ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51328

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 12, 9, 3, 8, 10, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.009, 0.018, 0.026, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.018 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.016, 0.025, 0.034, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.025 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.024, 0.035, 0.046, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.035 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.016, 0.028, 0.040, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.028 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.012, 0.027, 0.042, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.027 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.022, 0.038, 0.055, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.038 std_dev=0.016
N2 A 0, 0.023, 0.040, 0.056, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.040 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.016, 0.034, 0.052, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.034 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.033, 0.058, 0.083, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.058 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.021, 0.052, 0.083, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.052 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.026, 0.062, 0.098, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.062 std_dev=0.036
O4' A 0, 0.068, 0.208, 0.348, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.208 std_dev=0.140
C2' A 0, 0.094, 0.263, 0.433, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.263 std_dev=0.169
C4' A 0, 0.218, 0.403, 0.588, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.403 std_dev=0.185
O2' A 0, 0.124, 0.310, 0.496, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.310 std_dev=0.186
P B 0, 0.566, 0.755, 0.944, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.755 std_dev=0.189
C3' A 0, 0.138, 0.385, 0.631, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.385 std_dev=0.247
OP2 B 0, 0.628, 0.920, 1.212, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.920 std_dev=0.292
C5' A 0, 0.424, 0.727, 1.030, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.727 std_dev=0.303
O5' A 0, 0.481, 0.851, 1.221, 1.665 max_d=1.665 avg_d=0.851 std_dev=0.370
O3' A 0, 0.230, 0.611, 0.991, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.611 std_dev=0.381
OP1 B 0, 0.376, 0.790, 1.204, 1.540 max_d=1.540 avg_d=0.790 std_dev=0.414
O5' B 0, 1.187, 1.828, 2.468, 2.862 max_d=2.862 avg_d=1.828 std_dev=0.641
P A 0, 0.644, 1.406, 2.168, 2.689 max_d=2.689 avg_d=1.406 std_dev=0.762
OP2 A 0, 0.757, 1.547, 2.336, 2.813 max_d=2.813 avg_d=1.547 std_dev=0.790
C5' B 0, 1.713, 2.525, 3.336, 3.895 max_d=3.895 avg_d=2.525 std_dev=0.812
OP1 A 0, 0.774, 1.787, 2.800, 3.386 max_d=3.386 avg_d=1.787 std_dev=1.013
C4' B 0, 1.736, 3.326, 4.916, 5.549 max_d=5.549 avg_d=3.326 std_dev=1.590
O3' B 0, 2.268, 3.897, 5.526, 6.000 max_d=6.000 avg_d=3.897 std_dev=1.629
C3' B 0, 2.229, 4.099, 5.968, 6.261 max_d=6.261 avg_d=4.099 std_dev=1.869
O4' B 0, 2.631, 4.694, 6.757, 6.594 max_d=6.594 avg_d=4.694 std_dev=2.063
C2' B 0, 2.953, 5.816, 8.679, 8.181 max_d=8.181 avg_d=5.816 std_dev=2.863
C1' B 0, 2.842, 5.721, 8.600, 7.965 max_d=7.965 avg_d=5.721 std_dev=2.879
O2' B 0, 3.836, 7.313, 10.789, 10.192 max_d=10.192 avg_d=7.313 std_dev=3.476
N9 B 0, 2.943, 6.587, 10.230, 10.472 max_d=10.472 avg_d=6.587 std_dev=3.643
C8 B 0, 2.674, 6.638, 10.602, 11.315 max_d=11.315 avg_d=6.638 std_dev=3.964
N3 B 0, 3.564, 7.956, 12.347, 12.612 max_d=12.612 avg_d=7.956 std_dev=4.392
C4 B 0, 3.186, 7.584, 11.982, 12.539 max_d=12.539 avg_d=7.584 std_dev=4.398
N7 B 0, 2.625, 7.581, 12.537, 13.746 max_d=13.746 avg_d=7.581 std_dev=4.956
C5 B 0, 2.952, 8.179, 13.407, 14.553 max_d=14.553 avg_d=8.179 std_dev=5.227
C2 B 0, 3.749, 8.995, 14.241, 14.958 max_d=14.958 avg_d=8.995 std_dev=5.246
N1 B 0, 3.509, 9.654, 15.799, 17.097 max_d=17.097 avg_d=9.654 std_dev=6.145
C6 B 0, 3.085, 9.269, 15.452, 16.957 max_d=16.957 avg_d=9.269 std_dev=6.184
N6 B 0, 2.835, 9.972, 17.108, 19.102 max_d=19.102 avg_d=9.972 std_dev=7.137

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.02 0.12 0.18 0.19
C2 0.03 0.00 0.13 0.12 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.17 0.05 0.17 0.01 0.24 0.38 0.33
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.02 0.05 0.07 0.09 0.16 0.13 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.05 0.08 0.10 0.08
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.07 0.10 0.10 0.15 0.11 0.09 0.04 0.02 0.01 0.02 0.05 0.08 0.15 0.07 0.05
C4 0.01 0.01 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.08 0.03 0.17 0.01 0.24 0.35 0.31
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.08 0.03 0.05 0.03 0.08 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.04 0.06
C5 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02 0.23 0.02 0.31 0.43 0.36
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.09 0.01 0.13 0.00 0.13 0.16 0.10 0.05 0.05 0.17 0.09 0.04 0.03 0.01 0.01 0.15 0.06 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.04 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.03 0.23 0.01 0.33 0.47 0.38
C8 0.01 0.01 0.07 0.10 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.11 0.04 0.23 0.02 0.28 0.35 0.32
N1 0.02 0.00 0.09 0.10 0.01 0.03 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.13 0.04 0.20 0.01 0.29 0.44 0.36
N2 0.03 0.00 0.16 0.15 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.21 0.06 0.15 0.02 0.23 0.37 0.32
N3 0.03 0.00 0.13 0.11 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.15 0.05 0.14 0.01 0.21 0.33 0.30
N7 0.01 0.01 0.06 0.09 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.10 0.03 0.26 0.02 0.35 0.45 0.38
N9 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.16 0.02 0.20 0.29 0.27
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.06 0.04 0.05 0.04 0.07 0.06 0.10 0.17 0.12 0.05 0.02 0.00 0.05 0.03 0.04 0.07 0.10 0.07 0.07
O3' 0.01 0.17 0.02 0.01 0.08 0.01 0.07 0.03 0.09 0.11 0.13 0.21 0.15 0.10 0.04 0.05 0.00 0.01 0.06 0.09 0.26 0.13 0.11
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.06 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.03 0.17 0.17 0.20
O5' 0.07 0.17 0.06 0.05 0.17 0.01 0.23 0.01 0.23 0.23 0.20 0.15 0.14 0.26 0.16 0.04 0.06 0.05 0.00 0.25 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.05 0.08 0.01 0.06 0.02 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.07 0.09 0.03 0.25 0.00 0.37 0.50 0.40
OP1 0.12 0.24 0.08 0.15 0.24 0.06 0.31 0.06 0.33 0.28 0.29 0.23 0.21 0.35 0.20 0.10 0.26 0.17 0.02 0.37 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.38 0.10 0.07 0.35 0.04 0.43 0.02 0.47 0.35 0.44 0.37 0.33 0.45 0.29 0.07 0.13 0.17 0.02 0.50 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.33 0.08 0.05 0.31 0.06 0.36 0.02 0.38 0.32 0.36 0.32 0.30 0.38 0.27 0.07 0.11 0.20 0.01 0.40 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.89 4.12 1.14 0.64 3.62 0.89 4.49 1.00 5.16 3.42 4.90 3.44 5.95 4.41 2.94 0.87 0.54 1.71 0.29 0.16 0.09 0.09
C2 1.52 2.83 1.00 0.56 2.72 0.81 3.33 1.01 3.59 2.85 3.32 2.47 3.99 3.48 2.35 0.80 0.46 1.39 0.23 0.11 0.12 0.11
C2' 2.00 4.24 1.16 0.77 3.70 0.96 4.54 0.99 5.24 3.43 5.01 3.56 6.02 4.40 3.00 0.82 0.66 1.85 0.45 0.14 0.12 0.12
C3' 2.04 4.35 1.21 0.78 3.76 0.98 4.60 1.00 5.34 3.47 5.14 3.63 6.17 4.45 3.05 0.88 0.65 1.88 0.47 0.14 0.15 0.15
C4 1.71 3.41 1.16 0.63 3.15 0.84 3.90 0.98 4.33 3.16 4.04 2.91 4.92 3.98 2.65 0.98 0.48 1.51 0.25 0.14 0.07 0.08
C4' 2.00 4.45 1.19 0.68 3.82 0.91 4.72 1.00 5.52 3.53 5.31 3.68 6.41 4.56 3.07 0.89 0.56 1.79 0.34 0.14 0.08 0.09
C5 1.62 3.09 1.23 0.67 2.88 0.79 3.57 0.91 3.94 2.95 3.66 2.65 4.48 3.68 2.45 1.16 0.47 1.35 0.24 0.16 0.09 0.09
C5' 2.01 4.46 1.26 0.70 3.82 0.92 4.73 1.02 5.54 3.56 5.33 3.68 6.45 4.59 3.08 1.02 0.56 1.77 0.34 0.15 0.13 0.12
C6 1.44 2.59 1.23 0.68 2.47 0.74 3.04 0.85 3.30 2.62 3.05 2.25 3.73 3.19 2.15 1.20 0.46 1.16 0.23 0.16 0.10 0.10
C8 1.79 3.65 1.26 0.68 3.28 0.84 4.08 0.94 4.61 3.23 4.34 3.07 5.31 4.10 2.73 1.16 0.49 1.52 0.26 0.18 0.08 0.08
N1 1.39 2.45 1.10 0.61 2.38 0.75 2.91 0.92 3.12 2.55 2.88 2.15 3.49 3.07 2.09 1.02 0.43 1.18 0.22 0.11 0.07 0.08
N2 1.41 2.59 0.83 0.51 2.53 0.81 3.08 1.06 3.26 2.69 3.01 2.28 3.58 3.23 2.21 0.57 0.50 1.38 0.23 0.14 0.21 0.16
N3 1.69 3.35 1.06 0.60 3.13 0.85 3.86 1.03 4.24 3.14 3.95 2.88 4.76 3.94 2.63 0.81 0.51 1.55 0.26 0.12 0.11 0.11
N7 1.67 3.28 1.30 0.70 3.00 0.79 3.72 0.89 4.16 3.03 3.89 2.79 4.78 3.80 2.53 1.26 0.48 1.38 0.24 0.19 0.10 0.10
N9 1.81 3.76 1.19 0.65 3.39 0.86 4.21 0.99 4.76 3.31 4.47 3.17 5.46 4.22 2.80 1.00 0.50 1.60 0.27 0.15 0.07 0.08
O2' 2.04 4.46 1.18 0.80 3.82 0.96 4.67 0.95 5.46 3.44 5.27 3.72 6.29 4.44 3.06 0.83 0.72 1.90 0.46 0.18 0.15 0.14
O3' 2.18 4.57 1.28 0.90 3.89 1.08 4.71 1.02 5.50 3.51 5.36 3.82 6.33 4.48 3.15 0.95 0.76 2.02 0.58 0.16 0.20 0.20
O4' 1.93 4.29 1.20 0.62 3.72 0.89 4.64 1.01 5.39 3.50 5.14 3.55 6.25 4.53 3.00 0.98 0.52 1.70 0.24 0.16 0.09 0.10
O5' 1.97 4.23 1.33 0.77 3.67 0.95 4.55 1.05 5.28 3.48 5.05 3.50 6.14 4.46 2.99 1.17 0.63 1.71 0.40 0.23 0.25 0.23
O6 1.32 2.26 1.29 0.74 2.17 0.68 2.66 0.75 2.88 2.32 2.66 1.97 3.26 2.80 1.91 1.35 0.50 0.97 0.25 0.20 0.16 0.14
OP1 1.91 4.29 1.32 0.73 3.67 0.88 4.59 1.00 5.38 3.47 5.16 3.51 6.29 4.48 2.97 1.21 0.63 1.61 0.36 0.31 0.30 0.26
OP2 1.83 3.82 1.46 0.90 3.36 0.97 4.19 1.08 4.84 3.26 4.60 3.17 5.65 4.17 2.76 1.45 0.78 1.50 0.51 0.46 0.48 0.43
P 1.83 4.04 1.34 0.76 3.50 0.90 4.39 1.03 5.12 3.34 4.88 3.32 5.99 4.32 2.83 1.30 0.69 1.51 0.38 0.38 0.36 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.14 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.34 0.00 0.32 0.26 0.51 0.24
C2 0.02 0.00 0.30 0.21 0.01 0.20 0.01 0.39 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.47 0.37 0.33 0.56 0.23 1.12 0.53
C2' 0.00 0.30 0.00 0.00 0.15 0.01 0.06 0.27 0.12 0.19 0.23 0.30 0.08 0.12 0.02 0.00 0.03 0.01 0.10 0.26 0.39 0.25
C3' 0.02 0.21 0.00 0.00 0.23 0.00 0.32 0.02 0.31 0.36 0.26 0.18 0.35 0.39 0.22 0.02 0.01 0.02 0.12 0.15 0.20 0.12
C4 0.01 0.01 0.15 0.23 0.00 0.11 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.29 0.20 0.18 0.62 0.31 1.12 0.54
C4' 0.00 0.20 0.01 0.00 0.11 0.00 0.08 0.01 0.11 0.13 0.16 0.19 0.09 0.10 0.05 0.34 0.03 0.00 0.02 0.18 0.20 0.04
C5 0.01 0.01 0.06 0.32 0.00 0.08 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.30 0.11 0.08 0.79 0.41 1.43 0.71
C5' 0.14 0.39 0.27 0.02 0.29 0.01 0.25 0.00 0.31 0.13 0.37 0.36 0.28 0.16 0.19 0.08 0.24 0.02 0.01 0.35 0.35 0.01
C6 0.02 0.01 0.12 0.31 0.01 0.11 0.01 0.31 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.34 0.15 0.15 0.79 0.39 1.52 0.74
C8 0.01 0.01 0.19 0.36 0.00 0.13 0.01 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.35 0.19 0.19 0.85 0.50 1.31 0.72
N1 0.02 0.00 0.23 0.26 0.01 0.16 0.01 0.37 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.40 0.25 0.25 0.68 0.30 1.36 0.65
N3 0.02 0.00 0.30 0.18 0.00 0.19 0.00 0.36 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.45 0.40 0.33 0.50 0.21 0.96 0.44
N6 0.03 0.01 0.08 0.35 0.02 0.09 0.02 0.28 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.35 0.16 0.11 0.87 0.46 1.72 0.84
N7 0.01 0.01 0.12 0.39 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.35 0.21 0.11 0.91 0.52 1.58 0.83
N9 0.01 0.01 0.02 0.22 0.00 0.05 0.01 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.19 0.11 0.02 0.61 0.35 0.98 0.49
O2' 0.02 0.47 0.00 0.02 0.29 0.34 0.30 0.08 0.34 0.35 0.40 0.45 0.35 0.35 0.19 0.00 0.05 0.23 0.09 0.12 0.33 0.18
O3' 0.34 0.37 0.03 0.01 0.20 0.03 0.11 0.24 0.15 0.19 0.25 0.40 0.16 0.21 0.11 0.05 0.00 0.29 0.19 0.51 0.25 0.23
O4' 0.00 0.33 0.01 0.02 0.18 0.00 0.08 0.02 0.15 0.19 0.25 0.33 0.11 0.11 0.02 0.23 0.29 0.00 0.41 0.41 0.49 0.40
O5' 0.32 0.56 0.10 0.12 0.62 0.02 0.79 0.01 0.79 0.85 0.68 0.50 0.87 0.91 0.61 0.09 0.19 0.41 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.26 0.23 0.26 0.15 0.31 0.18 0.41 0.35 0.39 0.50 0.30 0.21 0.46 0.52 0.35 0.12 0.51 0.41 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.51 1.12 0.39 0.20 1.12 0.20 1.43 0.35 1.52 1.31 1.36 0.96 1.72 1.58 0.98 0.33 0.25 0.49 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.53 0.25 0.12 0.54 0.04 0.71 0.01 0.74 0.72 0.65 0.44 0.84 0.83 0.49 0.18 0.23 0.40 0.00 0.01 0.01 0.00