ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51317

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.012, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.004, 0.015, 0.027, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.021 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.006, 0.022, 0.037, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.007, 0.025, 0.042, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.025 std_dev=0.017
N2 A 0, 0.005, 0.027, 0.049, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.010, 0.036, 0.062, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.036 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.010, 0.036, 0.063, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.036 std_dev=0.026
O6 A 0, 0.012, 0.042, 0.073, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.042 std_dev=0.030
C2' A 0, 0.011, 0.061, 0.112, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.061 std_dev=0.050
O4' A 0, 0.021, 0.072, 0.124, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.072 std_dev=0.051
C3' A 0, 0.024, 0.096, 0.168, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.096 std_dev=0.072
C4' A 0, 0.031, 0.110, 0.189, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.110 std_dev=0.079
O2' A 0, 0.033, 0.127, 0.220, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.127 std_dev=0.093
O3' A 0, 0.044, 0.152, 0.260, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.152 std_dev=0.108
C5' A 0, 0.056, 0.196, 0.337, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.196 std_dev=0.141
P A 0, 0.045, 0.206, 0.368, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.206 std_dev=0.162
O5' A 0, 0.064, 0.228, 0.392, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.228 std_dev=0.164
OP2 B 0, 0.060, 0.256, 0.452, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.256 std_dev=0.196
P B 0, 0.080, 0.276, 0.472, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.276 std_dev=0.196
OP2 A 0, 0.089, 0.304, 0.518, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.304 std_dev=0.215
O5' B 0, 0.090, 0.310, 0.529, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.310 std_dev=0.219
OP1 B 0, 0.091, 0.316, 0.541, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.316 std_dev=0.225
OP1 A 0, 0.021, 0.252, 0.484, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.252 std_dev=0.232
C5' B 0, 0.089, 0.338, 0.587, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.338 std_dev=0.249
C4 B 0, 0.108, 0.379, 0.650, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.379 std_dev=0.271
C5 B 0, 0.105, 0.380, 0.656, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.380 std_dev=0.276
O4 B 0, 0.122, 0.417, 0.712, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.417 std_dev=0.295
N3 B 0, 0.098, 0.396, 0.693, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.396 std_dev=0.297
C4' B 0, 0.055, 0.354, 0.653, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.354 std_dev=0.299
C6 B 0, 0.091, 0.393, 0.696, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.393 std_dev=0.302
O4' B 0, 0.054, 0.366, 0.678, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.366 std_dev=0.312
N1 B 0, 0.076, 0.416, 0.757, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.416 std_dev=0.340
C3' B 0, 0.057, 0.411, 0.765, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.411 std_dev=0.354
C2 B 0, 0.077, 0.432, 0.788, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.432 std_dev=0.355
C1' B 0, 0.061, 0.427, 0.793, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.427 std_dev=0.366
O2' B 0, 0.081, 0.455, 0.828, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.455 std_dev=0.373
C2' B 0, 0.064, 0.440, 0.817, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.440 std_dev=0.376
O2 B 0, 0.054, 0.499, 0.943, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.499 std_dev=0.444
O3' B 0, 0.044, 0.538, 1.032, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.538 std_dev=0.494

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02
C2 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.03 0.02 0.10 0.01 0.06 0.09 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.08 0.09 0.04
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.07 0.03 0.02 0.01 0.07 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.11 0.12 0.07
C4 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02 0.10 0.01 0.06 0.07 0.05
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.06 0.07 0.04 0.02 0.02 0.07 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.08 0.04 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.13 0.02 0.10 0.10 0.09
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.12 0.12 0.10 0.05 0.05 0.13 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.15 0.02 0.02 0.01
C6 0.02 0.00 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.03 0.15 0.00 0.12 0.14 0.12
C8 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.07 0.00 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.13 0.02 0.08 0.06 0.07
N1 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.03 0.13 0.00 0.10 0.12 0.09
N2 0.02 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.05 0.02 0.08 0.01 0.05 0.09 0.04
N3 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.03 0.02 0.08 0.01 0.05 0.06 0.03
N7 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.07 0.00 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.15 0.02 0.11 0.11 0.11
N9 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.02 0.05 0.04 0.03
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.07 0.11 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.04 0.10 0.10 0.05
O3' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.02 0.05 0.03 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.16 0.17 0.11
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.07 0.08
O5' 0.03 0.10 0.04 0.04 0.10 0.01 0.13 0.00 0.15 0.13 0.13 0.08 0.08 0.15 0.08 0.04 0.05 0.02 0.00 0.17 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.02 0.07 0.01 0.08 0.02 0.15 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.06 0.04 0.17 0.00 0.15 0.16 0.15
OP1 0.02 0.06 0.08 0.11 0.06 0.04 0.10 0.02 0.12 0.08 0.10 0.05 0.05 0.11 0.05 0.10 0.16 0.04 0.02 0.15 0.00 0.01 0.01
OP2 0.02 0.09 0.09 0.12 0.07 0.03 0.10 0.02 0.14 0.06 0.12 0.09 0.06 0.11 0.04 0.10 0.17 0.07 0.02 0.16 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.05 0.04 0.07 0.05 0.01 0.09 0.01 0.12 0.07 0.09 0.04 0.03 0.11 0.03 0.05 0.11 0.08 0.00 0.15 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.14 0.11 0.06 0.17 0.05 0.16 0.06 0.14 0.13 0.16 0.14 0.10 0.11 0.20 0.09 0.09 0.09 0.12 0.10
C2 0.13 0.16 0.11 0.07 0.18 0.07 0.18 0.09 0.16 0.15 0.18 0.16 0.08 0.09 0.20 0.12 0.10 0.04 0.11 0.10
C2' 0.13 0.16 0.13 0.08 0.19 0.08 0.18 0.10 0.16 0.15 0.18 0.15 0.11 0.12 0.22 0.11 0.12 0.12 0.15 0.13
C3' 0.12 0.15 0.12 0.08 0.17 0.07 0.16 0.09 0.15 0.14 0.16 0.14 0.10 0.12 0.19 0.10 0.11 0.10 0.12 0.11
C4 0.16 0.18 0.15 0.10 0.19 0.09 0.19 0.11 0.18 0.17 0.19 0.17 0.12 0.15 0.20 0.14 0.13 0.12 0.14 0.13
C4' 0.10 0.13 0.11 0.06 0.16 0.04 0.15 0.06 0.13 0.12 0.15 0.13 0.09 0.11 0.18 0.08 0.08 0.08 0.10 0.09
C5 0.21 0.22 0.21 0.16 0.22 0.15 0.22 0.17 0.23 0.22 0.22 0.22 0.18 0.23 0.21 0.19 0.18 0.17 0.18 0.18
C5' 0.07 0.10 0.08 0.04 0.11 0.02 0.11 0.02 0.10 0.09 0.11 0.09 0.06 0.10 0.13 0.05 0.04 0.04 0.06 0.04
C6 0.25 0.25 0.24 0.19 0.24 0.19 0.25 0.21 0.26 0.26 0.25 0.26 0.21 0.27 0.23 0.24 0.23 0.21 0.21 0.22
C8 0.19 0.20 0.20 0.14 0.21 0.13 0.21 0.14 0.21 0.20 0.20 0.20 0.18 0.22 0.21 0.17 0.16 0.16 0.17 0.16
N1 0.21 0.22 0.18 0.13 0.22 0.15 0.23 0.17 0.23 0.22 0.22 0.22 0.15 0.18 0.22 0.20 0.18 0.13 0.17 0.18
N2 0.07 0.12 0.04 0.06 0.16 0.04 0.14 0.03 0.12 0.10 0.15 0.11 0.03 0.04 0.19 0.07 0.03 0.07 0.05 0.02
N3 0.11 0.14 0.10 0.06 0.17 0.05 0.16 0.06 0.15 0.14 0.16 0.14 0.07 0.08 0.19 0.10 0.09 0.05 0.11 0.09
N7 0.23 0.23 0.23 0.18 0.22 0.16 0.23 0.18 0.24 0.23 0.22 0.23 0.21 0.27 0.21 0.20 0.19 0.19 0.19 0.19
N9 0.15 0.17 0.15 0.10 0.19 0.08 0.18 0.10 0.17 0.17 0.18 0.17 0.13 0.15 0.20 0.13 0.12 0.12 0.14 0.13
O2' 0.15 0.19 0.15 0.10 0.22 0.10 0.21 0.12 0.18 0.17 0.21 0.18 0.13 0.13 0.26 0.14 0.15 0.14 0.18 0.16
O3' 0.14 0.16 0.13 0.09 0.19 0.09 0.18 0.11 0.16 0.16 0.18 0.16 0.11 0.14 0.22 0.13 0.13 0.12 0.14 0.13
O4' 0.10 0.13 0.11 0.06 0.15 0.03 0.15 0.04 0.13 0.12 0.14 0.12 0.09 0.11 0.17 0.08 0.07 0.08 0.10 0.08
O5' 0.07 0.08 0.07 0.04 0.10 0.02 0.10 0.02 0.09 0.08 0.09 0.08 0.05 0.10 0.10 0.05 0.04 0.04 0.07 0.04
O6 0.31 0.30 0.31 0.25 0.27 0.25 0.29 0.27 0.31 0.31 0.28 0.31 0.27 0.35 0.25 0.30 0.28 0.27 0.24 0.26
OP1 0.13 0.16 0.14 0.09 0.18 0.06 0.19 0.07 0.17 0.16 0.17 0.16 0.12 0.15 0.19 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10
OP2 0.17 0.20 0.17 0.13 0.22 0.10 0.23 0.11 0.22 0.20 0.21 0.20 0.15 0.19 0.22 0.13 0.13 0.13 0.14 0.13
P 0.15 0.18 0.15 0.11 0.20 0.09 0.21 0.09 0.19 0.18 0.19 0.18 0.13 0.17 0.21 0.12 0.11 0.11 0.12 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.00 0.05 0.05 0.11 0.07
C2 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.00 0.02 0.05 0.06 0.11 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.04 0.09 0.05
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02
C4 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.07 0.00 0.01 0.06 0.07 0.10 0.07
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.01 0.07 0.07 0.10 0.07
C5' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.04 0.02 0.02 0.04 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
C6 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.06 0.07 0.12 0.07
N1 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.06 0.12 0.07
N3 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.08 0.00 0.02 0.05 0.07 0.10 0.07
O2 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.09 0.01 0.02 0.06 0.07 0.12 0.08
O2' 0.02 0.03 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.01 0.08 0.02 0.02 0.02 0.06 0.03
O3' 0.07 0.08 0.02 0.00 0.07 0.04 0.06 0.04 0.05 0.07 0.08 0.09 0.01 0.00 0.07 0.08 0.07 0.09 0.11 0.08
O4 0.00 0.00 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.07 0.00 0.03 0.07 0.07 0.08 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.08 0.03 0.00 0.05 0.03 0.09 0.06
O5' 0.05 0.05 0.04 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.06 0.05 0.05 0.06 0.02 0.07 0.07 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01
OP1 0.05 0.06 0.04 0.03 0.07 0.02 0.07 0.00 0.07 0.06 0.07 0.07 0.02 0.09 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01
OP2 0.11 0.11 0.09 0.04 0.10 0.03 0.10 0.01 0.12 0.12 0.10 0.12 0.06 0.11 0.08 0.09 0.02 0.00 0.00 0.01
P 0.07 0.07 0.05 0.02 0.07 0.00 0.07 0.00 0.07 0.07 0.07 0.08 0.03 0.08 0.07 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00