ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51318

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.007, 0.026, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.026 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.007, 0.026, 0.045, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.026 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.008, 0.029, 0.049, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.029 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.009, 0.031, 0.053, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.031 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.010, 0.035, 0.060, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.035 std_dev=0.025
O6 A 0, 0.010, 0.035, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.035 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.012, 0.044, 0.077, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.044 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.012, 0.046, 0.080, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.046 std_dev=0.034
C1' A 0, 0.014, 0.049, 0.084, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.049 std_dev=0.035
N2 A 0, 0.026, 0.088, 0.151, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.088 std_dev=0.063
C2' A 0, -0.010, 0.096, 0.203, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.096 std_dev=0.106
O2' A 0, 0.005, 0.113, 0.220, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.113 std_dev=0.108
OP2 B 0, -0.005, 0.104, 0.214, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.104 std_dev=0.110
OP1 A 0, 0.015, 0.139, 0.264, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.139 std_dev=0.125
O4' A 0, 0.033, 0.166, 0.299, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.166 std_dev=0.133
C4' A 0, 0.031, 0.196, 0.360, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.196 std_dev=0.165
C3' A 0, 0.000, 0.177, 0.354, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.177 std_dev=0.177
O3' A 0, 0.035, 0.264, 0.493, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.264 std_dev=0.229
O2' B 0, 0.022, 0.271, 0.520, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.271 std_dev=0.249
C3' B 0, 0.076, 0.331, 0.586, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.331 std_dev=0.255
C2' B 0, 0.063, 0.323, 0.583, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.323 std_dev=0.260
P B 0, 0.109, 0.373, 0.638, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.373 std_dev=0.264
C5' B 0, 0.100, 0.378, 0.655, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.378 std_dev=0.278
O3' B 0, 0.076, 0.378, 0.680, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.378 std_dev=0.302
C4' B 0, 0.118, 0.451, 0.784, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.451 std_dev=0.333
C5' A 0, 0.079, 0.415, 0.750, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.415 std_dev=0.335
P A 0, 0.099, 0.447, 0.796, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.447 std_dev=0.349
O5' B 0, 0.136, 0.498, 0.860, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.498 std_dev=0.362
C1' B 0, 0.123, 0.490, 0.858, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.490 std_dev=0.368
O4' B 0, 0.139, 0.524, 0.909, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.524 std_dev=0.385
N1 B 0, 0.149, 0.560, 0.971, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.560 std_dev=0.411
O2 B 0, 0.150, 0.573, 0.997, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.573 std_dev=0.423
C2 B 0, 0.161, 0.602, 1.043, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.602 std_dev=0.441
C6 B 0, 0.172, 0.615, 1.059, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.615 std_dev=0.444
N3 B 0, 0.190, 0.687, 1.184, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.687 std_dev=0.497
OP1 B 0, 0.207, 0.708, 1.208, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.708 std_dev=0.501
C5 B 0, 0.202, 0.707, 1.212, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.707 std_dev=0.505
OP2 A 0, 0.142, 0.666, 1.190, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.666 std_dev=0.524
C4 B 0, 0.213, 0.750, 1.287, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.750 std_dev=0.537
O4 B 0, 0.228, 0.815, 1.402, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.815 std_dev=0.587
O5' A 0, 0.145, 0.788, 1.432, 1.575 max_d=1.575 avg_d=0.788 std_dev=0.643

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.14 0.02 0.08 0.33 0.06
C2 0.03 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.03 0.31 0.00 0.11 0.19 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.02 0.05 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.17 0.00 0.15 0.26 0.05
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.06 0.04 0.08 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.01 0.21 0.22 0.08
C4 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.33 0.01 0.11 0.21 0.06
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.10 0.33 0.07
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.40 0.01 0.12 0.13 0.10
C5' 0.04 0.12 0.03 0.03 0.11 0.01 0.12 0.00 0.13 0.11 0.13 0.11 0.10 0.12 0.09 0.01 0.03 0.01 0.01 0.14 0.16 0.33 0.02
C6 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.40 0.00 0.11 0.10 0.12
C8 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.40 0.02 0.12 0.20 0.09
N1 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.36 0.00 0.11 0.14 0.09
N2 0.05 0.00 0.05 0.08 0.01 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.08 0.05 0.29 0.01 0.11 0.20 0.05
N3 0.03 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.28 0.01 0.11 0.23 0.04
N7 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.44 0.02 0.12 0.10 0.13
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.30 0.02 0.11 0.25 0.04
O2' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.12 0.30 0.06
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04 0.08 0.05 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.11 0.01 0.21 0.21 0.05
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.02 0.04 0.38 0.11
O5' 0.14 0.31 0.17 0.20 0.33 0.02 0.40 0.01 0.40 0.40 0.36 0.29 0.28 0.44 0.30 0.03 0.11 0.04 0.00 0.43 0.03 0.01 0.01
O6 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.14 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.43 0.00 0.11 0.04 0.14
OP1 0.08 0.11 0.15 0.21 0.11 0.10 0.12 0.16 0.11 0.12 0.11 0.11 0.11 0.12 0.11 0.12 0.21 0.04 0.03 0.11 0.00 0.01 0.00
OP2 0.33 0.19 0.26 0.22 0.21 0.33 0.13 0.33 0.10 0.20 0.14 0.20 0.23 0.10 0.25 0.30 0.21 0.38 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.06 0.05 0.08 0.06 0.07 0.10 0.02 0.12 0.09 0.09 0.05 0.04 0.13 0.04 0.06 0.05 0.11 0.01 0.14 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.08 0.08 0.05 0.12 0.01 0.12 0.05 0.11 0.09 0.09 0.07 0.10 0.05 0.12 0.04 0.03 0.19 0.02 0.06
C2 0.04 0.03 0.06 0.05 0.08 0.03 0.09 0.07 0.07 0.04 0.05 0.03 0.09 0.05 0.09 0.01 0.05 0.19 0.06 0.09
C2' 0.04 0.07 0.03 0.01 0.12 0.03 0.12 0.07 0.09 0.07 0.09 0.05 0.05 0.01 0.13 0.03 0.03 0.20 0.05 0.08
C3' 0.05 0.09 0.02 0.02 0.16 0.06 0.15 0.09 0.11 0.08 0.13 0.07 0.03 0.02 0.18 0.07 0.05 0.18 0.05 0.07
C4 0.03 0.04 0.05 0.03 0.09 0.04 0.09 0.08 0.07 0.04 0.06 0.02 0.08 0.03 0.10 0.01 0.05 0.20 0.03 0.08
C4' 0.05 0.07 0.05 0.02 0.13 0.04 0.13 0.08 0.10 0.07 0.10 0.05 0.08 0.03 0.14 0.05 0.04 0.18 0.02 0.06
C5 0.00 0.03 0.03 0.02 0.09 0.06 0.09 0.09 0.06 0.03 0.06 0.01 0.05 0.01 0.11 0.04 0.06 0.19 0.01 0.08
C5' 0.12 0.15 0.08 0.09 0.21 0.13 0.22 0.15 0.18 0.15 0.18 0.12 0.06 0.09 0.23 0.15 0.13 0.19 0.11 0.13
C6 0.01 0.04 0.02 0.02 0.10 0.06 0.10 0.09 0.06 0.03 0.07 0.02 0.05 0.01 0.12 0.04 0.06 0.18 0.01 0.08
C8 0.01 0.03 0.03 0.02 0.09 0.06 0.09 0.09 0.06 0.03 0.06 0.01 0.06 0.01 0.10 0.03 0.06 0.20 0.01 0.08
N1 0.01 0.03 0.04 0.03 0.09 0.04 0.09 0.08 0.06 0.03 0.06 0.00 0.06 0.02 0.11 0.02 0.04 0.17 0.03 0.08
N2 0.06 0.04 0.08 0.07 0.09 0.05 0.10 0.08 0.08 0.05 0.05 0.04 0.10 0.07 0.09 0.03 0.07 0.19 0.10 0.11
N3 0.05 0.05 0.07 0.05 0.09 0.03 0.10 0.07 0.08 0.05 0.06 0.04 0.09 0.05 0.09 0.02 0.04 0.20 0.05 0.09
N7 0.01 0.04 0.02 0.02 0.09 0.07 0.09 0.10 0.06 0.03 0.07 0.02 0.05 0.02 0.11 0.05 0.07 0.19 0.02 0.08
N9 0.03 0.04 0.05 0.03 0.09 0.04 0.10 0.08 0.07 0.05 0.06 0.03 0.08 0.03 0.10 0.02 0.05 0.20 0.02 0.08
O2' 0.07 0.08 0.07 0.04 0.11 0.03 0.12 0.07 0.10 0.08 0.09 0.07 0.09 0.05 0.12 0.04 0.05 0.20 0.06 0.09
O3' 0.04 0.08 0.00 0.02 0.14 0.06 0.13 0.10 0.09 0.07 0.12 0.07 0.04 0.02 0.17 0.06 0.05 0.19 0.07 0.08
O4' 0.07 0.08 0.09 0.05 0.11 0.02 0.12 0.06 0.10 0.08 0.09 0.07 0.12 0.06 0.12 0.03 0.03 0.19 0.02 0.07
O5' 0.37 0.33 0.39 0.37 0.28 0.35 0.30 0.34 0.34 0.35 0.30 0.34 0.39 0.38 0.25 0.35 0.35 0.30 0.37 0.36
O6 0.03 0.06 0.01 0.02 0.12 0.08 0.12 0.10 0.08 0.05 0.09 0.04 0.03 0.02 0.14 0.07 0.07 0.14 0.04 0.07
OP1 0.12 0.10 0.14 0.12 0.07 0.09 0.08 0.10 0.09 0.11 0.08 0.12 0.17 0.11 0.07 0.08 0.09 0.16 0.11 0.11
OP2 0.11 0.16 0.09 0.09 0.24 0.13 0.22 0.14 0.17 0.14 0.20 0.14 0.09 0.08 0.27 0.13 0.14 0.22 0.11 0.13
P 0.10 0.08 0.13 0.11 0.06 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.06 0.09 0.15 0.11 0.07 0.07 0.07 0.13 0.10 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.09 0.01 0.02
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.08 0.03 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.09 0.03 0.01
C4 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.09 0.04
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.10 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.09 0.05
C5' 0.02 0.02 0.03 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.08 0.00 0.01 0.11 0.03 0.02
C6 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02 0.02
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.07 0.02
O2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.02 0.03 0.04 0.07 0.03 0.01
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.08 0.05 0.05
O3' 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.09 0.04 0.02
O4 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.11 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.06 0.10 0.02 0.04
O5' 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.09 0.05 0.08 0.09 0.02 0.10 0.03 0.11 0.03 0.06 0.02 0.07 0.08 0.09 0.03 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.04 0.03 0.03 0.09 0.02 0.09 0.03 0.05 0.02 0.07 0.03 0.05 0.04 0.11 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.06 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00