ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51340

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.005, 0.018, 0.032, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.003, 0.016, 0.030, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.004, 0.019, 0.034, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.015
O6 A 0, 0.005, 0.022, 0.038, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.002, 0.018, 0.035, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.008, 0.027, 0.047, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.027 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.004, 0.026, 0.048, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.026 std_dev=0.022
N2 A 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.024 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.009, 0.034, 0.058, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.034 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.006, 0.034, 0.062, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.034 std_dev=0.028
P B 0, 0.083, 0.284, 0.486, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.284 std_dev=0.201
O4' A 0, -0.029, 0.196, 0.421, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.196 std_dev=0.225
O5' A 0, -0.023, 0.227, 0.477, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.227 std_dev=0.250
C2' A 0, -0.021, 0.243, 0.506, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.243 std_dev=0.264
P A 0, 0.037, 0.334, 0.631, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.334 std_dev=0.297
O2' A 0, 0.010, 0.333, 0.655, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.333 std_dev=0.322
O5' B 0, 0.138, 0.472, 0.806, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.472 std_dev=0.334
C4' A 0, -0.075, 0.293, 0.661, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.293 std_dev=0.368
O4' B 0, 0.122, 0.501, 0.881, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.501 std_dev=0.379
OP1 B 0, 0.126, 0.519, 0.911, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.519 std_dev=0.392
C3' A 0, -0.092, 0.314, 0.720, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.314 std_dev=0.406
C4' B 0, 0.105, 0.516, 0.928, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.516 std_dev=0.411
N3 B 0, 0.090, 0.526, 0.963, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.526 std_dev=0.437
C2 B 0, 0.152, 0.598, 1.044, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.598 std_dev=0.446
N9 B 0, 0.044, 0.493, 0.941, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.493 std_dev=0.448
C4 B 0, 0.098, 0.552, 1.006, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.552 std_dev=0.454
C8 B 0, 0.108, 0.565, 1.023, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.565 std_dev=0.457
OP1 A 0, 0.116, 0.575, 1.033, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.575 std_dev=0.459
C1' B 0, -0.048, 0.417, 0.881, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.417 std_dev=0.465
C5 B 0, 0.159, 0.652, 1.144, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.652 std_dev=0.492
C3' B 0, 0.124, 0.620, 1.116, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.620 std_dev=0.496
N1 B 0, 0.193, 0.690, 1.187, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.690 std_dev=0.497
N7 B 0, 0.165, 0.667, 1.170, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.667 std_dev=0.503
C6 B 0, 0.198, 0.727, 1.257, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.727 std_dev=0.530
OP2 B 0, 0.160, 0.690, 1.220, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.690 std_dev=0.530
C2' B 0, 0.067, 0.607, 1.147, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.607 std_dev=0.540
C5' B 0, 0.165, 0.712, 1.260, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.712 std_dev=0.547
O3' B 0, 0.158, 0.728, 1.297, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.728 std_dev=0.569
O2' B 0, 0.155, 0.741, 1.326, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.741 std_dev=0.585
O3' A 0, -0.123, 0.464, 1.051, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.464 std_dev=0.587
N6 B 0, 0.235, 0.837, 1.440, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.837 std_dev=0.603
C5' A 0, -0.140, 0.487, 1.114, 1.372 max_d=1.372 avg_d=0.487 std_dev=0.627
OP2 A 0, -0.028, 0.601, 1.231, 1.470 max_d=1.470 avg_d=0.601 std_dev=0.629

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.20 0.02 0.28 0.06 0.03
C2 0.03 0.00 0.21 0.15 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.25 0.21 0.06 0.23 0.01 0.37 0.07 0.07
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.13 0.01 0.10 0.02 0.14 0.02 0.18 0.23 0.19 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.04 0.13 0.26 0.15 0.14
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.08 0.01 0.05 0.04 0.08 0.06 0.13 0.18 0.14 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.17 0.07 0.21 0.08 0.16
C4 0.02 0.00 0.13 0.08 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.11 0.04 0.22 0.00 0.34 0.09 0.04
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.23 0.04 0.09
C5 0.02 0.00 0.10 0.05 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.09 0.03 0.21 0.00 0.35 0.15 0.04
C5' 0.02 0.08 0.02 0.04 0.08 0.01 0.11 0.00 0.13 0.09 0.10 0.06 0.05 0.12 0.07 0.02 0.07 0.02 0.01 0.14 0.12 0.32 0.03
C6 0.02 0.01 0.14 0.08 0.00 0.03 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.14 0.05 0.21 0.00 0.38 0.13 0.05
C8 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.21 0.00 0.27 0.21 0.04
N1 0.03 0.00 0.18 0.13 0.01 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.22 0.19 0.06 0.22 0.01 0.38 0.09 0.06
N2 0.04 0.00 0.23 0.18 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.29 0.26 0.07 0.23 0.01 0.36 0.09 0.07
N3 0.03 0.00 0.19 0.14 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.22 0.19 0.05 0.23 0.00 0.34 0.07 0.05
N7 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.05 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.20 0.00 0.31 0.22 0.04
N9 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.22 0.01 0.31 0.11 0.03
O2' 0.01 0.25 0.00 0.01 0.14 0.01 0.12 0.02 0.16 0.01 0.22 0.29 0.22 0.04 0.03 0.00 0.01 0.03 0.09 0.16 0.27 0.33 0.22
O3' 0.00 0.21 0.00 0.01 0.11 0.01 0.09 0.07 0.14 0.04 0.19 0.26 0.19 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.39 0.13 0.19 0.28 0.28
O4' 0.00 0.06 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.02 0.05 0.05 0.06 0.07 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.30 0.04 0.31 0.11 0.02
O5' 0.20 0.23 0.04 0.17 0.22 0.01 0.21 0.01 0.21 0.21 0.22 0.23 0.23 0.20 0.22 0.09 0.39 0.30 0.00 0.20 0.02 0.02 0.02
O6 0.02 0.01 0.13 0.07 0.00 0.04 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.16 0.13 0.04 0.20 0.00 0.38 0.16 0.05
OP1 0.28 0.37 0.26 0.21 0.34 0.23 0.35 0.12 0.38 0.27 0.38 0.36 0.34 0.31 0.31 0.27 0.19 0.31 0.02 0.38 0.00 0.04 0.02
OP2 0.06 0.07 0.15 0.08 0.09 0.04 0.15 0.32 0.13 0.21 0.09 0.09 0.07 0.22 0.11 0.33 0.28 0.11 0.02 0.16 0.04 0.00 0.02
P 0.03 0.07 0.14 0.16 0.04 0.09 0.04 0.03 0.05 0.04 0.06 0.07 0.05 0.04 0.03 0.22 0.28 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.05 0.12 0.17 0.05 0.03 0.07 0.01 0.08 0.06 0.07 0.03 0.11 0.08 0.04 0.07 0.21 0.09 0.14 0.13 0.47 0.20
C2 0.03 0.07 0.12 0.20 0.07 0.03 0.10 0.06 0.11 0.09 0.10 0.06 0.14 0.12 0.05 0.06 0.24 0.08 0.15 0.09 0.46 0.19
C2' 0.13 0.16 0.21 0.25 0.15 0.12 0.16 0.17 0.16 0.15 0.17 0.16 0.17 0.16 0.15 0.15 0.26 0.11 0.11 0.32 0.56 0.35
C3' 0.11 0.09 0.19 0.23 0.08 0.11 0.08 0.13 0.08 0.08 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09 0.17 0.25 0.10 0.11 0.27 0.47 0.29
C4 0.03 0.05 0.13 0.18 0.06 0.04 0.08 0.03 0.09 0.07 0.07 0.04 0.12 0.10 0.05 0.08 0.23 0.10 0.13 0.11 0.42 0.17
C4' 0.01 0.04 0.12 0.17 0.05 0.02 0.08 0.03 0.10 0.07 0.07 0.02 0.13 0.11 0.04 0.09 0.21 0.09 0.14 0.11 0.40 0.17
C5 0.02 0.06 0.15 0.19 0.06 0.04 0.10 0.09 0.10 0.09 0.07 0.04 0.14 0.12 0.05 0.12 0.25 0.11 0.08 0.11 0.33 0.15
C5' 0.10 0.16 0.10 0.13 0.16 0.08 0.22 0.11 0.24 0.19 0.20 0.13 0.29 0.25 0.14 0.08 0.19 0.16 0.18 0.01 0.29 0.07
C6 0.01 0.05 0.17 0.22 0.06 0.02 0.10 0.09 0.11 0.09 0.07 0.03 0.14 0.13 0.05 0.15 0.29 0.10 0.05 0.11 0.30 0.14
C8 0.04 0.06 0.13 0.16 0.07 0.06 0.10 0.11 0.11 0.09 0.08 0.05 0.14 0.12 0.06 0.11 0.22 0.12 0.10 0.11 0.35 0.15
N1 0.01 0.06 0.15 0.22 0.06 0.00 0.09 0.02 0.10 0.08 0.08 0.05 0.13 0.11 0.05 0.10 0.28 0.09 0.08 0.10 0.38 0.17
N2 0.03 0.09 0.10 0.20 0.08 0.04 0.13 0.14 0.14 0.11 0.12 0.07 0.18 0.14 0.06 0.06 0.21 0.07 0.19 0.08 0.50 0.19
N3 0.04 0.07 0.12 0.18 0.07 0.04 0.10 0.04 0.11 0.08 0.09 0.05 0.14 0.11 0.05 0.07 0.22 0.09 0.16 0.10 0.47 0.18
N7 0.03 0.07 0.15 0.17 0.08 0.05 0.12 0.14 0.13 0.11 0.10 0.05 0.16 0.15 0.07 0.14 0.24 0.13 0.07 0.11 0.29 0.13
N9 0.03 0.05 0.13 0.17 0.05 0.05 0.07 0.04 0.08 0.07 0.06 0.03 0.11 0.09 0.04 0.09 0.22 0.11 0.13 0.12 0.42 0.18
O2' 0.18 0.24 0.23 0.29 0.23 0.17 0.25 0.26 0.26 0.24 0.26 0.23 0.27 0.25 0.22 0.16 0.28 0.16 0.12 0.37 0.65 0.41
O3' 0.20 0.19 0.27 0.30 0.18 0.21 0.15 0.24 0.15 0.16 0.17 0.20 0.14 0.14 0.18 0.25 0.31 0.19 0.13 0.37 0.54 0.38
O4' 0.07 0.07 0.11 0.16 0.08 0.07 0.11 0.06 0.11 0.10 0.09 0.06 0.14 0.13 0.08 0.07 0.21 0.14 0.17 0.03 0.40 0.12
O5' 0.18 0.19 0.29 0.32 0.19 0.17 0.18 0.18 0.18 0.18 0.20 0.20 0.18 0.17 0.19 0.25 0.34 0.16 0.17 0.31 0.63 0.38
O6 0.01 0.06 0.21 0.24 0.07 0.05 0.13 0.16 0.14 0.12 0.10 0.03 0.19 0.17 0.05 0.21 0.34 0.11 0.06 0.11 0.19 0.10
OP1 0.39 0.39 0.28 0.25 0.39 0.37 0.41 0.34 0.41 0.41 0.39 0.37 0.43 0.43 0.39 0.31 0.25 0.44 0.48 0.31 0.22 0.23
OP2 0.08 0.08 0.19 0.24 0.06 0.08 0.04 0.09 0.05 0.04 0.07 0.09 0.06 0.03 0.06 0.16 0.30 0.12 0.15 0.15 0.46 0.19
P 0.06 0.06 0.10 0.14 0.06 0.07 0.09 0.07 0.09 0.08 0.07 0.04 0.12 0.10 0.06 0.06 0.20 0.15 0.17 0.04 0.40 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.07 0.05 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.12 0.05 0.54 0.17
C2 0.06 0.00 0.08 0.09 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.10 0.10 0.07 0.28 0.07 0.49 0.13
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.03 0.05 0.06 0.08 0.09 0.06 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.23 0.17 0.40 0.04
C3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.00 0.02 0.05 0.03 0.05 0.07 0.10 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.32 0.29 0.29 0.12
C4 0.03 0.01 0.04 0.06 0.00 0.02 0.01 0.09 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.05 0.05 0.03 0.28 0.09 0.51 0.14
C4' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.45 0.10
C5 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.11 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.02 0.35 0.12 0.46 0.13
C5' 0.02 0.07 0.03 0.05 0.09 0.00 0.11 0.00 0.10 0.11 0.08 0.06 0.12 0.13 0.08 0.00 0.07 0.01 0.01 0.13 0.40 0.01
C6 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03 0.02 0.01 0.10 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.08 0.03 0.04 0.36 0.12 0.43 0.12
C8 0.00 0.01 0.06 0.05 0.00 0.03 0.01 0.11 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.06 0.04 0.35 0.12 0.51 0.14
N1 0.07 0.01 0.08 0.07 0.04 0.04 0.02 0.08 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.11 0.08 0.07 0.34 0.09 0.45 0.11
N3 0.05 0.01 0.09 0.10 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.10 0.06 0.24 0.06 0.51 0.13
N6 0.05 0.01 0.06 0.01 0.03 0.01 0.02 0.12 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.08 0.02 0.03 0.40 0.15 0.37 0.12
N7 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.03 0.00 0.13 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.38 0.15 0.44 0.13
N9 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.08 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.26 0.08 0.53 0.14
O2' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.00 0.08 0.03 0.11 0.09 0.08 0.04 0.02 0.00 0.05 0.01 0.07 0.15 0.44 0.08
O3' 0.02 0.10 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.07 0.03 0.06 0.08 0.10 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.26 0.38 0.22 0.17
O4' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.07 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.10 0.59 0.24
O5' 0.12 0.28 0.23 0.32 0.28 0.02 0.35 0.01 0.36 0.35 0.34 0.24 0.40 0.38 0.26 0.07 0.26 0.05 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.05 0.07 0.17 0.29 0.09 0.09 0.12 0.13 0.12 0.12 0.09 0.06 0.15 0.15 0.08 0.15 0.38 0.10 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.54 0.49 0.40 0.29 0.51 0.45 0.46 0.40 0.43 0.51 0.45 0.51 0.37 0.44 0.53 0.44 0.22 0.59 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.17 0.13 0.04 0.12 0.14 0.10 0.13 0.01 0.12 0.14 0.11 0.13 0.12 0.13 0.14 0.08 0.17 0.24 0.01 0.00 0.01 0.00