ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51316

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.001, 0.009, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C8 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C5 A 0, -0.001, 0.011, 0.022, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.012
N1 A 0, -0.003, 0.010, 0.022, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.010 std_dev=0.012
N7 A 0, -0.001, 0.013, 0.027, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.013 std_dev=0.014
C4 A 0, -0.002, 0.012, 0.026, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.012 std_dev=0.014
N3 A 0, -0.003, 0.014, 0.032, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.014 std_dev=0.018
C2 A 0, -0.005, 0.014, 0.033, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.014 std_dev=0.019
C1' A 0, -0.005, 0.017, 0.039, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.017 std_dev=0.022
O6 A 0, -0.003, 0.029, 0.061, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.029 std_dev=0.032
N2 A 0, -0.002, 0.032, 0.066, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.032 std_dev=0.034
O4' A 0, -0.005, 0.041, 0.086, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.041 std_dev=0.045
C2' A 0, -0.033, 0.094, 0.221, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.094 std_dev=0.127
C4' A 0, -0.058, 0.166, 0.390, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.166 std_dev=0.224
C3' A 0, -0.064, 0.179, 0.421, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.179 std_dev=0.243
O2' A 0, -0.066, 0.192, 0.449, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.192 std_dev=0.258
C5' A 0, -0.097, 0.275, 0.647, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.275 std_dev=0.372
O4' B 0, -0.092, 0.280, 0.652, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.280 std_dev=0.372
O5' A 0, -0.104, 0.289, 0.682, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.289 std_dev=0.393
O3' A 0, -0.116, 0.310, 0.736, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.310 std_dev=0.426
OP1 B 0, -0.093, 0.366, 0.824, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.366 std_dev=0.459
C4' B 0, -0.116, 0.347, 0.811, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.347 std_dev=0.463
O3' B 0, -0.118, 0.346, 0.811, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.346 std_dev=0.465
C1' B 0, -0.121, 0.346, 0.813, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.346 std_dev=0.467
C3' B 0, -0.121, 0.350, 0.821, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.350 std_dev=0.471
O2' B 0, -0.121, 0.356, 0.833, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.356 std_dev=0.477
C2' B 0, -0.123, 0.354, 0.831, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.354 std_dev=0.477
O5' B 0, -0.118, 0.376, 0.870, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.376 std_dev=0.494
OP2 B 0, -0.115, 0.379, 0.874, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.379 std_dev=0.495
C5' B 0, -0.128, 0.389, 0.906, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.389 std_dev=0.517
P B 0, -0.124, 0.399, 0.922, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.399 std_dev=0.523
N1 B 0, -0.153, 0.424, 1.001, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.424 std_dev=0.577
C6 B 0, -0.160, 0.457, 1.073, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.457 std_dev=0.616
P A 0, -0.175, 0.457, 1.088, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.457 std_dev=0.632
C2 B 0, -0.182, 0.507, 1.196, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.507 std_dev=0.689
O2 B 0, -0.183, 0.522, 1.226, 1.517 max_d=1.517 avg_d=0.522 std_dev=0.704
C5 B 0, -0.205, 0.547, 1.299, 1.610 max_d=1.610 avg_d=0.547 std_dev=0.752
N3 B 0, -0.212, 0.596, 1.403, 1.737 max_d=1.737 avg_d=0.596 std_dev=0.807
C4 B 0, -0.233, 0.611, 1.455, 1.804 max_d=1.804 avg_d=0.611 std_dev=0.844
OP1 A 0, -0.244, 0.623, 1.489, 1.848 max_d=1.848 avg_d=0.623 std_dev=0.867
O4 B 0, -0.253, 0.675, 1.602, 1.987 max_d=1.987 avg_d=0.675 std_dev=0.928
OP2 A 0, -0.273, 0.691, 1.655, 2.055 max_d=2.055 avg_d=0.691 std_dev=0.964

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.04
C2 0.04 0.00 0.08 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.09 0.00 0.11 0.00 0.13 0.37 0.20
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.11 0.08 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.08 0.14 0.02 0.07 0.03 0.14 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.03 0.05 0.00
C4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.00 0.02 0.14 0.00 0.15 0.34 0.21
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.07 0.12 0.02 0.07 0.03 0.12 0.05 0.03 0.00 0.00 0.01 0.10 0.10 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.00 0.08 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.02 0.21 0.01 0.29 0.47 0.30
C5' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.10 0.00 0.16 0.00 0.17 0.19 0.11 0.00 0.03 0.22 0.10 0.02 0.01 0.01 0.00 0.21 0.12 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.08 0.00 0.07 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.05 0.02 0.23 0.00 0.33 0.54 0.34
C8 0.01 0.00 0.05 0.14 0.00 0.12 0.00 0.19 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.14 0.02 0.21 0.01 0.26 0.36 0.26
N1 0.03 0.00 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.03 0.01 0.18 0.00 0.24 0.48 0.28
N2 0.05 0.00 0.11 0.07 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.15 0.02 0.07 0.00 0.07 0.34 0.16
N3 0.04 0.00 0.08 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.16 0.10 0.00 0.08 0.00 0.07 0.30 0.15
N7 0.00 0.00 0.04 0.14 0.00 0.12 0.00 0.22 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.03 0.26 0.01 0.36 0.51 0.35
N9 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.12 0.26 0.16
O2' 0.02 0.17 0.00 0.00 0.08 0.03 0.06 0.02 0.09 0.04 0.14 0.22 0.16 0.00 0.01 0.00 0.05 0.06 0.03 0.07 0.05 0.01 0.02
O3' 0.02 0.09 0.03 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.14 0.03 0.15 0.10 0.14 0.04 0.05 0.00 0.00 0.05 0.10 0.01 0.08 0.02
O4' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.06 0.03 0.11 0.04 0.02
O5' 0.01 0.11 0.02 0.02 0.14 0.01 0.21 0.00 0.23 0.21 0.18 0.07 0.08 0.26 0.11 0.03 0.05 0.06 0.00 0.28 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.01 0.11 0.00 0.10 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.10 0.03 0.28 0.00 0.42 0.63 0.41
OP1 0.04 0.13 0.03 0.03 0.15 0.10 0.29 0.12 0.33 0.26 0.24 0.07 0.07 0.36 0.12 0.05 0.01 0.11 0.01 0.42 0.00 0.02 0.01
OP2 0.10 0.37 0.01 0.05 0.34 0.01 0.47 0.01 0.54 0.36 0.48 0.34 0.30 0.51 0.26 0.01 0.08 0.04 0.01 0.63 0.02 0.00 0.01
P 0.04 0.20 0.02 0.00 0.21 0.01 0.30 0.00 0.34 0.26 0.28 0.16 0.15 0.35 0.16 0.02 0.02 0.02 0.00 0.41 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.34 0.57 0.29 0.20 0.55 0.23 0.33 0.23 0.29 0.40 0.65 0.65 0.31 0.11 0.58 0.22 0.22 0.03 0.09 0.08
C2 0.37 0.60 0.34 0.24 0.61 0.22 0.47 0.17 0.40 0.46 0.67 0.62 0.36 0.14 0.55 0.20 0.15 0.07 0.20 0.03
C2' 0.37 0.59 0.31 0.23 0.49 0.25 0.24 0.25 0.25 0.40 0.66 0.69 0.35 0.15 0.52 0.25 0.24 0.01 0.13 0.05
C3' 0.35 0.59 0.30 0.21 0.49 0.23 0.23 0.22 0.22 0.38 0.65 0.70 0.34 0.13 0.54 0.23 0.21 0.04 0.18 0.02
C4 0.38 0.62 0.33 0.25 0.70 0.26 0.50 0.25 0.40 0.47 0.73 0.65 0.35 0.16 0.73 0.25 0.25 0.03 0.09 0.09
C4' 0.36 0.59 0.30 0.21 0.51 0.23 0.28 0.22 0.26 0.40 0.66 0.70 0.34 0.13 0.55 0.23 0.21 0.01 0.13 0.05
C5 0.41 0.63 0.37 0.31 0.76 0.31 0.61 0.31 0.48 0.50 0.75 0.64 0.38 0.22 0.81 0.28 0.32 0.09 0.02 0.18
C5' 0.32 0.57 0.27 0.17 0.52 0.18 0.28 0.17 0.24 0.37 0.65 0.68 0.31 0.08 0.58 0.19 0.16 0.08 0.19 0.01
C6 0.42 0.62 0.40 0.35 0.75 0.34 0.66 0.33 0.53 0.52 0.72 0.61 0.41 0.27 0.75 0.29 0.34 0.10 0.01 0.21
C8 0.38 0.61 0.33 0.27 0.70 0.29 0.50 0.30 0.40 0.46 0.72 0.64 0.34 0.18 0.79 0.27 0.31 0.10 0.02 0.18
N1 0.41 0.61 0.40 0.32 0.68 0.30 0.60 0.26 0.50 0.51 0.69 0.60 0.40 0.23 0.64 0.26 0.26 0.01 0.13 0.08
N2 0.31 0.53 0.31 0.17 0.45 0.13 0.32 0.06 0.30 0.39 0.56 0.57 0.33 0.07 0.36 0.13 0.02 0.16 0.28 0.15
N3 0.35 0.60 0.31 0.20 0.62 0.20 0.41 0.17 0.35 0.43 0.69 0.64 0.33 0.11 0.59 0.20 0.16 0.04 0.17 0.01
N7 0.40 0.63 0.36 0.31 0.76 0.33 0.59 0.34 0.46 0.49 0.75 0.64 0.37 0.23 0.84 0.29 0.35 0.14 0.03 0.23
N9 0.36 0.60 0.31 0.23 0.65 0.25 0.43 0.25 0.35 0.43 0.70 0.64 0.33 0.14 0.71 0.24 0.25 0.05 0.07 0.11
O2' 0.44 0.63 0.39 0.30 0.43 0.33 0.21 0.31 0.27 0.45 0.65 0.77 0.44 0.23 0.36 0.33 0.30 0.08 0.07 0.10
O3' 0.41 0.62 0.36 0.26 0.43 0.28 0.18 0.26 0.22 0.41 0.65 0.77 0.42 0.20 0.44 0.29 0.25 0.03 0.17 0.03
O4' 0.33 0.57 0.27 0.19 0.55 0.22 0.34 0.22 0.29 0.39 0.65 0.64 0.30 0.09 0.59 0.21 0.22 0.04 0.08 0.09
O5' 0.26 0.53 0.21 0.12 0.53 0.13 0.28 0.12 0.21 0.33 0.63 0.62 0.24 0.03 0.63 0.13 0.11 0.12 0.23 0.04
O6 0.42 0.59 0.42 0.39 0.72 0.38 0.66 0.39 0.54 0.51 0.69 0.57 0.42 0.32 0.74 0.31 0.40 0.17 0.14 0.31
OP1 0.23 0.53 0.20 0.09 0.49 0.08 0.21 0.04 0.15 0.30 0.62 0.64 0.24 0.01 0.59 0.08 0.03 0.26 0.33 0.15
OP2 0.12 0.45 0.04 0.09 0.53 0.06 0.24 0.09 0.12 0.22 0.60 0.53 0.07 0.20 0.71 0.02 0.12 0.38 0.51 0.27
P 0.22 0.51 0.16 0.05 0.53 0.06 0.27 0.04 0.18 0.29 0.62 0.59 0.19 0.05 0.65 0.07 0.03 0.21 0.32 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.06 0.05 0.07 0.08
C2 0.01 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.02 0.01 0.01 0.19 0.06 0.04 0.05
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.10 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.01 0.05
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.12 0.05 0.02 0.06 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03
C4 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.12 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.04 0.00 0.05 0.35 0.23 0.17 0.23
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.12 0.00 0.16 0.01 0.15 0.06 0.06 0.05 0.01 0.03 0.12 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06
C5 0.01 0.02 0.01 0.11 0.00 0.16 0.00 0.29 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.00 0.05 0.39 0.24 0.16 0.25
C5' 0.02 0.10 0.01 0.00 0.25 0.01 0.29 0.00 0.25 0.12 0.17 0.01 0.02 0.01 0.27 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.12 0.01 0.15 0.01 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.12 0.01 0.03 0.33 0.14 0.07 0.13
N1 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.19 0.04 0.01 0.02
N3 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.06 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.01 0.01 0.04 0.28 0.15 0.12 0.15
O2 0.04 0.00 0.10 0.06 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.09 0.01 0.02 0.11 0.00 0.01 0.01
O2' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.10 0.17 0.00 0.05 0.09 0.03 0.02 0.00 0.01 0.05
O3' 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.10 0.01 0.12 0.04 0.01 0.09 0.05 0.00 0.01 0.03 0.05 0.05 0.03 0.03
O4 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.12 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.01 0.00 0.06 0.37 0.27 0.19 0.27
O4' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.06 0.00 0.02 0.11 0.16 0.16
O5' 0.06 0.19 0.04 0.01 0.35 0.00 0.39 0.00 0.33 0.19 0.28 0.11 0.02 0.05 0.37 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.06 0.00 0.03 0.23 0.01 0.24 0.03 0.14 0.04 0.15 0.00 0.00 0.05 0.27 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.04 0.01 0.02 0.17 0.02 0.16 0.02 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.03 0.19 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.05 0.05 0.03 0.23 0.06 0.25 0.01 0.13 0.02 0.15 0.01 0.05 0.03 0.27 0.16 0.00 0.00 0.01 0.00