ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51331

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 10, 8, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.007, 0.011, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.008, 0.013, 0.019, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.004, 0.014, 0.023, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N2 A 0, 0.010, 0.022, 0.033, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.022 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.010, 0.031, 0.053, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.031 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.012, 0.034, 0.055, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.034 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.009, 0.031, 0.053, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.031 std_dev=0.022
O4' A 0, 0.018, 0.045, 0.071, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.045 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.031, 0.069, 0.107, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.069 std_dev=0.038
C4' A 0, 0.039, 0.087, 0.134, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.087 std_dev=0.047
C3' A 0, 0.040, 0.091, 0.141, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.091 std_dev=0.050
O5' A 0, 0.054, 0.116, 0.178, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.116 std_dev=0.062
C5' A 0, 0.055, 0.120, 0.186, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.120 std_dev=0.065
P A 0, 0.095, 0.163, 0.232, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.163 std_dev=0.069
O3' A 0, 0.073, 0.149, 0.224, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.149 std_dev=0.075
O5' B 0, 0.128, 0.209, 0.291, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.209 std_dev=0.082
OP1 A 0, 0.090, 0.176, 0.262, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.176 std_dev=0.086
P B 0, 0.114, 0.201, 0.289, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.201 std_dev=0.088
O2' A 0, 0.044, 0.138, 0.233, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.138 std_dev=0.095
C5' B 0, 0.181, 0.280, 0.378, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.280 std_dev=0.099
C4' B 0, 0.137, 0.235, 0.334, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.235 std_dev=0.099
OP2 A 0, 0.117, 0.219, 0.321, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.219 std_dev=0.102
C3' B 0, 0.094, 0.199, 0.304, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.199 std_dev=0.105
O4' B 0, 0.168, 0.284, 0.399, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.284 std_dev=0.115
C2' B 0, 0.127, 0.244, 0.360, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.244 std_dev=0.116
OP2 B 0, 0.225, 0.360, 0.495, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.360 std_dev=0.135
C1' B 0, 0.134, 0.278, 0.423, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.278 std_dev=0.145
N9 B 0, 0.134, 0.280, 0.426, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.280 std_dev=0.146
C4 B 0, 0.141, 0.288, 0.435, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.288 std_dev=0.147
N3 B 0, 0.150, 0.299, 0.449, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.299 std_dev=0.150
C8 B 0, 0.127, 0.283, 0.440, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.283 std_dev=0.156
C5 B 0, 0.124, 0.289, 0.454, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.289 std_dev=0.165
C2 B 0, 0.143, 0.308, 0.474, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.308 std_dev=0.166
N7 B 0, 0.128, 0.293, 0.459, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.293 std_dev=0.166
OP1 B 0, 0.135, 0.304, 0.473, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.304 std_dev=0.169
O3' B 0, 0.127, 0.301, 0.475, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.301 std_dev=0.174
N1 B 0, 0.131, 0.309, 0.487, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.309 std_dev=0.178
C6 B 0, 0.119, 0.298, 0.478, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.298 std_dev=0.180
O2' B 0, 0.202, 0.382, 0.562, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.382 std_dev=0.180
N6 B 0, 0.120, 0.313, 0.505, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.313 std_dev=0.192

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.07 0.03
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.06 0.02 0.04 0.01 0.05 0.10 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.05 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.05 0.10 0.05
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.05 0.06 0.09 0.05
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.04 0.01 0.05 0.09 0.04
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.05 0.01 0.05 0.10 0.05
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.05 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.02 0.05 0.01 0.06 0.10 0.06
C8 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.09 0.04
N1 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.06 0.02 0.05 0.01 0.05 0.10 0.05
N2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.07 0.03 0.04 0.02 0.05 0.10 0.04
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.02 0.03 0.01 0.05 0.09 0.04
N7 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.06 0.01 0.06 0.10 0.06
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.08 0.03
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.02 0.08 0.09 0.06 0.03 0.02 0.00 0.04 0.05 0.03 0.06 0.07 0.06 0.03
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.04 0.06 0.07 0.05 0.05 0.02 0.04 0.00 0.01 0.07 0.07 0.10 0.10 0.07
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.06 0.04
O5' 0.02 0.04 0.04 0.05 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.04 0.03 0.06 0.04 0.03 0.07 0.03 0.00 0.06 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.02 0.06 0.00 0.07 0.10 0.07
OP1 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.04 0.07 0.10 0.06 0.02 0.07 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.10 0.10 0.09 0.09 0.03 0.10 0.02 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.08 0.06 0.10 0.06 0.02 0.10 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.04 0.05 0.05 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.04 0.05 0.04 0.04 0.06 0.03 0.03 0.07 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.06 0.09 0.05 0.06 0.05 0.05 0.08 0.04 0.06 0.05 0.07 0.05 0.06 0.06 0.14 0.06 0.08 0.06 0.24 0.13 0.05
C2 0.07 0.07 0.09 0.07 0.06 0.06 0.05 0.07 0.05 0.06 0.06 0.08 0.05 0.05 0.06 0.14 0.07 0.09 0.06 0.24 0.14 0.05
C2' 0.08 0.08 0.10 0.07 0.08 0.06 0.07 0.08 0.06 0.07 0.07 0.09 0.06 0.07 0.08 0.16 0.08 0.08 0.06 0.26 0.11 0.08
C3' 0.09 0.10 0.12 0.08 0.10 0.06 0.09 0.07 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.18 0.09 0.08 0.06 0.26 0.10 0.08
C4 0.07 0.07 0.09 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.05 0.06 0.06 0.07 0.05 0.06 0.06 0.14 0.07 0.09 0.07 0.24 0.14 0.06
C4' 0.07 0.07 0.09 0.05 0.07 0.05 0.06 0.08 0.06 0.08 0.07 0.08 0.06 0.07 0.07 0.15 0.06 0.08 0.06 0.24 0.12 0.06
C5 0.07 0.08 0.09 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06 0.06 0.07 0.13 0.06 0.09 0.07 0.22 0.15 0.06
C5' 0.07 0.08 0.09 0.06 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.15 0.06 0.09 0.07 0.23 0.12 0.06
C6 0.07 0.08 0.09 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.13 0.07 0.10 0.07 0.21 0.15 0.06
C8 0.07 0.08 0.09 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06 0.07 0.07 0.14 0.06 0.09 0.07 0.22 0.14 0.06
N1 0.07 0.08 0.09 0.07 0.06 0.06 0.05 0.07 0.05 0.07 0.06 0.08 0.06 0.06 0.06 0.13 0.07 0.09 0.07 0.23 0.15 0.06
N2 0.07 0.08 0.09 0.07 0.07 0.06 0.06 0.08 0.06 0.06 0.07 0.08 0.06 0.06 0.06 0.13 0.08 0.09 0.07 0.22 0.12 0.06
N3 0.07 0.07 0.09 0.06 0.06 0.06 0.05 0.08 0.05 0.06 0.06 0.07 0.05 0.05 0.06 0.14 0.07 0.08 0.06 0.24 0.14 0.05
N7 0.07 0.08 0.09 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.14 0.07 0.09 0.07 0.21 0.14 0.06
N9 0.07 0.07 0.09 0.06 0.06 0.05 0.05 0.08 0.05 0.07 0.06 0.07 0.05 0.06 0.06 0.14 0.06 0.09 0.07 0.24 0.14 0.06
O2' 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.12 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09 0.14 0.08 0.11 0.09 0.26 0.13 0.10
O3' 0.11 0.13 0.13 0.09 0.12 0.07 0.12 0.09 0.12 0.12 0.12 0.13 0.11 0.12 0.12 0.20 0.11 0.09 0.07 0.27 0.10 0.10
O4' 0.06 0.06 0.08 0.06 0.05 0.06 0.05 0.09 0.04 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.13 0.06 0.09 0.08 0.22 0.15 0.05
O5' 0.08 0.08 0.10 0.06 0.08 0.06 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.15 0.07 0.09 0.07 0.24 0.12 0.07
O6 0.08 0.10 0.09 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.08 0.12 0.07 0.10 0.07 0.17 0.15 0.07
OP1 0.09 0.09 0.11 0.07 0.09 0.07 0.09 0.09 0.09 0.11 0.09 0.09 0.10 0.11 0.09 0.16 0.07 0.10 0.08 0.22 0.13 0.08
OP2 0.09 0.11 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.11 0.10 0.13 0.11 0.09 0.14 0.08 0.12 0.11 0.20 0.17 0.10
P 0.07 0.09 0.10 0.06 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.10 0.09 0.08 0.14 0.06 0.10 0.08 0.22 0.14 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.04 0.13 0.04
C2 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.07 0.10 0.11 0.18 0.07
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.08 0.07 0.16 0.08
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.04 0.10 0.06
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.04 0.09 0.07 0.18 0.06
C4' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.05 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.09 0.07 0.19 0.06
C5' 0.03 0.10 0.04 0.02 0.07 0.00 0.07 0.00 0.08 0.05 0.10 0.10 0.08 0.05 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.04 0.10 0.09 0.19 0.07
C8 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.03 0.09 0.06 0.18 0.07
N1 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.06 0.10 0.11 0.19 0.07
N3 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.03 0.08 0.10 0.10 0.18 0.07
N6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.03 0.10 0.10 0.20 0.08
N7 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.09 0.06 0.19 0.07
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.08 0.05 0.17 0.05
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.03 0.00 0.04 0.01 0.09 0.09 0.19 0.10
O3' 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.00 0.03 0.05 0.03 0.10 0.04
O4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.06 0.08 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.10 0.09 0.06
O5' 0.06 0.10 0.08 0.06 0.09 0.01 0.09 0.00 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.08 0.09 0.05 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.04 0.11 0.07 0.04 0.07 0.05 0.07 0.04 0.09 0.06 0.11 0.10 0.10 0.06 0.05 0.09 0.03 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.18 0.16 0.10 0.18 0.05 0.19 0.02 0.19 0.18 0.19 0.18 0.20 0.19 0.17 0.19 0.10 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.07 0.08 0.06 0.06 0.02 0.06 0.01 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.05 0.10 0.04 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00