ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51315

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N2 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.010
O6 A 0, 0.001, 0.014, 0.027, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.014 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.001, 0.017, 0.033, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.001, 0.020, 0.039, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.020 std_dev=0.019
O4' A 0, 0.004, 0.065, 0.126, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.065 std_dev=0.061
C2' A 0, 0.011, 0.075, 0.140, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.075 std_dev=0.065
O2' A 0, 0.006, 0.086, 0.166, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.086 std_dev=0.080
C4' A 0, 0.009, 0.131, 0.252, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.131 std_dev=0.122
C3' A 0, 0.003, 0.134, 0.265, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.134 std_dev=0.131
O3' A 0, 0.020, 0.195, 0.370, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.195 std_dev=0.175
P B 0, 0.107, 0.317, 0.528, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.317 std_dev=0.210
C5' A 0, 0.003, 0.260, 0.518, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.260 std_dev=0.257
OP2 B 0, 0.108, 0.380, 0.652, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.380 std_dev=0.272
O5' A 0, 0.042, 0.343, 0.644, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.343 std_dev=0.301
P A 0, 0.011, 0.499, 0.987, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.499 std_dev=0.488
OP1 A 0, -0.026, 0.595, 1.215, 1.634 max_d=1.634 avg_d=0.595 std_dev=0.620
OP1 B 0, -0.037, 0.642, 1.322, 1.773 max_d=1.773 avg_d=0.642 std_dev=0.680
OP2 A 0, -0.021, 0.660, 1.341, 1.793 max_d=1.793 avg_d=0.660 std_dev=0.681
O5' B 0, -0.081, 0.669, 1.419, 1.929 max_d=1.929 avg_d=0.669 std_dev=0.750
C5' B 0, -0.298, 1.044, 2.386, 3.340 max_d=3.340 avg_d=1.044 std_dev=1.342
C5 B 0, -0.048, 1.522, 3.093, 3.977 max_d=3.977 avg_d=1.522 std_dev=1.571
O4 B 0, 0.162, 1.963, 3.765, 4.746 max_d=4.746 avg_d=1.963 std_dev=1.801
C6 B 0, -0.234, 1.633, 3.501, 4.702 max_d=4.702 avg_d=1.633 std_dev=1.868
C4 B 0, -0.051, 1.932, 3.914, 5.117 max_d=5.117 avg_d=1.932 std_dev=1.983
C4' B 0, -0.731, 1.623, 3.978, 5.687 max_d=5.687 avg_d=1.623 std_dev=2.355
O4' B 0, -0.687, 1.903, 4.492, 6.337 max_d=6.337 avg_d=1.903 std_dev=2.589
N1 B 0, -0.541, 2.137, 4.815, 6.665 max_d=6.665 avg_d=2.137 std_dev=2.678
N3 B 0, -0.189, 2.489, 5.168, 6.961 max_d=6.961 avg_d=2.489 std_dev=2.678
C3' B 0, -0.828, 1.901, 4.631, 6.609 max_d=6.609 avg_d=1.901 std_dev=2.729
C2 B 0, -0.434, 2.645, 5.725, 7.863 max_d=7.863 avg_d=2.645 std_dev=3.080
C1' B 0, -0.803, 2.314, 5.431, 7.642 max_d=7.642 avg_d=2.314 std_dev=3.117
O3' B 0, -0.973, 2.313, 5.599, 7.981 max_d=7.981 avg_d=2.313 std_dev=3.286
C2' B 0, -0.945, 2.467, 5.878, 8.325 max_d=8.325 avg_d=2.467 std_dev=3.411
O2 B 0, -0.558, 3.210, 6.979, 9.631 max_d=9.631 avg_d=3.210 std_dev=3.768
O2' B 0, -1.204, 3.018, 7.240, 10.278 max_d=10.278 avg_d=3.018 std_dev=4.222

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.12 0.01 0.14 0.30 0.23
C2 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.01 0.24 0.01 0.32 0.58 0.42
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.04 0.03 0.14 0.11
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.02 0.09 0.07 0.08 0.07 0.05 0.08 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.07 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.25 0.01 0.34 0.56 0.42
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.03 0.02 0.01 0.07 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.02 0.05 0.05
C5 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.05 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.30 0.00 0.45 0.67 0.49
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.11 0.00 0.15 0.00 0.15 0.17 0.12 0.06 0.07 0.18 0.11 0.01 0.01 0.02 0.00 0.17 0.02 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.05 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.01 0.31 0.01 0.47 0.71 0.51
C8 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.07 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.30 0.00 0.43 0.59 0.47
N1 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.03 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.01 0.28 0.01 0.41 0.66 0.47
N2 0.01 0.00 0.06 0.07 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.09 0.01 0.22 0.01 0.29 0.57 0.39
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.21 0.01 0.27 0.52 0.37
N7 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.07 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.33 0.00 0.51 0.70 0.53
N9 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.23 0.01 0.30 0.48 0.38
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.06 0.10 0.07
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.10 0.07 0.09 0.09 0.07 0.08 0.05 0.03 0.00 0.01 0.07 0.11 0.23 0.17 0.13
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.08 0.00 0.12 0.23 0.20
O5' 0.12 0.24 0.06 0.01 0.25 0.02 0.30 0.00 0.31 0.30 0.28 0.22 0.21 0.33 0.23 0.03 0.07 0.08 0.00 0.34 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.07 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.00 0.34 0.00 0.54 0.76 0.55
OP1 0.14 0.32 0.03 0.07 0.34 0.02 0.45 0.02 0.47 0.43 0.41 0.29 0.27 0.51 0.30 0.06 0.23 0.12 0.01 0.54 0.00 0.01 0.00
OP2 0.30 0.58 0.14 0.03 0.56 0.05 0.67 0.01 0.71 0.59 0.66 0.57 0.52 0.70 0.48 0.10 0.17 0.23 0.01 0.76 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.42 0.11 0.02 0.42 0.05 0.49 0.01 0.51 0.47 0.47 0.39 0.37 0.53 0.38 0.07 0.13 0.20 0.00 0.55 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.41 0.43 0.19 0.03 0.44 0.20 0.42 0.13 0.42 0.42 0.44 0.43 0.22 0.17 0.45 0.44 0.13 0.06 0.17 0.16
C2 0.33 0.30 0.19 0.09 0.28 0.21 0.28 0.13 0.30 0.31 0.29 0.30 0.21 0.06 0.27 0.36 0.14 0.21 0.20 0.20
C2' 0.23 0.19 0.29 0.30 0.25 0.20 0.28 0.11 0.26 0.22 0.20 0.18 0.40 0.49 0.27 0.23 0.02 0.07 0.15 0.12
C3' 0.23 0.19 0.38 0.43 0.27 0.25 0.30 0.16 0.27 0.22 0.21 0.17 0.49 0.69 0.32 0.21 0.07 0.06 0.11 0.07
C4 0.43 0.45 0.18 0.08 0.47 0.19 0.46 0.09 0.46 0.45 0.47 0.44 0.22 0.30 0.49 0.47 0.11 0.05 0.17 0.15
C4' 0.39 0.42 0.14 0.07 0.46 0.14 0.44 0.08 0.42 0.41 0.45 0.41 0.17 0.30 0.49 0.42 0.09 0.06 0.13 0.12
C5 0.47 0.53 0.21 0.25 0.60 0.17 0.58 0.04 0.56 0.52 0.58 0.51 0.26 0.59 0.63 0.54 0.07 0.17 0.14 0.11
C5' 0.41 0.47 0.11 0.16 0.49 0.10 0.45 0.07 0.43 0.43 0.50 0.48 0.16 0.45 0.53 0.44 0.07 0.21 0.08 0.08
C6 0.46 0.51 0.25 0.33 0.59 0.19 0.58 0.07 0.55 0.51 0.56 0.48 0.30 0.68 0.62 0.53 0.06 0.23 0.14 0.10
C8 0.51 0.59 0.20 0.22 0.65 0.16 0.62 0.05 0.59 0.56 0.63 0.57 0.24 0.57 0.69 0.57 0.08 0.16 0.13 0.11
N1 0.38 0.39 0.20 0.17 0.41 0.19 0.41 0.07 0.41 0.40 0.40 0.37 0.24 0.38 0.42 0.44 0.08 0.06 0.18 0.16
N2 0.22 0.17 0.25 0.29 0.12 0.25 0.11 0.21 0.14 0.18 0.14 0.19 0.26 0.36 0.10 0.23 0.19 0.40 0.24 0.24
N3 0.35 0.33 0.21 0.10 0.32 0.22 0.31 0.14 0.33 0.34 0.33 0.33 0.23 0.07 0.31 0.38 0.15 0.16 0.19 0.19
N7 0.52 0.61 0.23 0.32 0.70 0.16 0.68 0.02 0.63 0.59 0.68 0.58 0.28 0.73 0.76 0.59 0.06 0.25 0.12 0.09
N9 0.45 0.49 0.18 0.08 0.52 0.18 0.50 0.09 0.49 0.48 0.51 0.48 0.21 0.33 0.54 0.50 0.11 0.06 0.16 0.14
O2' 0.22 0.19 0.17 0.11 0.21 0.14 0.24 0.04 0.24 0.21 0.19 0.19 0.27 0.20 0.22 0.23 0.07 0.20 0.21 0.18
O3' 0.38 0.28 0.57 0.57 0.22 0.42 0.25 0.26 0.27 0.29 0.22 0.35 0.74 0.81 0.23 0.31 0.13 0.04 0.10 0.05
O4' 0.59 0.62 0.34 0.13 0.58 0.33 0.54 0.22 0.55 0.59 0.62 0.65 0.38 0.12 0.60 0.61 0.18 0.05 0.16 0.16
O5' 0.22 0.29 0.30 0.50 0.36 0.18 0.34 0.24 0.31 0.26 0.34 0.27 0.34 0.86 0.42 0.26 0.22 0.43 0.19 0.20
O6 0.48 0.58 0.35 0.50 0.70 0.23 0.69 0.15 0.64 0.57 0.65 0.53 0.40 0.94 0.75 0.56 0.09 0.44 0.12 0.08
OP1 0.25 0.29 0.36 0.59 0.33 0.23 0.33 0.32 0.31 0.27 0.33 0.30 0.36 0.96 0.37 0.27 0.35 0.65 0.41 0.38
OP2 0.31 0.20 0.76 1.02 0.24 0.60 0.32 0.67 0.35 0.28 0.20 0.17 0.76 1.47 0.25 0.21 0.66 0.97 0.66 0.66
P 0.24 0.27 0.41 0.66 0.32 0.29 0.32 0.39 0.31 0.26 0.31 0.27 0.41 1.05 0.36 0.23 0.41 0.71 0.44 0.43

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.13 0.15 0.17
C2 0.01 0.00 0.12 0.12 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.14 0.00 0.04 0.10 0.13 0.24 0.22
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.04 0.01 0.10 0.02 0.12 0.02 0.09 0.23 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.33 0.17 0.12
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.08 0.01 0.15 0.03 0.17 0.04 0.10 0.22 0.01 0.01 0.09 0.01 0.09 0.44 0.31 0.24
C4 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.11 0.00 0.01 0.07 0.16 0.29 0.22
C4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.03 0.06 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.20 0.04 0.04
C5 0.00 0.00 0.10 0.15 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.19 0.00 0.03 0.06 0.16 0.28 0.22
C5' 0.01 0.05 0.02 0.03 0.04 0.01 0.06 0.00 0.05 0.03 0.05 0.07 0.05 0.06 0.04 0.01 0.01 0.11 0.02 0.01
C6 0.00 0.01 0.12 0.17 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.19 0.00 0.05 0.05 0.12 0.24 0.22
N1 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.06 0.12 0.21 0.21
N3 0.01 0.00 0.09 0.10 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.12 0.00 0.03 0.09 0.14 0.28 0.23
O2 0.02 0.01 0.23 0.22 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.27 0.00 0.06 0.12 0.14 0.23 0.21
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.02 0.04 0.06 0.05 0.08 0.01 0.06 0.17 0.00 0.04 0.03 0.03 0.06 0.38 0.17 0.13
O3' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.11 0.01 0.19 0.06 0.19 0.04 0.12 0.27 0.04 0.00 0.12 0.00 0.15 0.70 0.52 0.42
O4 0.00 0.00 0.05 0.09 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.12 0.00 0.02 0.06 0.18 0.30 0.22
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.03 0.06 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.13 0.22 0.24
O5' 0.04 0.10 0.05 0.09 0.07 0.01 0.06 0.01 0.05 0.06 0.09 0.12 0.06 0.15 0.06 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.13 0.13 0.33 0.44 0.16 0.20 0.16 0.11 0.12 0.12 0.14 0.14 0.38 0.70 0.18 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.24 0.17 0.31 0.29 0.04 0.28 0.02 0.24 0.21 0.28 0.23 0.17 0.52 0.30 0.22 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.22 0.12 0.24 0.22 0.04 0.22 0.01 0.22 0.21 0.23 0.21 0.13 0.42 0.22 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00