ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51346

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 16, 22, 8, 8, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.010, 0.021, 0.033, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.004, 0.017, 0.031, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.022 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.010, 0.027, 0.044, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.027 std_dev=0.017
N2 A 0, 0.012, 0.030, 0.048, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.030 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.018, 0.037, 0.055, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.037 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.017, 0.045, 0.072, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.045 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.014, 0.048, 0.081, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.048 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.015, 0.070, 0.125, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.070 std_dev=0.055
C2' A 0, 0.014, 0.087, 0.160, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.087 std_dev=0.073
C4' A 0, 0.023, 0.102, 0.180, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.102 std_dev=0.079
C3' A 0, 0.052, 0.142, 0.232, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.142 std_dev=0.090
O2' A 0, 0.014, 0.129, 0.245, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.129 std_dev=0.115
P B 0, 0.123, 0.243, 0.363, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.243 std_dev=0.120
O3' A 0, 0.112, 0.239, 0.366, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.239 std_dev=0.127
C5' A 0, 0.027, 0.169, 0.311, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.169 std_dev=0.142
O5' A 0, 0.033, 0.201, 0.369, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.201 std_dev=0.168
OP2 B 0, 0.151, 0.322, 0.493, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.322 std_dev=0.171
OP1 B 0, 0.069, 0.242, 0.415, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.242 std_dev=0.173
O5' B 0, 0.050, 0.269, 0.489, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.269 std_dev=0.220
C5' B 0, 0.091, 0.319, 0.547, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.319 std_dev=0.228
P A 0, 0.138, 0.390, 0.642, 1.483 max_d=1.483 avg_d=0.390 std_dev=0.252
C4' B 0, 0.122, 0.400, 0.677, 1.618 max_d=1.618 avg_d=0.400 std_dev=0.278
OP1 A 0, 0.171, 0.451, 0.730, 1.621 max_d=1.621 avg_d=0.451 std_dev=0.279
C3' B 0, 0.109, 0.395, 0.680, 1.674 max_d=1.674 avg_d=0.395 std_dev=0.285
OP2 A 0, 0.219, 0.521, 0.823, 1.794 max_d=1.794 avg_d=0.521 std_dev=0.302
O3' B 0, 0.140, 0.466, 0.792, 2.011 max_d=2.011 avg_d=0.466 std_dev=0.326
O4' B 0, 0.135, 0.463, 0.791, 1.838 max_d=1.838 avg_d=0.463 std_dev=0.328
C6 B 0, 0.077, 0.418, 0.759, 1.752 max_d=1.752 avg_d=0.418 std_dev=0.341
C2' B 0, 0.144, 0.517, 0.891, 2.125 max_d=2.125 avg_d=0.517 std_dev=0.374
C1' B 0, 0.140, 0.524, 0.908, 2.098 max_d=2.098 avg_d=0.524 std_dev=0.384
N1 B 0, 0.109, 0.495, 0.880, 1.860 max_d=1.860 avg_d=0.495 std_dev=0.386
C5 B 0, 0.077, 0.482, 0.886, 2.109 max_d=2.109 avg_d=0.482 std_dev=0.405
C2 B 0, 0.145, 0.616, 1.087, 2.274 max_d=2.274 avg_d=0.616 std_dev=0.471
O2' B 0, 0.129, 0.604, 1.079, 2.699 max_d=2.699 avg_d=0.604 std_dev=0.475
C4 B 0, 0.095, 0.570, 1.045, 2.507 max_d=2.507 avg_d=0.570 std_dev=0.475
N3 B 0, 0.120, 0.622, 1.125, 2.567 max_d=2.567 avg_d=0.622 std_dev=0.502
O2 B 0, 0.222, 0.761, 1.301, 2.651 max_d=2.651 avg_d=0.761 std_dev=0.540
N4 B 0, 0.112, 0.664, 1.215, 2.982 max_d=2.982 avg_d=0.664 std_dev=0.551

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.02 0.06 0.09 0.06
C2 0.03 0.00 0.06 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.06 0.04 0.06 0.01 0.07 0.11 0.08
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.05 0.07 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.05 0.08 0.06
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.06 0.05 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.05 0.05 0.07 0.05
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.06 0.02 0.07 0.11 0.08
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.07 0.02 0.09 0.12 0.09
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.04 0.03 0.06 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.07 0.04 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.08 0.01 0.10 0.13 0.10
C8 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.03 0.07 0.02 0.08 0.11 0.09
N1 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.03 0.07 0.01 0.08 0.12 0.09
N2 0.03 0.01 0.07 0.06 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.08 0.05 0.06 0.01 0.07 0.11 0.08
N3 0.02 0.01 0.06 0.05 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.03 0.06 0.01 0.07 0.11 0.08
N7 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.09 0.02 0.10 0.13 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.07 0.10 0.08
O2' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.07 0.10 0.07 0.04 0.02 0.00 0.03 0.03 0.05 0.06 0.06 0.08 0.06
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.05 0.08 0.06 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.06 0.05 0.07 0.07 0.06
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.03 0.06 0.07 0.06
O5' 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.02 0.07 0.01 0.08 0.07 0.07 0.06 0.06 0.09 0.05 0.05 0.06 0.04 0.00 0.10 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.04 0.05 0.02 0.04 0.02 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.05 0.03 0.10 0.00 0.12 0.15 0.12
OP1 0.06 0.07 0.05 0.05 0.07 0.04 0.09 0.04 0.10 0.08 0.08 0.07 0.07 0.10 0.07 0.06 0.07 0.06 0.02 0.12 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.11 0.08 0.07 0.11 0.03 0.12 0.02 0.13 0.11 0.12 0.11 0.11 0.13 0.10 0.08 0.07 0.07 0.02 0.15 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.08 0.06 0.05 0.08 0.02 0.09 0.01 0.10 0.09 0.09 0.08 0.08 0.10 0.08 0.06 0.06 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.18 0.20 0.14 0.15 0.17 0.16 0.18 0.14 0.17 0.16 0.16 0.23 0.28 0.14 0.21 0.15 0.13 0.11 0.09
C2 0.16 0.13 0.15 0.12 0.14 0.15 0.15 0.17 0.13 0.13 0.12 0.16 0.15 0.20 0.13 0.17 0.13 0.16 0.10 0.10
C2' 0.25 0.22 0.23 0.15 0.16 0.18 0.16 0.18 0.16 0.20 0.19 0.16 0.27 0.31 0.15 0.22 0.15 0.14 0.11 0.10
C3' 0.25 0.22 0.24 0.16 0.15 0.19 0.15 0.17 0.15 0.20 0.18 0.16 0.28 0.32 0.16 0.23 0.17 0.13 0.11 0.10
C4 0.19 0.15 0.18 0.13 0.14 0.17 0.15 0.17 0.13 0.14 0.13 0.16 0.18 0.25 0.14 0.19 0.15 0.13 0.10 0.09
C4' 0.23 0.19 0.22 0.15 0.15 0.18 0.15 0.17 0.14 0.18 0.16 0.16 0.25 0.31 0.15 0.21 0.16 0.13 0.11 0.10
C5 0.18 0.14 0.17 0.14 0.15 0.18 0.16 0.17 0.13 0.13 0.13 0.17 0.17 0.25 0.15 0.19 0.17 0.11 0.11 0.10
C5' 0.22 0.17 0.21 0.15 0.14 0.17 0.16 0.16 0.14 0.16 0.14 0.17 0.23 0.30 0.16 0.20 0.18 0.13 0.13 0.12
C6 0.16 0.13 0.16 0.14 0.16 0.18 0.17 0.17 0.14 0.13 0.13 0.18 0.15 0.22 0.15 0.18 0.17 0.11 0.11 0.10
C8 0.21 0.16 0.20 0.16 0.14 0.19 0.16 0.17 0.14 0.15 0.13 0.17 0.20 0.29 0.17 0.21 0.18 0.12 0.12 0.11
N1 0.14 0.11 0.13 0.12 0.14 0.15 0.16 0.17 0.13 0.11 0.11 0.16 0.13 0.18 0.12 0.16 0.14 0.14 0.10 0.09
N2 0.16 0.14 0.15 0.13 0.15 0.15 0.16 0.19 0.14 0.13 0.13 0.17 0.16 0.19 0.14 0.16 0.14 0.18 0.11 0.12
N3 0.19 0.15 0.17 0.13 0.14 0.16 0.15 0.18 0.13 0.15 0.14 0.16 0.19 0.24 0.13 0.19 0.14 0.15 0.10 0.09
N7 0.19 0.15 0.19 0.16 0.15 0.20 0.17 0.17 0.14 0.14 0.14 0.18 0.18 0.28 0.18 0.20 0.18 0.12 0.12 0.11
N9 0.21 0.16 0.20 0.14 0.14 0.18 0.15 0.17 0.14 0.15 0.14 0.16 0.21 0.28 0.15 0.20 0.16 0.12 0.11 0.10
O2' 0.25 0.24 0.23 0.15 0.18 0.17 0.17 0.19 0.17 0.21 0.22 0.18 0.30 0.31 0.15 0.22 0.15 0.17 0.13 0.12
O3' 0.28 0.25 0.26 0.18 0.18 0.20 0.16 0.18 0.17 0.22 0.22 0.17 0.32 0.35 0.17 0.24 0.17 0.13 0.11 0.10
O4' 0.21 0.17 0.20 0.14 0.15 0.17 0.16 0.17 0.14 0.16 0.15 0.17 0.22 0.28 0.15 0.20 0.16 0.13 0.11 0.10
O5' 0.20 0.15 0.20 0.14 0.15 0.17 0.17 0.15 0.14 0.14 0.13 0.18 0.20 0.29 0.16 0.19 0.19 0.15 0.15 0.14
O6 0.17 0.15 0.17 0.17 0.19 0.20 0.20 0.18 0.16 0.14 0.16 0.22 0.16 0.22 0.18 0.18 0.18 0.11 0.12 0.12
OP1 0.18 0.13 0.18 0.13 0.17 0.16 0.19 0.14 0.14 0.13 0.13 0.21 0.18 0.28 0.16 0.18 0.19 0.16 0.17 0.15
OP2 0.16 0.13 0.16 0.13 0.21 0.15 0.23 0.14 0.18 0.13 0.16 0.26 0.14 0.25 0.16 0.16 0.21 0.18 0.20 0.17
P 0.17 0.12 0.17 0.13 0.18 0.15 0.20 0.14 0.15 0.12 0.13 0.22 0.16 0.26 0.15 0.17 0.19 0.16 0.17 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.13 0.16 0.10 0.10
C2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.07 0.02 0.20 0.22 0.19 0.19
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.05 0.05 0.08 0.00 0.02 0.01 0.09 0.16 0.09 0.10
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.02 0.07 0.04 0.05 0.07 0.07 0.02 0.01 0.01 0.08 0.17 0.08 0.09
C4 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.03 0.25 0.26 0.26 0.25
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.03 0.05 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.10 0.09 0.02
C5 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.09 0.03 0.26 0.26 0.25 0.25
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.10 0.01 0.12 0.00 0.10 0.06 0.08 0.11 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.12 0.14 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.03 0.24 0.23 0.19 0.21
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.19 0.20 0.16 0.17
N3 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.03 0.23 0.24 0.23 0.22
N4 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.09 0.03 0.26 0.28 0.28 0.27
O2 0.03 0.00 0.08 0.07 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.10 0.04 0.18 0.20 0.17 0.17
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.06 0.05 0.10 0.00 0.05 0.04 0.04 0.13 0.08 0.06
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.07 0.01 0.09 0.02 0.08 0.04 0.07 0.09 0.10 0.05 0.00 0.01 0.06 0.15 0.10 0.07
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.01 0.00 0.10 0.12 0.08 0.07
O5' 0.13 0.20 0.09 0.08 0.25 0.01 0.26 0.01 0.24 0.19 0.23 0.26 0.18 0.04 0.06 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.16 0.22 0.16 0.17 0.26 0.10 0.26 0.12 0.23 0.20 0.24 0.28 0.20 0.13 0.15 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.19 0.09 0.08 0.26 0.09 0.25 0.14 0.19 0.16 0.23 0.28 0.17 0.08 0.10 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.19 0.10 0.09 0.25 0.02 0.25 0.01 0.21 0.17 0.22 0.27 0.17 0.06 0.07 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00