ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51335

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 4, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.006, 0.011, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.001, 0.008, 0.016, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.001, 0.013, 0.026, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.002, 0.015, 0.029, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.015 std_dev=0.014
N2 A 0, 0.013, 0.028, 0.043, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.028 std_dev=0.015
O6 A 0, 0.002, 0.024, 0.045, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.024 std_dev=0.021
N7 A 0, -0.002, 0.022, 0.046, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.022 std_dev=0.024
C8 A 0, -0.002, 0.023, 0.049, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.023 std_dev=0.026
P B 0, 0.060, 0.285, 0.510, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.285 std_dev=0.225
O4' A 0, -0.070, 0.303, 0.677, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.303 std_dev=0.373
OP1 B 0, 0.015, 0.408, 0.801, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.408 std_dev=0.393
C2' A 0, -0.066, 0.352, 0.770, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.352 std_dev=0.418
OP2 B 0, 0.057, 0.491, 0.924, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.491 std_dev=0.433
C4' A 0, -0.116, 0.569, 1.253, 1.708 max_d=1.708 avg_d=0.569 std_dev=0.685
O2' A 0, -0.116, 0.612, 1.341, 1.802 max_d=1.802 avg_d=0.612 std_dev=0.729
C3' A 0, -0.115, 0.642, 1.398, 1.840 max_d=1.840 avg_d=0.642 std_dev=0.756
C5' A 0, -0.137, 0.741, 1.620, 2.340 max_d=2.340 avg_d=0.741 std_dev=0.879
O5' B 0, -0.078, 0.848, 1.773, 2.472 max_d=2.472 avg_d=0.848 std_dev=0.925
O3' A 0, -0.191, 1.032, 2.254, 2.881 max_d=2.881 avg_d=1.032 std_dev=1.223
O5' A 0, -0.239, 1.045, 2.329, 3.440 max_d=3.440 avg_d=1.045 std_dev=1.284
P A 0, -0.212, 1.306, 2.824, 3.822 max_d=3.822 avg_d=1.306 std_dev=1.518
O3' B 0, -0.123, 1.447, 3.016, 3.956 max_d=3.956 avg_d=1.447 std_dev=1.569
OP1 A 0, -0.285, 1.598, 3.481, 4.433 max_d=4.433 avg_d=1.598 std_dev=1.883
C3' B 0, -0.256, 1.768, 3.793, 4.987 max_d=4.987 avg_d=1.768 std_dev=2.024
C5' B 0, -0.359, 1.708, 3.775, 4.928 max_d=4.928 avg_d=1.708 std_dev=2.067
OP2 A 0, -0.349, 1.747, 3.843, 5.429 max_d=5.429 avg_d=1.747 std_dev=2.096
C4' B 0, -0.475, 2.154, 4.783, 6.182 max_d=6.182 avg_d=2.154 std_dev=2.629
C2' B 0, -0.463, 2.487, 5.437, 7.010 max_d=7.010 avg_d=2.487 std_dev=2.950
O2' B 0, -0.634, 2.870, 6.373, 8.102 max_d=8.102 avg_d=2.870 std_dev=3.504
O4' B 0, -0.683, 2.868, 6.419, 8.236 max_d=8.236 avg_d=2.868 std_dev=3.551
C1' B 0, -0.711, 3.127, 6.964, 8.904 max_d=8.904 avg_d=3.127 std_dev=3.837
C8 B 0, -0.764, 3.302, 7.367, 9.377 max_d=9.377 avg_d=3.302 std_dev=4.066
N9 B 0, -0.778, 3.388, 7.553, 9.634 max_d=9.634 avg_d=3.388 std_dev=4.166
N7 B 0, -0.971, 3.886, 8.742, 11.040 max_d=11.040 avg_d=3.886 std_dev=4.856
C4 B 0, -0.959, 3.978, 8.914, 11.324 max_d=11.324 avg_d=3.978 std_dev=4.936
C5 B 0, -1.066, 4.251, 9.568, 12.086 max_d=12.086 avg_d=4.251 std_dev=5.317
N3 B 0, -1.058, 4.333, 9.724, 12.344 max_d=12.344 avg_d=4.333 std_dev=5.391
C2 B 0, -1.224, 4.867, 10.958, 13.856 max_d=13.856 avg_d=4.867 std_dev=6.091
C6 B 0, -1.278, 4.908, 11.095, 13.938 max_d=13.938 avg_d=4.908 std_dev=6.186
N1 B 0, -1.333, 5.159, 11.650, 14.666 max_d=14.666 avg_d=5.159 std_dev=6.491
N6 B 0, -1.457, 5.369, 12.196, 15.214 max_d=15.214 avg_d=5.369 std_dev=6.827

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.29 0.00 0.29 0.02 0.44 0.26 0.24
C2 0.02 0.00 0.28 0.29 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.14 0.13 0.59 0.01 0.57 0.83 0.61
C2' 0.00 0.28 0.00 0.01 0.15 0.02 0.07 0.14 0.13 0.13 0.22 0.34 0.27 0.07 0.02 0.00 0.03 0.01 0.23 0.09 0.66 0.66 0.46
C3' 0.01 0.29 0.01 0.00 0.31 0.00 0.41 0.03 0.43 0.38 0.37 0.24 0.23 0.44 0.28 0.02 0.01 0.02 0.02 0.47 0.62 0.45 0.31
C4 0.01 0.01 0.15 0.31 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.23 0.03 0.07 0.67 0.02 0.61 0.84 0.66
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.13 0.22 0.07 0.05 0.03 0.22 0.11 0.33 0.03 0.00 0.01 0.16 0.40 0.19 0.11
C5 0.01 0.01 0.07 0.41 0.00 0.15 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.34 0.16 0.03 0.87 0.01 0.82 1.22 0.92
C5' 0.04 0.04 0.14 0.03 0.09 0.01 0.17 0.00 0.16 0.25 0.10 0.04 0.03 0.26 0.11 0.18 0.19 0.02 0.01 0.20 0.26 0.11 0.01
C6 0.02 0.01 0.13 0.43 0.01 0.13 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.16 0.06 0.89 0.01 0.86 1.33 0.97
C8 0.01 0.01 0.13 0.38 0.00 0.22 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.35 0.23 0.09 0.91 0.02 0.81 1.08 0.89
N1 0.02 0.00 0.22 0.37 0.01 0.07 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.04 0.10 0.75 0.01 0.72 1.12 0.81
N2 0.03 0.00 0.34 0.24 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.24 0.16 0.50 0.01 0.52 0.71 0.52
N3 0.02 0.00 0.27 0.23 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.20 0.13 0.51 0.02 0.51 0.65 0.50
N7 0.01 0.01 0.07 0.44 0.01 0.22 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.40 0.29 0.05 1.00 0.02 0.96 1.41 1.07
N9 0.00 0.01 0.02 0.28 0.00 0.11 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.23 0.04 0.01 0.64 0.02 0.57 0.69 0.58
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.23 0.33 0.34 0.18 0.34 0.35 0.25 0.10 0.12 0.40 0.23 0.00 0.05 0.23 0.14 0.39 0.65 0.78 0.41
O3' 0.29 0.14 0.03 0.01 0.03 0.03 0.16 0.19 0.16 0.23 0.04 0.24 0.20 0.29 0.04 0.05 0.00 0.20 0.16 0.25 0.56 0.32 0.16
O4' 0.00 0.13 0.01 0.02 0.07 0.00 0.03 0.02 0.06 0.09 0.10 0.16 0.13 0.05 0.01 0.23 0.20 0.00 0.30 0.04 0.35 0.26 0.28
O5' 0.29 0.59 0.23 0.02 0.67 0.01 0.87 0.01 0.89 0.91 0.75 0.50 0.51 1.00 0.64 0.14 0.16 0.30 0.00 0.98 0.03 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.09 0.47 0.02 0.16 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.39 0.25 0.04 0.98 0.00 1.00 1.54 1.11
OP1 0.44 0.57 0.66 0.62 0.61 0.40 0.82 0.26 0.86 0.81 0.72 0.52 0.51 0.96 0.57 0.65 0.56 0.35 0.03 1.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.83 0.66 0.45 0.84 0.19 1.22 0.11 1.33 1.08 1.12 0.71 0.65 1.41 0.69 0.78 0.32 0.26 0.01 1.54 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.61 0.46 0.31 0.66 0.11 0.92 0.01 0.97 0.89 0.81 0.52 0.50 1.07 0.58 0.41 0.16 0.28 0.00 1.11 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.52 1.55 0.12 0.07 1.51 0.12 2.16 0.12 2.43 1.83 2.10 1.20 2.98 2.41 1.26 0.50 0.72 0.40 0.29 0.06 0.40 0.12
C2 0.15 0.67 0.16 0.21 0.72 0.23 1.12 0.14 1.21 1.03 0.98 0.49 1.50 1.34 0.61 0.52 0.70 0.12 0.24 0.07 0.32 0.13
C2' 1.28 2.44 0.79 0.59 2.35 0.57 3.00 0.66 3.31 2.59 3.00 2.06 3.87 3.21 2.04 0.23 0.19 1.12 0.70 0.23 0.70 0.40
C3' 1.20 2.36 0.62 0.45 2.28 0.50 2.98 0.66 3.30 2.57 2.95 1.96 3.90 3.21 1.98 0.06 0.38 1.10 0.74 0.37 0.93 0.54
C4 0.16 0.88 0.19 0.24 0.90 0.31 1.40 0.18 1.57 1.22 1.29 0.62 1.97 1.65 0.73 0.64 0.78 0.10 0.17 0.06 0.38 0.09
C4' 0.57 1.76 0.07 0.09 1.70 0.12 2.44 0.12 2.78 2.03 2.40 1.34 3.43 2.70 1.40 0.63 0.85 0.45 0.32 0.11 0.58 0.20
C5 0.17 0.46 0.39 0.42 0.49 0.51 0.94 0.39 1.08 0.79 0.82 0.25 1.43 1.16 0.36 0.78 0.82 0.25 0.06 0.09 0.40 0.06
C5' 0.42 1.59 0.11 0.18 1.54 0.22 2.29 0.07 2.63 1.89 2.25 1.17 3.30 2.56 1.25 0.77 0.91 0.31 0.28 0.16 0.65 0.23
C6 0.38 0.11 0.52 0.52 0.14 0.62 0.47 0.53 0.57 0.39 0.36 0.12 0.84 0.67 0.08 0.81 0.80 0.45 0.10 0.13 0.38 0.06
C8 0.08 0.85 0.28 0.33 0.85 0.43 1.40 0.29 1.61 1.17 1.31 0.56 2.07 1.64 0.65 0.77 0.84 0.12 0.09 0.07 0.42 0.06
N1 0.24 0.19 0.41 0.43 0.24 0.49 0.56 0.39 0.63 0.50 0.44 0.08 0.88 0.75 0.16 0.69 0.75 0.30 0.07 0.11 0.34 0.08
N2 0.31 0.75 0.08 0.09 0.81 0.12 1.16 0.21 1.22 1.12 1.01 0.60 1.46 1.37 0.73 0.36 0.60 0.29 0.38 0.10 0.24 0.19
N3 0.33 1.03 0.07 0.12 1.06 0.16 1.56 0.12 1.71 1.40 1.43 0.79 2.09 1.81 0.90 0.50 0.71 0.25 0.28 0.07 0.35 0.14
N7 0.21 0.48 0.43 0.45 0.50 0.56 0.98 0.43 1.15 0.81 0.88 0.25 1.55 1.21 0.35 0.85 0.85 0.30 0.06 0.09 0.42 0.06
N9 0.25 1.11 0.13 0.20 1.11 0.28 1.68 0.15 1.90 1.43 1.59 0.81 2.37 1.93 0.90 0.64 0.79 0.16 0.19 0.06 0.40 0.09
O2' 1.20 2.51 0.70 0.44 2.33 0.41 2.99 0.42 3.36 2.46 3.08 2.09 3.94 3.13 1.96 0.20 0.36 0.98 0.34 0.38 0.14 0.19
O3' 1.07 2.33 0.38 0.16 2.22 0.30 2.95 0.47 3.32 2.48 2.96 1.90 3.96 3.17 1.89 0.25 0.77 0.98 0.44 0.08 0.64 0.24
O4' 0.16 1.24 0.29 0.36 1.21 0.45 1.93 0.25 2.22 1.58 1.85 0.86 2.84 2.20 0.95 0.94 1.05 0.08 0.09 0.07 0.34 0.05
O5' 0.91 1.92 0.46 0.40 1.90 0.40 2.59 0.59 2.88 2.27 2.51 1.55 3.48 2.86 1.66 0.36 0.47 0.84 0.86 0.78 1.28 0.84
O6 0.65 0.33 0.70 0.66 0.29 0.79 0.10 0.73 0.13 0.11 0.13 0.45 0.34 0.21 0.35 0.90 0.79 0.72 0.24 0.19 0.38 0.09
OP1 0.85 1.87 0.43 0.41 1.85 0.39 2.56 0.55 2.87 2.21 2.50 1.49 3.51 2.82 1.60 0.53 0.70 0.80 0.81 0.78 1.30 0.84
OP2 1.19 2.01 0.75 0.70 2.01 0.75 2.59 0.94 2.82 2.33 2.51 1.70 3.33 2.81 1.81 0.33 0.29 1.16 1.20 1.16 1.66 1.23
P 0.90 1.86 0.46 0.41 1.85 0.40 2.52 0.60 2.80 2.20 2.44 1.51 3.38 2.77 1.62 0.28 0.39 0.84 0.90 0.87 1.35 0.91

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.33 0.31 0.06 0.26
C2 0.03 0.00 0.08 0.05 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.13 0.06 0.02 0.47 0.34 0.51 0.48
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.06 0.03 0.07 0.07 0.06 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.16 0.33 0.07 0.16
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.07 0.03 0.05 0.04 0.06 0.03 0.01 0.01 0.02 0.09 0.33 0.07 0.14
C4 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.02 0.01 0.50 0.33 0.52 0.50
C4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.06 0.11 0.03 0.03 0.08 0.11 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.21 0.38 0.05
C5 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.07 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.03 0.57 0.32 0.78 0.62
C5' 0.04 0.10 0.01 0.01 0.13 0.00 0.20 0.00 0.20 0.23 0.15 0.07 0.24 0.26 0.14 0.03 0.07 0.03 0.01 0.20 0.44 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.03 0.01 0.06 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.03 0.03 0.57 0.32 0.84 0.64
C8 0.02 0.00 0.03 0.07 0.00 0.11 0.00 0.23 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.05 0.59 0.30 0.72 0.62
N1 0.03 0.00 0.07 0.03 0.01 0.03 0.01 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.05 0.02 0.53 0.33 0.70 0.57
N3 0.03 0.00 0.07 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.05 0.02 0.44 0.34 0.39 0.43
N6 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.08 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.04 0.04 0.60 0.30 1.00 0.71
N7 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.11 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.05 0.61 0.29 0.92 0.69
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.49 0.33 0.43 0.47
O2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.07 0.03 0.06 0.03 0.09 0.02 0.12 0.11 0.09 0.03 0.01 0.00 0.05 0.04 0.05 0.25 0.31 0.09
O3' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.03 0.06 0.05 0.05 0.04 0.05 0.02 0.05 0.00 0.01 0.19 0.32 0.11 0.09
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.04 0.01 0.00 0.31 0.27 0.18 0.20
O5' 0.33 0.47 0.16 0.09 0.50 0.01 0.57 0.01 0.57 0.59 0.53 0.44 0.60 0.61 0.49 0.05 0.19 0.31 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.31 0.34 0.33 0.33 0.33 0.21 0.32 0.20 0.32 0.30 0.33 0.34 0.30 0.29 0.33 0.25 0.32 0.27 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.51 0.07 0.07 0.52 0.38 0.78 0.44 0.84 0.72 0.70 0.39 1.00 0.92 0.43 0.31 0.11 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.26 0.48 0.16 0.14 0.50 0.05 0.62 0.01 0.64 0.62 0.57 0.43 0.71 0.69 0.47 0.09 0.09 0.20 0.01 0.00 0.00 0.00