ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51311

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.013, 0.026, 0.040, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.026 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.023 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.012, 0.027, 0.041, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.027 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.012, 0.029, 0.045, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.029 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.015, 0.031, 0.048, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.031 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.009, 0.026, 0.043, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.026 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.009, 0.027, 0.046, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.027 std_dev=0.018
N2 A 0, 0.020, 0.042, 0.063, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.042 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.018, 0.041, 0.063, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.041 std_dev=0.022
O6 A 0, 0.024, 0.050, 0.077, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.050 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.013, 0.044, 0.076, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.044 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.015, 0.048, 0.080, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.048 std_dev=0.032
O4' A 0, -0.082, 0.214, 0.510, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.214 std_dev=0.296
C2' A 0, -0.051, 0.260, 0.570, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.260 std_dev=0.311
OP1 B 0, 0.319, 0.708, 1.096, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.708 std_dev=0.389
P B 0, 0.289, 0.679, 1.070, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.679 std_dev=0.390
C4' A 0, -0.047, 0.446, 0.940, 1.827 max_d=1.827 avg_d=0.446 std_dev=0.493
C3' A 0, -0.079, 0.432, 0.943, 1.871 max_d=1.871 avg_d=0.432 std_dev=0.511
O2' A 0, -0.038, 0.510, 1.058, 2.026 max_d=2.026 avg_d=0.510 std_dev=0.548
O5' A 0, 0.288, 0.844, 1.400, 1.840 max_d=1.840 avg_d=0.844 std_dev=0.556
C5' A 0, 0.076, 0.685, 1.293, 2.250 max_d=2.250 avg_d=0.685 std_dev=0.609
O5' B 0, 0.215, 0.864, 1.512, 2.439 max_d=2.439 avg_d=0.864 std_dev=0.648
OP2 B 0, 0.392, 1.095, 1.797, 1.858 max_d=1.858 avg_d=1.095 std_dev=0.703
P A 0, 0.243, 0.969, 1.694, 2.564 max_d=2.564 avg_d=0.969 std_dev=0.726
OP2 A 0, 0.330, 1.060, 1.791, 2.264 max_d=2.264 avg_d=1.060 std_dev=0.731
O3' A 0, -0.098, 0.708, 1.513, 2.962 max_d=2.962 avg_d=0.708 std_dev=0.805
OP1 A 0, 0.275, 1.315, 2.354, 3.788 max_d=3.788 avg_d=1.315 std_dev=1.039
C5' B 0, 0.229, 1.393, 2.556, 3.954 max_d=3.954 avg_d=1.393 std_dev=1.163
C4' B 0, -0.195, 1.529, 3.252, 6.234 max_d=6.234 avg_d=1.529 std_dev=1.723
C2' B 0, 0.072, 2.069, 4.067, 7.185 max_d=7.185 avg_d=2.069 std_dev=1.997
O4' B 0, 0.379, 2.388, 4.397, 6.588 max_d=6.588 avg_d=2.388 std_dev=2.009
C3' B 0, -0.496, 1.559, 3.614, 7.499 max_d=7.499 avg_d=1.559 std_dev=2.055
C1' B 0, 0.553, 2.740, 4.928, 6.824 max_d=6.824 avg_d=2.740 std_dev=2.188
O2' B 0, -0.297, 2.245, 4.787, 9.343 max_d=9.343 avg_d=2.245 std_dev=2.542
C6 B 0, 0.561, 3.125, 5.689, 5.919 max_d=5.919 avg_d=3.125 std_dev=2.564
O3' B 0, -0.545, 2.155, 4.856, 9.888 max_d=9.888 avg_d=2.155 std_dev=2.701
N1 B 0, 0.816, 3.549, 6.282, 6.247 max_d=6.247 avg_d=3.549 std_dev=2.733
C5 B 0, 0.288, 3.961, 7.634, 7.951 max_d=7.951 avg_d=3.961 std_dev=3.673
C2 B 0, 0.977, 4.850, 8.723, 8.722 max_d=8.722 avg_d=4.850 std_dev=3.873
O2 B 0, 1.142, 5.304, 9.465, 9.206 max_d=9.206 avg_d=5.304 std_dev=4.161
N3 B 0, 0.829, 5.649, 10.469, 10.636 max_d=10.636 avg_d=5.649 std_dev=4.820
C4 B 0, 0.406, 5.291, 10.176, 10.478 max_d=10.478 avg_d=5.291 std_dev=4.885
O4 B 0, 0.149, 6.142, 12.136, 12.487 max_d=12.487 avg_d=6.142 std_dev=5.993

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.24 0.01 0.20 0.03 0.19 0.25 0.20
C2 0.03 0.00 0.23 0.16 0.01 0.07 0.03 0.14 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.17 0.21 0.16 0.26 0.02 0.31 0.36 0.28
C2' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.11 0.01 0.05 0.16 0.10 0.14 0.19 0.28 0.22 0.08 0.02 0.00 0.02 0.02 0.34 0.06 0.36 0.49 0.39
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.17 0.00 0.23 0.03 0.24 0.23 0.22 0.14 0.13 0.26 0.16 0.02 0.01 0.02 0.06 0.26 0.20 0.09 0.09
C4 0.02 0.01 0.11 0.17 0.00 0.04 0.01 0.12 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.12 0.14 0.09 0.25 0.02 0.29 0.32 0.26
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.07 0.16 0.04 0.11 0.07 0.15 0.07 0.22 0.03 0.00 0.02 0.09 0.09 0.05 0.03
C5 0.02 0.03 0.05 0.23 0.01 0.08 0.00 0.17 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.23 0.12 0.06 0.30 0.02 0.36 0.40 0.31
C5' 0.07 0.14 0.16 0.03 0.12 0.01 0.17 0.00 0.18 0.20 0.15 0.16 0.13 0.22 0.11 0.07 0.13 0.01 0.01 0.21 0.06 0.03 0.02
C6 0.02 0.02 0.10 0.24 0.01 0.07 0.01 0.18 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.21 0.13 0.09 0.32 0.00 0.40 0.45 0.35
C8 0.03 0.04 0.14 0.23 0.03 0.16 0.02 0.20 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.01 0.02 0.34 0.14 0.08 0.29 0.05 0.31 0.31 0.26
N1 0.02 0.00 0.19 0.22 0.01 0.04 0.01 0.15 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.15 0.15 0.12 0.28 0.01 0.36 0.42 0.32
N2 0.04 0.01 0.28 0.14 0.02 0.11 0.04 0.16 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.25 0.28 0.19 0.25 0.02 0.29 0.34 0.28
N3 0.03 0.00 0.22 0.13 0.01 0.07 0.02 0.13 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.16 0.24 0.16 0.23 0.01 0.26 0.31 0.25
N7 0.03 0.05 0.08 0.26 0.02 0.15 0.02 0.22 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.00 0.02 0.34 0.17 0.04 0.33 0.05 0.38 0.42 0.33
N9 0.01 0.02 0.02 0.16 0.01 0.07 0.02 0.11 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.16 0.11 0.01 0.22 0.03 0.24 0.27 0.21
O2' 0.01 0.17 0.00 0.02 0.12 0.22 0.23 0.07 0.21 0.34 0.15 0.25 0.16 0.34 0.16 0.00 0.01 0.15 0.24 0.27 0.25 0.54 0.32
O3' 0.24 0.21 0.02 0.01 0.14 0.03 0.12 0.13 0.13 0.14 0.15 0.28 0.24 0.17 0.11 0.01 0.00 0.16 0.20 0.16 0.40 0.23 0.26
O4' 0.01 0.16 0.02 0.02 0.09 0.00 0.06 0.01 0.09 0.08 0.12 0.19 0.16 0.04 0.01 0.15 0.16 0.00 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08
O5' 0.20 0.26 0.34 0.06 0.25 0.02 0.30 0.01 0.32 0.29 0.28 0.25 0.23 0.33 0.22 0.24 0.20 0.09 0.00 0.35 0.01 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.06 0.26 0.02 0.09 0.02 0.21 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.03 0.27 0.16 0.09 0.35 0.00 0.46 0.52 0.41
OP1 0.19 0.31 0.36 0.20 0.29 0.09 0.36 0.06 0.40 0.31 0.36 0.29 0.26 0.38 0.24 0.25 0.40 0.08 0.01 0.46 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.36 0.49 0.09 0.32 0.05 0.40 0.03 0.45 0.31 0.42 0.34 0.31 0.42 0.27 0.54 0.23 0.09 0.02 0.52 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.28 0.39 0.09 0.26 0.03 0.31 0.02 0.35 0.26 0.32 0.28 0.25 0.33 0.21 0.32 0.26 0.08 0.01 0.41 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.31 3.28 1.10 0.29 4.35 0.36 3.29 0.69 2.35 2.35 4.23 3.23 0.93 0.48 5.22 0.55 0.26 0.27 0.14 0.17
C2 0.97 2.32 0.78 0.26 3.03 0.42 2.50 0.68 1.84 1.78 2.88 2.20 0.55 0.67 3.36 0.58 0.30 0.22 0.10 0.14
C2' 1.31 3.26 1.02 0.21 4.18 0.37 3.12 0.69 2.23 2.30 4.15 3.28 0.89 0.56 4.99 0.66 0.40 0.30 0.28 0.33
C3' 1.33 3.28 1.09 0.25 4.26 0.32 3.20 0.65 2.29 2.33 4.19 3.29 0.96 0.51 5.13 0.61 0.35 0.26 0.28 0.32
C4 1.16 2.80 1.12 0.41 3.73 0.38 2.93 0.69 2.09 2.06 3.55 2.71 1.01 0.54 4.34 0.42 0.22 0.26 0.16 0.18
C4' 1.45 3.47 1.24 0.46 4.55 0.40 3.45 0.71 2.48 2.49 4.44 3.44 1.10 0.52 5.49 0.62 0.17 0.30 0.14 0.13
C5 1.17 2.55 1.36 0.72 3.23 0.52 2.57 0.72 1.85 1.88 3.13 2.55 1.38 0.76 3.72 0.39 0.16 0.28 0.23 0.21
C5' 1.61 3.57 1.49 0.71 4.61 0.54 3.53 0.73 2.58 2.60 4.51 3.56 1.40 0.69 5.54 0.77 0.24 0.33 0.13 0.14
C6 1.05 2.09 1.35 0.80 2.52 0.57 2.06 0.72 1.50 1.57 2.46 2.12 1.39 0.84 2.83 0.36 0.18 0.28 0.27 0.24
C8 1.34 2.98 1.46 0.75 3.81 0.53 2.93 0.74 2.10 2.15 3.72 3.01 1.50 0.77 4.52 0.49 0.16 0.29 0.22 0.19
N1 0.83 1.91 0.97 0.47 2.43 0.40 2.04 0.67 1.50 1.46 2.32 1.85 0.88 0.64 2.69 0.26 0.20 0.26 0.17 0.18
N2 1.05 2.17 0.59 0.48 2.66 0.62 2.20 0.71 1.70 1.70 2.60 2.08 0.32 0.97 2.91 0.93 0.41 0.17 0.13 0.12
N3 1.14 2.78 0.88 0.23 3.69 0.40 2.92 0.68 2.11 2.07 3.51 2.65 0.65 0.61 4.20 0.61 0.30 0.23 0.10 0.15
N7 1.34 2.73 1.58 0.93 3.33 0.65 2.60 0.76 1.88 1.99 3.30 2.82 1.70 0.97 3.89 0.55 0.17 0.29 0.26 0.22
N9 1.27 3.06 1.22 0.46 4.06 0.39 3.12 0.70 2.22 2.22 3.91 3.01 1.14 0.54 4.82 0.45 0.21 0.27 0.17 0.17
O2' 1.30 3.32 0.90 0.23 4.19 0.44 3.10 0.75 2.22 2.32 4.21 3.36 0.73 0.68 4.99 0.73 0.32 0.36 0.26 0.24
O3' 1.43 3.38 1.16 0.38 4.34 0.27 3.28 0.63 2.38 2.42 4.28 3.39 1.01 0.56 5.21 0.70 0.13 0.34 0.26 0.19
O4' 1.44 3.44 1.29 0.52 4.58 0.45 3.48 0.74 2.51 2.49 4.43 3.38 1.14 0.51 5.52 0.60 0.18 0.38 0.15 0.13
O5' 1.76 3.59 1.74 0.92 4.50 0.61 3.48 0.66 2.60 2.66 4.44 3.63 1.73 0.87 5.35 0.91 0.36 0.34 0.19 0.23
O6 1.15 1.81 1.60 1.11 1.87 0.77 1.50 0.75 1.12 1.37 1.95 1.98 1.76 1.15 2.09 0.57 0.25 0.28 0.39 0.30
OP1 1.88 3.64 1.86 1.11 4.47 0.79 3.46 0.74 2.62 2.71 4.45 3.73 1.90 1.12 5.30 1.06 0.42 0.40 0.24 0.28
OP2 1.89 3.46 2.02 1.23 4.11 0.79 3.20 0.64 2.45 2.59 4.13 3.63 2.16 1.24 4.82 1.03 0.47 0.40 0.32 0.35
P 1.86 3.56 1.90 1.16 4.34 0.82 3.36 0.78 2.55 2.65 4.34 3.66 1.97 1.17 5.14 1.04 0.40 0.39 0.21 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.32 0.01 0.00 0.26 0.47 0.30 0.14
C2 0.01 0.00 0.20 0.24 0.02 0.05 0.02 0.28 0.03 0.01 0.01 0.01 0.16 0.15 0.02 0.14 0.25 0.73 0.69 0.16
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.03 0.01 0.19 0.28 0.24 0.01 0.13 0.38 0.00 0.01 0.04 0.02 0.41 0.69 0.37 0.54
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.30 0.01 0.29 0.01 0.25 0.20 0.29 0.22 0.02 0.00 0.31 0.02 0.07 0.32 0.12 0.24
C4 0.01 0.02 0.03 0.30 0.00 0.12 0.01 0.33 0.02 0.01 0.01 0.03 0.36 0.06 0.00 0.02 0.31 0.67 1.14 0.27
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.12 0.00 0.18 0.00 0.18 0.08 0.07 0.09 0.30 0.02 0.13 0.01 0.01 0.13 0.13 0.08
C5 0.01 0.02 0.19 0.29 0.01 0.18 0.00 0.34 0.01 0.01 0.01 0.03 0.46 0.12 0.01 0.11 0.36 0.51 1.18 0.36
C5' 0.16 0.28 0.28 0.01 0.33 0.00 0.34 0.00 0.30 0.25 0.30 0.28 0.07 0.22 0.34 0.02 0.02 0.11 0.31 0.03
C6 0.01 0.03 0.24 0.25 0.02 0.18 0.01 0.30 0.00 0.01 0.02 0.04 0.42 0.10 0.02 0.15 0.36 0.46 0.90 0.30
N1 0.01 0.01 0.01 0.20 0.01 0.08 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.03 0.20 0.11 0.01 0.01 0.28 0.58 0.62 0.15
N3 0.01 0.01 0.13 0.29 0.01 0.07 0.01 0.30 0.02 0.01 0.00 0.02 0.23 0.07 0.01 0.11 0.28 0.76 0.93 0.18
O2 0.03 0.01 0.38 0.22 0.03 0.09 0.03 0.28 0.04 0.03 0.02 0.00 0.33 0.28 0.03 0.24 0.22 0.79 0.53 0.21
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.36 0.30 0.46 0.07 0.42 0.20 0.23 0.33 0.00 0.04 0.39 0.21 0.31 0.62 0.41 0.48
O3' 0.32 0.15 0.01 0.00 0.06 0.02 0.12 0.22 0.10 0.11 0.07 0.28 0.04 0.00 0.07 0.27 0.21 0.45 0.06 0.27
O4 0.01 0.02 0.04 0.31 0.00 0.13 0.01 0.34 0.02 0.01 0.01 0.03 0.39 0.07 0.00 0.03 0.31 0.70 1.25 0.30
O4' 0.00 0.14 0.02 0.02 0.02 0.01 0.11 0.02 0.15 0.01 0.11 0.24 0.21 0.27 0.03 0.00 0.26 0.27 0.40 0.20
O5' 0.26 0.25 0.41 0.07 0.31 0.01 0.36 0.02 0.36 0.28 0.28 0.22 0.31 0.21 0.31 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.47 0.73 0.69 0.32 0.67 0.13 0.51 0.11 0.46 0.58 0.76 0.79 0.62 0.45 0.70 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.69 0.37 0.12 1.14 0.13 1.18 0.31 0.90 0.62 0.93 0.53 0.41 0.06 1.25 0.40 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.16 0.54 0.24 0.27 0.08 0.36 0.03 0.30 0.15 0.18 0.21 0.48 0.27 0.30 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00