ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51325

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 5, 4, 6, 14, 18, 14, 6, 2, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.002, 0.016, 0.031, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.016 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.003, 0.018, 0.033, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.018 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.005, 0.019, 0.034, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.019 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.002, 0.019, 0.035, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.019 std_dev=0.017
C2 A 0, -0.004, 0.014, 0.031, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.014 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.005, 0.023, 0.041, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.023 std_dev=0.018
C1' A 0, -0.002, 0.018, 0.039, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.018 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.015, 0.039, 0.063, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.039 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.014, 0.040, 0.066, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.040 std_dev=0.026
O6 A 0, 0.006, 0.033, 0.060, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.033 std_dev=0.027
N2 A 0, 0.003, 0.035, 0.067, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.035 std_dev=0.032
C2' A 0, 0.002, 0.156, 0.311, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.156 std_dev=0.155
O4' A 0, 0.007, 0.163, 0.319, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.163 std_dev=0.156
P B 0, 0.231, 0.431, 0.632, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.431 std_dev=0.201
C4' A 0, 0.069, 0.271, 0.474, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.271 std_dev=0.202
OP1 B 0, 0.229, 0.465, 0.702, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.465 std_dev=0.236
OP2 B 0, 0.412, 0.682, 0.951, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.682 std_dev=0.269
O2' A 0, -0.141, 0.200, 0.541, 1.895 max_d=1.895 avg_d=0.200 std_dev=0.341
O5' A 0, 0.088, 0.442, 0.795, 1.979 max_d=1.979 avg_d=0.442 std_dev=0.353
C3' A 0, -0.031, 0.323, 0.678, 1.976 max_d=1.976 avg_d=0.323 std_dev=0.355
O5' B 0, 0.071, 0.461, 0.850, 2.101 max_d=2.101 avg_d=0.461 std_dev=0.390
C5' B 0, 0.075, 0.527, 0.978, 2.099 max_d=2.099 avg_d=0.527 std_dev=0.451
C5' A 0, -0.024, 0.428, 0.880, 2.520 max_d=2.520 avg_d=0.428 std_dev=0.452
C4' B 0, 0.088, 0.552, 1.015, 2.820 max_d=2.820 avg_d=0.552 std_dev=0.464
C3' B 0, 0.148, 0.620, 1.093, 2.720 max_d=2.720 avg_d=0.620 std_dev=0.472
O3' B 0, 0.209, 0.683, 1.157, 2.585 max_d=2.585 avg_d=0.683 std_dev=0.474
P A 0, 0.184, 0.736, 1.288, 3.139 max_d=3.139 avg_d=0.736 std_dev=0.552
O3' A 0, -0.082, 0.542, 1.167, 3.435 max_d=3.435 avg_d=0.542 std_dev=0.625
OP2 A 0, 0.146, 0.820, 1.494, 3.782 max_d=3.782 avg_d=0.820 std_dev=0.674
OP1 A 0, 0.244, 0.921, 1.598, 3.775 max_d=3.775 avg_d=0.921 std_dev=0.677
O4' B 0, -0.112, 0.668, 1.447, 4.536 max_d=4.536 avg_d=0.668 std_dev=0.779
C2' B 0, -0.076, 0.729, 1.533, 4.553 max_d=4.553 avg_d=0.729 std_dev=0.804
O2' B 0, -0.110, 0.778, 1.666, 4.948 max_d=4.948 avg_d=0.778 std_dev=0.888
C1' B 0, -0.313, 0.723, 1.758, 5.853 max_d=5.853 avg_d=0.723 std_dev=1.035
C8 B 0, -0.589, 0.693, 1.975, 6.889 max_d=6.889 avg_d=0.693 std_dev=1.282
N9 B 0, -0.614, 0.719, 2.052, 7.265 max_d=7.265 avg_d=0.719 std_dev=1.333
N7 B 0, -0.826, 0.805, 2.437, 8.664 max_d=8.664 avg_d=0.805 std_dev=1.631
C4 B 0, -0.939, 0.807, 2.553, 9.381 max_d=9.381 avg_d=0.807 std_dev=1.746
C5 B 0, -1.071, 0.862, 2.795, 10.255 max_d=10.255 avg_d=0.862 std_dev=1.933
N3 B 0, -1.048, 0.896, 2.839, 10.493 max_d=10.493 avg_d=0.896 std_dev=1.944
C2 B 0, -1.365, 0.992, 3.348, 12.570 max_d=12.570 avg_d=0.992 std_dev=2.357
C6 B 0, -1.333, 1.035, 3.403, 12.512 max_d=12.512 avg_d=1.035 std_dev=2.368
N1 B 0, -1.508, 1.071, 3.650, 13.645 max_d=13.645 avg_d=1.071 std_dev=2.579
N6 B 0, -1.366, 1.216, 3.799, 13.629 max_d=13.629 avg_d=1.216 std_dev=2.583

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.12 0.01 0.11 0.02 0.14 0.22 0.12
C2 0.04 0.00 0.13 0.11 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.31 0.21 0.06 0.19 0.01 0.15 0.44 0.23
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.07 0.02 0.05 0.08 0.07 0.07 0.11 0.15 0.13 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01 0.12 0.07 0.16 0.19 0.08
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.10 0.00 0.16 0.02 0.15 0.23 0.12 0.14 0.11 0.23 0.12 0.02 0.01 0.01 0.20 0.19 0.19 0.22 0.10
C4 0.02 0.01 0.07 0.10 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.12 0.03 0.21 0.01 0.16 0.43 0.24
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.06 0.10 0.04 0.05 0.04 0.10 0.05 0.14 0.02 0.00 0.02 0.08 0.21 0.13 0.13
C5 0.01 0.01 0.05 0.16 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.16 0.14 0.02 0.26 0.01 0.26 0.54 0.33
C5' 0.04 0.10 0.08 0.02 0.08 0.01 0.10 0.00 0.11 0.12 0.10 0.12 0.10 0.13 0.06 0.08 0.09 0.02 0.01 0.12 0.09 0.12 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.15 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.20 0.16 0.03 0.26 0.01 0.27 0.58 0.36
C8 0.02 0.01 0.07 0.23 0.01 0.10 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.17 0.04 0.28 0.02 0.26 0.48 0.31
N1 0.04 0.01 0.11 0.12 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.17 0.05 0.23 0.01 0.20 0.52 0.30
N2 0.05 0.01 0.15 0.14 0.01 0.05 0.02 0.12 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.34 0.26 0.08 0.18 0.02 0.14 0.41 0.21
N3 0.04 0.01 0.13 0.11 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.29 0.20 0.06 0.18 0.01 0.13 0.38 0.19
N7 0.02 0.02 0.06 0.23 0.01 0.10 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.19 0.04 0.30 0.03 0.33 0.59 0.39
N9 0.01 0.01 0.03 0.12 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.08 0.07 0.01 0.20 0.02 0.14 0.37 0.20
O2' 0.02 0.31 0.00 0.02 0.19 0.14 0.16 0.08 0.20 0.04 0.27 0.34 0.29 0.08 0.08 0.00 0.06 0.10 0.14 0.19 0.14 0.21 0.06
O3' 0.12 0.21 0.02 0.01 0.12 0.02 0.14 0.09 0.16 0.17 0.17 0.26 0.20 0.19 0.07 0.06 0.00 0.09 0.22 0.19 0.27 0.27 0.18
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.05 0.08 0.06 0.04 0.01 0.10 0.09 0.00 0.08 0.04 0.17 0.21 0.17
O5' 0.11 0.19 0.12 0.20 0.21 0.02 0.26 0.01 0.26 0.28 0.23 0.18 0.18 0.30 0.20 0.14 0.22 0.08 0.00 0.29 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.07 0.19 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.19 0.19 0.04 0.29 0.00 0.35 0.65 0.42
OP1 0.14 0.15 0.16 0.19 0.16 0.21 0.26 0.09 0.27 0.26 0.20 0.14 0.13 0.33 0.14 0.14 0.27 0.17 0.02 0.35 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.44 0.19 0.22 0.43 0.13 0.54 0.12 0.58 0.48 0.52 0.41 0.38 0.59 0.37 0.21 0.27 0.21 0.02 0.65 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.23 0.08 0.10 0.24 0.13 0.33 0.02 0.36 0.31 0.30 0.21 0.19 0.39 0.20 0.06 0.18 0.17 0.01 0.42 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.79 1.60 0.71 0.54 1.35 0.32 1.59 0.27 1.85 1.14 1.82 1.37 2.09 1.48 1.08 0.71 0.55 0.52 0.21 0.11 0.15 0.12
C2 0.56 0.98 0.57 0.50 0.90 0.26 1.06 0.29 1.15 0.87 1.11 0.87 1.26 1.06 0.77 0.55 0.53 0.36 0.20 0.12 0.19 0.15
C2' 0.80 1.69 0.66 0.48 1.41 0.32 1.67 0.33 1.97 1.17 1.94 1.43 2.25 1.53 1.11 0.66 0.47 0.54 0.22 0.20 0.19 0.19
C3' 0.84 1.73 0.67 0.50 1.44 0.37 1.70 0.32 2.01 1.22 1.99 1.45 2.31 1.57 1.15 0.66 0.48 0.60 0.24 0.19 0.18 0.16
C4 0.64 1.19 0.59 0.51 1.05 0.29 1.25 0.26 1.40 0.97 1.35 1.04 1.56 1.22 0.87 0.58 0.53 0.43 0.21 0.12 0.14 0.12
C4' 0.78 1.65 0.66 0.50 1.35 0.32 1.59 0.29 1.89 1.12 1.89 1.39 2.16 1.45 1.07 0.66 0.50 0.53 0.21 0.14 0.14 0.13
C5 0.53 0.94 0.50 0.48 0.84 0.28 1.00 0.24 1.12 0.79 1.07 0.82 1.25 1.00 0.71 0.49 0.50 0.38 0.22 0.15 0.13 0.10
C5' 0.62 1.40 0.50 0.38 1.12 0.25 1.34 0.32 1.62 0.92 1.62 1.16 1.88 1.22 0.87 0.50 0.40 0.41 0.22 0.23 0.16 0.21
C6 0.42 0.68 0.43 0.45 0.62 0.27 0.73 0.24 0.81 0.61 0.77 0.60 0.90 0.75 0.53 0.41 0.48 0.32 0.23 0.16 0.14 0.10
C8 0.63 1.21 0.57 0.50 1.04 0.30 1.23 0.25 1.42 0.92 1.38 1.04 1.60 1.18 0.85 0.56 0.52 0.44 0.22 0.15 0.13 0.11
N1 0.43 0.70 0.45 0.46 0.65 0.26 0.77 0.25 0.84 0.65 0.80 0.62 0.93 0.79 0.57 0.44 0.50 0.31 0.20 0.12 0.14 0.11
N2 0.55 0.96 0.59 0.50 0.88 0.25 1.02 0.36 1.10 0.83 1.06 0.85 1.18 1.01 0.75 0.58 0.53 0.33 0.22 0.16 0.26 0.20
N3 0.67 1.24 0.64 0.52 1.11 0.28 1.31 0.29 1.45 1.01 1.40 1.09 1.60 1.28 0.92 0.63 0.54 0.43 0.20 0.12 0.17 0.14
N7 0.54 0.98 0.50 0.48 0.86 0.29 1.02 0.24 1.15 0.79 1.12 0.85 1.30 0.99 0.71 0.48 0.50 0.39 0.23 0.17 0.15 0.11
N9 0.70 1.35 0.63 0.52 1.17 0.30 1.38 0.26 1.58 1.03 1.54 1.17 1.79 1.32 0.95 0.62 0.53 0.47 0.21 0.12 0.14 0.11
O2' 0.67 1.70 0.53 0.32 1.34 0.25 1.62 0.50 1.98 1.04 1.98 1.39 2.28 1.42 1.00 0.56 0.32 0.38 0.35 0.36 0.35 0.40
O3' 0.87 1.89 0.68 0.48 1.54 0.39 1.82 0.40 2.19 1.27 2.19 1.58 2.52 1.65 1.21 0.69 0.46 0.62 0.28 0.26 0.23 0.24
O4' 0.76 1.57 0.68 0.53 1.30 0.31 1.52 0.27 1.79 1.08 1.79 1.33 2.03 1.40 1.03 0.68 0.55 0.50 0.22 0.11 0.15 0.12
O5' 0.80 1.50 0.66 0.56 1.26 0.39 1.47 0.24 1.72 1.10 1.70 1.28 1.95 1.38 1.04 0.65 0.56 0.60 0.36 0.15 0.26 0.20
O6 0.31 0.43 0.34 0.41 0.40 0.26 0.47 0.23 0.52 0.40 0.50 0.39 0.60 0.49 0.36 0.33 0.44 0.28 0.25 0.22 0.20 0.14
OP1 0.77 1.53 0.60 0.47 1.27 0.33 1.49 0.22 1.76 1.09 1.76 1.29 2.02 1.39 1.03 0.59 0.45 0.57 0.29 0.19 0.24 0.19
OP2 1.02 1.62 0.84 0.78 1.43 0.65 1.62 0.48 1.82 1.30 1.80 1.44 2.03 1.55 1.24 0.82 0.78 0.85 0.59 0.50 0.56 0.52
P 0.82 1.52 0.66 0.56 1.29 0.41 1.50 0.26 1.74 1.14 1.73 1.31 1.98 1.42 1.07 0.65 0.55 0.63 0.36 0.26 0.33 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.11 0.01 0.13 0.53 0.13 0.23
C2 0.04 0.00 0.11 0.16 0.01 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.28 0.24 0.04 0.22 0.59 0.29 0.26
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.08 0.07 0.05 0.09 0.10 0.07 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.16 0.38 0.12 0.18
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.11 0.01 0.13 0.03 0.14 0.16 0.15 0.15 0.15 0.15 0.08 0.02 0.01 0.02 0.24 0.30 0.23 0.19
C4 0.02 0.01 0.06 0.11 0.00 0.06 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.13 0.02 0.23 0.61 0.26 0.27
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.10 0.08 0.06 0.11 0.11 0.06 0.13 0.02 0.01 0.01 0.22 0.14 0.10
C5 0.02 0.01 0.05 0.13 0.01 0.09 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.21 0.10 0.03 0.30 0.64 0.33 0.30
C5' 0.04 0.17 0.08 0.03 0.16 0.01 0.20 0.00 0.22 0.19 0.20 0.14 0.25 0.22 0.13 0.06 0.08 0.01 0.01 0.15 0.23 0.03
C6 0.02 0.01 0.07 0.14 0.01 0.09 0.01 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.25 0.14 0.04 0.30 0.64 0.37 0.31
C8 0.02 0.01 0.05 0.16 0.01 0.10 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.09 0.09 0.05 0.31 0.67 0.26 0.30
N1 0.03 0.00 0.09 0.15 0.01 0.08 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.28 0.20 0.04 0.26 0.62 0.34 0.29
N3 0.04 0.00 0.10 0.15 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.25 0.23 0.04 0.19 0.57 0.24 0.25
N6 0.03 0.02 0.07 0.15 0.01 0.11 0.02 0.25 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.25 0.14 0.06 0.33 0.65 0.42 0.35
N7 0.02 0.02 0.05 0.15 0.01 0.11 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.15 0.10 0.05 0.33 0.67 0.34 0.33
N9 0.01 0.02 0.02 0.08 0.01 0.06 0.01 0.13 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.10 0.05 0.01 0.22 0.62 0.20 0.27
O2' 0.02 0.28 0.00 0.02 0.20 0.13 0.21 0.06 0.25 0.09 0.28 0.25 0.25 0.15 0.10 0.00 0.04 0.09 0.15 0.27 0.13 0.08
O3' 0.11 0.24 0.02 0.01 0.13 0.02 0.10 0.08 0.14 0.09 0.20 0.23 0.14 0.10 0.05 0.04 0.00 0.07 0.25 0.42 0.31 0.27
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.04 0.06 0.05 0.01 0.09 0.07 0.00 0.10 0.54 0.20 0.28
O5' 0.13 0.22 0.16 0.24 0.23 0.01 0.30 0.01 0.30 0.31 0.26 0.19 0.33 0.33 0.22 0.15 0.25 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.53 0.59 0.38 0.30 0.61 0.22 0.64 0.15 0.64 0.67 0.62 0.57 0.65 0.67 0.62 0.27 0.42 0.54 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.29 0.12 0.23 0.26 0.14 0.33 0.23 0.37 0.26 0.34 0.24 0.42 0.34 0.20 0.13 0.31 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.26 0.18 0.19 0.27 0.10 0.30 0.03 0.31 0.30 0.29 0.25 0.35 0.33 0.27 0.08 0.27 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00