ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51319

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
O6 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N2 A 0, 0.000, 0.029, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C4' A 0, 0.000, 0.080, 0.161, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.080 std_dev=0.080
O3' A 0, 0.000, 0.090, 0.181, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.090 std_dev=0.090
C3' A 0, 0.000, 0.095, 0.191, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.095 std_dev=0.095
C2' A 0, 0.000, 0.104, 0.207, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.104 std_dev=0.104
OP2 B 0, 0.000, 0.147, 0.293, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.147 std_dev=0.147
O4' A 0, 0.000, 0.158, 0.315, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.158 std_dev=0.158
C5' A 0, 0.000, 0.174, 0.349, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.174 std_dev=0.174
P B 0, 0.000, 0.175, 0.350, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.175 std_dev=0.175
O5' A 0, 0.000, 0.183, 0.365, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.183 std_dev=0.183
OP1 B 0, 0.000, 0.193, 0.387, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.193 std_dev=0.193
O2' A 0, 0.000, 0.214, 0.429, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.214 std_dev=0.214
P A 0, 0.000, 0.220, 0.439, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.220 std_dev=0.220
OP1 A 0, 0.000, 0.226, 0.452, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.226 std_dev=0.226
OP2 A 0, 0.000, 0.282, 0.564, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.282 std_dev=0.282
C5' B 0, 0.000, 0.296, 0.592, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.296 std_dev=0.296
C5 B 0, 0.000, 0.317, 0.633, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.317 std_dev=0.317
O4 B 0, 0.000, 0.322, 0.645, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.322 std_dev=0.322
C6 B 0, 0.000, 0.332, 0.663, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.332 std_dev=0.332
C4' B 0, 0.000, 0.332, 0.664, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.332 std_dev=0.332
O3' B 0, 0.000, 0.343, 0.687, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.343 std_dev=0.343
O5' B 0, 0.000, 0.346, 0.692, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.346 std_dev=0.346
O4' B 0, 0.000, 0.357, 0.713, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.357 std_dev=0.357
C3' B 0, 0.000, 0.364, 0.727, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.364 std_dev=0.364
C4 B 0, 0.000, 0.376, 0.752, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.376 std_dev=0.376
O2' B 0, 0.000, 0.389, 0.778, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.389 std_dev=0.389
C1' B 0, 0.000, 0.398, 0.795, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.398 std_dev=0.398
N1 B 0, 0.000, 0.399, 0.797, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.399 std_dev=0.399
C2' B 0, 0.000, 0.402, 0.805, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.402 std_dev=0.402
N3 B 0, 0.000, 0.452, 0.904, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.452 std_dev=0.452
C2 B 0, 0.000, 0.464, 0.928, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.464 std_dev=0.464
O2 B 0, 0.000, 0.526, 1.052, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.526 std_dev=0.526

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.05 0.05
C2 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.02 0.07 0.08 0.01 0.09 0.11 0.09
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.08 0.01 0.12 0.09 0.10
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.02 0.04
C4 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03 0.08 0.01 0.09 0.11 0.09
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.10 0.00 0.11 0.13 0.11
C5' 0.02 0.06 0.04 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.07 0.06 0.06 0.05 0.08 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.07 0.03 0.00 0.01
C6 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.09 0.00 0.11 0.14 0.11
C8 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.04 0.10 0.00 0.12 0.13 0.11
N1 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.04 0.09 0.00 0.10 0.12 0.10
N2 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.02 0.09 0.08 0.01 0.08 0.10 0.09
N3 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.02 0.07 0.07 0.01 0.08 0.09 0.08
N7 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.10 0.01 0.12 0.15 0.12
N9 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.08 0.00 0.09 0.10 0.09
O2' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.06 0.10 0.09 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.09 0.03 0.16 0.14 0.13
O3' 0.04 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.00 0.06 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02
O4' 0.00 0.07 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.09 0.07 0.03 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.01 0.02 0.05 0.04
O5' 0.04 0.08 0.08 0.02 0.08 0.00 0.10 0.00 0.09 0.10 0.09 0.08 0.07 0.10 0.08 0.09 0.02 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.10 0.00 0.11 0.15 0.11
OP1 0.06 0.09 0.12 0.07 0.09 0.01 0.11 0.03 0.11 0.12 0.10 0.08 0.08 0.12 0.09 0.16 0.03 0.02 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.11 0.09 0.02 0.11 0.00 0.13 0.00 0.14 0.13 0.12 0.10 0.09 0.15 0.10 0.14 0.01 0.05 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.09 0.10 0.04 0.09 0.01 0.11 0.01 0.11 0.11 0.10 0.09 0.08 0.12 0.09 0.13 0.02 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00
C2 0.04 0.05 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.02
C2' 0.04 0.05 0.03 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.03 0.04 0.03 0.03
C3' 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02
C4 0.06 0.06 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.04 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02
C4' 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.05 0.05 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00
C5 0.09 0.09 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08 0.06 0.06 0.09 0.07 0.01 0.02 0.03
C5' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.04
C6 0.10 0.10 0.07 0.06 0.07 0.09 0.07 0.09 0.08 0.09 0.08 0.11 0.08 0.05 0.06 0.10 0.09 0.00 0.02 0.04
C8 0.08 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.08 0.10 0.08 0.08 0.06 0.08 0.06 0.01 0.01 0.03
N1 0.07 0.07 0.04 0.03 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.05 0.02 0.05 0.07 0.06 0.01 0.01 0.03
N2 0.03 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01
N3 0.04 0.05 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01
N7 0.10 0.10 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.10 0.09 0.12 0.10 0.09 0.07 0.11 0.08 0.01 0.02 0.04
N9 0.06 0.06 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.07 0.06 0.05 0.04 0.06 0.04 0.02 0.00 0.02
O2' 0.03 0.04 0.01 0.01 0.06 0.02 0.07 0.03 0.06 0.04 0.05 0.03 0.00 0.02 0.07 0.03 0.04 0.08 0.07 0.07
O3' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01
O4' 0.05 0.04 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.06 0.07 0.06 0.00 0.04 0.01 0.01 0.05 0.03
O5' 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.04 0.06 0.08 0.06
O6 0.13 0.12 0.10 0.10 0.09 0.13 0.09 0.13 0.11 0.12 0.11 0.14 0.11 0.08 0.08 0.14 0.12 0.03 0.02 0.05
OP1 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.08
OP2 0.07 0.07 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.07 0.09 0.12 0.12 0.11
P 0.04 0.04 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.04 0.05 0.03 0.04 0.04 0.06 0.04 0.06 0.08 0.09 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.07 0.01 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.08 0.02 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01
C5' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01
N3 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01
O2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02
O2' 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.00
O3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.10 0.05 0.04
O4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01
O5' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.03 0.07 0.08 0.02 0.06 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.07 0.10 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00