ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51330

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 3, 0, 2, 5, 5, 0, 0, 6, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.013, 0.030, 0.046, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.030 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.002, 0.021, 0.041, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.021 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.009, 0.031, 0.053, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.031 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.015, 0.038, 0.061, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.038 std_dev=0.023
C2 A 0, -0.008, 0.015, 0.039, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.015 std_dev=0.024
N3 A 0, -0.002, 0.022, 0.046, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.022 std_dev=0.024
C1' A 0, -0.003, 0.024, 0.050, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.024 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.035, 0.063, 0.091, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.063 std_dev=0.028
O6 A 0, 0.025, 0.054, 0.083, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.054 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.037, 0.070, 0.103, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.070 std_dev=0.033
N2 A 0, -0.015, 0.037, 0.089, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.037 std_dev=0.052
O4' A 0, 0.095, 0.214, 0.332, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.214 std_dev=0.119
C2' A 0, 0.144, 0.276, 0.408, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.276 std_dev=0.132
O2' A 0, 0.199, 0.363, 0.527, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.363 std_dev=0.164
C4' A 0, 0.177, 0.358, 0.540, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.358 std_dev=0.181
C3' A 0, 0.217, 0.409, 0.600, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.409 std_dev=0.191
O5' B 0, 0.390, 0.664, 0.938, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.664 std_dev=0.274
O5' A 0, 0.424, 0.699, 0.974, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.699 std_dev=0.275
C5' A 0, 0.320, 0.606, 0.893, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.606 std_dev=0.287
O3' A 0, 0.301, 0.605, 0.908, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.605 std_dev=0.303
P B 0, 0.263, 0.571, 0.878, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.571 std_dev=0.307
OP2 B 0, 0.226, 0.545, 0.864, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.545 std_dev=0.319
C5' B 0, 0.542, 0.939, 1.337, 1.769 max_d=1.769 avg_d=0.939 std_dev=0.397
P A 0, 0.661, 1.113, 1.565, 1.654 max_d=1.654 avg_d=1.113 std_dev=0.452
C4' B 0, 0.616, 1.131, 1.645, 2.230 max_d=2.230 avg_d=1.131 std_dev=0.514
OP1 A 0, 0.774, 1.306, 1.838, 2.111 max_d=2.111 avg_d=1.306 std_dev=0.532
OP1 B 0, 0.261, 0.799, 1.337, 1.764 max_d=1.764 avg_d=0.799 std_dev=0.538
OP2 A 0, 0.743, 1.286, 1.829, 2.040 max_d=2.040 avg_d=1.286 std_dev=0.543
C3' B 0, 0.613, 1.172, 1.731, 2.666 max_d=2.666 avg_d=1.172 std_dev=0.559
O3' B 0, 0.651, 1.316, 1.981, 2.788 max_d=2.788 avg_d=1.316 std_dev=0.665
O4' B 0, 0.540, 1.295, 2.050, 3.216 max_d=3.216 avg_d=1.295 std_dev=0.755
C2' B 0, 0.610, 1.493, 2.377, 3.872 max_d=3.872 avg_d=1.493 std_dev=0.883
C8 B 0, 0.232, 1.209, 2.185, 3.596 max_d=3.596 avg_d=1.209 std_dev=0.977
C1' B 0, 0.447, 1.445, 2.442, 3.955 max_d=3.955 avg_d=1.445 std_dev=0.998
N9 B 0, 0.297, 1.356, 2.415, 3.853 max_d=3.853 avg_d=1.356 std_dev=1.059
O2' B 0, 0.661, 1.792, 2.922, 4.534 max_d=4.534 avg_d=1.792 std_dev=1.131
N7 B 0, 0.114, 1.320, 2.526, 4.270 max_d=4.270 avg_d=1.320 std_dev=1.206
C4 B 0, 0.197, 1.519, 2.841, 4.554 max_d=4.554 avg_d=1.519 std_dev=1.322
C5 B 0, 0.057, 1.458, 2.860, 4.792 max_d=4.792 avg_d=1.458 std_dev=1.401
N3 B 0, 0.266, 1.790, 3.315, 5.556 max_d=5.556 avg_d=1.790 std_dev=1.525
C6 B 0, -0.019, 1.670, 3.359, 5.693 max_d=5.693 avg_d=1.670 std_dev=1.689
C2 B 0, 0.114, 1.894, 3.673, 6.033 max_d=6.033 avg_d=1.894 std_dev=1.780
N6 B 0, 0.074, 1.858, 3.643, 6.234 max_d=6.234 avg_d=1.858 std_dev=1.784
N1 B 0, -0.045, 1.830, 3.705, 6.170 max_d=6.170 avg_d=1.830 std_dev=1.875

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.08 0.06 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.07 0.02 0.06 0.12 0.07
C2 0.06 0.00 0.19 0.16 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.21 0.23 0.08 0.16 0.01 0.19 0.31 0.22
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.11 0.02 0.08 0.01 0.11 0.09 0.16 0.23 0.18 0.07 0.03 0.00 0.03 0.01 0.06 0.10 0.11 0.12 0.07
C3' 0.02 0.16 0.00 0.00 0.11 0.00 0.10 0.02 0.12 0.12 0.15 0.20 0.15 0.11 0.07 0.02 0.01 0.02 0.06 0.12 0.12 0.12 0.08
C4 0.02 0.01 0.11 0.11 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.13 0.05 0.16 0.02 0.19 0.27 0.20
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.04 0.08 0.05 0.08 0.03 0.05 0.02 0.00 0.02 0.07 0.06 0.05 0.02
C5 0.01 0.01 0.08 0.10 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.13 0.04 0.21 0.01 0.26 0.34 0.26
C5' 0.02 0.10 0.01 0.02 0.10 0.01 0.13 0.00 0.14 0.13 0.12 0.10 0.08 0.16 0.08 0.05 0.04 0.01 0.01 0.17 0.07 0.04 0.02
C6 0.03 0.01 0.11 0.12 0.01 0.05 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.17 0.05 0.22 0.01 0.29 0.38 0.29
C8 0.03 0.01 0.09 0.12 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.15 0.06 0.19 0.03 0.22 0.26 0.21
N1 0.04 0.00 0.16 0.15 0.02 0.04 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.21 0.07 0.20 0.01 0.25 0.36 0.27
N2 0.08 0.00 0.23 0.20 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.26 0.28 0.10 0.15 0.02 0.18 0.30 0.22
N3 0.06 0.01 0.18 0.15 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.20 0.20 0.08 0.14 0.02 0.16 0.26 0.19
N7 0.02 0.01 0.07 0.11 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.15 0.05 0.22 0.03 0.29 0.35 0.28
N9 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.02 0.14 0.02 0.15 0.21 0.16
O2' 0.02 0.21 0.00 0.02 0.10 0.05 0.08 0.05 0.12 0.07 0.17 0.26 0.20 0.06 0.02 0.00 0.06 0.04 0.04 0.11 0.09 0.09 0.05
O3' 0.03 0.23 0.03 0.01 0.13 0.02 0.13 0.04 0.17 0.15 0.21 0.28 0.20 0.15 0.07 0.06 0.00 0.02 0.09 0.17 0.17 0.16 0.13
O4' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.07 0.10 0.08 0.05 0.02 0.04 0.02 0.00 0.06 0.05 0.07 0.10 0.08
O5' 0.07 0.16 0.06 0.06 0.16 0.02 0.21 0.01 0.22 0.19 0.20 0.15 0.14 0.22 0.14 0.04 0.09 0.06 0.00 0.25 0.02 0.03 0.01
O6 0.02 0.01 0.10 0.12 0.02 0.07 0.01 0.17 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.11 0.17 0.05 0.25 0.00 0.34 0.43 0.33
OP1 0.06 0.19 0.11 0.12 0.19 0.06 0.26 0.07 0.29 0.22 0.25 0.18 0.16 0.29 0.15 0.09 0.17 0.07 0.02 0.34 0.00 0.02 0.01
OP2 0.12 0.31 0.12 0.12 0.27 0.05 0.34 0.04 0.38 0.26 0.36 0.30 0.26 0.35 0.21 0.09 0.16 0.10 0.03 0.43 0.02 0.00 0.01
P 0.07 0.22 0.07 0.08 0.20 0.02 0.26 0.02 0.29 0.21 0.27 0.22 0.19 0.28 0.16 0.05 0.13 0.08 0.01 0.33 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.80 1.59 0.72 0.45 1.23 0.34 1.33 0.32 1.61 0.89 1.71 1.37 1.74 1.11 0.96 0.72 0.44 0.60 0.31 0.21 0.24 0.19
C2 0.58 1.07 0.52 0.37 0.91 0.27 0.99 0.29 1.11 0.72 1.14 0.96 1.16 0.89 0.73 0.47 0.39 0.46 0.29 0.22 0.26 0.21
C2' 0.87 1.66 0.77 0.51 1.28 0.46 1.38 0.45 1.67 0.95 1.79 1.42 1.82 1.17 1.02 0.79 0.46 0.71 0.42 0.31 0.33 0.32
C3' 0.89 1.68 0.77 0.51 1.30 0.48 1.40 0.49 1.70 0.98 1.82 1.44 1.86 1.18 1.04 0.79 0.46 0.74 0.43 0.33 0.30 0.33
C4 0.69 1.36 0.60 0.39 1.11 0.29 1.23 0.30 1.44 0.86 1.48 1.18 1.55 1.09 0.88 0.56 0.39 0.53 0.28 0.19 0.22 0.18
C4' 0.85 1.69 0.75 0.47 1.28 0.39 1.38 0.37 1.68 0.93 1.82 1.44 1.84 1.15 1.00 0.77 0.44 0.67 0.34 0.22 0.23 0.22
C5 0.65 1.30 0.54 0.35 1.08 0.28 1.23 0.30 1.43 0.88 1.45 1.13 1.58 1.12 0.86 0.47 0.36 0.51 0.28 0.20 0.20 0.19
C5' 0.84 1.69 0.74 0.48 1.28 0.39 1.39 0.38 1.69 0.94 1.83 1.43 1.86 1.16 1.00 0.75 0.47 0.66 0.33 0.22 0.19 0.20
C6 0.56 1.13 0.45 0.31 0.96 0.25 1.11 0.28 1.27 0.82 1.26 0.97 1.40 1.05 0.77 0.37 0.34 0.45 0.27 0.21 0.20 0.21
C8 0.74 1.52 0.63 0.39 1.21 0.31 1.36 0.31 1.62 0.93 1.68 1.30 1.80 1.19 0.95 0.58 0.38 0.57 0.28 0.20 0.19 0.17
N1 0.52 1.01 0.43 0.31 0.87 0.24 0.99 0.28 1.11 0.73 1.11 0.88 1.19 0.92 0.70 0.37 0.35 0.42 0.27 0.21 0.23 0.21
N2 0.53 0.91 0.50 0.38 0.77 0.28 0.82 0.30 0.90 0.61 0.94 0.83 0.92 0.74 0.63 0.47 0.43 0.42 0.31 0.27 0.29 0.23
N3 0.67 1.27 0.61 0.41 1.04 0.29 1.13 0.29 1.29 0.79 1.35 1.12 1.35 0.99 0.83 0.58 0.43 0.51 0.29 0.20 0.25 0.19
N7 0.69 1.41 0.56 0.36 1.15 0.29 1.32 0.31 1.56 0.93 1.58 1.21 1.73 1.19 0.91 0.50 0.36 0.54 0.28 0.22 0.18 0.18
N9 0.75 1.51 0.66 0.42 1.19 0.31 1.32 0.31 1.57 0.89 1.64 1.30 1.71 1.13 0.93 0.63 0.41 0.56 0.29 0.19 0.21 0.18
O2' 0.91 1.72 0.82 0.54 1.30 0.49 1.37 0.46 1.68 0.94 1.83 1.48 1.81 1.13 1.03 0.87 0.50 0.73 0.46 0.35 0.38 0.35
O3' 0.97 1.75 0.84 0.58 1.34 0.59 1.42 0.58 1.73 1.02 1.88 1.50 1.89 1.20 1.09 0.88 0.51 0.84 0.52 0.41 0.37 0.41
O4' 0.80 1.63 0.72 0.45 1.24 0.33 1.34 0.30 1.63 0.89 1.75 1.39 1.77 1.11 0.96 0.73 0.45 0.60 0.29 0.18 0.20 0.15
O5' 0.84 1.64 0.74 0.52 1.28 0.44 1.40 0.46 1.70 0.96 1.80 1.40 1.88 1.20 1.01 0.73 0.52 0.67 0.37 0.30 0.25 0.27
O6 0.51 1.06 0.38 0.27 0.91 0.25 1.09 0.28 1.24 0.82 1.21 0.91 1.39 1.05 0.73 0.30 0.35 0.42 0.27 0.24 0.21 0.23
OP1 0.87 1.68 0.76 0.54 1.30 0.50 1.42 0.52 1.72 0.99 1.84 1.43 1.90 1.21 1.03 0.75 0.54 0.71 0.42 0.37 0.30 0.33
OP2 0.86 1.59 0.76 0.60 1.28 0.56 1.42 0.59 1.70 1.03 1.76 1.36 1.89 1.26 1.04 0.73 0.61 0.73 0.49 0.46 0.41 0.43
P 0.83 1.63 0.73 0.53 1.27 0.47 1.40 0.50 1.70 0.98 1.79 1.38 1.88 1.21 1.01 0.71 0.54 0.67 0.40 0.37 0.30 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.27 0.26 0.33 0.30
C2 0.04 0.00 0.19 0.20 0.01 0.10 0.01 0.17 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.18 0.26 0.05 0.47 0.45 0.70 0.54
C2' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.09 0.01 0.06 0.02 0.09 0.09 0.15 0.19 0.08 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.15 0.22 0.18 0.16
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.12 0.00 0.11 0.02 0.14 0.15 0.18 0.19 0.14 0.14 0.06 0.02 0.01 0.02 0.09 0.27 0.12 0.11
C4 0.02 0.01 0.09 0.12 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.13 0.03 0.47 0.45 0.66 0.53
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.10 0.13 0.10 0.10 0.12 0.13 0.06 0.05 0.03 0.00 0.02 0.12 0.07 0.05
C5 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.09 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.12 0.03 0.54 0.55 0.80 0.63
C5' 0.04 0.17 0.02 0.02 0.16 0.01 0.22 0.00 0.23 0.24 0.20 0.14 0.27 0.26 0.15 0.05 0.05 0.02 0.01 0.22 0.11 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.14 0.01 0.10 0.01 0.23 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.17 0.04 0.55 0.57 0.86 0.65
C8 0.01 0.02 0.09 0.15 0.01 0.13 0.01 0.24 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.15 0.03 0.51 0.53 0.69 0.58
N1 0.03 0.00 0.15 0.18 0.01 0.10 0.01 0.20 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.23 0.04 0.52 0.52 0.81 0.61
N3 0.04 0.00 0.19 0.19 0.00 0.10 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.23 0.05 0.43 0.40 0.61 0.49
N6 0.02 0.01 0.08 0.14 0.01 0.12 0.01 0.27 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.07 0.17 0.04 0.58 0.64 0.94 0.71
N7 0.01 0.01 0.07 0.14 0.01 0.13 0.01 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.15 0.03 0.56 0.60 0.84 0.66
N9 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.15 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.43 0.41 0.56 0.47
O2' 0.02 0.18 0.00 0.02 0.08 0.05 0.05 0.05 0.09 0.05 0.14 0.17 0.07 0.04 0.02 0.00 0.05 0.04 0.04 0.16 0.08 0.07
O3' 0.02 0.26 0.02 0.01 0.13 0.03 0.12 0.05 0.17 0.15 0.23 0.23 0.17 0.15 0.06 0.05 0.00 0.02 0.19 0.36 0.30 0.21
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.24 0.26 0.27 0.27
O5' 0.27 0.47 0.15 0.09 0.47 0.02 0.54 0.01 0.55 0.51 0.52 0.43 0.58 0.56 0.43 0.04 0.19 0.24 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.26 0.45 0.22 0.27 0.45 0.12 0.55 0.22 0.57 0.53 0.52 0.40 0.64 0.60 0.41 0.16 0.36 0.26 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.33 0.70 0.18 0.12 0.66 0.07 0.80 0.11 0.86 0.69 0.81 0.61 0.94 0.84 0.56 0.08 0.30 0.27 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.30 0.54 0.16 0.11 0.53 0.05 0.63 0.02 0.65 0.58 0.61 0.49 0.71 0.66 0.47 0.07 0.21 0.27 0.01 0.00 0.01 0.00