ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51313

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.005
O6 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N2 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C8 A 0, 0.003, 0.014, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C4' A 0, 0.035, 0.071, 0.106, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.071 std_dev=0.036
O3' A 0, 0.020, 0.060, 0.100, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.060 std_dev=0.040
C3' A 0, 0.031, 0.071, 0.111, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.071 std_dev=0.040
O4' A 0, 0.024, 0.064, 0.104, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.064 std_dev=0.040
C2' A 0, 0.030, 0.084, 0.137, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.084 std_dev=0.054
C5' A 0, 0.053, 0.125, 0.197, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.125 std_dev=0.072
O5' A 0, 0.022, 0.106, 0.191, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.106 std_dev=0.085
O2' A 0, 0.063, 0.161, 0.259, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.161 std_dev=0.098
P A 0, 0.004, 0.114, 0.224, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.114 std_dev=0.110
OP2 A 0, 0.021, 0.135, 0.248, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.135 std_dev=0.113
OP1 A 0, -0.012, 0.111, 0.235, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.111 std_dev=0.123
OP1 B 0, 0.080, 0.235, 0.389, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.235 std_dev=0.154
P B 0, 0.082, 0.245, 0.408, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.245 std_dev=0.163
OP2 B 0, 0.126, 0.346, 0.565, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.346 std_dev=0.220
O5' B 0, 0.069, 0.345, 0.622, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.345 std_dev=0.277
C5' B 0, 0.118, 0.477, 0.836, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.477 std_dev=0.359
C3' B 0, 0.188, 0.636, 1.083, 1.531 max_d=1.531 avg_d=0.636 std_dev=0.447
C4' B 0, 0.151, 0.621, 1.090, 1.559 max_d=1.559 avg_d=0.621 std_dev=0.469
O3' B 0, 0.218, 0.695, 1.172, 1.651 max_d=1.651 avg_d=0.695 std_dev=0.477
O4' B 0, 0.141, 0.658, 1.175, 1.718 max_d=1.718 avg_d=0.658 std_dev=0.517
C2' B 0, 0.230, 0.750, 1.271, 1.768 max_d=1.768 avg_d=0.750 std_dev=0.520
C1' B 0, 0.199, 0.734, 1.270, 1.796 max_d=1.796 avg_d=0.734 std_dev=0.535
N1 B 0, 0.209, 0.747, 1.285, 1.812 max_d=1.812 avg_d=0.747 std_dev=0.538
C4 B 0, 0.206, 0.783, 1.360, 1.954 max_d=1.954 avg_d=0.783 std_dev=0.577
O4 B 0, 0.175, 0.786, 1.397, 2.062 max_d=2.062 avg_d=0.786 std_dev=0.611
O2' B 0, 0.253, 0.865, 1.476, 2.046 max_d=2.046 avg_d=0.865 std_dev=0.611
C6 B 0, 0.237, 0.853, 1.468, 2.040 max_d=2.040 avg_d=0.853 std_dev=0.616
C5 B 0, 0.238, 0.858, 1.477, 2.046 max_d=2.046 avg_d=0.858 std_dev=0.619
C2 B 0, 0.296, 0.928, 1.560, 2.219 max_d=2.219 avg_d=0.928 std_dev=0.632
N3 B 0, 0.280, 0.930, 1.580, 2.286 max_d=2.286 avg_d=0.930 std_dev=0.650
O2 B 0, 0.394, 1.219, 2.045, 2.860 max_d=2.860 avg_d=1.219 std_dev=0.825

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.03 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.06 0.03
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.03
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.03 0.03
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.03 0.03
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.03 0.04
N2 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.04 0.04
N3 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.03 0.03
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03 0.02
O2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.08 0.06 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.08 0.05
O3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01
O5' 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.03 0.03
OP1 0.03 0.05 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.03 0.06 0.06 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.08 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.05 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.25 0.22 0.22 0.19 0.19 0.48 0.16 0.49 0.18 0.22 0.57 0.25 0.27 0.18 0.13 0.07 0.08 0.07 0.05
C2 0.20 0.26 0.22 0.22 0.27 0.20 0.52 0.18 0.52 0.23 0.23 0.54 0.23 0.24 0.27 0.17 0.13 0.10 0.04 0.08
C2' 0.20 0.24 0.24 0.25 0.20 0.21 0.48 0.17 0.49 0.20 0.21 0.55 0.28 0.30 0.18 0.15 0.08 0.10 0.05 0.06
C3' 0.21 0.23 0.26 0.26 0.20 0.22 0.48 0.18 0.50 0.21 0.21 0.53 0.30 0.32 0.18 0.17 0.08 0.10 0.05 0.06
C4 0.15 0.27 0.19 0.19 0.20 0.16 0.49 0.14 0.50 0.17 0.23 0.60 0.20 0.23 0.20 0.11 0.08 0.09 0.07 0.05
C4' 0.18 0.26 0.23 0.23 0.18 0.19 0.48 0.16 0.49 0.18 0.23 0.58 0.26 0.29 0.17 0.13 0.07 0.08 0.06 0.04
C5 0.11 0.29 0.14 0.15 0.18 0.11 0.49 0.10 0.49 0.13 0.25 0.65 0.16 0.18 0.18 0.07 0.07 0.09 0.09 0.05
C5' 0.15 0.28 0.21 0.22 0.15 0.17 0.46 0.14 0.47 0.15 0.25 0.61 0.24 0.27 0.14 0.10 0.06 0.08 0.07 0.04
C6 0.10 0.29 0.13 0.14 0.19 0.10 0.50 0.10 0.49 0.13 0.25 0.65 0.13 0.16 0.20 0.06 0.07 0.10 0.08 0.06
C8 0.10 0.30 0.15 0.16 0.14 0.11 0.47 0.10 0.47 0.11 0.26 0.66 0.17 0.20 0.14 0.06 0.05 0.08 0.11 0.05
N1 0.14 0.27 0.17 0.17 0.24 0.14 0.52 0.13 0.51 0.18 0.24 0.59 0.17 0.19 0.25 0.11 0.11 0.10 0.04 0.07
N2 0.25 0.26 0.26 0.26 0.32 0.25 0.53 0.23 0.53 0.28 0.25 0.49 0.27 0.27 0.31 0.23 0.17 0.11 0.08 0.12
N3 0.20 0.25 0.23 0.23 0.25 0.20 0.51 0.17 0.51 0.22 0.23 0.55 0.24 0.26 0.24 0.16 0.11 0.10 0.05 0.07
N7 0.08 0.32 0.12 0.13 0.14 0.09 0.47 0.09 0.47 0.10 0.27 0.68 0.14 0.17 0.14 0.05 0.06 0.09 0.12 0.05
N9 0.14 0.27 0.18 0.19 0.18 0.15 0.48 0.13 0.49 0.16 0.24 0.61 0.21 0.23 0.17 0.10 0.07 0.08 0.08 0.04
O2' 0.24 0.21 0.28 0.28 0.22 0.24 0.48 0.20 0.50 0.23 0.19 0.49 0.32 0.33 0.21 0.19 0.10 0.12 0.06 0.08
O3' 0.24 0.20 0.29 0.29 0.23 0.25 0.50 0.20 0.51 0.24 0.18 0.47 0.34 0.34 0.21 0.20 0.10 0.10 0.06 0.07
O4' 0.16 0.27 0.20 0.21 0.18 0.17 0.48 0.15 0.49 0.17 0.23 0.59 0.23 0.26 0.17 0.12 0.07 0.08 0.07 0.04
O5' 0.14 0.29 0.20 0.21 0.14 0.16 0.45 0.13 0.46 0.14 0.26 0.63 0.23 0.27 0.12 0.09 0.05 0.09 0.06 0.04
O6 0.07 0.31 0.10 0.11 0.17 0.08 0.50 0.09 0.48 0.09 0.26 0.67 0.10 0.13 0.18 0.07 0.07 0.11 0.11 0.08
OP1 0.11 0.31 0.18 0.18 0.10 0.13 0.44 0.11 0.45 0.11 0.28 0.66 0.21 0.24 0.08 0.06 0.04 0.09 0.07 0.03
OP2 0.15 0.27 0.21 0.21 0.11 0.16 0.43 0.12 0.44 0.14 0.24 0.59 0.25 0.27 0.09 0.09 0.04 0.08 0.06 0.04
P 0.13 0.29 0.19 0.20 0.11 0.14 0.44 0.11 0.45 0.13 0.26 0.63 0.23 0.26 0.09 0.07 0.04 0.09 0.06 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.08 0.11 0.07
C2 0.00 0.00 0.04 0.13 0.00 0.16 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.10 0.00 0.17 0.28 0.27 0.32 0.30
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.02 0.11 0.00 0.01 0.05 0.00 0.05 0.10 0.15 0.09
C3' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.11 0.02 0.10 0.26 0.01 0.00 0.05 0.01 0.03 0.10 0.13 0.08
C4 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.00 0.01 0.15 0.16 0.20 0.17
C4' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.03 0.00 0.14 0.00 0.16 0.01 0.11 0.32 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.06 0.05 0.02
C5 0.01 0.00 0.07 0.09 0.00 0.14 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.07 0.01 0.14 0.39 0.41 0.46 0.43
C5' 0.02 0.23 0.02 0.01 0.08 0.00 0.27 0.00 0.30 0.05 0.16 0.48 0.03 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.07 0.11 0.00 0.16 0.00 0.30 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.08 0.01 0.18 0.42 0.42 0.46 0.44
N1 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00 0.11 0.12 0.16 0.12
N3 0.00 0.00 0.02 0.10 0.00 0.11 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.09 0.00 0.11 0.20 0.21 0.26 0.23
O2 0.01 0.00 0.11 0.26 0.00 0.32 0.00 0.48 0.00 0.00 0.00 0.00 0.28 0.19 0.00 0.30 0.61 0.60 0.69 0.66
O2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.06 0.03 0.15 0.03 0.16 0.03 0.07 0.28 0.00 0.02 0.07 0.03 0.04 0.10 0.14 0.08
O3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.08 0.03 0.09 0.19 0.02 0.00 0.06 0.01 0.03 0.10 0.13 0.07
O4 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.06 0.00 0.01 0.15 0.16 0.20 0.17
O4' 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.00 0.14 0.01 0.18 0.00 0.11 0.30 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.01
O5' 0.06 0.28 0.05 0.03 0.15 0.01 0.39 0.00 0.42 0.11 0.20 0.61 0.04 0.03 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.27 0.10 0.10 0.16 0.06 0.41 0.04 0.42 0.12 0.21 0.60 0.10 0.10 0.16 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.32 0.15 0.13 0.20 0.05 0.46 0.02 0.46 0.16 0.26 0.69 0.14 0.13 0.20 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.30 0.09 0.08 0.17 0.02 0.43 0.01 0.44 0.12 0.23 0.66 0.08 0.07 0.17 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00