ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51337

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.004, 0.020, 0.037, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.020 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.005, 0.021, 0.038, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.021 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.010, 0.028, 0.046, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.011, 0.032, 0.052, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.020
O6 A 0, 0.007, 0.029, 0.051, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.029 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.024 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.008, 0.033, 0.059, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.033 std_dev=0.025
C2 A 0, -0.002, 0.024, 0.050, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.024 std_dev=0.026
C1' A 0, -0.004, 0.024, 0.053, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.024 std_dev=0.029
N2 A 0, 0.014, 0.071, 0.129, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.071 std_dev=0.057
O4' A 0, -0.002, 0.182, 0.367, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.182 std_dev=0.185
C2' A 0, -0.023, 0.192, 0.407, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.192 std_dev=0.215
C4' A 0, -0.016, 0.236, 0.488, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.236 std_dev=0.252
O2' A 0, -0.013, 0.246, 0.505, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.246 std_dev=0.259
P B 0, 0.034, 0.329, 0.623, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.329 std_dev=0.294
C3' A 0, -0.021, 0.285, 0.592, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.285 std_dev=0.307
OP1 B 0, -0.028, 0.296, 0.620, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.296 std_dev=0.324
O5' B 0, 0.043, 0.387, 0.730, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.387 std_dev=0.343
OP1 A 0, 0.070, 0.439, 0.808, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.439 std_dev=0.369
P A 0, 0.032, 0.403, 0.775, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.403 std_dev=0.371
OP2 A 0, 0.040, 0.442, 0.845, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.442 std_dev=0.402
O5' A 0, -0.043, 0.392, 0.827, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.392 std_dev=0.435
C5' A 0, -0.012, 0.435, 0.882, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.435 std_dev=0.447
O3' A 0, -0.038, 0.429, 0.896, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.429 std_dev=0.467
OP2 B 0, -0.017, 0.478, 0.973, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.478 std_dev=0.495
C5' B 0, 0.030, 0.527, 1.024, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.527 std_dev=0.497
C4' B 0, 0.010, 0.665, 1.321, 1.602 max_d=1.602 avg_d=0.665 std_dev=0.655
C3' B 0, -0.017, 0.934, 1.885, 2.442 max_d=2.442 avg_d=0.934 std_dev=0.951
O3' B 0, 0.043, 1.087, 2.131, 2.569 max_d=2.569 avg_d=1.087 std_dev=1.044
O4' B 0, -0.179, 0.878, 1.935, 2.824 max_d=2.824 avg_d=0.878 std_dev=1.057
C1' B 0, -0.433, 1.253, 2.940, 4.483 max_d=4.483 avg_d=1.253 std_dev=1.687
C8 B 0, -0.638, 1.103, 2.844, 4.555 max_d=4.555 avg_d=1.103 std_dev=1.741
N9 B 0, -0.567, 1.235, 3.037, 4.764 max_d=4.764 avg_d=1.235 std_dev=1.802
C2' B 0, -0.480, 1.432, 3.344, 5.090 max_d=5.090 avg_d=1.432 std_dev=1.912
N7 B 0, -0.787, 1.186, 3.158, 5.117 max_d=5.117 avg_d=1.186 std_dev=1.973
C4 B 0, -0.678, 1.407, 3.493, 5.507 max_d=5.507 avg_d=1.407 std_dev=2.085
C5 B 0, -0.801, 1.357, 3.515, 5.646 max_d=5.646 avg_d=1.357 std_dev=2.158
N3 B 0, -0.661, 1.615, 3.891, 6.040 max_d=6.040 avg_d=1.615 std_dev=2.276
C6 B 0, -0.901, 1.512, 3.926, 6.311 max_d=6.311 avg_d=1.512 std_dev=2.414
C2 B 0, -0.753, 1.744, 4.241, 6.618 max_d=6.618 avg_d=1.744 std_dev=2.497
N6 B 0, -1.035, 1.506, 4.047, 6.576 max_d=6.576 avg_d=1.506 std_dev=2.541
N1 B 0, -0.860, 1.707, 4.273, 6.772 max_d=6.772 avg_d=1.707 std_dev=2.566
O2' B 0, -0.743, 1.965, 4.674, 7.181 max_d=7.181 avg_d=1.965 std_dev=2.708

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.05 0.06 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.02 0.07 0.04 0.07
C2 0.05 0.00 0.12 0.11 0.01 0.03 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.11 0.16 0.08 0.12 0.03 0.08 0.15 0.07
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.07 0.11 0.10 0.15 0.13 0.10 0.04 0.00 0.01 0.01 0.09 0.06 0.08 0.13 0.04
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.15 0.09 0.15 0.11 0.12 0.05 0.01 0.01 0.01 0.11 0.07 0.15 0.16 0.11
C4 0.02 0.01 0.06 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.03 0.13 0.01 0.08 0.14 0.07
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.03 0.05 0.00 0.03 0.04 0.07 0.02 0.04
C5 0.01 0.02 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.02 0.13 0.01 0.11 0.17 0.09
C5' 0.04 0.06 0.01 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.07 0.10 0.07 0.06 0.07 0.09 0.07 0.03 0.06 0.03 0.01 0.08 0.09 0.01 0.02
C6 0.02 0.02 0.07 0.06 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.10 0.03 0.12 0.01 0.11 0.18 0.09
C8 0.02 0.02 0.11 0.15 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.16 0.07 0.16 0.02 0.11 0.15 0.09
N1 0.05 0.01 0.10 0.09 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.09 0.13 0.06 0.13 0.02 0.11 0.17 0.09
N2 0.06 0.01 0.15 0.15 0.01 0.04 0.03 0.06 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.13 0.21 0.11 0.11 0.04 0.08 0.14 0.06
N3 0.06 0.00 0.13 0.11 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.15 0.08 0.13 0.02 0.08 0.13 0.07
N7 0.01 0.02 0.10 0.12 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.07 0.15 0.06 0.14 0.02 0.12 0.18 0.09
N9 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.14 0.01 0.08 0.12 0.07
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.04 0.03 0.05 0.03 0.06 0.08 0.09 0.13 0.10 0.07 0.03 0.00 0.04 0.02 0.06 0.06 0.05 0.07 0.03
O3' 0.02 0.16 0.01 0.01 0.07 0.05 0.09 0.06 0.10 0.16 0.13 0.21 0.15 0.15 0.05 0.04 0.00 0.03 0.13 0.11 0.21 0.19 0.15
O4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.07 0.06 0.11 0.08 0.06 0.01 0.02 0.03 0.00 0.08 0.03 0.17 0.09 0.15
O5' 0.09 0.12 0.09 0.11 0.13 0.03 0.13 0.01 0.12 0.16 0.13 0.11 0.13 0.14 0.14 0.06 0.13 0.08 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01
O6 0.02 0.03 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.06 0.11 0.03 0.12 0.00 0.13 0.19 0.10
OP1 0.07 0.08 0.08 0.15 0.08 0.07 0.11 0.09 0.11 0.11 0.11 0.08 0.08 0.12 0.08 0.05 0.21 0.17 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.15 0.13 0.16 0.14 0.02 0.17 0.01 0.18 0.15 0.17 0.14 0.13 0.18 0.12 0.07 0.19 0.09 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.07 0.04 0.11 0.07 0.04 0.09 0.02 0.09 0.09 0.09 0.06 0.07 0.09 0.07 0.03 0.15 0.15 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.07 1.83 1.20 0.60 1.47 0.55 1.51 0.16 1.78 1.00 1.91 1.64 1.86 1.18 1.19 1.50 0.75 0.83 0.25 0.23 0.10 0.13
C2 0.82 1.26 0.93 0.47 1.07 0.50 0.94 0.21 1.01 0.56 1.17 1.22 0.81 0.59 0.87 1.04 0.60 0.71 0.23 0.17 0.11 0.09
C2' 1.02 1.77 1.15 0.64 1.38 0.64 1.37 0.32 1.64 0.90 1.82 1.58 1.67 1.04 1.11 1.38 0.81 0.87 0.35 0.30 0.26 0.24
C3' 1.04 1.79 1.19 0.65 1.42 0.61 1.43 0.30 1.70 0.97 1.86 1.60 1.76 1.13 1.15 1.43 0.77 0.85 0.33 0.29 0.27 0.24
C4 1.00 1.57 1.19 0.61 1.35 0.53 1.39 0.21 1.53 0.98 1.60 1.46 1.51 1.15 1.13 1.38 0.69 0.76 0.26 0.24 0.16 0.16
C4' 1.08 1.89 1.23 0.59 1.49 0.53 1.53 0.13 1.82 1.03 1.98 1.67 1.92 1.22 1.21 1.56 0.71 0.82 0.22 0.21 0.11 0.14
C5 0.98 1.45 1.27 0.68 1.30 0.51 1.35 0.25 1.45 1.06 1.48 1.36 1.45 1.22 1.13 1.41 0.67 0.70 0.29 0.27 0.22 0.22
C5' 1.08 1.89 1.27 0.58 1.52 0.47 1.58 0.06 1.86 1.09 2.00 1.68 1.99 1.30 1.23 1.61 0.65 0.77 0.18 0.18 0.08 0.11
C6 0.86 1.21 1.19 0.65 1.11 0.47 1.12 0.29 1.16 0.92 1.20 1.16 1.11 1.00 0.99 1.25 0.60 0.61 0.30 0.27 0.27 0.24
C8 1.09 1.70 1.38 0.73 1.48 0.55 1.58 0.24 1.75 1.20 1.79 1.56 1.84 1.41 1.26 1.61 0.75 0.77 0.30 0.29 0.21 0.23
N1 0.78 1.10 1.02 0.54 0.98 0.47 0.90 0.26 0.93 0.66 1.04 1.08 0.80 0.68 0.85 1.05 0.56 0.63 0.26 0.20 0.21 0.15
N2 0.67 1.08 0.68 0.34 0.82 0.47 0.52 0.18 0.59 0.15 0.87 1.08 0.30 0.12 0.61 0.78 0.54 0.68 0.18 0.14 0.07 0.06
N3 0.92 1.51 1.02 0.51 1.25 0.52 1.20 0.19 1.35 0.74 1.49 1.41 1.22 0.84 1.00 1.21 0.65 0.77 0.23 0.19 0.10 0.10
N7 1.04 1.55 1.38 0.75 1.39 0.52 1.48 0.26 1.61 1.19 1.62 1.44 1.67 1.38 1.21 1.55 0.71 0.71 0.31 0.31 0.24 0.25
N9 1.06 1.72 1.27 0.65 1.46 0.55 1.52 0.20 1.72 1.08 1.80 1.57 1.78 1.28 1.21 1.51 0.73 0.80 0.27 0.25 0.15 0.17
O2' 0.99 1.78 1.06 0.59 1.33 0.64 1.27 0.30 1.56 0.78 1.81 1.57 1.55 0.88 1.04 1.33 0.83 0.88 0.33 0.28 0.20 0.20
O3' 1.02 1.77 1.16 0.66 1.37 0.67 1.37 0.37 1.63 0.91 1.82 1.58 1.67 1.05 1.11 1.38 0.82 0.88 0.38 0.32 0.34 0.29
O4' 1.09 1.89 1.24 0.57 1.52 0.48 1.58 0.06 1.86 1.06 1.99 1.68 1.98 1.27 1.23 1.60 0.68 0.79 0.18 0.18 0.05 0.08
O5' 1.12 1.88 1.36 0.67 1.56 0.50 1.65 0.13 1.90 1.20 2.00 1.68 2.04 1.42 1.30 1.67 0.69 0.78 0.24 0.24 0.16 0.18
O6 0.78 1.06 1.21 0.68 1.00 0.43 1.01 0.32 1.04 0.89 1.07 1.02 1.03 0.95 0.91 1.21 0.56 0.50 0.32 0.31 0.33 0.30
OP1 1.17 1.97 1.46 0.72 1.64 0.49 1.75 0.11 2.01 1.29 2.11 1.76 2.18 1.53 1.37 1.80 0.72 0.77 0.21 0.21 0.15 0.16
OP2 1.05 1.76 1.39 0.65 1.50 0.37 1.63 0.07 1.85 1.23 1.89 1.57 2.01 1.47 1.26 1.68 0.58 0.63 0.15 0.16 0.12 0.13
P 1.17 1.94 1.47 0.71 1.63 0.48 1.75 0.10 2.00 1.31 2.07 1.74 2.16 1.55 1.37 1.80 0.70 0.77 0.21 0.21 0.13 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.31 0.01 0.25 0.60 0.14 0.19
C2 0.05 0.00 0.37 0.28 0.02 0.10 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.17 0.20 0.29 0.26 0.74 0.20 0.28
C2' 0.01 0.37 0.00 0.00 0.18 0.01 0.07 0.15 0.15 0.23 0.28 0.36 0.10 0.13 0.02 0.00 0.03 0.03 0.63 1.06 0.37 0.60
C3' 0.04 0.28 0.00 0.00 0.27 0.01 0.34 0.03 0.37 0.26 0.35 0.23 0.41 0.33 0.20 0.02 0.00 0.01 0.33 0.49 0.10 0.24
C4 0.02 0.02 0.18 0.27 0.00 0.04 0.01 0.15 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.13 0.15 0.20 0.71 0.08 0.21
C4' 0.02 0.10 0.01 0.01 0.04 0.00 0.16 0.01 0.11 0.31 0.03 0.11 0.18 0.29 0.12 0.22 0.02 0.00 0.01 0.10 0.09 0.03
C5 0.02 0.01 0.07 0.34 0.01 0.16 0.00 0.31 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.30 0.07 0.07 0.09 0.68 0.15 0.12
C5' 0.01 0.04 0.15 0.03 0.15 0.01 0.31 0.00 0.29 0.45 0.15 0.04 0.39 0.48 0.19 0.05 0.21 0.02 0.00 0.07 0.06 0.01
C6 0.02 0.02 0.15 0.37 0.01 0.11 0.01 0.29 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.24 0.08 0.12 0.11 0.68 0.09 0.14
C8 0.02 0.02 0.23 0.26 0.01 0.31 0.01 0.45 0.02 0.00 0.03 0.02 0.05 0.00 0.00 0.51 0.08 0.21 0.03 0.65 0.38 0.04
N1 0.04 0.01 0.28 0.35 0.02 0.03 0.02 0.15 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.11 0.13 0.22 0.18 0.71 0.08 0.21
N3 0.05 0.01 0.36 0.23 0.01 0.11 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.19 0.24 0.29 0.28 0.73 0.22 0.29
N6 0.03 0.04 0.10 0.41 0.01 0.18 0.02 0.39 0.00 0.05 0.03 0.03 0.00 0.05 0.03 0.33 0.11 0.09 0.05 0.64 0.21 0.09
N7 0.02 0.02 0.13 0.33 0.01 0.29 0.01 0.48 0.02 0.00 0.03 0.02 0.05 0.00 0.01 0.50 0.11 0.13 0.03 0.63 0.40 0.02
N9 0.01 0.02 0.02 0.20 0.00 0.12 0.01 0.19 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.24 0.13 0.02 0.18 0.69 0.09 0.17
O2' 0.01 0.17 0.00 0.02 0.12 0.22 0.30 0.05 0.24 0.51 0.11 0.19 0.33 0.50 0.24 0.00 0.03 0.18 0.40 0.99 0.28 0.44
O3' 0.31 0.20 0.03 0.00 0.13 0.02 0.07 0.21 0.08 0.08 0.13 0.24 0.11 0.11 0.13 0.03 0.00 0.16 0.05 0.22 0.11 0.05
O4' 0.01 0.29 0.03 0.01 0.15 0.00 0.07 0.02 0.12 0.21 0.22 0.29 0.09 0.13 0.02 0.18 0.16 0.00 0.07 0.22 0.15 0.09
O5' 0.25 0.26 0.63 0.33 0.20 0.01 0.09 0.00 0.11 0.03 0.18 0.28 0.05 0.03 0.18 0.40 0.05 0.07 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.60 0.74 1.06 0.49 0.71 0.10 0.68 0.07 0.68 0.65 0.71 0.73 0.64 0.63 0.69 0.99 0.22 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.20 0.37 0.10 0.08 0.09 0.15 0.06 0.09 0.38 0.08 0.22 0.21 0.40 0.09 0.28 0.11 0.15 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.28 0.60 0.24 0.21 0.03 0.12 0.01 0.14 0.04 0.21 0.29 0.09 0.02 0.17 0.44 0.05 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00