ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51332

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 4, 6, 3, 1, 0, 2, 3, 2, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.012, 0.019, 0.027, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.016, 0.025, 0.034, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.025 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.024, 0.037, 0.049, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.037 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.022, 0.035, 0.049, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.035 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.021, 0.034, 0.048, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.034 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.036, 0.052, 0.067, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.052 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.026, 0.044, 0.062, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.044 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.040, 0.061, 0.081, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.061 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.045, 0.067, 0.089, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.067 std_dev=0.022
O6 A 0, 0.067, 0.097, 0.128, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.097 std_dev=0.030
N7 A 0, 0.075, 0.109, 0.143, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.109 std_dev=0.034
C8 A 0, 0.088, 0.129, 0.170, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.129 std_dev=0.041
O4' A 0, 0.018, 0.218, 0.419, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.218 std_dev=0.201
C2' A 0, 0.009, 0.236, 0.464, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.236 std_dev=0.228
P B 0, 0.152, 0.445, 0.737, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.445 std_dev=0.293
C4' A 0, 0.044, 0.352, 0.661, 1.526 max_d=1.526 avg_d=0.352 std_dev=0.308
C3' A 0, 0.066, 0.381, 0.696, 1.516 max_d=1.516 avg_d=0.381 std_dev=0.315
OP2 B 0, 0.300, 0.667, 1.034, 1.505 max_d=1.505 avg_d=0.667 std_dev=0.367
OP1 B 0, 0.268, 0.671, 1.074, 1.609 max_d=1.609 avg_d=0.671 std_dev=0.403
O2' A 0, -0.085, 0.321, 0.727, 2.022 max_d=2.022 avg_d=0.321 std_dev=0.406
O5' A 0, -0.012, 0.437, 0.885, 2.044 max_d=2.044 avg_d=0.437 std_dev=0.448
OP2 A 0, 0.199, 0.654, 1.109, 2.265 max_d=2.265 avg_d=0.654 std_dev=0.455
C5' A 0, 0.030, 0.486, 0.941, 2.084 max_d=2.084 avg_d=0.486 std_dev=0.455
O3' A 0, 0.079, 0.559, 1.039, 2.276 max_d=2.276 avg_d=0.559 std_dev=0.480
P A 0, 0.003, 0.501, 0.999, 2.556 max_d=2.556 avg_d=0.501 std_dev=0.498
OP1 A 0, -0.013, 0.610, 1.233, 3.220 max_d=3.220 avg_d=0.610 std_dev=0.623
O5' B 0, 0.047, 0.832, 1.616, 2.407 max_d=2.407 avg_d=0.832 std_dev=0.785
C5' B 0, -0.020, 0.856, 1.732, 2.818 max_d=2.818 avg_d=0.856 std_dev=0.876
C4' B 0, -0.095, 1.053, 2.201, 3.528 max_d=3.528 avg_d=1.053 std_dev=1.148
O4' B 0, -0.127, 1.199, 2.526, 5.195 max_d=5.195 avg_d=1.199 std_dev=1.326
C3' B 0, -0.173, 1.183, 2.538, 4.237 max_d=4.237 avg_d=1.183 std_dev=1.356
O3' B 0, -0.173, 1.267, 2.708, 4.652 max_d=4.652 avg_d=1.267 std_dev=1.441
C8 B 0, -0.297, 1.227, 2.751, 6.616 max_d=6.616 avg_d=1.227 std_dev=1.524
C1' B 0, -0.273, 1.402, 3.076, 6.592 max_d=6.592 avg_d=1.402 std_dev=1.675
N7 B 0, -0.367, 1.325, 3.018, 7.201 max_d=7.201 avg_d=1.325 std_dev=1.692
N9 B 0, -0.353, 1.353, 3.059, 7.071 max_d=7.071 avg_d=1.353 std_dev=1.706
C2' B 0, -0.284, 1.438, 3.159, 6.119 max_d=6.119 avg_d=1.438 std_dev=1.721
C5 B 0, -0.477, 1.498, 3.474, 8.111 max_d=8.111 avg_d=1.498 std_dev=1.975
C4 B 0, -0.465, 1.519, 3.503, 8.049 max_d=8.049 avg_d=1.519 std_dev=1.984
O2' B 0, -0.353, 1.703, 3.759, 7.796 max_d=7.796 avg_d=1.703 std_dev=2.056
N3 B 0, -0.514, 1.732, 3.978, 8.791 max_d=8.791 avg_d=1.732 std_dev=2.246
C6 B 0, -0.533, 1.729, 3.991, 9.030 max_d=9.030 avg_d=1.729 std_dev=2.262
N6 B 0, -0.509, 1.837, 4.182, 9.228 max_d=9.228 avg_d=1.837 std_dev=2.346
C2 B 0, -0.577, 1.896, 4.369, 9.615 max_d=9.615 avg_d=1.896 std_dev=2.473
N1 B 0, -0.582, 1.914, 4.410, 9.774 max_d=9.774 avg_d=1.914 std_dev=2.496

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.12 0.00 0.14 0.02 0.10 0.27 0.13
C2 0.03 0.00 0.19 0.18 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.20 0.10 0.22 0.01 0.15 0.26 0.17
C2' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.10 0.01 0.06 0.08 0.08 0.10 0.15 0.23 0.19 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.22 0.07 0.26 0.25 0.19
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.14 0.00 0.16 0.02 0.17 0.17 0.18 0.19 0.16 0.18 0.11 0.02 0.01 0.01 0.19 0.18 0.28 0.18 0.16
C4 0.02 0.01 0.10 0.14 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.10 0.05 0.23 0.01 0.15 0.26 0.16
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.05 0.10 0.05 0.09 0.06 0.10 0.04 0.14 0.02 0.00 0.02 0.06 0.11 0.21 0.05
C5 0.01 0.01 0.06 0.16 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.10 0.03 0.28 0.01 0.18 0.27 0.19
C5' 0.04 0.08 0.08 0.02 0.06 0.01 0.09 0.00 0.09 0.12 0.08 0.09 0.07 0.12 0.06 0.07 0.10 0.02 0.01 0.11 0.12 0.20 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.17 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.12 0.05 0.29 0.01 0.20 0.28 0.21
C8 0.01 0.01 0.10 0.17 0.00 0.10 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.15 0.15 0.06 0.28 0.02 0.17 0.26 0.17
N1 0.02 0.00 0.15 0.18 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.16 0.08 0.26 0.01 0.18 0.27 0.19
N2 0.04 0.00 0.23 0.19 0.01 0.09 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.21 0.26 0.12 0.20 0.01 0.15 0.26 0.17
N3 0.03 0.01 0.19 0.16 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.19 0.10 0.20 0.01 0.14 0.26 0.16
N7 0.01 0.01 0.07 0.18 0.00 0.10 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.16 0.15 0.04 0.31 0.02 0.20 0.27 0.21
N9 0.01 0.02 0.03 0.11 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.08 0.06 0.01 0.21 0.02 0.13 0.26 0.15
O2' 0.03 0.16 0.01 0.02 0.09 0.14 0.12 0.07 0.12 0.15 0.13 0.21 0.15 0.16 0.08 0.00 0.03 0.11 0.13 0.14 0.22 0.26 0.13
O3' 0.12 0.20 0.02 0.01 0.10 0.02 0.10 0.10 0.12 0.15 0.16 0.26 0.19 0.15 0.06 0.03 0.00 0.09 0.22 0.13 0.45 0.30 0.29
O4' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.02 0.05 0.06 0.08 0.12 0.10 0.04 0.01 0.11 0.09 0.00 0.10 0.04 0.09 0.32 0.18
O5' 0.14 0.22 0.22 0.19 0.23 0.02 0.28 0.01 0.29 0.28 0.26 0.20 0.20 0.31 0.21 0.13 0.22 0.10 0.00 0.31 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.07 0.18 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.14 0.13 0.04 0.31 0.00 0.23 0.30 0.24
OP1 0.10 0.15 0.26 0.28 0.15 0.11 0.18 0.12 0.20 0.17 0.18 0.15 0.14 0.20 0.13 0.22 0.45 0.09 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00
OP2 0.27 0.26 0.25 0.18 0.26 0.21 0.27 0.20 0.28 0.26 0.27 0.26 0.26 0.27 0.26 0.26 0.30 0.32 0.02 0.30 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.17 0.19 0.16 0.16 0.05 0.19 0.01 0.21 0.17 0.19 0.17 0.16 0.21 0.15 0.13 0.29 0.18 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.52 1.25 0.62 0.59 0.82 0.36 0.82 0.27 1.13 0.44 1.34 1.02 1.20 0.54 0.57 0.64 0.72 0.39 0.23 0.15 0.18 0.20
C2 0.39 0.91 0.54 0.60 0.65 0.35 0.68 0.29 0.87 0.33 0.97 0.77 0.89 0.43 0.44 0.53 0.74 0.30 0.25 0.18 0.24 0.23
C2' 0.72 1.57 0.87 0.84 1.07 0.51 1.05 0.34 1.40 0.56 1.66 1.31 1.46 0.68 0.77 0.88 0.96 0.47 0.33 0.28 0.29 0.29
C3' 0.75 1.61 0.86 0.79 1.11 0.52 1.10 0.36 1.45 0.62 1.71 1.35 1.54 0.75 0.81 0.87 0.89 0.52 0.34 0.25 0.26 0.27
C4 0.44 1.12 0.54 0.54 0.77 0.30 0.84 0.22 1.11 0.42 1.23 0.91 1.22 0.58 0.52 0.54 0.65 0.31 0.20 0.15 0.14 0.18
C4' 0.63 1.41 0.69 0.60 0.94 0.42 0.95 0.32 1.26 0.55 1.50 1.16 1.33 0.66 0.68 0.73 0.69 0.50 0.28 0.12 0.13 0.18
C5 0.38 1.06 0.46 0.44 0.75 0.23 0.86 0.15 1.12 0.43 1.19 0.85 1.27 0.65 0.50 0.45 0.54 0.24 0.16 0.18 0.11 0.15
C5' 0.65 1.45 0.69 0.56 0.99 0.41 1.03 0.31 1.34 0.61 1.56 1.19 1.45 0.75 0.73 0.73 0.63 0.50 0.27 0.10 0.09 0.15
C6 0.30 0.91 0.38 0.39 0.66 0.18 0.79 0.12 1.01 0.40 1.04 0.74 1.14 0.63 0.44 0.36 0.48 0.18 0.14 0.20 0.15 0.15
C8 0.45 1.21 0.51 0.47 0.83 0.25 0.93 0.16 1.23 0.48 1.35 0.97 1.40 0.68 0.57 0.51 0.56 0.29 0.16 0.18 0.10 0.15
N1 0.31 0.83 0.42 0.47 0.61 0.25 0.70 0.19 0.88 0.34 0.92 0.69 0.95 0.53 0.40 0.40 0.59 0.21 0.19 0.16 0.15 0.19
N2 0.40 0.79 0.61 0.71 0.56 0.43 0.52 0.38 0.65 0.31 0.78 0.69 0.59 0.32 0.40 0.60 0.87 0.34 0.30 0.26 0.34 0.27
N3 0.46 1.06 0.60 0.62 0.73 0.37 0.75 0.29 1.00 0.38 1.13 0.89 1.03 0.47 0.50 0.60 0.76 0.35 0.25 0.16 0.22 0.22
N7 0.39 1.13 0.45 0.41 0.80 0.20 0.92 0.13 1.21 0.47 1.28 0.91 1.38 0.71 0.53 0.45 0.49 0.23 0.14 0.21 0.12 0.14
N9 0.47 1.21 0.57 0.54 0.82 0.31 0.87 0.22 1.18 0.45 1.32 0.98 1.30 0.60 0.56 0.57 0.65 0.33 0.20 0.15 0.13 0.18
O2' 0.68 1.54 0.88 0.84 0.99 0.51 0.92 0.38 1.25 0.48 1.58 1.27 1.25 0.56 0.70 0.91 1.00 0.45 0.32 0.27 0.31 0.29
O3' 0.86 1.73 0.96 0.84 1.19 0.64 1.15 0.52 1.49 0.68 1.80 1.46 1.53 0.78 0.89 1.00 0.92 0.67 0.44 0.24 0.23 0.29
O4' 0.57 1.24 0.61 0.50 0.84 0.39 0.86 0.34 1.14 0.55 1.33 1.01 1.22 0.64 0.62 0.65 0.60 0.50 0.29 0.12 0.14 0.20
O5' 0.74 1.54 0.78 0.66 1.11 0.51 1.17 0.43 1.49 0.72 1.67 1.29 1.63 0.90 0.84 0.80 0.71 0.56 0.42 0.27 0.28 0.37
O6 0.24 0.84 0.30 0.29 0.62 0.13 0.77 0.10 0.97 0.40 0.98 0.66 1.13 0.65 0.40 0.29 0.36 0.15 0.12 0.29 0.25 0.14
OP1 0.75 1.60 0.77 0.61 1.15 0.47 1.22 0.36 1.55 0.75 1.72 1.33 1.69 0.95 0.87 0.81 0.63 0.54 0.36 0.18 0.16 0.28
OP2 0.72 1.54 0.75 0.60 1.15 0.46 1.25 0.39 1.57 0.78 1.69 1.29 1.74 1.01 0.87 0.78 0.61 0.50 0.40 0.29 0.22 0.35
P 0.70 1.52 0.73 0.56 1.10 0.44 1.19 0.35 1.50 0.73 1.66 1.26 1.66 0.93 0.83 0.77 0.58 0.50 0.35 0.20 0.18 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.11 0.23 0.17 0.17
C2 0.03 0.00 0.20 0.26 0.01 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.26 0.09 0.32 0.34 0.58 0.41
C2' 0.00 0.20 0.00 0.01 0.10 0.01 0.05 0.05 0.09 0.11 0.16 0.20 0.07 0.06 0.02 0.00 0.04 0.01 0.14 0.40 0.35 0.24
C3' 0.02 0.26 0.01 0.00 0.21 0.00 0.24 0.01 0.28 0.16 0.28 0.23 0.29 0.21 0.14 0.02 0.01 0.02 0.09 0.33 0.39 0.19
C4 0.02 0.01 0.10 0.21 0.00 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.19 0.05 0.29 0.30 0.42 0.34
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.09 0.00 0.13 0.01 0.14 0.14 0.12 0.07 0.17 0.16 0.08 0.14 0.02 0.01 0.02 0.12 0.13 0.05
C5 0.02 0.01 0.05 0.24 0.01 0.13 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.10 0.24 0.03 0.37 0.38 0.48 0.44
C5' 0.04 0.17 0.05 0.01 0.17 0.01 0.24 0.00 0.26 0.23 0.23 0.14 0.31 0.28 0.15 0.08 0.08 0.02 0.01 0.08 0.06 0.02
C6 0.03 0.01 0.09 0.28 0.01 0.14 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.29 0.05 0.41 0.44 0.60 0.51
C8 0.01 0.01 0.11 0.16 0.01 0.14 0.01 0.23 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.16 0.17 0.06 0.31 0.30 0.23 0.30
N1 0.03 0.00 0.16 0.28 0.01 0.12 0.01 0.23 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.29 0.07 0.38 0.41 0.64 0.49
N3 0.03 0.00 0.20 0.23 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.20 0.09 0.26 0.28 0.48 0.32
N6 0.03 0.01 0.07 0.29 0.02 0.17 0.02 0.31 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.11 0.32 0.04 0.45 0.50 0.63 0.58
N7 0.01 0.01 0.06 0.21 0.01 0.16 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.15 0.23 0.04 0.39 0.38 0.36 0.43
N9 0.01 0.01 0.02 0.14 0.00 0.08 0.01 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.12 0.01 0.23 0.25 0.26 0.25
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.07 0.14 0.10 0.08 0.09 0.16 0.09 0.13 0.11 0.15 0.07 0.00 0.06 0.13 0.08 0.36 0.35 0.19
O3' 0.03 0.26 0.04 0.01 0.19 0.02 0.24 0.08 0.29 0.17 0.29 0.20 0.32 0.23 0.12 0.06 0.00 0.02 0.16 0.39 0.55 0.28
O4' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.05 0.06 0.07 0.09 0.04 0.04 0.01 0.13 0.02 0.00 0.11 0.21 0.15 0.23
O5' 0.11 0.32 0.14 0.09 0.29 0.02 0.37 0.01 0.41 0.31 0.38 0.26 0.45 0.39 0.23 0.08 0.16 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.23 0.34 0.40 0.33 0.30 0.12 0.38 0.08 0.44 0.30 0.41 0.28 0.50 0.38 0.25 0.36 0.39 0.21 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.58 0.35 0.39 0.42 0.13 0.48 0.06 0.60 0.23 0.64 0.48 0.63 0.36 0.26 0.35 0.55 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.41 0.24 0.19 0.34 0.05 0.44 0.02 0.51 0.30 0.49 0.32 0.58 0.43 0.25 0.19 0.28 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00