ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51312

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 2, 4, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.011, 0.026, 0.041, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.026 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.011, 0.027, 0.044, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.027 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.012, 0.030, 0.048, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.007, 0.025, 0.043, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.025 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.016, 0.040, 0.064, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.040 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.025, 0.049, 0.074, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.049 std_dev=0.025
N2 A 0, 0.019, 0.044, 0.069, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.044 std_dev=0.025
O6 A 0, 0.029, 0.061, 0.094, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.061 std_dev=0.032
N7 A 0, 0.023, 0.060, 0.097, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.060 std_dev=0.037
C8 A 0, 0.032, 0.080, 0.127, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.080 std_dev=0.048
P B 0, 0.176, 0.322, 0.467, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.322 std_dev=0.145
OP2 B 0, 0.223, 0.397, 0.570, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.397 std_dev=0.174
OP1 B 0, 0.244, 0.446, 0.648, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.446 std_dev=0.202
O5' B 0, 0.348, 0.586, 0.824, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.586 std_dev=0.238
O2' A 0, 0.501, 0.768, 1.034, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.768 std_dev=0.266
C2' A 0, 0.313, 0.586, 0.858, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.586 std_dev=0.272
O4' A 0, 0.348, 0.653, 0.957, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.653 std_dev=0.305
O2' B 0, 0.320, 0.675, 1.031, 1.472 max_d=1.472 avg_d=0.675 std_dev=0.355
C3' B 0, 0.624, 0.982, 1.339, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.982 std_dev=0.357
C2' B 0, 0.700, 1.108, 1.516, 1.542 max_d=1.542 avg_d=1.108 std_dev=0.408
C3' A 0, 0.775, 1.222, 1.668, 1.501 max_d=1.501 avg_d=1.222 std_dev=0.446
C4' A 0, 0.585, 1.110, 1.636, 1.468 max_d=1.468 avg_d=1.110 std_dev=0.525
C4' B 0, 0.927, 1.496, 2.065, 1.975 max_d=1.975 avg_d=1.496 std_dev=0.569
C5' A 0, 0.978, 1.583, 2.188, 1.994 max_d=1.994 avg_d=1.583 std_dev=0.605
O3' A 0, 1.333, 2.009, 2.685, 2.327 max_d=2.327 avg_d=2.009 std_dev=0.676
OP1 A 0, 1.232, 1.989, 2.746, 2.579 max_d=2.579 avg_d=1.989 std_dev=0.757
C5' B 0, 1.087, 1.859, 2.631, 2.450 max_d=2.450 avg_d=1.859 std_dev=0.772
P A 0, 1.256, 2.187, 3.117, 2.789 max_d=2.789 avg_d=2.187 std_dev=0.930
C1' B 0, 1.506, 2.493, 3.481, 3.104 max_d=3.104 avg_d=2.493 std_dev=0.987
O5' A 0, 1.277, 2.295, 3.314, 2.939 max_d=2.939 avg_d=2.295 std_dev=1.018
O4' B 0, 1.480, 2.560, 3.640, 3.278 max_d=3.278 avg_d=2.560 std_dev=1.080
O3' B 0, 1.621, 2.756, 3.891, 3.534 max_d=3.534 avg_d=2.756 std_dev=1.135
N1 B 0, 2.380, 4.263, 6.147, 5.334 max_d=5.334 avg_d=4.263 std_dev=1.884
O2 B 0, 3.847, 5.882, 7.916, 7.016 max_d=7.016 avg_d=5.882 std_dev=2.034
OP2 A 0, 2.287, 4.379, 6.470, 5.581 max_d=5.581 avg_d=4.379 std_dev=2.092
C2 B 0, 3.444, 5.616, 7.788, 6.814 max_d=6.814 avg_d=5.616 std_dev=2.172
C6 B 0, 3.204, 5.635, 8.067, 6.931 max_d=6.931 avg_d=5.635 std_dev=2.431
N3 B 0, 4.321, 7.394, 10.467, 9.040 max_d=9.040 avg_d=7.394 std_dev=3.073
C5 B 0, 4.128, 7.437, 10.745, 9.156 max_d=9.156 avg_d=7.437 std_dev=3.309
C4 B 0, 4.255, 8.111, 11.967, 10.144 max_d=10.144 avg_d=8.111 std_dev=3.856
O4 B 0, 5.128, 9.802, 14.475, 12.229 max_d=12.229 avg_d=9.802 std_dev=4.673

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.24 0.00 0.23 0.03 0.09 0.42 0.19
C2 0.03 0.00 0.14 0.14 0.02 0.03 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.15 0.20 0.11 0.40 0.01 0.08 0.84 0.39
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.08 0.01 0.05 0.19 0.08 0.08 0.11 0.17 0.13 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.07 0.25 0.09 0.13
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.17 0.00 0.24 0.02 0.25 0.24 0.20 0.11 0.10 0.28 0.16 0.03 0.01 0.02 0.04 0.29 0.06 0.08 0.05
C4 0.02 0.02 0.08 0.17 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.18 0.11 0.06 0.46 0.01 0.07 0.87 0.43
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.08 0.03 0.04 0.04 0.08 0.04 0.25 0.02 0.00 0.01 0.06 0.05 0.03 0.01
C5 0.02 0.01 0.05 0.24 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.09 0.05 0.58 0.02 0.09 1.11 0.55
C5' 0.08 0.10 0.19 0.02 0.08 0.01 0.08 0.00 0.09 0.07 0.10 0.10 0.10 0.07 0.07 0.09 0.14 0.01 0.01 0.09 0.05 0.02 0.01
C6 0.03 0.01 0.08 0.25 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.25 0.11 0.07 0.58 0.00 0.10 1.17 0.57
C8 0.01 0.02 0.08 0.24 0.01 0.08 0.01 0.07 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.23 0.12 0.03 0.61 0.03 0.08 1.05 0.55
N1 0.04 0.00 0.11 0.20 0.02 0.03 0.02 0.10 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.21 0.12 0.10 0.49 0.01 0.09 1.03 0.49
N2 0.03 0.01 0.17 0.11 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.26 0.11 0.35 0.01 0.08 0.76 0.35
N3 0.03 0.00 0.13 0.10 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.12 0.24 0.10 0.35 0.01 0.08 0.73 0.34
N7 0.01 0.01 0.04 0.28 0.00 0.08 0.01 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.26 0.17 0.01 0.66 0.03 0.10 1.24 0.63
N9 0.01 0.03 0.02 0.16 0.01 0.04 0.01 0.07 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.15 0.07 0.02 0.45 0.03 0.06 0.78 0.39
O2' 0.02 0.15 0.00 0.03 0.18 0.25 0.24 0.09 0.25 0.23 0.21 0.11 0.12 0.26 0.15 0.00 0.04 0.17 0.07 0.28 0.13 0.08 0.07
O3' 0.24 0.20 0.02 0.01 0.11 0.02 0.09 0.14 0.11 0.12 0.12 0.26 0.24 0.17 0.07 0.04 0.00 0.18 0.12 0.16 0.27 0.15 0.14
O4' 0.00 0.11 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.01 0.07 0.03 0.10 0.11 0.10 0.01 0.02 0.17 0.18 0.00 0.28 0.07 0.03 0.40 0.28
O5' 0.23 0.40 0.04 0.04 0.46 0.01 0.58 0.01 0.58 0.61 0.49 0.35 0.35 0.66 0.45 0.07 0.12 0.28 0.00 0.63 0.02 0.02 0.00
O6 0.03 0.01 0.07 0.29 0.01 0.06 0.02 0.09 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.28 0.16 0.07 0.63 0.00 0.12 1.30 0.63
OP1 0.09 0.08 0.25 0.06 0.07 0.05 0.09 0.05 0.10 0.08 0.09 0.08 0.08 0.10 0.06 0.13 0.27 0.03 0.02 0.12 0.00 0.01 0.01
OP2 0.42 0.84 0.09 0.08 0.87 0.03 1.11 0.02 1.17 1.05 1.03 0.76 0.73 1.24 0.78 0.08 0.15 0.40 0.02 1.30 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.39 0.13 0.05 0.43 0.01 0.55 0.01 0.57 0.55 0.49 0.35 0.34 0.63 0.39 0.07 0.14 0.28 0.00 0.63 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.63 1.80 0.30 0.08 2.68 0.25 2.18 0.42 1.52 1.34 2.42 1.67 0.12 0.60 3.23 0.28 0.15 0.10 0.06 0.06
C2 0.47 1.30 0.26 0.05 1.97 0.23 1.76 0.41 1.28 1.04 1.72 1.16 0.08 0.42 2.23 0.20 0.15 0.07 0.09 0.06
C2' 0.97 2.17 0.54 0.16 3.07 0.09 2.52 0.15 1.84 1.68 2.81 2.05 0.19 0.46 3.67 0.64 0.39 0.13 0.18 0.22
C3' 0.84 2.06 0.39 0.06 3.02 0.10 2.49 0.20 1.79 1.58 2.72 1.91 0.11 0.62 3.64 0.55 0.39 0.19 0.29 0.30
C4 0.52 1.46 0.27 0.06 2.26 0.24 1.95 0.41 1.38 1.14 1.97 1.31 0.09 0.47 2.67 0.22 0.15 0.10 0.06 0.07
C4' 0.66 1.91 0.29 0.10 2.86 0.26 2.32 0.42 1.62 1.41 2.59 1.78 0.16 0.67 3.49 0.32 0.19 0.08 0.09 0.08
C5 0.45 1.25 0.24 0.05 2.00 0.21 1.78 0.38 1.27 1.00 1.70 1.10 0.07 0.37 2.36 0.20 0.15 0.12 0.10 0.09
C5' 0.59 1.80 0.24 0.14 2.74 0.32 2.22 0.48 1.54 1.32 2.46 1.66 0.19 0.68 3.35 0.25 0.13 0.15 0.06 0.06
C6 0.38 1.02 0.22 0.06 1.67 0.19 1.56 0.34 1.13 0.85 1.39 0.88 0.06 0.27 1.94 0.18 0.15 0.12 0.13 0.10
C8 0.52 1.47 0.26 0.06 2.31 0.23 1.97 0.40 1.39 1.14 2.01 1.33 0.09 0.46 2.77 0.23 0.15 0.13 0.08 0.08
N1 0.39 1.03 0.23 0.06 1.64 0.19 1.53 0.36 1.13 0.86 1.38 0.90 0.06 0.28 1.86 0.18 0.15 0.10 0.06 0.08
N2 0.47 1.28 0.26 0.06 1.82 0.25 1.63 0.43 1.22 1.02 1.64 1.15 0.08 0.46 2.01 0.18 0.13 0.05 0.18 0.07
N3 0.55 1.53 0.29 0.06 2.30 0.24 1.97 0.42 1.40 1.18 2.04 1.39 0.10 0.51 2.68 0.24 0.16 0.07 0.07 0.07
N7 0.46 1.28 0.24 0.05 2.06 0.22 1.82 0.38 1.29 1.02 1.76 1.13 0.08 0.38 2.46 0.20 0.15 0.14 0.11 0.09
N9 0.56 1.59 0.28 0.07 2.44 0.25 2.05 0.42 1.44 1.21 2.16 1.45 0.11 0.52 2.93 0.24 0.15 0.11 0.05 0.07
O2' 0.80 2.06 0.36 0.11 2.88 0.18 2.23 0.38 1.57 1.49 2.71 2.01 0.13 0.70 3.50 0.46 0.15 0.19 0.21 0.14
O3' 0.60 1.85 0.18 0.36 2.86 0.39 2.30 0.47 1.58 1.35 2.55 1.69 0.44 1.03 3.53 0.35 0.23 0.12 0.14 0.14
O4' 0.49 1.69 0.20 0.17 2.61 0.40 2.10 0.57 1.43 1.22 2.34 1.56 0.24 0.69 3.19 0.13 0.07 0.18 0.08 0.09
O5' 0.94 2.09 0.56 0.26 3.04 0.14 2.58 0.10 1.90 1.66 2.73 1.93 0.16 0.31 3.63 0.65 0.61 0.47 0.59 0.57
O6 0.32 0.82 0.20 0.08 1.39 0.16 1.35 0.29 1.00 0.71 1.13 0.70 0.06 0.17 1.62 0.18 0.15 0.14 0.21 0.13
OP1 0.59 1.71 0.25 0.10 2.64 0.27 2.19 0.42 1.53 1.29 2.35 1.56 0.17 0.60 3.24 0.28 0.19 0.11 0.15 0.11
OP2 1.29 2.34 0.92 0.69 3.28 0.58 2.89 0.54 2.26 1.98 2.95 2.15 0.50 0.18 3.82 1.05 1.12 1.10 1.17 1.15
P 0.92 2.03 0.57 0.28 2.94 0.15 2.50 0.09 1.86 1.61 2.65 1.87 0.18 0.25 3.51 0.63 0.60 0.49 0.58 0.56

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.08 0.12 0.12 0.03
C2 0.02 0.00 0.19 0.21 0.01 0.08 0.02 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.24 0.01 0.13 0.19 0.25 0.39 0.19
C2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.04 0.02 0.12 0.02 0.16 0.02 0.14 0.34 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.17 0.11 0.03
C3' 0.02 0.21 0.01 0.00 0.14 0.01 0.11 0.02 0.12 0.10 0.20 0.31 0.03 0.01 0.15 0.01 0.07 0.23 0.19 0.04
C4 0.01 0.01 0.04 0.14 0.00 0.07 0.01 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.16 0.00 0.03 0.15 0.05 0.71 0.20
C4' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.15 0.04 0.06 0.18 0.09 0.02 0.08 0.01 0.01 0.11 0.17 0.02
C5 0.01 0.02 0.12 0.11 0.01 0.13 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.11 0.01 0.11 0.28 0.23 0.79 0.36
C5' 0.02 0.13 0.02 0.02 0.11 0.01 0.24 0.00 0.25 0.07 0.10 0.29 0.09 0.02 0.12 0.02 0.04 0.10 0.21 0.02
C6 0.01 0.01 0.16 0.12 0.02 0.15 0.01 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.12 0.02 0.15 0.29 0.22 0.62 0.33
N1 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.09 0.02 0.02 0.11 0.08 0.36 0.10
N3 0.02 0.01 0.14 0.20 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.24 0.01 0.09 0.15 0.20 0.54 0.17
O2 0.03 0.00 0.34 0.31 0.01 0.18 0.02 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00 0.28 0.36 0.01 0.22 0.37 0.44 0.42 0.39
O2' 0.03 0.13 0.01 0.03 0.05 0.09 0.14 0.09 0.15 0.03 0.09 0.28 0.00 0.07 0.05 0.09 0.08 0.19 0.17 0.08
O3' 0.01 0.24 0.01 0.01 0.16 0.02 0.11 0.02 0.12 0.09 0.24 0.36 0.07 0.00 0.18 0.02 0.14 0.40 0.32 0.08
O4 0.02 0.01 0.05 0.15 0.00 0.08 0.01 0.12 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.18 0.00 0.03 0.15 0.05 0.79 0.21
O4' 0.02 0.13 0.01 0.01 0.03 0.01 0.11 0.02 0.15 0.02 0.09 0.22 0.09 0.02 0.03 0.00 0.12 0.19 0.07 0.05
O5' 0.08 0.19 0.03 0.07 0.15 0.01 0.28 0.04 0.29 0.11 0.15 0.37 0.08 0.14 0.15 0.12 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.12 0.25 0.17 0.23 0.05 0.11 0.23 0.10 0.22 0.08 0.20 0.44 0.19 0.40 0.05 0.19 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.12 0.39 0.11 0.19 0.71 0.17 0.79 0.21 0.62 0.36 0.54 0.42 0.17 0.32 0.79 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.03 0.19 0.03 0.04 0.20 0.02 0.36 0.02 0.33 0.10 0.17 0.39 0.08 0.08 0.21 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00