ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51324

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 9, 23, 13, 13, 12, 6, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.006, 0.017, 0.029, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.016, 0.031, 0.046, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.031 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.015, 0.030, 0.045, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.030 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.019, 0.037, 0.055, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.037 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.021, 0.041, 0.060, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.041 std_dev=0.020
N2 A 0, 0.017, 0.037, 0.057, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.037 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.024, 0.050, 0.077, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.050 std_dev=0.026
N9 A 0, 0.029, 0.061, 0.094, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.061 std_dev=0.033
O6 A 0, 0.035, 0.068, 0.101, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.068 std_dev=0.033
N7 A 0, 0.042, 0.085, 0.127, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.085 std_dev=0.042
C8 A 0, 0.050, 0.105, 0.160, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.105 std_dev=0.055
O4' A 0, 0.416, 0.571, 0.725, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.571 std_dev=0.155
C2' A 0, 0.430, 0.591, 0.753, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.591 std_dev=0.161
OP2 B 0, 0.197, 0.372, 0.547, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.372 std_dev=0.175
P B 0, 0.188, 0.363, 0.538, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.363 std_dev=0.175
C4' A 0, 0.759, 0.974, 1.189, 1.665 max_d=1.665 avg_d=0.974 std_dev=0.215
C3' A 0, 0.725, 0.975, 1.225, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.975 std_dev=0.250
O2' A 0, 0.622, 0.878, 1.135, 1.739 max_d=1.739 avg_d=0.878 std_dev=0.257
OP1 B 0, 0.372, 0.646, 0.920, 1.427 max_d=1.427 avg_d=0.646 std_dev=0.274
O5' A 0, 1.047, 1.339, 1.631, 2.044 max_d=2.044 avg_d=1.339 std_dev=0.292
C5' A 0, 1.248, 1.580, 1.912, 2.590 max_d=2.590 avg_d=1.580 std_dev=0.332
P A 0, 0.876, 1.246, 1.616, 2.238 max_d=2.238 avg_d=1.246 std_dev=0.370
OP2 A 0, 0.747, 1.160, 1.572, 2.236 max_d=2.236 avg_d=1.160 std_dev=0.413
OP1 A 0, 0.985, 1.425, 1.865, 2.512 max_d=2.512 avg_d=1.425 std_dev=0.440
O3' A 0, 1.182, 1.627, 2.072, 2.978 max_d=2.978 avg_d=1.627 std_dev=0.445
O5' B 0, 0.388, 1.040, 1.691, 2.974 max_d=2.974 avg_d=1.040 std_dev=0.652
C5' B 0, 0.620, 1.602, 2.583, 5.289 max_d=5.289 avg_d=1.602 std_dev=0.982
C4' B 0, 0.789, 2.050, 3.311, 6.850 max_d=6.850 avg_d=2.050 std_dev=1.261
C3' B 0, 0.664, 2.012, 3.361, 7.613 max_d=7.613 avg_d=2.012 std_dev=1.348
O3' B 0, 0.921, 2.290, 3.660, 7.655 max_d=7.655 avg_d=2.290 std_dev=1.370
O4' B 0, 0.811, 2.252, 3.694, 7.697 max_d=7.697 avg_d=2.252 std_dev=1.441
C8 B 0, 0.335, 1.923, 3.511, 7.540 max_d=7.540 avg_d=1.923 std_dev=1.588
N9 B 0, 0.647, 2.320, 3.993, 8.728 max_d=8.728 avg_d=2.320 std_dev=1.673
N7 B 0, 0.320, 1.995, 3.670, 8.258 max_d=8.258 avg_d=1.995 std_dev=1.675
C1' B 0, 0.744, 2.450, 4.157, 9.083 max_d=9.083 avg_d=2.450 std_dev=1.707
C2' B 0, 0.710, 2.424, 4.139, 9.353 max_d=9.353 avg_d=2.424 std_dev=1.715
C5 B 0, 0.616, 2.409, 4.202, 8.808 max_d=8.808 avg_d=2.409 std_dev=1.793
C4 B 0, 0.825, 2.656, 4.488, 9.560 max_d=9.560 avg_d=2.656 std_dev=1.832
C6 B 0, 0.713, 2.676, 4.638, 9.454 max_d=9.454 avg_d=2.676 std_dev=1.963
N6 B 0, 0.556, 2.555, 4.554, 8.861 max_d=8.861 avg_d=2.555 std_dev=1.999
N3 B 0, 1.128, 3.188, 5.248, 10.856 max_d=10.856 avg_d=3.188 std_dev=2.060
O2' B 0, 0.814, 2.953, 5.092, 11.616 max_d=11.616 avg_d=2.953 std_dev=2.139
N1 B 0, 0.980, 3.147, 5.315, 10.762 max_d=10.762 avg_d=3.147 std_dev=2.168
C2 B 0, 1.176, 3.387, 5.599, 11.366 max_d=11.366 avg_d=3.387 std_dev=2.212

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.12 0.01 0.13 0.03 0.13 0.14 0.12
C2 0.03 0.00 0.11 0.13 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.16 0.06 0.17 0.02 0.17 0.22 0.17
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.07 0.02 0.07 0.08 0.09 0.06 0.11 0.13 0.11 0.07 0.03 0.00 0.03 0.01 0.18 0.10 0.22 0.25 0.20
C3' 0.02 0.13 0.00 0.00 0.14 0.00 0.20 0.02 0.21 0.21 0.17 0.12 0.11 0.23 0.13 0.02 0.01 0.02 0.10 0.24 0.17 0.15 0.11
C4 0.02 0.01 0.07 0.14 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.11 0.03 0.17 0.02 0.17 0.20 0.16
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.10 0.06 0.04 0.04 0.10 0.06 0.15 0.03 0.01 0.01 0.09 0.10 0.06 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.20 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.16 0.03 0.20 0.02 0.20 0.24 0.20
C5' 0.04 0.09 0.08 0.02 0.10 0.01 0.13 0.00 0.14 0.14 0.12 0.09 0.08 0.15 0.09 0.08 0.10 0.02 0.01 0.16 0.13 0.08 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.21 0.01 0.08 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.17 0.18 0.04 0.21 0.01 0.22 0.26 0.22
C8 0.01 0.01 0.06 0.21 0.01 0.10 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.18 0.03 0.20 0.02 0.19 0.20 0.19
N1 0.03 0.01 0.11 0.17 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.16 0.05 0.19 0.01 0.20 0.25 0.20
N2 0.04 0.01 0.13 0.12 0.01 0.04 0.01 0.09 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.20 0.07 0.16 0.02 0.16 0.21 0.16
N3 0.03 0.01 0.11 0.11 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.16 0.06 0.15 0.01 0.15 0.19 0.15
N7 0.01 0.01 0.07 0.23 0.01 0.10 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.21 0.03 0.22 0.02 0.22 0.25 0.22
N9 0.01 0.01 0.03 0.13 0.01 0.06 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.10 0.08 0.01 0.16 0.02 0.15 0.17 0.15
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.13 0.15 0.16 0.08 0.17 0.12 0.17 0.15 0.13 0.15 0.10 0.00 0.07 0.11 0.11 0.19 0.16 0.24 0.13
O3' 0.12 0.16 0.03 0.01 0.11 0.03 0.16 0.10 0.18 0.18 0.16 0.20 0.16 0.21 0.08 0.07 0.00 0.09 0.20 0.23 0.32 0.29 0.25
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.07 0.06 0.03 0.01 0.11 0.09 0.00 0.13 0.05 0.15 0.13 0.13
O5' 0.13 0.17 0.18 0.10 0.17 0.01 0.20 0.01 0.21 0.20 0.19 0.16 0.15 0.22 0.16 0.11 0.20 0.13 0.00 0.23 0.02 0.02 0.00
O6 0.03 0.02 0.10 0.24 0.02 0.09 0.02 0.16 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.19 0.23 0.05 0.23 0.00 0.25 0.29 0.24
OP1 0.13 0.17 0.22 0.17 0.17 0.10 0.20 0.13 0.22 0.19 0.20 0.16 0.15 0.22 0.15 0.16 0.32 0.15 0.02 0.25 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.22 0.25 0.15 0.20 0.06 0.24 0.08 0.26 0.20 0.25 0.21 0.19 0.25 0.17 0.24 0.29 0.13 0.02 0.29 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.17 0.20 0.11 0.16 0.02 0.20 0.02 0.22 0.19 0.20 0.16 0.15 0.22 0.15 0.13 0.25 0.13 0.00 0.24 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.70 1.07 0.60 0.46 0.92 0.46 1.08 0.44 1.20 0.95 1.17 0.93 1.37 1.11 0.83 0.61 0.40 0.62 0.29 0.16 0.15 0.14
C2 0.55 0.74 0.48 0.41 0.68 0.41 0.81 0.41 0.83 0.83 0.79 0.66 0.93 0.93 0.66 0.46 0.40 0.54 0.24 0.17 0.17 0.14
C2' 0.72 1.14 0.66 0.58 0.96 0.49 1.12 0.48 1.27 0.96 1.26 0.99 1.47 1.13 0.85 0.64 0.50 0.60 0.36 0.19 0.19 0.20
C3' 0.73 1.17 0.64 0.55 0.97 0.51 1.11 0.50 1.27 0.96 1.28 1.01 1.45 1.11 0.85 0.64 0.45 0.63 0.40 0.25 0.25 0.26
C4 0.63 0.92 0.54 0.42 0.83 0.42 1.00 0.41 1.07 0.95 1.01 0.81 1.22 1.10 0.77 0.54 0.39 0.56 0.27 0.15 0.14 0.13
C4' 0.74 1.17 0.62 0.46 0.98 0.49 1.11 0.46 1.27 0.96 1.28 1.02 1.44 1.11 0.86 0.66 0.38 0.65 0.31 0.16 0.16 0.15
C5 0.61 0.89 0.54 0.39 0.81 0.40 0.99 0.39 1.06 0.96 0.99 0.78 1.22 1.11 0.76 0.55 0.38 0.53 0.28 0.17 0.13 0.14
C5' 0.75 1.19 0.64 0.46 1.00 0.49 1.14 0.46 1.29 0.99 1.30 1.03 1.47 1.14 0.88 0.69 0.39 0.66 0.33 0.18 0.17 0.17
C6 0.55 0.79 0.52 0.37 0.72 0.37 0.89 0.36 0.94 0.90 0.87 0.69 1.09 1.03 0.69 0.51 0.38 0.48 0.28 0.17 0.14 0.15
C8 0.67 1.02 0.58 0.42 0.90 0.43 1.08 0.41 1.19 0.99 1.14 0.89 1.38 1.16 0.82 0.60 0.38 0.57 0.29 0.17 0.13 0.14
N1 0.52 0.71 0.47 0.37 0.65 0.37 0.80 0.37 0.83 0.84 0.77 0.63 0.94 0.94 0.64 0.45 0.39 0.48 0.25 0.16 0.14 0.13
N2 0.51 0.65 0.46 0.43 0.57 0.42 0.66 0.43 0.68 0.72 0.66 0.59 0.74 0.78 0.57 0.43 0.43 0.56 0.23 0.20 0.22 0.17
N3 0.62 0.86 0.53 0.44 0.78 0.43 0.92 0.42 0.97 0.90 0.92 0.77 1.09 1.02 0.74 0.52 0.40 0.57 0.25 0.16 0.17 0.14
N7 0.64 0.96 0.57 0.40 0.86 0.41 1.05 0.39 1.14 0.99 1.08 0.84 1.33 1.15 0.80 0.59 0.37 0.54 0.30 0.18 0.14 0.15
N9 0.67 1.01 0.57 0.43 0.89 0.44 1.06 0.42 1.17 0.97 1.12 0.89 1.34 1.13 0.81 0.58 0.39 0.59 0.28 0.15 0.14 0.13
O2' 0.74 1.20 0.67 0.54 0.99 0.50 1.13 0.51 1.32 0.92 1.33 1.04 1.53 1.08 0.85 0.69 0.45 0.63 0.31 0.22 0.24 0.23
O3' 0.79 1.24 0.67 0.52 1.00 0.58 1.10 0.58 1.28 0.95 1.34 1.08 1.44 1.07 0.88 0.70 0.41 0.73 0.41 0.24 0.24 0.27
O4' 0.77 1.15 0.64 0.45 1.00 0.50 1.14 0.46 1.28 1.00 1.26 1.01 1.45 1.16 0.89 0.70 0.39 0.68 0.29 0.16 0.14 0.14
O5' 0.73 1.14 0.63 0.47 0.97 0.48 1.13 0.44 1.28 1.00 1.27 0.99 1.47 1.16 0.87 0.66 0.42 0.62 0.36 0.24 0.24 0.23
O6 0.52 0.75 0.53 0.36 0.68 0.35 0.86 0.34 0.91 0.88 0.84 0.65 1.07 1.01 0.66 0.53 0.37 0.44 0.29 0.21 0.18 0.17
OP1 0.74 1.18 0.65 0.48 0.99 0.49 1.15 0.45 1.31 1.01 1.31 1.01 1.50 1.17 0.88 0.68 0.43 0.63 0.39 0.26 0.25 0.25
OP2 0.71 1.12 0.63 0.49 0.96 0.49 1.14 0.46 1.29 1.03 1.26 0.96 1.50 1.20 0.87 0.66 0.46 0.61 0.44 0.29 0.31 0.29
P 0.73 1.15 0.64 0.46 0.98 0.48 1.15 0.44 1.30 1.02 1.29 0.99 1.50 1.18 0.88 0.68 0.42 0.62 0.38 0.25 0.25 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.14 0.01 0.19 0.17 0.26 0.20
C2 0.05 0.00 0.21 0.25 0.02 0.26 0.01 0.42 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.19 0.30 0.26 0.38 0.39 0.56 0.48
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.12 0.02 0.09 0.08 0.13 0.09 0.18 0.21 0.11 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01 0.14 0.21 0.22 0.14
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.17 0.01 0.19 0.03 0.21 0.19 0.24 0.23 0.23 0.20 0.12 0.02 0.01 0.02 0.16 0.27 0.21 0.17
C4 0.02 0.02 0.12 0.17 0.00 0.11 0.01 0.21 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.16 0.12 0.30 0.31 0.46 0.39
C4' 0.01 0.26 0.02 0.01 0.11 0.00 0.09 0.01 0.12 0.19 0.20 0.25 0.11 0.15 0.06 0.15 0.02 0.00 0.02 0.14 0.14 0.03
C5 0.01 0.01 0.09 0.19 0.01 0.09 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.14 0.14 0.05 0.40 0.45 0.61 0.53
C5' 0.06 0.42 0.08 0.03 0.21 0.01 0.22 0.00 0.26 0.32 0.35 0.37 0.27 0.30 0.15 0.08 0.11 0.02 0.01 0.19 0.17 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.21 0.01 0.12 0.01 0.26 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.15 0.19 0.11 0.39 0.46 0.63 0.53
C8 0.02 0.02 0.09 0.19 0.01 0.19 0.01 0.32 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.18 0.13 0.15 0.54 0.53 0.66 0.62
N1 0.04 0.00 0.18 0.24 0.02 0.20 0.01 0.35 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.17 0.26 0.20 0.36 0.41 0.59 0.49
N3 0.04 0.01 0.21 0.23 0.00 0.25 0.01 0.37 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.18 0.28 0.25 0.32 0.33 0.47 0.40
N6 0.02 0.02 0.11 0.23 0.01 0.11 0.02 0.27 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.17 0.20 0.08 0.44 0.56 0.72 0.62
N7 0.02 0.02 0.06 0.20 0.01 0.15 0.00 0.30 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.18 0.13 0.09 0.55 0.60 0.75 0.68
N9 0.01 0.02 0.03 0.12 0.01 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.09 0.07 0.02 0.33 0.30 0.43 0.38
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.12 0.15 0.14 0.08 0.15 0.18 0.17 0.18 0.17 0.18 0.09 0.00 0.05 0.10 0.12 0.24 0.16 0.10
O3' 0.14 0.30 0.02 0.01 0.16 0.02 0.14 0.11 0.19 0.13 0.26 0.28 0.20 0.13 0.07 0.05 0.00 0.08 0.25 0.49 0.34 0.32
O4' 0.01 0.26 0.01 0.02 0.12 0.00 0.05 0.02 0.11 0.15 0.20 0.25 0.08 0.09 0.02 0.10 0.08 0.00 0.16 0.20 0.20 0.18
O5' 0.19 0.38 0.14 0.16 0.30 0.02 0.40 0.01 0.39 0.54 0.36 0.32 0.44 0.55 0.33 0.12 0.25 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.17 0.39 0.21 0.27 0.31 0.14 0.45 0.19 0.46 0.53 0.41 0.33 0.56 0.60 0.30 0.24 0.49 0.20 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.56 0.22 0.21 0.46 0.14 0.61 0.17 0.63 0.66 0.59 0.47 0.72 0.75 0.43 0.16 0.34 0.20 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.48 0.14 0.17 0.39 0.03 0.53 0.02 0.53 0.62 0.49 0.40 0.62 0.68 0.38 0.10 0.32 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00