ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51329

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 7, 6, 4, 4, 3, 4, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.007, 0.018, 0.030, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.006, 0.019, 0.031, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N2 A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.003, 0.018, 0.034, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.018 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.008, 0.024, 0.041, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.024 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.016, 0.034, 0.053, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.034 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.010, 0.030, 0.049, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.030 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.014, 0.042, 0.069, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.042 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.018, 0.052, 0.085, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.052 std_dev=0.034
P B 0, 0.114, 0.305, 0.497, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.305 std_dev=0.192
OP2 B 0, 0.128, 0.332, 0.536, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.332 std_dev=0.204
C2' A 0, -0.039, 0.169, 0.376, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.169 std_dev=0.207
O4' A 0, -0.071, 0.147, 0.364, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.147 std_dev=0.218
O2' A 0, -0.066, 0.227, 0.519, 1.692 max_d=1.692 avg_d=0.227 std_dev=0.293
OP1 B 0, 0.167, 0.464, 0.761, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.464 std_dev=0.297
C4' A 0, -0.126, 0.255, 0.635, 2.066 max_d=2.066 avg_d=0.255 std_dev=0.381
C3' A 0, -0.103, 0.287, 0.677, 2.142 max_d=2.142 avg_d=0.287 std_dev=0.390
O5' B 0, 0.010, 0.419, 0.828, 2.120 max_d=2.120 avg_d=0.419 std_dev=0.409
C5' A 0, -0.132, 0.368, 0.868, 2.583 max_d=2.583 avg_d=0.368 std_dev=0.500
O3' A 0, -0.155, 0.440, 1.034, 3.260 max_d=3.260 avg_d=0.440 std_dev=0.595
C3' B 0, 0.049, 0.705, 1.362, 2.366 max_d=2.366 avg_d=0.705 std_dev=0.656
C5' B 0, 0.099, 0.831, 1.563, 2.946 max_d=2.946 avg_d=0.831 std_dev=0.732
C4' B 0, 0.070, 0.810, 1.551, 2.281 max_d=2.281 avg_d=0.810 std_dev=0.741
O3' B 0, 0.046, 0.788, 1.530, 2.474 max_d=2.474 avg_d=0.788 std_dev=0.742
O4' B 0, 0.087, 0.869, 1.651, 2.732 max_d=2.732 avg_d=0.869 std_dev=0.782
O5' A 0, -0.354, 0.432, 1.218, 4.452 max_d=4.452 avg_d=0.432 std_dev=0.786
C2' B 0, 0.099, 1.035, 1.971, 2.752 max_d=2.752 avg_d=1.035 std_dev=0.936
C1' B 0, 0.080, 1.075, 2.070, 3.109 max_d=3.109 avg_d=1.075 std_dev=0.995
C8 B 0, 0.020, 1.086, 2.153, 4.330 max_d=4.330 avg_d=1.086 std_dev=1.067
N9 B 0, 0.047, 1.144, 2.241, 3.768 max_d=3.768 avg_d=1.144 std_dev=1.097
P A 0, -0.584, 0.591, 1.767, 6.593 max_d=6.593 avg_d=0.591 std_dev=1.176
O2' B 0, 0.142, 1.350, 2.557, 3.755 max_d=3.755 avg_d=1.350 std_dev=1.207
OP1 A 0, -0.694, 0.722, 2.139, 7.889 max_d=7.889 avg_d=0.722 std_dev=1.417
N7 B 0, -0.036, 1.386, 2.807, 4.698 max_d=4.698 avg_d=1.386 std_dev=1.421
C4 B 0, -0.001, 1.476, 2.952, 3.972 max_d=3.972 avg_d=1.476 std_dev=1.476
OP2 A 0, -0.830, 0.715, 2.260, 8.785 max_d=8.785 avg_d=0.715 std_dev=1.545
C5 B 0, -0.051, 1.582, 3.214, 4.394 max_d=4.394 avg_d=1.582 std_dev=1.633
N3 B 0, -0.028, 1.735, 3.499, 4.765 max_d=4.765 avg_d=1.735 std_dev=1.764
C6 B 0, -0.124, 1.937, 3.999, 5.231 max_d=5.231 avg_d=1.937 std_dev=2.061
C2 B 0, -0.097, 2.028, 4.154, 5.575 max_d=5.575 avg_d=2.028 std_dev=2.125
N1 B 0, -0.146, 2.127, 4.400, 5.838 max_d=5.838 avg_d=2.127 std_dev=2.273
N6 B 0, -0.178, 2.156, 4.490, 5.785 max_d=5.785 avg_d=2.156 std_dev=2.334

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.14 0.00 0.16 0.02 0.11 0.24 0.13
C2 0.03 0.00 0.16 0.13 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.22 0.12 0.26 0.01 0.19 0.50 0.25
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.10 0.01 0.07 0.08 0.11 0.06 0.14 0.19 0.15 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.10 0.12 0.09 0.05
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.12 0.00 0.17 0.02 0.18 0.17 0.16 0.13 0.11 0.19 0.11 0.01 0.00 0.01 0.07 0.20 0.12 0.10 0.08
C4 0.02 0.00 0.10 0.12 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.13 0.06 0.33 0.01 0.14 0.57 0.33
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.05 0.13 0.05 0.10 0.07 0.11 0.05 0.12 0.02 0.00 0.01 0.06 0.18 0.05 0.06
C5 0.01 0.01 0.07 0.17 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.11 0.03 0.45 0.01 0.26 0.80 0.50
C5' 0.03 0.08 0.08 0.02 0.06 0.00 0.09 0.00 0.09 0.15 0.07 0.10 0.07 0.15 0.06 0.04 0.09 0.01 0.01 0.11 0.05 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.11 0.18 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.14 0.06 0.44 0.01 0.25 0.84 0.50
C8 0.01 0.01 0.06 0.17 0.00 0.13 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.16 0.10 0.07 0.51 0.01 0.35 0.80 0.56
N1 0.03 0.00 0.14 0.16 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.18 0.10 0.35 0.01 0.17 0.68 0.37
N2 0.03 0.00 0.19 0.13 0.01 0.10 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.27 0.14 0.20 0.01 0.27 0.41 0.18
N3 0.03 0.00 0.15 0.11 0.00 0.07 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.22 0.11 0.23 0.01 0.19 0.42 0.21
N7 0.01 0.01 0.05 0.19 0.01 0.11 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.12 0.04 0.54 0.01 0.41 0.95 0.64
N9 0.01 0.01 0.03 0.11 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.07 0.01 0.34 0.01 0.14 0.53 0.33
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.07 0.12 0.11 0.04 0.11 0.16 0.10 0.15 0.10 0.16 0.08 0.00 0.04 0.09 0.05 0.13 0.09 0.06 0.04
O3' 0.14 0.22 0.02 0.00 0.13 0.02 0.11 0.09 0.14 0.10 0.18 0.27 0.22 0.12 0.07 0.04 0.00 0.10 0.12 0.16 0.19 0.18 0.14
O4' 0.00 0.12 0.01 0.01 0.06 0.00 0.03 0.01 0.06 0.07 0.10 0.14 0.11 0.04 0.01 0.09 0.10 0.00 0.16 0.05 0.14 0.20 0.11
O5' 0.16 0.26 0.05 0.07 0.33 0.01 0.45 0.01 0.44 0.51 0.35 0.20 0.23 0.54 0.34 0.05 0.12 0.16 0.00 0.50 0.02 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.10 0.20 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.16 0.05 0.50 0.00 0.34 0.97 0.59
OP1 0.11 0.19 0.12 0.12 0.14 0.18 0.26 0.05 0.25 0.35 0.17 0.27 0.19 0.41 0.14 0.09 0.19 0.14 0.02 0.34 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.50 0.09 0.10 0.57 0.05 0.80 0.01 0.84 0.80 0.68 0.41 0.42 0.95 0.53 0.06 0.18 0.20 0.01 0.97 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.25 0.05 0.08 0.33 0.06 0.50 0.01 0.50 0.56 0.37 0.18 0.21 0.64 0.33 0.04 0.14 0.11 0.00 0.59 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.71 1.99 0.64 0.26 1.40 0.30 1.57 0.45 2.05 0.80 2.22 1.61 2.32 1.16 0.95 0.65 0.15 0.40 0.12 0.16 0.18 0.15
C2 0.52 1.41 0.48 0.21 1.13 0.23 1.35 0.41 1.59 0.82 1.59 1.18 1.73 1.18 0.80 0.40 0.13 0.27 0.12 0.14 0.18 0.14
C2' 0.78 2.11 0.73 0.38 1.46 0.29 1.59 0.36 2.13 0.78 2.34 1.71 2.40 1.12 0.99 0.76 0.33 0.43 0.19 0.25 0.27 0.24
C3' 0.73 2.08 0.66 0.28 1.40 0.30 1.53 0.42 2.06 0.73 2.30 1.67 2.33 1.05 0.93 0.70 0.19 0.41 0.16 0.26 0.27 0.25
C4 0.63 1.73 0.55 0.23 1.32 0.26 1.56 0.40 1.93 0.89 1.97 1.42 2.19 1.31 0.92 0.50 0.13 0.33 0.11 0.15 0.15 0.14
C4' 0.74 2.06 0.65 0.28 1.39 0.38 1.51 0.54 2.03 0.76 2.28 1.66 2.28 1.07 0.94 0.69 0.14 0.45 0.20 0.18 0.19 0.19
C5 0.57 1.64 0.49 0.20 1.27 0.22 1.55 0.34 1.90 0.94 1.89 1.33 2.17 1.37 0.90 0.40 0.10 0.29 0.10 0.18 0.12 0.15
C5' 0.73 2.06 0.64 0.28 1.40 0.37 1.54 0.52 2.05 0.79 2.28 1.65 2.30 1.12 0.95 0.66 0.16 0.44 0.20 0.19 0.17 0.18
C6 0.48 1.42 0.40 0.17 1.15 0.18 1.43 0.29 1.71 0.92 1.67 1.16 1.96 1.34 0.82 0.29 0.11 0.22 0.10 0.19 0.11 0.16
C8 0.67 1.88 0.57 0.23 1.39 0.26 1.64 0.38 2.08 0.94 2.14 1.52 2.39 1.36 0.97 0.52 0.11 0.36 0.10 0.18 0.13 0.14
N1 0.45 1.31 0.39 0.17 1.07 0.19 1.32 0.33 1.55 0.86 1.51 1.07 1.74 1.24 0.77 0.28 0.11 0.21 0.11 0.16 0.15 0.16
N2 0.47 1.22 0.46 0.21 0.99 0.24 1.13 0.45 1.30 0.68 1.33 1.04 1.35 0.96 0.71 0.39 0.16 0.27 0.13 0.16 0.20 0.14
N3 0.61 1.65 0.56 0.24 1.27 0.27 1.48 0.44 1.81 0.83 1.85 1.37 1.99 1.21 0.88 0.52 0.15 0.34 0.11 0.14 0.18 0.14
N7 0.61 1.74 0.51 0.21 1.33 0.22 1.61 0.33 2.00 0.96 2.02 1.41 2.31 1.40 0.94 0.43 0.10 0.31 0.09 0.20 0.11 0.15
N9 0.68 1.89 0.60 0.25 1.39 0.28 1.61 0.42 2.05 0.89 2.14 1.54 2.34 1.29 0.96 0.57 0.13 0.38 0.11 0.16 0.15 0.14
O2' 0.81 2.19 0.79 0.42 1.46 0.32 1.52 0.40 2.08 0.71 2.39 1.78 2.30 0.98 0.97 0.85 0.36 0.45 0.17 0.20 0.24 0.20
O3' 0.78 2.11 0.69 0.34 1.38 0.47 1.44 0.62 1.98 0.67 2.30 1.70 2.19 0.93 0.92 0.77 0.25 0.53 0.29 0.30 0.30 0.31
O4' 0.74 2.00 0.65 0.30 1.39 0.41 1.54 0.58 2.03 0.82 2.22 1.62 2.28 1.14 0.95 0.66 0.17 0.47 0.26 0.18 0.19 0.20
O5' 0.69 2.00 0.62 0.28 1.39 0.24 1.57 0.32 2.07 0.83 2.25 1.60 2.35 1.20 0.95 0.61 0.22 0.37 0.19 0.40 0.37 0.35
O6 0.41 1.32 0.33 0.14 1.08 0.15 1.38 0.23 1.64 0.92 1.58 1.06 1.91 1.33 0.78 0.20 0.12 0.18 0.10 0.24 0.08 0.17
OP1 0.80 2.05 0.72 0.50 1.44 0.57 1.60 0.68 2.08 0.92 2.28 1.65 2.35 1.25 1.02 0.71 0.45 0.59 0.38 0.30 0.25 0.29
OP2 0.67 1.91 0.60 0.38 1.36 0.30 1.59 0.29 2.06 0.89 2.18 1.52 2.37 1.29 0.94 0.56 0.38 0.41 0.45 0.77 0.69 0.67
P 0.67 1.97 0.58 0.27 1.38 0.27 1.58 0.36 2.06 0.85 2.23 1.57 2.36 1.23 0.94 0.56 0.21 0.37 0.20 0.44 0.38 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.23 0.19 0.29 0.19
C2 0.03 0.00 0.15 0.15 0.01 0.06 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.22 0.03 0.46 0.52 0.82 0.56
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.10 0.03 0.09 0.03 0.12 0.04 0.14 0.14 0.12 0.06 0.04 0.00 0.02 0.01 0.17 0.21 0.24 0.16
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.10 0.00 0.10 0.04 0.12 0.09 0.15 0.13 0.13 0.09 0.06 0.01 0.01 0.04 0.12 0.24 0.15 0.13
C4 0.02 0.01 0.10 0.10 0.00 0.06 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.13 0.13 0.02 0.47 0.51 0.75 0.54
C4' 0.01 0.06 0.03 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.09 0.17 0.06 0.06 0.12 0.16 0.08 0.08 0.02 0.00 0.02 0.13 0.08 0.10
C5 0.02 0.01 0.09 0.10 0.00 0.10 0.00 0.35 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.13 0.03 0.58 0.69 0.96 0.72
C5' 0.07 0.18 0.03 0.04 0.23 0.00 0.35 0.00 0.34 0.40 0.26 0.14 0.40 0.44 0.24 0.10 0.03 0.02 0.01 0.23 0.13 0.01
C6 0.02 0.01 0.12 0.12 0.01 0.09 0.01 0.34 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.18 0.04 0.60 0.76 1.06 0.78
C8 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.17 0.00 0.40 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.04 0.57 0.61 0.77 0.64
N1 0.03 0.00 0.14 0.15 0.01 0.06 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.22 0.03 0.55 0.67 0.98 0.69
N3 0.04 0.00 0.14 0.13 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.18 0.03 0.40 0.42 0.68 0.46
N6 0.02 0.01 0.12 0.13 0.01 0.12 0.01 0.40 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.18 0.04 0.65 0.88 1.18 0.88
N7 0.01 0.01 0.06 0.09 0.01 0.16 0.00 0.44 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.10 0.05 0.63 0.77 1.01 0.79
N9 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.08 0.01 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.06 0.02 0.43 0.42 0.59 0.45
O2' 0.02 0.22 0.00 0.01 0.13 0.08 0.12 0.10 0.16 0.03 0.20 0.19 0.16 0.06 0.05 0.00 0.03 0.05 0.06 0.19 0.10 0.11
O3' 0.01 0.22 0.02 0.01 0.13 0.02 0.13 0.03 0.18 0.09 0.22 0.18 0.18 0.10 0.06 0.03 0.00 0.01 0.10 0.21 0.12 0.10
O4' 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.05 0.01 0.00 0.16 0.15 0.11 0.09
O5' 0.23 0.46 0.17 0.12 0.47 0.02 0.58 0.01 0.60 0.57 0.55 0.40 0.65 0.63 0.43 0.06 0.10 0.16 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.19 0.52 0.21 0.24 0.51 0.13 0.69 0.23 0.76 0.61 0.67 0.42 0.88 0.77 0.42 0.19 0.21 0.15 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.29 0.82 0.24 0.15 0.75 0.08 0.96 0.13 1.06 0.77 0.98 0.68 1.18 1.01 0.59 0.10 0.12 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.56 0.16 0.13 0.54 0.10 0.72 0.01 0.78 0.64 0.69 0.46 0.88 0.79 0.45 0.11 0.10 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00