ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51342

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C5 A 0, 0.000, 0.027, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.027
O6 A 0, 0.000, 0.031, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.031 std_dev=0.031
N9 A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C8 B 0, 0.000, 0.041, 0.083, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.041 std_dev=0.041
N2 A 0, 0.000, 0.045, 0.090, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.045 std_dev=0.045
N7 A 0, 0.000, 0.052, 0.104, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.052 std_dev=0.052
N9 B 0, 0.000, 0.059, 0.118, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.059 std_dev=0.059
P A 0, 0.000, 0.060, 0.121, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.060 std_dev=0.060
C8 A 0, 0.000, 0.063, 0.126, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.063 std_dev=0.063
O4' A 0, 0.000, 0.068, 0.136, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.068 std_dev=0.068
C4 B 0, 0.000, 0.079, 0.159, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.079 std_dev=0.079
C2' A 0, 0.000, 0.081, 0.161, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.081 std_dev=0.081
C4' A 0, 0.000, 0.081, 0.162, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.081 std_dev=0.081
N7 B 0, 0.000, 0.086, 0.172, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.086 std_dev=0.086
C3' A 0, 0.000, 0.093, 0.186, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.093 std_dev=0.093
C5 B 0, 0.000, 0.093, 0.187, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.093 std_dev=0.093
C1' B 0, 0.000, 0.108, 0.216, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.108 std_dev=0.108
C2' B 0, 0.000, 0.117, 0.234, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.117 std_dev=0.117
O4' B 0, 0.000, 0.123, 0.246, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.123 std_dev=0.123
OP1 A 0, 0.000, 0.143, 0.286, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.143 std_dev=0.143
N3 B 0, 0.000, 0.149, 0.298, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.149 std_dev=0.149
O5' B 0, 0.000, 0.178, 0.355, 0.355 max_d=0.355 avg_d=0.178 std_dev=0.178
C6 B 0, 0.000, 0.179, 0.358, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.179 std_dev=0.179
OP2 A 0, 0.000, 0.182, 0.364, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.182 std_dev=0.182
C4' B 0, 0.000, 0.184, 0.368, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.184 std_dev=0.184
O2' A 0, 0.000, 0.188, 0.375, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.188 std_dev=0.188
O5' A 0, 0.000, 0.195, 0.390, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.195 std_dev=0.195
C2 B 0, 0.000, 0.200, 0.399, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.200 std_dev=0.200
OP1 B 0, 0.000, 0.202, 0.404, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.202 std_dev=0.202
C5' A 0, 0.000, 0.203, 0.406, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.203 std_dev=0.203
P B 0, 0.000, 0.205, 0.409, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.205 std_dev=0.205
C5' B 0, 0.000, 0.207, 0.414, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.207 std_dev=0.207
N1 B 0, 0.000, 0.214, 0.427, 0.427 max_d=0.427 avg_d=0.214 std_dev=0.214
O2' B 0, 0.000, 0.234, 0.468, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.234 std_dev=0.234
O3' A 0, 0.000, 0.236, 0.472, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.236 std_dev=0.236
C3' B 0, 0.000, 0.240, 0.480, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.240 std_dev=0.240
OP2 B 0, 0.000, 0.260, 0.520, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.260 std_dev=0.260
N6 B 0, 0.000, 0.261, 0.523, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.261 std_dev=0.261
O3' B 0, 0.000, 0.397, 0.794, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.397 std_dev=0.397

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02
C2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.02 0.06 0.04 0.11 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.08 0.01 0.06 0.11 0.03 0.01 0.08 0.03
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.06 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.02
C4 0.00 0.02 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.07 0.01 0.03 0.07 0.01 0.01 0.07 0.03
C4' 0.01 0.06 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.08 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.05 0.02 0.05 0.03
C5 0.00 0.04 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.02 0.00 0.07 0.00 0.03 0.08 0.01 0.02 0.08 0.04
C5' 0.03 0.11 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.00 0.09 0.05 0.10 0.13 0.09 0.07 0.06 0.07 0.00 0.00 0.00 0.09 0.03 0.04 0.03
C6 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.08 0.00 0.04 0.10 0.01 0.02 0.09 0.04
C8 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.05 0.03 0.00 0.04 0.07 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.03 0.07 0.04
N1 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.05 0.02 0.10 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.09 0.01 0.05 0.11 0.02 0.02 0.09 0.04
N2 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.08 0.05 0.13 0.03 0.07 0.02 0.00 0.02 0.06 0.05 0.07 0.01 0.08 0.13 0.04 0.02 0.09 0.05
N3 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.04 0.03 0.09 0.02 0.05 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.07 0.02 0.05 0.08 0.03 0.00 0.06 0.02
N7 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.07 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.07 0.02 0.03 0.08 0.05
N9 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.05 0.01 0.02 0.06 0.04
O2' 0.02 0.08 0.01 0.03 0.07 0.04 0.07 0.07 0.08 0.01 0.09 0.07 0.07 0.03 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01
O3' 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.03 0.03
O4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.08 0.05 0.03 0.02 0.03 0.05 0.00 0.02 0.04 0.01 0.06 0.03
O5' 0.01 0.11 0.00 0.05 0.07 0.00 0.08 0.00 0.10 0.05 0.11 0.13 0.08 0.07 0.05 0.00 0.06 0.02 0.00 0.11 0.05 0.03 0.02
O6 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.08 0.01 0.04 0.11 0.00 0.03 0.10 0.05
OP1 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.00 0.06 0.02
OP2 0.03 0.08 0.02 0.01 0.07 0.05 0.08 0.04 0.09 0.07 0.09 0.09 0.06 0.08 0.06 0.01 0.03 0.06 0.03 0.10 0.06 0.00 0.02
P 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.05 0.02 0.05 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02 0.05 0.02 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.11 0.04 0.12 0.03 0.10 0.04 0.09 0.08 0.02 0.11 0.06 0.09 0.01 0.03 0.01 0.22 0.08 0.06 0.02 0.05 0.04
C2 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.06 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02
C2' 0.00 0.13 0.01 0.08 0.06 0.06 0.07 0.05 0.10 0.03 0.12 0.10 0.11 0.05 0.02 0.07 0.19 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00
C3' 0.00 0.13 0.03 0.07 0.06 0.05 0.07 0.05 0.11 0.02 0.13 0.10 0.11 0.04 0.02 0.10 0.16 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01
C4 0.02 0.09 0.02 0.06 0.03 0.06 0.03 0.05 0.05 0.02 0.07 0.07 0.04 0.00 0.02 0.01 0.14 0.05 0.03 0.00 0.02 0.02
C4' 0.07 0.12 0.05 0.15 0.02 0.14 0.03 0.14 0.08 0.05 0.11 0.07 0.08 0.01 0.04 0.03 0.22 0.11 0.12 0.09 0.12 0.11
C5 0.02 0.06 0.03 0.05 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.01 0.04 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.13 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00
C5' 0.14 0.07 0.13 0.22 0.05 0.21 0.04 0.22 0.01 0.12 0.05 0.01 0.01 0.09 0.11 0.04 0.27 0.18 0.20 0.16 0.21 0.19
C6 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.01 0.02 0.05 0.03 0.03
C8 0.09 0.06 0.08 0.13 0.02 0.11 0.01 0.10 0.05 0.04 0.07 0.00 0.07 0.01 0.07 0.07 0.24 0.11 0.06 0.01 0.04 0.04
N1 0.02 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.05 0.03 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02
N2 0.01 0.06 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.05 0.02 0.06 0.01 0.01 0.02 0.05 0.05 0.05
N3 0.01 0.08 0.00 0.04 0.03 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03 0.06 0.07 0.01 0.02 0.02 0.04 0.10 0.05 0.04 0.03 0.05 0.04
N7 0.07 0.03 0.07 0.09 0.01 0.08 0.01 0.07 0.03 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.07 0.19 0.08 0.03 0.02 0.01 0.01
N9 0.06 0.10 0.05 0.11 0.02 0.10 0.04 0.08 0.07 0.02 0.09 0.06 0.08 0.01 0.04 0.02 0.21 0.09 0.06 0.01 0.04 0.03
O2' 0.07 0.16 0.08 0.02 0.12 0.01 0.13 0.01 0.15 0.10 0.15 0.14 0.16 0.12 0.10 0.12 0.15 0.04 0.05 0.08 0.06 0.07
O3' 0.04 0.16 0.08 0.02 0.09 0.02 0.10 0.02 0.13 0.05 0.16 0.12 0.14 0.07 0.05 0.16 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
O4' 0.07 0.10 0.06 0.14 0.01 0.13 0.02 0.12 0.07 0.04 0.10 0.05 0.08 0.01 0.05 0.00 0.23 0.11 0.10 0.06 0.09 0.08
O5' 0.07 0.12 0.05 0.14 0.01 0.15 0.00 0.17 0.05 0.08 0.10 0.07 0.05 0.05 0.06 0.06 0.16 0.13 0.19 0.18 0.21 0.19
O6 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.03 0.07 0.00 0.04 0.07 0.06 0.06
OP1 0.05 0.10 0.04 0.11 0.01 0.11 0.00 0.14 0.04 0.07 0.08 0.06 0.03 0.04 0.04 0.05 0.11 0.09 0.14 0.12 0.17 0.14
OP2 0.04 0.12 0.01 0.09 0.02 0.11 0.01 0.14 0.05 0.06 0.10 0.08 0.05 0.04 0.04 0.11 0.08 0.10 0.16 0.17 0.20 0.17
P 0.03 0.12 0.01 0.09 0.02 0.10 0.02 0.12 0.06 0.05 0.10 0.08 0.05 0.03 0.03 0.09 0.10 0.08 0.13 0.12 0.16 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.09 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02
C2 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.12 0.01 0.03 0.06 0.04 0.04
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01
C3' 0.02 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.12 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02
C5 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.11 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00
C5' 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.01 0.06 0.05 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.11 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00
C8 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.07 0.08 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01
N1 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.12 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02
N3 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.13 0.01 0.03 0.06 0.04 0.04
N6 0.02 0.02 0.04 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.09 0.12 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03
N7 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.09 0.09 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01
N9 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.10 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01
O2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.06 0.01 0.08 0.03 0.07 0.07 0.06 0.04 0.09 0.09 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02
O3' 0.09 0.12 0.01 0.00 0.12 0.00 0.11 0.02 0.11 0.08 0.12 0.13 0.12 0.09 0.10 0.03 0.00 0.05 0.02 0.01 0.06 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.05 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02
O5' 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.03 0.06 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.03 0.04 0.00 0.05 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01
P 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00