ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51333

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 2, 0, 2, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.012, 0.025, 0.038, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.025 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.022, 0.036, 0.050, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.036 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.026, 0.041, 0.056, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.041 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.009, 0.024, 0.040, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.024 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.013, 0.030, 0.047, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.030 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.015, 0.032, 0.049, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.032 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.033, 0.055, 0.076, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.055 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.016, 0.038, 0.060, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.038 std_dev=0.022
O6 A 0, 0.022, 0.052, 0.081, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.052 std_dev=0.030
N2 A 0, 0.036, 0.068, 0.099, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.068 std_dev=0.032
N7 A 0, 0.021, 0.057, 0.093, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.057 std_dev=0.036
C8 A 0, 0.017, 0.058, 0.098, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.058 std_dev=0.040
O4' A 0, 0.127, 0.354, 0.581, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.354 std_dev=0.227
C2' A 0, 0.193, 0.432, 0.670, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.432 std_dev=0.238
O2' A 0, 0.298, 0.575, 0.853, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.575 std_dev=0.278
P B 0, 0.407, 0.734, 1.062, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.734 std_dev=0.328
OP1 B 0, 0.535, 0.865, 1.196, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.865 std_dev=0.330
C4' A 0, 0.254, 0.593, 0.933, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.593 std_dev=0.340
OP2 A 0, 0.379, 0.735, 1.090, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.735 std_dev=0.356
C3' A 0, 0.287, 0.663, 1.039, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.663 std_dev=0.376
P A 0, 0.371, 0.773, 1.175, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.773 std_dev=0.402
O5' A 0, 0.406, 0.889, 1.373, 1.560 max_d=1.560 avg_d=0.889 std_dev=0.484
OP1 A 0, 0.338, 0.851, 1.365, 1.781 max_d=1.781 avg_d=0.851 std_dev=0.513
O3' A 0, 0.463, 1.001, 1.539, 1.787 max_d=1.787 avg_d=1.001 std_dev=0.538
C5' A 0, 0.382, 0.934, 1.485, 1.871 max_d=1.871 avg_d=0.934 std_dev=0.551
O5' B 0, 0.604, 1.193, 1.782, 2.100 max_d=2.100 avg_d=1.193 std_dev=0.589
OP2 B 0, 0.406, 1.058, 1.711, 1.963 max_d=1.963 avg_d=1.058 std_dev=0.652
C5' B 0, 0.898, 1.741, 2.585, 3.062 max_d=3.062 avg_d=1.741 std_dev=0.843
C4' B 0, 1.066, 2.109, 3.153, 3.316 max_d=3.316 avg_d=2.109 std_dev=1.044
C3' B 0, 1.095, 2.171, 3.246, 3.457 max_d=3.457 avg_d=2.171 std_dev=1.076
O3' B 0, 1.197, 2.294, 3.391, 3.593 max_d=3.593 avg_d=2.294 std_dev=1.097
O4' B 0, 0.980, 2.192, 3.405, 3.614 max_d=3.614 avg_d=2.192 std_dev=1.212
C2' B 0, 1.200, 2.581, 3.962, 4.264 max_d=4.264 avg_d=2.581 std_dev=1.381
C1' B 0, 1.065, 2.481, 3.897, 4.179 max_d=4.179 avg_d=2.481 std_dev=1.416
C8 B 0, 0.841, 2.265, 3.688, 4.207 max_d=4.207 avg_d=2.265 std_dev=1.423
N7 B 0, 0.944, 2.402, 3.861, 4.696 max_d=4.696 avg_d=2.402 std_dev=1.458
N9 B 0, 0.948, 2.451, 3.955, 4.409 max_d=4.409 avg_d=2.451 std_dev=1.503
O2' B 0, 1.409, 2.987, 4.565, 4.897 max_d=4.897 avg_d=2.987 std_dev=1.578
C5 B 0, 1.028, 2.953, 4.877, 5.392 max_d=5.392 avg_d=2.953 std_dev=1.924
C4 B 0, 1.038, 3.069, 5.100, 5.513 max_d=5.513 avg_d=3.069 std_dev=2.031
N6 B 0, 1.218, 3.772, 6.326, 6.706 max_d=6.706 avg_d=3.772 std_dev=2.554
C6 B 0, 1.132, 3.722, 6.311, 6.833 max_d=6.833 avg_d=3.722 std_dev=2.590
N3 B 0, 1.128, 3.901, 6.673, 7.458 max_d=7.458 avg_d=3.901 std_dev=2.772
N1 B 0, 1.144, 4.582, 8.019, 8.978 max_d=8.978 avg_d=4.582 std_dev=3.438
C2 B 0, 1.137, 4.620, 8.103, 9.155 max_d=9.155 avg_d=4.620 std_dev=3.483

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.07 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.12 0.04 0.10 0.30 0.14
C2 0.05 0.00 0.17 0.18 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.16 0.22 0.09 0.22 0.01 0.18 0.36 0.19
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.10 0.01 0.08 0.02 0.11 0.06 0.15 0.19 0.16 0.05 0.03 0.00 0.03 0.01 0.16 0.11 0.18 0.19 0.07
C3' 0.02 0.18 0.00 0.00 0.13 0.01 0.15 0.02 0.17 0.12 0.18 0.19 0.16 0.13 0.09 0.01 0.01 0.01 0.22 0.18 0.26 0.23 0.15
C4 0.03 0.01 0.10 0.13 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.08 0.16 0.04 0.23 0.02 0.18 0.36 0.19
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.08 0.05 0.07 0.05 0.08 0.04 0.05 0.04 0.01 0.02 0.08 0.13 0.23 0.04
C5 0.02 0.01 0.08 0.15 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.20 0.03 0.27 0.02 0.23 0.38 0.23
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.08 0.01 0.12 0.00 0.12 0.14 0.09 0.07 0.06 0.15 0.08 0.05 0.05 0.02 0.01 0.14 0.13 0.22 0.02
C6 0.03 0.01 0.11 0.17 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.24 0.05 0.28 0.01 0.24 0.38 0.24
C8 0.01 0.02 0.06 0.12 0.01 0.08 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.15 0.05 0.27 0.03 0.22 0.37 0.23
N1 0.05 0.00 0.15 0.18 0.02 0.05 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.13 0.24 0.07 0.26 0.01 0.21 0.37 0.22
N2 0.07 0.01 0.19 0.19 0.02 0.07 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.20 0.25 0.10 0.21 0.02 0.17 0.35 0.18
N3 0.05 0.01 0.16 0.16 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.15 0.19 0.08 0.20 0.02 0.16 0.35 0.18
N7 0.02 0.02 0.05 0.13 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.20 0.03 0.29 0.03 0.25 0.39 0.25
N9 0.01 0.02 0.03 0.09 0.01 0.04 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.01 0.21 0.03 0.16 0.34 0.18
O2' 0.02 0.16 0.00 0.01 0.08 0.05 0.06 0.05 0.09 0.05 0.13 0.20 0.15 0.04 0.02 0.00 0.07 0.04 0.07 0.09 0.18 0.21 0.04
O3' 0.03 0.22 0.03 0.01 0.16 0.04 0.20 0.05 0.24 0.15 0.24 0.25 0.19 0.20 0.09 0.07 0.00 0.03 0.24 0.27 0.39 0.40 0.27
O4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.07 0.10 0.08 0.03 0.01 0.04 0.03 0.00 0.14 0.05 0.13 0.35 0.20
O5' 0.12 0.22 0.16 0.22 0.23 0.02 0.27 0.01 0.28 0.27 0.26 0.21 0.20 0.29 0.21 0.07 0.24 0.14 0.00 0.30 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.01 0.11 0.18 0.02 0.08 0.02 0.14 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.09 0.27 0.05 0.30 0.00 0.27 0.39 0.26
OP1 0.10 0.18 0.18 0.26 0.18 0.13 0.23 0.13 0.24 0.22 0.21 0.17 0.16 0.25 0.16 0.18 0.39 0.13 0.02 0.27 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.36 0.19 0.23 0.36 0.23 0.38 0.22 0.38 0.37 0.37 0.35 0.35 0.39 0.34 0.21 0.40 0.35 0.02 0.39 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.19 0.07 0.15 0.19 0.04 0.23 0.02 0.24 0.23 0.22 0.18 0.18 0.25 0.18 0.04 0.27 0.20 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.17 2.93 1.22 0.98 1.81 0.86 1.64 0.65 2.22 0.89 2.93 2.41 2.08 1.04 1.24 1.22 0.89 1.03 0.58 0.45 0.16 0.18
C2 0.90 2.60 1.00 0.88 1.41 0.75 1.05 0.61 1.47 0.79 2.28 2.19 1.13 0.79 0.87 0.97 0.82 0.83 0.54 0.44 0.29 0.17
C2' 1.14 2.80 1.17 0.92 1.76 0.80 1.64 0.58 2.23 0.86 2.87 2.29 2.15 1.04 1.21 1.19 0.84 0.98 0.51 0.44 0.26 0.21
C3' 1.09 2.82 1.13 0.88 1.73 0.74 1.62 0.53 2.22 0.86 2.88 2.29 2.18 1.04 1.18 1.13 0.80 0.92 0.48 0.45 0.25 0.23
C4 1.02 3.07 1.07 0.89 1.70 0.77 1.42 0.60 2.00 0.82 2.90 2.49 1.72 0.92 1.06 1.03 0.80 0.93 0.56 0.45 0.16 0.20
C4' 1.14 2.86 1.20 0.95 1.77 0.81 1.65 0.60 2.23 0.88 2.88 2.34 2.16 1.06 1.22 1.21 0.88 0.98 0.54 0.44 0.16 0.18
C5 0.91 3.22 0.94 0.81 1.66 0.70 1.34 0.56 1.96 0.82 2.96 2.59 1.67 0.89 0.95 0.88 0.72 0.85 0.53 0.45 0.24 0.23
C5' 1.10 2.94 1.16 0.92 1.77 0.77 1.64 0.59 2.24 0.89 2.94 2.39 2.17 1.06 1.19 1.14 0.84 0.94 0.52 0.42 0.18 0.18
C6 0.76 3.06 0.80 0.72 1.48 0.61 1.10 0.50 1.67 0.84 2.68 2.48 1.35 0.84 0.77 0.74 0.66 0.72 0.49 0.46 0.29 0.24
C8 1.05 3.32 1.06 0.87 1.84 0.77 1.59 0.60 2.26 0.85 3.20 2.66 2.05 1.00 1.13 1.01 0.76 0.96 0.56 0.45 0.24 0.24
N1 0.74 2.76 0.82 0.75 1.34 0.63 0.94 0.51 1.43 0.84 2.35 2.29 1.09 0.81 0.71 0.77 0.70 0.70 0.48 0.46 0.18 0.18
N2 0.88 2.06 1.02 0.92 1.18 0.80 0.82 0.69 1.08 0.77 1.72 1.83 0.77 0.74 0.79 1.02 0.90 0.83 0.56 0.42 0.48 0.21
N3 1.03 2.76 1.11 0.94 1.60 0.81 1.31 0.64 1.78 0.80 2.57 2.29 1.48 0.86 1.04 1.09 0.87 0.93 0.57 0.44 0.24 0.18
N7 0.95 3.36 0.96 0.81 1.76 0.71 1.47 0.57 2.14 0.83 3.15 2.68 1.89 0.93 1.02 0.89 0.70 0.88 0.54 0.45 0.32 0.26
N9 1.10 3.14 1.13 0.93 1.81 0.81 1.58 0.62 2.20 0.85 3.06 2.54 1.99 0.99 1.16 1.10 0.82 0.99 0.57 0.45 0.16 0.21
O2' 1.20 2.51 1.26 0.98 1.70 0.86 1.62 0.63 2.12 0.91 2.59 2.11 2.08 1.05 1.26 1.30 0.92 1.03 0.54 0.45 0.32 0.21
O3' 1.07 2.61 1.11 0.85 1.65 0.71 1.57 0.49 2.13 0.83 2.69 2.13 2.14 1.01 1.15 1.14 0.79 0.88 0.45 0.45 0.35 0.28
O4' 1.17 2.94 1.23 1.00 1.81 0.86 1.65 0.66 2.22 0.89 2.92 2.42 2.10 1.05 1.24 1.23 0.91 1.03 0.59 0.47 0.17 0.21
O5' 1.12 3.11 1.13 0.91 1.81 0.83 1.66 0.68 2.29 0.95 3.09 2.50 2.20 1.10 1.21 1.09 0.81 1.01 0.54 0.37 0.24 0.23
O6 0.63 3.03 0.68 0.65 1.38 0.54 0.99 0.48 1.58 0.89 2.61 2.45 1.27 0.85 0.64 0.61 0.62 0.62 0.46 0.45 0.49 0.29
OP1 1.09 3.13 1.08 0.85 1.83 0.76 1.70 0.62 2.35 0.97 3.12 2.51 2.29 1.14 1.20 1.05 0.74 0.96 0.45 0.37 0.23 0.19
OP2 0.93 3.17 0.92 0.74 1.70 0.66 1.54 0.60 2.22 0.98 3.10 2.49 2.13 1.10 1.05 0.85 0.65 0.81 0.42 0.49 0.37 0.33
P 1.01 3.13 1.01 0.80 1.76 0.70 1.60 0.59 2.26 0.92 3.09 2.49 2.17 1.07 1.12 0.96 0.69 0.89 0.43 0.38 0.25 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.03 0.05 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.20 0.18 0.40 0.16
C2 0.05 0.00 0.29 0.41 0.03 0.73 0.03 1.18 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.60 0.32 0.74 1.67 1.78 1.95 1.80
C2' 0.01 0.29 0.00 0.01 0.15 0.01 0.07 0.04 0.13 0.16 0.23 0.29 0.10 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01 0.16 0.21 0.47 0.17
C3' 0.01 0.41 0.01 0.00 0.15 0.00 0.09 0.03 0.12 0.33 0.28 0.40 0.10 0.26 0.09 0.02 0.01 0.02 0.25 0.28 0.49 0.26
C4 0.03 0.03 0.15 0.15 0.00 0.29 0.01 0.40 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.26 0.12 0.37 0.70 0.69 0.64 0.62
C4' 0.01 0.73 0.01 0.00 0.29 0.00 0.09 0.01 0.22 0.48 0.52 0.72 0.12 0.35 0.08 0.06 0.02 0.00 0.03 0.23 0.33 0.06
C5 0.02 0.03 0.07 0.09 0.01 0.09 0.00 0.18 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.11 0.13 0.46 0.43 0.63 0.46
C5' 0.05 1.18 0.04 0.03 0.40 0.01 0.18 0.00 0.34 0.87 0.83 1.11 0.22 0.70 0.21 0.06 0.03 0.02 0.01 0.27 0.31 0.02
C6 0.03 0.02 0.13 0.12 0.01 0.22 0.01 0.34 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.23 0.13 0.29 0.70 0.74 0.76 0.68
C8 0.03 0.04 0.16 0.33 0.02 0.48 0.01 0.87 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.37 0.24 0.40 0.98 0.90 1.51 1.20
N1 0.05 0.01 0.23 0.28 0.02 0.52 0.03 0.83 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.45 0.24 0.55 1.27 1.39 1.49 1.36
N3 0.05 0.01 0.29 0.40 0.01 0.72 0.02 1.11 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.02 0.59 0.30 0.76 1.52 1.53 1.58 1.54
N6 0.02 0.03 0.10 0.10 0.02 0.12 0.01 0.22 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.14 0.13 0.18 0.55 0.60 0.72 0.57
N7 0.01 0.03 0.09 0.26 0.02 0.35 0.01 0.70 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.25 0.21 0.24 0.80 0.80 1.39 1.07
N9 0.01 0.03 0.02 0.09 0.01 0.08 0.01 0.21 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.08 0.02 0.35 0.23 0.60 0.37
O2' 0.02 0.60 0.00 0.02 0.26 0.06 0.10 0.06 0.23 0.37 0.45 0.59 0.14 0.25 0.05 0.00 0.06 0.09 0.13 0.25 0.44 0.15
O3' 0.02 0.32 0.02 0.01 0.12 0.02 0.11 0.03 0.13 0.24 0.24 0.30 0.13 0.21 0.08 0.06 0.00 0.02 0.39 0.40 0.55 0.38
O4' 0.00 0.74 0.01 0.02 0.37 0.00 0.13 0.02 0.29 0.40 0.55 0.76 0.18 0.24 0.02 0.09 0.02 0.00 0.25 0.30 0.24 0.17
O5' 0.20 1.67 0.16 0.25 0.70 0.03 0.46 0.01 0.70 0.98 1.27 1.52 0.55 0.80 0.35 0.13 0.39 0.25 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.18 1.78 0.21 0.28 0.69 0.23 0.43 0.27 0.74 0.90 1.39 1.53 0.60 0.80 0.23 0.25 0.40 0.30 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.40 1.95 0.47 0.49 0.64 0.33 0.63 0.31 0.76 1.51 1.49 1.58 0.72 1.39 0.60 0.44 0.55 0.24 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.16 1.80 0.17 0.26 0.62 0.06 0.46 0.02 0.68 1.20 1.36 1.54 0.57 1.07 0.37 0.15 0.38 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00