56 0.47 0.35 0.26 0.23 0.23
OP2 0.47 0.55 0.41 0.35 0.56 0.41 0.63 0.42 0.58 0.49 0.58 0.66 0.50 0.36 0.59 0.51 0.41 0.27 0.28 0.29
P 0.44 0.53 0.38 0.30 0.54 0.35 0.56 0.34 0.52 0.47 0.56 0.61 0.49 0.32 0.57 0.46 0.33 0.26 0.23 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.07 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.10 0.04 0.01 0.10 0.10 0.36 0.21
C2 0.04 0.00 0.16 0.16 0.03 0.18 0.03 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.12 0.05 0.24 0.40 0.47 0.55 0.51
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.06 0.02 0.13 0.09 0.16 0.04 0.12 0.29 0.01 0.02 0.08 0.02 0.15 0.21 0.33 0.18
C3' 0.02 0.16 0.01 0.00 0.18 0.01 0.17 0.02 0.15 0.12 0.18 0.16 0.02 0.01 0.21 0.02 0.08 0.25 0.20 0.11
C4 0.03 0.03 0.06 0.18 0.00 0.09 0.01 0.21 0.02 0.02 0.02 0.04 0.15 0.19 0.02 0.04 0.31 0.27 0.48 0.33
C4' 0.01 0.18 0.02 0.01 0.09 0.00 0.21 0.01 0.24 0.06 0.13 0.35 0.14 0.02 0.10 0.01 0.01 0.16 0.17 0.08
C5 0.03 0.03 0.13 0.17 0.01 0.21 0.00 0.42 0.01 0.02 0.01 0.04 0.22 0.17 0.02 0.19 0.50 0.60 0.75 0.62
C5' 0.07 0.30 0.09 0.02 0.21 0.01 0.42 0.00 0.45 0.15 0.24 0.58 0.07 0.12 0.21 0.02 0.01 0.16 0.04 0.02
C6 0.02 0.01 0.16 0.15 0.02 0.24 0.01 0.45 0.00 0.01 0.03 0.03 0.23 0.13 0.02 0.24 0.52 0.58 0.72 0.62
N1 0.01 0.01 0.04 0.12 0.02 0.06 0.02 0.15 0.01 0.00 0.02 0.04 0.09 0.09 0.03 0.02 0.22 0.17 0.42 0.27
N3 0.02 0.01 0.12 0.18 0.02 0.13 0.01 0.24 0.03 0.02 0.00 0.03 0.20 0.17 0.05 0.16 0.36 0.40 0.53 0.45
O2 0.08 0.01 0.29 0.16 0.04 0.35 0.04 0.58 0.03 0.04 0.03 0.00 0.40 0.12 0.07 0.44 0.68 0.89 0.84 0.90
O2' 0.02 0.23 0.01 0.02 0.15 0.14 0.22 0.07 0.23 0.09 0.20 0.40 0.00 0.06 0.16 0.11 0.10 0.25 0.33 0.14
O3' 0.10 0.12 0.02 0.01 0.19 0.02 0.17 0.12 0.13 0.09 0.17 0.12 0.06 0.00 0.23 0.08 0.12 0.46 0.26 0.23
O4 0.04 0.05 0.08 0.21 0.02 0.10 0.02 0.21 0.02 0.03 0.05 0.07 0.16 0.23 0.00 0.05 0.32 0.29 0.47 0.33
O4' 0.01 0.24 0.02 0.02 0.04 0.01 0.19 0.02 0.24 0.02 0.16 0.44 0.11 0.08 0.05 0.00 0.13 0.20 0.39 0.29
O5' 0.10 0.40 0.15 0.08 0.31 0.01 0.50 0.01 0.52 0.22 0.36 0.68 0.10 0.12 0.32 0.13 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.10 0.47 0.21 0.25 0.27 0.16 0.60 0.16 0.58 0.17 0.40 0.89 0.25 0.46 0.29 0.20 0.03 0.00 0.02 0.02
OP2 0.36 0.55 0.33 0.20 0.48 0.17 0.75 0.04 0.72 0.42 0.53 0.84 0.33 0.26 0.47 0.39 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.51 0.18 0.11 0.33 0.08 0.62 0.02 0.62 0.27 0.45 0.90 0.14 0.23 0.33 0.29 0.01 0.02 0.01 0.00