ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51327

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 11, 8, 6, 4, 0, 10, 10, 6, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.011, 0.019, 0.027, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.019 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.013, 0.022, 0.032, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.022 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.013, 0.023, 0.033, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.013, 0.024, 0.035, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.024 std_dev=0.011
N2 A 0, 0.014, 0.028, 0.042, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.028 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.016, 0.030, 0.044, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.030 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.020, 0.035, 0.050, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.035 std_dev=0.015
O6 A 0, 0.022, 0.039, 0.057, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.039 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.026, 0.047, 0.067, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.047 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.032, 0.058, 0.085, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.058 std_dev=0.027
O2' A 0, 0.118, 0.204, 0.290, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.204 std_dev=0.086
P B 0, 0.211, 0.331, 0.450, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.331 std_dev=0.119
C2' A 0, 0.080, 0.239, 0.398, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.239 std_dev=0.159
O4' A 0, 0.038, 0.237, 0.437, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.237 std_dev=0.200
O5' B 0, 0.251, 0.460, 0.668, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.460 std_dev=0.208
C3' A 0, 0.113, 0.415, 0.717, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.415 std_dev=0.302
C4' A 0, 0.070, 0.385, 0.700, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.385 std_dev=0.315
OP1 B 0, 0.394, 0.746, 1.098, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.746 std_dev=0.352
OP2 B 0, 0.275, 0.713, 1.150, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.713 std_dev=0.438
C3' B 0, 0.206, 0.650, 1.093, 2.336 max_d=2.336 avg_d=0.650 std_dev=0.444
C5' A 0, 0.088, 0.569, 1.050, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.569 std_dev=0.481
O3' A 0, 0.189, 0.678, 1.167, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.678 std_dev=0.489
O5' A 0, 0.123, 0.619, 1.116, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.619 std_dev=0.496
OP2 A 0, 0.245, 0.881, 1.518, 1.906 max_d=1.906 avg_d=0.881 std_dev=0.636
P A 0, 0.161, 0.864, 1.566, 1.939 max_d=1.939 avg_d=0.864 std_dev=0.702
C5' B 0, 0.180, 0.947, 1.714, 2.089 max_d=2.089 avg_d=0.947 std_dev=0.767
O3' B 0, 0.344, 1.149, 1.955, 2.832 max_d=2.832 avg_d=1.149 std_dev=0.806
OP1 A 0, 0.177, 1.077, 1.976, 2.422 max_d=2.422 avg_d=1.077 std_dev=0.899
C4' B 0, 0.225, 1.131, 2.037, 2.355 max_d=2.355 avg_d=1.131 std_dev=0.906
C2' B 0, 0.233, 1.656, 3.079, 4.913 max_d=4.913 avg_d=1.656 std_dev=1.423
O4' B 0, 0.165, 1.672, 3.180, 4.261 max_d=4.261 avg_d=1.672 std_dev=1.507
C1' B 0, 0.182, 1.929, 3.676, 5.496 max_d=5.496 avg_d=1.929 std_dev=1.747
C8 B 0, 0.081, 2.089, 4.097, 6.022 max_d=6.022 avg_d=2.089 std_dev=2.008
N9 B 0, 0.136, 2.149, 4.162, 6.239 max_d=6.239 avg_d=2.149 std_dev=2.013
O2' B 0, 0.289, 2.395, 4.501, 6.539 max_d=6.539 avg_d=2.395 std_dev=2.106
C4 B 0, 0.211, 2.547, 4.883, 7.344 max_d=7.344 avg_d=2.547 std_dev=2.336
N7 B 0, 0.077, 2.414, 4.751, 6.857 max_d=6.857 avg_d=2.414 std_dev=2.337
N3 B 0, 0.378, 2.797, 5.215, 7.938 max_d=7.938 avg_d=2.797 std_dev=2.419
C5 B 0, 0.127, 2.682, 5.236, 7.692 max_d=7.692 avg_d=2.682 std_dev=2.554
C2 B 0, 0.434, 3.178, 5.921, 8.940 max_d=8.940 avg_d=3.178 std_dev=2.743
C6 B 0, 0.188, 3.102, 6.016, 8.776 max_d=8.776 avg_d=3.102 std_dev=2.914
N1 B 0, 0.346, 3.339, 6.332, 9.390 max_d=9.390 avg_d=3.339 std_dev=2.993
N6 B 0, 0.145, 3.317, 6.490, 9.239 max_d=9.239 avg_d=3.317 std_dev=3.173

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.06 0.06 0.06
C2 0.02 0.00 0.16 0.18 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.25 0.08 0.07 0.01 0.07 0.11 0.08
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.11 0.01 0.09 0.01 0.13 0.03 0.16 0.18 0.15 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.12 0.07 0.07 0.04
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.13 0.00 0.15 0.01 0.18 0.07 0.20 0.19 0.15 0.11 0.07 0.02 0.01 0.01 0.04 0.19 0.08 0.10 0.06
C4 0.01 0.01 0.11 0.13 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.17 0.05 0.07 0.01 0.07 0.10 0.08
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.03 0.02 0.06 0.03 0.05 0.02 0.01 0.02 0.06 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.09 0.15 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.20 0.04 0.09 0.01 0.10 0.14 0.10
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.04 0.03 0.08 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.08 0.06 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.18 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.25 0.05 0.09 0.00 0.11 0.16 0.11
C8 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.04 0.08 0.02 0.09 0.11 0.09
N1 0.02 0.00 0.16 0.20 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.27 0.07 0.08 0.01 0.09 0.14 0.09
N2 0.03 0.01 0.18 0.19 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.13 0.27 0.10 0.06 0.01 0.07 0.11 0.07
N3 0.02 0.00 0.15 0.15 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.20 0.07 0.06 0.01 0.07 0.09 0.07
N7 0.01 0.01 0.04 0.11 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.15 0.02 0.10 0.02 0.11 0.15 0.11
N9 0.00 0.01 0.04 0.07 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.01 0.06 0.02 0.07 0.08 0.07
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.06 0.05 0.05 0.05 0.08 0.03 0.10 0.13 0.09 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.08 0.10 0.08 0.05
O3' 0.01 0.25 0.01 0.01 0.17 0.02 0.20 0.02 0.25 0.09 0.27 0.27 0.20 0.15 0.08 0.02 0.00 0.02 0.08 0.27 0.14 0.19 0.11
O4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.07 0.10 0.07 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.07 0.05 0.08 0.08 0.08
O5' 0.05 0.07 0.03 0.04 0.07 0.02 0.09 0.01 0.09 0.08 0.08 0.06 0.06 0.10 0.06 0.04 0.08 0.07 0.00 0.11 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.12 0.19 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.27 0.05 0.11 0.00 0.13 0.18 0.12
OP1 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06 0.10 0.06 0.11 0.09 0.09 0.07 0.07 0.11 0.07 0.10 0.14 0.08 0.02 0.13 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.11 0.07 0.10 0.10 0.03 0.14 0.02 0.16 0.11 0.14 0.11 0.09 0.15 0.08 0.08 0.19 0.08 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.08 0.04 0.06 0.08 0.02 0.10 0.02 0.11 0.09 0.09 0.07 0.07 0.11 0.07 0.05 0.11 0.08 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.94 1.20 0.80 0.35 0.99 0.76 0.86 0.61 0.95 0.66 1.12 1.15 0.81 0.63 0.88 1.02 0.43 1.06 0.21 0.36 0.10 0.08
C2 0.79 0.68 0.72 0.30 0.65 0.72 0.44 0.63 0.38 0.42 0.52 0.76 0.23 0.28 0.66 0.83 0.36 0.97 0.22 0.34 0.10 0.10
C2' 0.92 1.04 0.82 0.47 0.85 0.92 0.64 0.82 0.68 0.51 0.89 1.03 0.49 0.41 0.78 0.98 0.60 1.12 0.32 0.46 0.19 0.21
C3' 0.94 1.09 0.87 0.47 0.90 0.91 0.73 0.82 0.77 0.59 0.97 1.07 0.62 0.51 0.82 1.03 0.56 1.12 0.35 0.50 0.24 0.26
C4 0.88 1.01 0.82 0.31 0.90 0.67 0.80 0.54 0.83 0.65 0.94 1.00 0.69 0.62 0.83 0.99 0.33 0.95 0.20 0.36 0.10 0.09
C4' 0.94 1.22 0.80 0.34 0.98 0.77 0.87 0.63 0.96 0.67 1.15 1.15 0.86 0.64 0.87 1.03 0.41 1.07 0.22 0.37 0.07 0.10
C5 0.82 0.96 0.85 0.26 0.88 0.54 0.83 0.42 0.86 0.70 0.92 0.94 0.78 0.70 0.81 1.00 0.23 0.81 0.18 0.35 0.12 0.09
C5' 0.94 1.27 0.82 0.31 1.03 0.69 0.96 0.54 1.08 0.74 1.24 1.18 1.03 0.76 0.91 1.06 0.35 1.02 0.20 0.34 0.10 0.09
C6 0.73 0.77 0.82 0.22 0.73 0.45 0.67 0.36 0.66 0.61 0.72 0.78 0.58 0.58 0.70 0.92 0.19 0.69 0.16 0.34 0.12 0.09
C8 0.91 1.18 0.90 0.29 1.02 0.59 0.99 0.44 1.08 0.78 1.17 1.12 1.05 0.83 0.91 1.09 0.28 0.89 0.19 0.36 0.11 0.09
N1 0.71 0.62 0.75 0.24 0.61 0.55 0.47 0.48 0.42 0.47 0.51 0.67 0.29 0.36 0.62 0.84 0.22 0.77 0.18 0.34 0.11 0.09
N2 0.74 0.45 0.61 0.33 0.44 0.82 0.22 0.75 0.26 0.21 0.25 0.58 0.56 0.37 0.50 0.70 0.46 1.05 0.25 0.32 0.11 0.11
N3 0.87 0.90 0.75 0.33 0.81 0.76 0.62 0.64 0.60 0.52 0.75 0.93 0.38 0.41 0.76 0.91 0.41 1.03 0.22 0.36 0.10 0.09
N7 0.85 1.08 0.90 0.26 0.96 0.50 0.95 0.36 1.02 0.78 1.08 1.03 1.01 0.83 0.87 1.06 0.22 0.79 0.17 0.35 0.12 0.10
N9 0.92 1.15 0.85 0.32 0.99 0.68 0.90 0.54 0.98 0.71 1.10 1.11 0.88 0.71 0.88 1.04 0.35 0.98 0.20 0.36 0.10 0.09
O2' 0.85 0.96 0.70 0.44 0.74 0.92 0.50 0.81 0.53 0.39 0.77 0.96 0.38 0.28 0.67 0.87 0.63 1.11 0.28 0.40 0.13 0.15
O3' 0.93 1.00 0.87 0.55 0.82 1.02 0.62 0.96 0.65 0.52 0.85 1.01 0.51 0.42 0.77 1.00 0.68 1.17 0.44 0.57 0.37 0.36
O4' 0.95 1.29 0.79 0.30 1.05 0.67 0.98 0.50 1.11 0.74 1.27 1.20 1.05 0.76 0.92 1.04 0.36 1.03 0.19 0.30 0.18 0.09
O5' 0.94 1.26 0.88 0.32 1.05 0.65 1.00 0.51 1.12 0.78 1.25 1.17 1.09 0.82 0.93 1.10 0.32 0.96 0.21 0.35 0.11 0.12
O6 0.64 0.69 0.82 0.18 0.66 0.31 0.64 0.21 0.64 0.59 0.67 0.69 0.61 0.59 0.64 0.89 0.21 0.52 0.13 0.31 0.15 0.10
OP1 0.93 1.29 0.88 0.30 1.07 0.62 1.04 0.47 1.17 0.81 1.29 1.19 1.16 0.86 0.94 1.11 0.30 0.95 0.21 0.32 0.13 0.12
OP2 0.90 1.24 0.93 0.30 1.05 0.54 1.05 0.40 1.18 0.84 1.26 1.14 1.20 0.91 0.93 1.13 0.27 0.84 0.22 0.34 0.17 0.16
P 0.91 1.28 0.87 0.27 1.07 0.56 1.06 0.40 1.19 0.83 1.30 1.17 1.21 0.90 0.94 1.11 0.29 0.89 0.18 0.30 0.14 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.34 0.00 0.10 0.48 0.25 0.17
C2 0.03 0.00 0.39 0.32 0.01 0.09 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.21 0.27 0.20 0.48 0.17 0.11
C2' 0.00 0.39 0.00 0.00 0.20 0.01 0.08 0.21 0.17 0.22 0.30 0.39 0.11 0.13 0.02 0.00 0.02 0.02 0.43 0.80 0.42 0.51
C3' 0.01 0.32 0.00 0.00 0.30 0.00 0.36 0.02 0.39 0.29 0.37 0.27 0.41 0.36 0.24 0.02 0.01 0.01 0.09 0.19 0.07 0.06
C4 0.02 0.01 0.20 0.30 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.14 0.13 0.14 0.21 0.50 0.17 0.10
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.07 0.23 0.06 0.09 0.10 0.20 0.10 0.31 0.02 0.00 0.02 0.20 0.32 0.05
C5 0.01 0.01 0.08 0.36 0.00 0.11 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.07 0.07 0.32 0.53 0.35 0.19
C5' 0.05 0.09 0.21 0.02 0.07 0.01 0.14 0.00 0.12 0.26 0.07 0.09 0.16 0.26 0.09 0.09 0.21 0.02 0.01 0.36 0.40 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.39 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.09 0.14 0.33 0.52 0.39 0.21
C8 0.01 0.01 0.22 0.29 0.00 0.23 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.45 0.09 0.16 0.34 0.56 0.31 0.17
N1 0.03 0.00 0.30 0.37 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.13 0.22 0.28 0.49 0.28 0.16
N3 0.03 0.00 0.39 0.27 0.00 0.09 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.25 0.26 0.16 0.47 0.13 0.10
N6 0.02 0.01 0.11 0.41 0.01 0.10 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.32 0.12 0.10 0.39 0.53 0.51 0.28
N7 0.01 0.01 0.13 0.36 0.01 0.20 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.46 0.13 0.08 0.40 0.56 0.49 0.26
N9 0.00 0.01 0.02 0.24 0.00 0.10 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.24 0.11 0.01 0.17 0.52 0.12 0.08
O2' 0.01 0.12 0.00 0.02 0.14 0.31 0.30 0.09 0.24 0.45 0.11 0.14 0.32 0.46 0.24 0.00 0.04 0.23 0.33 0.77 0.39 0.43
O3' 0.34 0.21 0.02 0.01 0.13 0.02 0.07 0.21 0.09 0.09 0.13 0.25 0.12 0.13 0.11 0.04 0.00 0.25 0.23 0.50 0.17 0.27
O4' 0.00 0.27 0.02 0.01 0.14 0.00 0.07 0.02 0.14 0.16 0.22 0.26 0.10 0.08 0.01 0.23 0.25 0.00 0.09 0.20 0.36 0.11
O5' 0.10 0.20 0.43 0.09 0.21 0.02 0.32 0.01 0.33 0.34 0.28 0.16 0.39 0.40 0.17 0.33 0.23 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.48 0.48 0.80 0.19 0.50 0.20 0.53 0.36 0.52 0.56 0.49 0.47 0.53 0.56 0.52 0.77 0.50 0.20 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.17 0.42 0.07 0.17 0.32 0.35 0.40 0.39 0.31 0.28 0.13 0.51 0.49 0.12 0.39 0.17 0.36 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.11 0.51 0.06 0.10 0.05 0.19 0.02 0.21 0.17 0.16 0.10 0.28 0.26 0.08 0.43 0.27 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00