ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51339

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.019, 0.034, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.019 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.007, 0.027, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.027 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.008, 0.028, 0.047, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.028 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.009, 0.030, 0.051, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.030 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.007, 0.031, 0.054, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.031 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.006, 0.031, 0.055, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.031 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.006, 0.040, 0.075, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.040 std_dev=0.034
O6 A 0, 0.014, 0.053, 0.092, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.053 std_dev=0.039
C8 A 0, 0.006, 0.047, 0.088, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.047 std_dev=0.041
N2 A 0, 0.004, 0.057, 0.110, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.057 std_dev=0.053
OP2 B 0, 0.054, 0.185, 0.316, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.185 std_dev=0.131
O2' A 0, 0.063, 0.216, 0.370, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.216 std_dev=0.153
P B 0, 0.065, 0.224, 0.382, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.224 std_dev=0.158
C2' A 0, 0.006, 0.171, 0.336, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.171 std_dev=0.165
OP1 B 0, 0.008, 0.217, 0.425, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.217 std_dev=0.208
O4' A 0, 0.036, 0.280, 0.524, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.280 std_dev=0.244
C3' A 0, 0.085, 0.446, 0.807, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.446 std_dev=0.361
O5' B 0, 0.128, 0.509, 0.891, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.509 std_dev=0.382
O3' A 0, 0.155, 0.553, 0.951, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.553 std_dev=0.398
C4' A 0, 0.045, 0.490, 0.934, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.490 std_dev=0.445
C5' B 0, 0.155, 0.856, 1.556, 1.717 max_d=1.717 avg_d=0.856 std_dev=0.701
C5' A 0, 0.036, 0.776, 1.515, 1.770 max_d=1.770 avg_d=0.776 std_dev=0.739
O5' A 0, 0.081, 1.041, 2.002, 2.317 max_d=2.317 avg_d=1.041 std_dev=0.961
OP2 A 0, 0.276, 1.243, 2.211, 2.361 max_d=2.361 avg_d=1.243 std_dev=0.968
P A 0, 0.251, 1.362, 2.474, 2.723 max_d=2.723 avg_d=1.362 std_dev=1.112
OP1 A 0, 0.319, 1.803, 3.287, 3.635 max_d=3.635 avg_d=1.803 std_dev=1.484
C4' B 0, 0.091, 1.613, 3.136, 3.655 max_d=3.655 avg_d=1.613 std_dev=1.522
O3' B 0, 0.380, 2.169, 3.958, 4.381 max_d=4.381 avg_d=2.169 std_dev=1.789
C3' B 0, 0.385, 2.333, 4.281, 4.768 max_d=4.768 avg_d=2.333 std_dev=1.948
O4' B 0, 0.539, 2.659, 4.779, 5.187 max_d=5.187 avg_d=2.659 std_dev=2.120
C1' B 0, 0.871, 3.714, 6.558, 6.906 max_d=6.906 avg_d=3.714 std_dev=2.843
C2' B 0, 0.770, 3.837, 6.903, 7.506 max_d=7.506 avg_d=3.837 std_dev=3.067
N9 B 0, 1.227, 4.321, 7.415, 7.075 max_d=7.075 avg_d=4.321 std_dev=3.094
C8 B 0, 1.334, 4.557, 7.780, 6.889 max_d=6.889 avg_d=4.557 std_dev=3.223
C4 B 0, 1.419, 4.877, 8.336, 7.637 max_d=7.637 avg_d=4.877 std_dev=3.459
N3 B 0, 1.453, 5.053, 8.653, 8.120 max_d=8.120 avg_d=5.053 std_dev=3.600
N7 B 0, 1.475, 5.142, 8.810, 8.299 max_d=8.299 avg_d=5.142 std_dev=3.667
C5 B 0, 1.551, 5.335, 9.119, 8.358 max_d=8.358 avg_d=5.335 std_dev=3.784
O2' B 0, 1.049, 4.963, 8.877, 9.566 max_d=9.566 avg_d=4.963 std_dev=3.914
C2 B 0, 1.670, 5.702, 9.734, 8.584 max_d=8.584 avg_d=5.702 std_dev=4.032
C6 B 0, 1.704, 5.970, 10.236, 9.712 max_d=9.712 avg_d=5.970 std_dev=4.266
N1 B 0, 1.773, 6.134, 10.494, 9.754 max_d=9.754 avg_d=6.134 std_dev=4.361
N6 B 0, 1.760, 6.479, 11.199, 11.108 max_d=11.108 avg_d=6.479 std_dev=4.720

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.08 0.06 0.01 0.00 0.02 0.19 0.02 0.17 0.02 0.13 0.13 0.17
C2 0.07 0.00 0.10 0.16 0.02 0.06 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.11 0.12 0.22 0.01 0.07 0.13 0.07
C2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.07 0.02 0.03 0.04 0.06 0.07 0.08 0.11 0.10 0.04 0.01 0.00 0.14 0.01 0.23 0.06 0.26 0.00 0.14
C3' 0.07 0.16 0.02 0.00 0.12 0.01 0.12 0.02 0.16 0.13 0.17 0.17 0.14 0.10 0.08 0.01 0.03 0.07 0.19 0.17 0.32 0.08 0.11
C4 0.02 0.02 0.07 0.12 0.00 0.09 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.10 0.06 0.28 0.01 0.11 0.09 0.07
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.14 0.10 0.10 0.04 0.04 0.13 0.06 0.02 0.11 0.01 0.06 0.17 0.14 0.21 0.08
C5 0.01 0.00 0.03 0.12 0.01 0.12 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.11 0.05 0.38 0.02 0.18 0.20 0.15
C5' 0.02 0.13 0.04 0.02 0.13 0.01 0.19 0.00 0.23 0.12 0.19 0.11 0.10 0.19 0.08 0.01 0.05 0.05 0.02 0.28 0.23 0.24 0.05
C6 0.02 0.01 0.06 0.16 0.01 0.14 0.01 0.23 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.13 0.06 0.38 0.01 0.19 0.28 0.17
C8 0.02 0.00 0.07 0.13 0.01 0.10 0.01 0.12 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.16 0.07 0.43 0.04 0.21 0.07 0.19
N1 0.05 0.01 0.08 0.17 0.02 0.10 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.12 0.09 0.29 0.01 0.12 0.22 0.07
N2 0.08 0.01 0.11 0.17 0.02 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.10 0.14 0.19 0.02 0.05 0.12 0.11
N3 0.06 0.01 0.10 0.14 0.00 0.04 0.01 0.10 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.09 0.11 0.20 0.01 0.08 0.06 0.11
N7 0.01 0.00 0.04 0.10 0.00 0.13 0.00 0.19 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.12 0.06 0.48 0.04 0.24 0.23 0.26
N9 0.00 0.02 0.01 0.08 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.14 0.03 0.28 0.02 0.13 0.02 0.10
O2' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.05 0.05 0.07 0.05 0.04 0.02 0.00 0.19 0.01 0.16 0.03 0.17 0.07 0.14
O3' 0.19 0.11 0.14 0.03 0.10 0.11 0.11 0.05 0.13 0.16 0.12 0.10 0.09 0.12 0.14 0.19 0.00 0.16 0.10 0.15 0.35 0.14 0.06
O4' 0.02 0.12 0.01 0.07 0.06 0.01 0.05 0.05 0.06 0.07 0.09 0.14 0.11 0.06 0.03 0.01 0.16 0.00 0.08 0.06 0.12 0.28 0.24
O5' 0.17 0.22 0.23 0.19 0.28 0.06 0.38 0.02 0.38 0.43 0.29 0.19 0.20 0.48 0.28 0.16 0.10 0.08 0.00 0.46 0.01 0.03 0.01
O6 0.02 0.01 0.06 0.17 0.01 0.17 0.02 0.28 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.15 0.06 0.46 0.00 0.27 0.38 0.27
OP1 0.13 0.07 0.26 0.32 0.11 0.14 0.18 0.23 0.19 0.21 0.12 0.05 0.08 0.24 0.13 0.17 0.35 0.12 0.01 0.27 0.00 0.06 0.00
OP2 0.13 0.13 0.00 0.08 0.09 0.21 0.20 0.24 0.28 0.07 0.22 0.12 0.06 0.23 0.02 0.07 0.14 0.28 0.03 0.38 0.06 0.00 0.00
P 0.17 0.07 0.14 0.11 0.07 0.08 0.15 0.05 0.17 0.19 0.07 0.11 0.11 0.26 0.10 0.14 0.06 0.24 0.01 0.27 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.80 0.95 0.76 0.43 1.10 0.46 1.66 0.16 1.61 1.89 1.10 0.90 2.16 2.25 1.19 0.91 0.46 0.66 0.12 0.03 0.08 0.02
C2 0.58 0.65 0.57 0.31 0.58 0.42 0.94 0.18 0.73 1.44 0.42 0.65 1.08 1.60 0.78 0.61 0.33 0.59 0.18 0.05 0.05 0.08
C2' 0.76 0.85 0.64 0.31 1.20 0.40 1.87 0.27 1.88 2.02 1.27 0.78 2.51 2.45 1.27 0.77 0.37 0.54 0.21 0.12 0.09 0.13
C3' 0.71 0.85 0.59 0.27 1.11 0.41 1.73 0.32 1.75 1.88 1.20 0.77 2.35 2.28 1.17 0.75 0.36 0.51 0.29 0.20 0.18 0.22
C4 0.66 0.98 0.68 0.36 0.74 0.46 1.04 0.19 0.88 1.48 0.74 0.91 1.21 1.67 0.85 0.76 0.40 0.64 0.16 0.02 0.06 0.04
C4' 0.82 1.05 0.77 0.42 1.15 0.47 1.70 0.21 1.71 1.85 1.25 0.96 2.28 2.23 1.20 0.95 0.48 0.66 0.20 0.10 0.08 0.13
C5 0.62 1.36 0.72 0.38 0.73 0.46 0.69 0.20 0.67 1.09 1.07 1.18 0.65 1.15 0.66 0.74 0.39 0.64 0.18 0.03 0.06 0.04
C5' 0.77 1.13 0.76 0.40 1.01 0.52 1.43 0.27 1.43 1.62 1.15 1.03 1.90 1.92 1.04 0.94 0.48 0.69 0.30 0.20 0.20 0.24
C6 0.57 1.50 0.72 0.36 0.78 0.42 0.55 0.19 0.75 0.79 1.27 1.29 0.51 0.74 0.55 0.67 0.33 0.60 0.16 0.04 0.07 0.04
C8 0.68 1.32 0.76 0.40 0.81 0.50 0.95 0.21 0.89 1.32 1.06 1.16 1.08 1.47 0.80 0.84 0.45 0.67 0.19 0.02 0.06 0.04
N1 0.50 1.11 0.62 0.31 0.53 0.40 0.40 0.18 0.38 0.92 0.82 0.99 0.30 0.92 0.48 0.57 0.30 0.56 0.17 0.03 0.06 0.05
N2 0.60 0.36 0.50 0.28 0.71 0.38 1.21 0.17 1.04 1.64 0.52 0.43 1.42 1.86 0.92 0.54 0.30 0.56 0.17 0.07 0.05 0.10
N3 0.69 0.70 0.64 0.35 0.84 0.45 1.31 0.19 1.15 1.69 0.69 0.72 1.58 1.96 1.00 0.73 0.39 0.64 0.17 0.04 0.05 0.07
N7 0.65 1.56 0.78 0.40 0.84 0.49 0.76 0.21 0.84 1.05 1.30 1.33 0.76 1.11 0.69 0.81 0.42 0.66 0.18 0.03 0.07 0.04
N9 0.71 1.03 0.72 0.39 0.85 0.48 1.22 0.20 1.10 1.58 0.87 0.95 1.49 1.83 0.94 0.83 0.44 0.66 0.17 0.02 0.05 0.04
O2' 0.98 1.24 0.82 0.46 1.60 0.41 2.36 0.22 2.47 2.35 1.83 1.09 3.18 2.87 1.59 0.95 0.44 0.64 0.13 0.09 0.10 0.10
O3' 0.87 1.08 0.69 0.36 1.42 0.30 2.12 0.24 2.21 2.16 1.63 0.94 2.88 2.62 1.44 0.84 0.33 0.50 0.20 0.16 0.13 0.18
O4' 0.86 1.13 0.85 0.50 1.14 0.47 1.65 0.13 1.62 1.86 1.21 1.04 2.14 2.20 1.20 1.03 0.51 0.71 0.08 0.08 0.11 0.04
O5' 0.94 1.31 0.96 0.59 1.07 0.69 1.32 0.37 1.27 1.56 1.16 1.22 1.62 1.79 1.09 1.12 0.62 0.92 0.36 0.30 0.33 0.34
O6 0.61 1.87 0.80 0.38 1.07 0.37 0.86 0.17 1.24 0.51 1.75 1.57 1.05 0.46 0.63 0.69 0.29 0.58 0.13 0.09 0.06 0.04
OP1 0.83 1.38 0.86 0.47 0.99 0.52 1.16 0.19 1.16 1.38 1.22 1.23 1.41 1.56 0.96 1.03 0.48 0.79 0.22 0.10 0.15 0.18
OP2 0.75 1.48 0.85 0.43 0.90 0.58 0.88 0.31 0.93 1.08 1.24 1.31 0.98 1.20 0.78 0.94 0.44 0.79 0.37 0.26 0.31 0.32
P 0.80 1.35 0.84 0.47 0.94 0.48 1.10 0.17 1.08 1.37 1.16 1.19 1.31 1.54 0.93 1.00 0.47 0.75 0.16 0.07 0.11 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.00 0.15 0.77 0.42 0.30
C2 0.01 0.00 0.62 0.63 0.00 0.11 0.00 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.42 0.50 0.42 0.45 1.22 1.23 0.85
C2' 0.01 0.62 0.00 0.01 0.32 0.02 0.15 0.17 0.29 0.30 0.49 0.62 0.20 0.14 0.01 0.00 0.03 0.03 0.18 1.05 0.64 0.54
C3' 0.03 0.63 0.01 0.00 0.50 0.01 0.53 0.03 0.62 0.26 0.66 0.55 0.63 0.41 0.30 0.02 0.01 0.00 0.06 0.57 0.21 0.26
C4 0.01 0.00 0.32 0.50 0.00 0.11 0.00 0.25 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.32 0.22 0.32 1.13 0.84 0.61
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.11 0.00 0.23 0.00 0.20 0.34 0.12 0.11 0.26 0.34 0.16 0.26 0.01 0.01 0.02 0.22 0.11 0.08
C5 0.01 0.00 0.15 0.53 0.00 0.23 0.00 0.43 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.27 0.38 0.10 0.44 1.19 0.73 0.58
C5' 0.03 0.21 0.17 0.03 0.25 0.00 0.43 0.00 0.41 0.56 0.29 0.17 0.51 0.60 0.29 0.08 0.11 0.01 0.02 0.01 0.15 0.01
C6 0.01 0.01 0.29 0.62 0.00 0.20 0.00 0.41 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.18 0.49 0.19 0.41 1.25 0.94 0.70
C8 0.01 0.01 0.30 0.26 0.01 0.34 0.00 0.56 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.65 0.10 0.22 0.72 0.99 0.15 0.37
N1 0.01 0.00 0.49 0.66 0.00 0.12 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.24 0.55 0.33 0.41 1.27 1.17 0.82
N3 0.02 0.00 0.62 0.55 0.01 0.11 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.43 0.40 0.41 0.41 1.14 1.10 0.76
N6 0.01 0.02 0.20 0.63 0.01 0.26 0.00 0.51 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.28 0.52 0.13 0.49 1.25 0.84 0.66
N7 0.01 0.00 0.14 0.41 0.00 0.34 0.00 0.60 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.58 0.27 0.12 0.68 1.09 0.33 0.44
N9 0.01 0.00 0.01 0.30 0.00 0.16 0.01 0.29 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.27 0.13 0.01 0.36 1.00 0.49 0.41
O2' 0.01 0.42 0.00 0.02 0.12 0.26 0.27 0.08 0.18 0.65 0.24 0.43 0.28 0.58 0.27 0.00 0.05 0.22 0.15 0.80 0.40 0.32
O3' 0.23 0.50 0.03 0.01 0.32 0.01 0.38 0.11 0.49 0.10 0.55 0.40 0.52 0.27 0.13 0.05 0.00 0.12 0.06 0.29 0.04 0.11
O4' 0.00 0.42 0.03 0.00 0.22 0.01 0.10 0.01 0.19 0.22 0.33 0.41 0.13 0.12 0.01 0.22 0.12 0.00 0.11 0.47 0.32 0.19
O5' 0.15 0.45 0.18 0.06 0.32 0.02 0.44 0.02 0.41 0.72 0.41 0.41 0.49 0.68 0.36 0.15 0.06 0.11 0.00 0.04 0.01 0.00
OP1 0.77 1.22 1.05 0.57 1.13 0.22 1.19 0.01 1.25 0.99 1.27 1.14 1.25 1.09 1.00 0.80 0.29 0.47 0.04 0.00 0.05 0.01
OP2 0.42 1.23 0.64 0.21 0.84 0.11 0.73 0.15 0.94 0.15 1.17 1.10 0.84 0.33 0.49 0.40 0.04 0.32 0.01 0.05 0.00 0.00
P 0.30 0.85 0.54 0.26 0.61 0.08 0.58 0.01 0.70 0.37 0.82 0.76 0.66 0.44 0.41 0.32 0.11 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00