ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51326

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 2, 7, 5, 4, 10, 14, 11, 1, 5, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.003, 0.018, 0.033, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.018 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.007, 0.024, 0.040, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.024 std_dev=0.016
O6 A 0, 0.008, 0.024, 0.041, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.024 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.006, 0.024, 0.043, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.024 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.004, 0.026, 0.048, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.026 std_dev=0.022
P B 0, 0.188, 0.389, 0.589, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.389 std_dev=0.200
C2' A 0, 0.011, 0.285, 0.558, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.285 std_dev=0.273
O4' A 0, 0.005, 0.281, 0.556, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.281 std_dev=0.276
OP2 B 0, 0.326, 0.684, 1.041, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.684 std_dev=0.357
OP1 B 0, 0.192, 0.593, 0.994, 1.529 max_d=1.529 avg_d=0.593 std_dev=0.401
O5' B 0, 0.356, 0.770, 1.184, 2.119 max_d=2.119 avg_d=0.770 std_dev=0.414
C4' A 0, 0.029, 0.449, 0.870, 1.700 max_d=1.700 avg_d=0.449 std_dev=0.421
C3' A 0, 0.010, 0.488, 0.967, 1.731 max_d=1.731 avg_d=0.488 std_dev=0.478
O5' A 0, 0.068, 0.603, 1.137, 2.100 max_d=2.100 avg_d=0.603 std_dev=0.535
O2' A 0, -0.154, 0.390, 0.934, 2.000 max_d=2.000 avg_d=0.390 std_dev=0.544
C5' A 0, 0.079, 0.680, 1.282, 2.287 max_d=2.287 avg_d=0.680 std_dev=0.601
P A 0, 0.011, 0.797, 1.583, 3.147 max_d=3.147 avg_d=0.797 std_dev=0.786
O3' A 0, 0.020, 0.806, 1.592, 2.880 max_d=2.880 avg_d=0.806 std_dev=0.786
OP2 A 0, -0.094, 0.765, 1.623, 3.139 max_d=3.139 avg_d=0.765 std_dev=0.859
C5' B 0, 0.661, 1.599, 2.537, 3.633 max_d=3.633 avg_d=1.599 std_dev=0.938
OP1 A 0, 0.100, 1.064, 2.028, 3.932 max_d=3.932 avg_d=1.064 std_dev=0.964
C3' B 0, 0.662, 1.686, 2.709, 4.619 max_d=4.619 avg_d=1.686 std_dev=1.024
O3' B 0, 0.486, 1.600, 2.713, 5.081 max_d=5.081 avg_d=1.600 std_dev=1.113
C4' B 0, 0.668, 1.832, 2.997, 4.294 max_d=4.294 avg_d=1.832 std_dev=1.164
O4' B 0, 1.026, 2.803, 4.580, 4.768 max_d=4.768 avg_d=2.803 std_dev=1.777
C2' B 0, 1.149, 3.034, 4.920, 5.696 max_d=5.696 avg_d=3.034 std_dev=1.885
C1' B 0, 1.189, 3.381, 5.572, 5.656 max_d=5.656 avg_d=3.381 std_dev=2.192
C8 B 0, 1.177, 3.535, 5.894, 6.456 max_d=6.456 avg_d=3.535 std_dev=2.359
N9 B 0, 1.221, 3.687, 6.153, 6.579 max_d=6.579 avg_d=3.687 std_dev=2.466
O2' B 0, 1.395, 3.899, 6.403, 6.411 max_d=6.411 avg_d=3.899 std_dev=2.504
N7 B 0, 1.219, 3.994, 6.770, 8.185 max_d=8.185 avg_d=3.994 std_dev=2.775
C4 B 0, 1.298, 4.271, 7.245, 8.584 max_d=8.584 avg_d=4.271 std_dev=2.973
C5 B 0, 1.285, 4.446, 7.607, 9.570 max_d=9.570 avg_d=4.446 std_dev=3.161
N3 B 0, 1.379, 4.647, 7.915, 9.463 max_d=9.463 avg_d=4.647 std_dev=3.268
C6 B 0, 1.351, 5.063, 8.775, 11.735 max_d=11.735 avg_d=5.063 std_dev=3.712
C2 B 0, 1.430, 5.194, 8.958, 11.498 max_d=11.498 avg_d=5.194 std_dev=3.764
N6 B 0, 1.372, 5.351, 9.331, 12.896 max_d=12.896 avg_d=5.351 std_dev=3.979
N1 B 0, 1.417, 5.422, 9.427, 12.676 max_d=12.676 avg_d=5.422 std_dev=4.005

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.21 0.00 0.13 0.02 0.12 0.25 0.17
C2 0.03 0.00 0.23 0.19 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.23 0.23 0.15 0.17 0.01 0.17 0.38 0.24
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.12 0.02 0.07 0.13 0.11 0.12 0.19 0.28 0.23 0.06 0.02 0.00 0.04 0.01 0.26 0.09 0.21 0.37 0.27
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.19 0.00 0.25 0.02 0.26 0.27 0.23 0.18 0.16 0.29 0.17 0.02 0.01 0.02 0.17 0.29 0.19 0.23 0.11
C4 0.01 0.01 0.12 0.19 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.16 0.13 0.08 0.19 0.01 0.16 0.36 0.22
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.07 0.16 0.04 0.10 0.06 0.15 0.07 0.23 0.04 0.00 0.01 0.09 0.16 0.10 0.12
C5 0.01 0.01 0.07 0.25 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.21 0.15 0.04 0.25 0.01 0.25 0.43 0.28
C5' 0.05 0.10 0.13 0.02 0.08 0.00 0.13 0.00 0.12 0.19 0.10 0.13 0.09 0.20 0.08 0.10 0.16 0.01 0.01 0.15 0.10 0.04 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.26 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.16 0.06 0.25 0.00 0.27 0.47 0.30
C8 0.01 0.01 0.12 0.27 0.00 0.16 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.25 0.23 0.10 0.28 0.02 0.24 0.37 0.26
N1 0.02 0.00 0.19 0.23 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.17 0.11 0.21 0.01 0.22 0.43 0.27
N2 0.03 0.00 0.28 0.18 0.01 0.10 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.28 0.31 0.18 0.16 0.01 0.15 0.37 0.23
N3 0.03 0.00 0.23 0.16 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.24 0.14 0.16 0.01 0.14 0.34 0.21
N7 0.01 0.01 0.06 0.29 0.01 0.15 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.25 0.06 0.30 0.02 0.32 0.46 0.33
N9 0.01 0.01 0.02 0.17 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.14 0.10 0.01 0.18 0.02 0.14 0.31 0.19
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.16 0.23 0.21 0.10 0.21 0.25 0.21 0.28 0.22 0.26 0.14 0.00 0.15 0.16 0.21 0.23 0.14 0.38 0.20
O3' 0.21 0.23 0.04 0.01 0.13 0.04 0.15 0.16 0.16 0.23 0.17 0.31 0.24 0.25 0.10 0.15 0.00 0.15 0.31 0.20 0.49 0.43 0.35
O4' 0.00 0.15 0.01 0.02 0.08 0.00 0.04 0.01 0.06 0.10 0.11 0.18 0.14 0.06 0.01 0.16 0.15 0.00 0.08 0.05 0.14 0.21 0.18
O5' 0.13 0.17 0.26 0.17 0.19 0.01 0.25 0.01 0.25 0.28 0.21 0.16 0.16 0.30 0.18 0.21 0.31 0.08 0.00 0.27 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.09 0.29 0.01 0.09 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.23 0.20 0.05 0.27 0.00 0.33 0.51 0.34
OP1 0.12 0.17 0.21 0.19 0.16 0.16 0.25 0.10 0.27 0.24 0.22 0.15 0.14 0.32 0.14 0.14 0.49 0.14 0.02 0.33 0.00 0.01 0.00
OP2 0.25 0.38 0.37 0.23 0.36 0.10 0.43 0.04 0.47 0.37 0.43 0.37 0.34 0.46 0.31 0.38 0.43 0.21 0.02 0.51 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.24 0.27 0.11 0.22 0.12 0.28 0.02 0.30 0.26 0.27 0.23 0.21 0.33 0.19 0.20 0.35 0.18 0.00 0.34 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.54 2.88 1.12 0.63 2.16 0.96 2.13 0.74 2.59 1.37 2.97 2.52 2.56 1.61 1.68 1.37 0.69 1.49 0.31 0.29 0.20 0.15
C2 1.17 1.80 0.88 0.51 1.56 0.79 1.49 0.68 1.61 1.05 1.76 1.72 1.52 1.19 1.28 0.96 0.55 1.21 0.28 0.24 0.25 0.16
C2' 1.44 2.58 1.05 0.77 1.90 1.08 1.81 0.90 2.17 1.19 2.56 2.28 2.14 1.39 1.49 1.22 0.89 1.50 0.39 0.42 0.40 0.30
C3' 1.38 2.52 1.01 0.67 1.85 1.01 1.81 0.86 2.18 1.20 2.54 2.21 2.19 1.41 1.46 1.21 0.74 1.43 0.38 0.46 0.41 0.29
C4 1.34 2.37 1.04 0.53 1.92 0.82 1.95 0.65 2.25 1.28 2.44 2.13 2.21 1.53 1.52 1.21 0.54 1.28 0.30 0.30 0.18 0.14
C4' 1.50 2.84 1.08 0.54 2.07 0.94 2.04 0.76 2.50 1.32 2.92 2.46 2.52 1.56 1.61 1.36 0.56 1.47 0.36 0.28 0.18 0.16
C5 1.22 2.15 1.05 0.46 1.77 0.70 1.85 0.55 2.13 1.25 2.24 1.93 2.16 1.53 1.42 1.21 0.43 1.10 0.29 0.34 0.14 0.12
C5' 1.46 2.79 1.08 0.48 2.04 0.88 2.03 0.71 2.50 1.31 2.90 2.41 2.56 1.55 1.59 1.39 0.47 1.40 0.35 0.27 0.15 0.16
C6 1.03 1.75 0.97 0.40 1.49 0.59 1.56 0.48 1.74 1.11 1.81 1.59 1.75 1.33 1.21 1.08 0.38 0.91 0.28 0.35 0.13 0.12
C8 1.38 2.57 1.13 0.51 2.01 0.79 2.10 0.60 2.52 1.37 2.72 2.25 2.63 1.67 1.58 1.36 0.49 1.25 0.30 0.35 0.14 0.13
N1 0.99 1.56 0.87 0.41 1.36 0.62 1.36 0.54 1.47 0.99 1.56 1.46 1.42 1.14 1.13 0.93 0.43 0.95 0.28 0.28 0.19 0.13
N2 1.08 1.50 0.77 0.55 1.32 0.84 1.22 0.77 1.32 0.90 1.43 1.48 1.34 1.07 1.12 0.80 0.62 1.27 0.27 0.20 0.31 0.19
N3 1.34 2.26 0.98 0.56 1.85 0.87 1.79 0.72 2.01 1.19 2.23 2.08 1.88 1.38 1.47 1.11 0.61 1.36 0.29 0.25 0.23 0.16
N7 1.26 2.31 1.11 0.46 1.86 0.69 1.97 0.53 2.32 1.31 2.46 2.04 2.44 1.62 1.47 1.31 0.41 1.11 0.29 0.37 0.12 0.12
N9 1.44 2.65 1.11 0.56 2.06 0.86 2.10 0.67 2.51 1.35 2.76 2.33 2.53 1.62 1.61 1.32 0.58 1.35 0.31 0.31 0.17 0.14
O2' 1.40 2.64 0.98 0.73 1.86 1.06 1.74 0.91 2.13 1.09 2.58 2.31 2.12 1.31 1.42 1.17 0.89 1.50 0.43 0.35 0.34 0.33
O3' 1.29 2.35 0.93 0.56 1.71 1.01 1.68 0.95 2.03 1.14 2.35 2.06 2.10 1.37 1.34 1.11 0.56 1.40 0.51 0.35 0.32 0.28
O4' 1.59 3.03 1.18 0.54 2.26 0.91 2.27 0.69 2.78 1.47 3.17 2.61 2.84 1.74 1.76 1.48 0.53 1.49 0.37 0.24 0.16 0.19
O5' 1.42 2.71 1.13 0.56 2.03 0.84 2.06 0.65 2.51 1.35 2.83 2.34 2.60 1.62 1.58 1.40 0.53 1.31 0.34 0.40 0.28 0.21
O6 0.89 1.54 0.97 0.36 1.31 0.47 1.41 0.37 1.58 1.02 1.63 1.39 1.63 1.24 1.07 1.06 0.33 0.73 0.27 0.39 0.16 0.13
OP1 1.40 2.67 1.15 0.55 1.99 0.84 2.03 0.68 2.46 1.36 2.79 2.30 2.57 1.62 1.56 1.44 0.46 1.28 0.39 0.39 0.30 0.25
OP2 1.40 2.59 1.28 0.74 2.01 0.85 2.10 0.69 2.52 1.47 2.75 2.24 2.67 1.75 1.61 1.53 0.67 1.20 0.55 0.58 0.51 0.46
P 1.44 2.73 1.23 0.60 2.07 0.82 2.14 0.64 2.60 1.45 2.89 2.35 2.74 1.74 1.63 1.52 0.50 1.27 0.42 0.40 0.33 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.08 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.30 0.00 0.27 0.59 0.50 0.31
C2 0.06 0.00 0.50 0.42 0.01 0.12 0.01 0.26 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.38 0.23 0.37 0.41 0.60 0.83 0.46
C2' 0.00 0.50 0.00 0.01 0.25 0.02 0.11 0.19 0.21 0.30 0.39 0.50 0.14 0.17 0.03 0.00 0.04 0.01 0.47 0.82 0.65 0.56
C3' 0.02 0.42 0.01 0.00 0.35 0.00 0.40 0.02 0.45 0.28 0.46 0.37 0.47 0.37 0.24 0.02 0.01 0.02 0.15 0.58 0.27 0.26
C4 0.03 0.01 0.25 0.35 0.00 0.06 0.00 0.19 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.14 0.16 0.19 0.42 0.61 0.73 0.43
C4' 0.01 0.12 0.02 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.09 0.21 0.09 0.12 0.12 0.20 0.08 0.32 0.05 0.00 0.02 0.48 0.23 0.16
C5 0.02 0.01 0.11 0.40 0.00 0.11 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.24 0.25 0.09 0.49 0.68 0.77 0.51
C5' 0.08 0.26 0.19 0.02 0.19 0.01 0.21 0.00 0.23 0.25 0.24 0.24 0.25 0.27 0.14 0.14 0.23 0.01 0.01 0.40 0.26 0.02
C6 0.03 0.01 0.21 0.45 0.01 0.09 0.01 0.23 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.19 0.30 0.17 0.51 0.71 0.84 0.55
C8 0.02 0.02 0.30 0.28 0.01 0.21 0.01 0.25 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.51 0.21 0.20 0.49 0.67 0.61 0.46
N1 0.05 0.00 0.39 0.46 0.02 0.09 0.01 0.24 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.23 0.28 0.29 0.47 0.66 0.86 0.52
N3 0.06 0.01 0.50 0.37 0.01 0.12 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.40 0.20 0.36 0.38 0.57 0.76 0.42
N6 0.03 0.01 0.14 0.47 0.02 0.12 0.02 0.25 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.27 0.36 0.12 0.55 0.77 0.87 0.60
N7 0.01 0.02 0.17 0.37 0.01 0.20 0.00 0.27 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.47 0.28 0.11 0.54 0.74 0.73 0.55
N9 0.00 0.02 0.03 0.24 0.01 0.08 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.21 0.12 0.02 0.39 0.59 0.61 0.37
O2' 0.01 0.38 0.00 0.02 0.14 0.32 0.24 0.14 0.19 0.51 0.23 0.40 0.27 0.47 0.21 0.00 0.07 0.22 0.29 0.75 0.63 0.46
O3' 0.30 0.23 0.04 0.01 0.16 0.05 0.25 0.23 0.30 0.21 0.28 0.20 0.36 0.28 0.12 0.07 0.00 0.23 0.36 0.78 0.44 0.42
O4' 0.00 0.37 0.01 0.02 0.19 0.00 0.09 0.01 0.17 0.20 0.29 0.36 0.12 0.11 0.02 0.22 0.23 0.00 0.14 0.56 0.44 0.27
O5' 0.27 0.41 0.47 0.15 0.42 0.02 0.49 0.01 0.51 0.49 0.47 0.38 0.55 0.54 0.39 0.29 0.36 0.14 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.59 0.60 0.82 0.58 0.61 0.48 0.68 0.40 0.71 0.67 0.66 0.57 0.77 0.74 0.59 0.75 0.78 0.56 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.50 0.83 0.65 0.27 0.73 0.23 0.77 0.26 0.84 0.61 0.86 0.76 0.87 0.73 0.61 0.63 0.44 0.44 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.31 0.46 0.56 0.26 0.43 0.16 0.51 0.02 0.55 0.46 0.52 0.42 0.60 0.55 0.37 0.46 0.42 0.27 0.00 0.00 0.01 0.00