ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51347

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 4, 23, 18, 6, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.009, 0.019, 0.028, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.019 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.011, 0.021, 0.031, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.021 std_dev=0.010
N2 A 0, 0.010, 0.022, 0.033, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.022 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.022, 0.041, 0.060, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.041 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.023, 0.045, 0.067, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.045 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.024, 0.046, 0.069, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.046 std_dev=0.023
C2' A 0, 0.037, 0.084, 0.132, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.084 std_dev=0.047
O4' A 0, 0.031, 0.081, 0.130, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.081 std_dev=0.049
C3' A 0, 0.026, 0.076, 0.126, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.076 std_dev=0.050
C4' A 0, 0.023, 0.076, 0.130, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.076 std_dev=0.054
O3' A 0, 0.039, 0.097, 0.156, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.097 std_dev=0.059
O2' A 0, 0.091, 0.166, 0.242, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.166 std_dev=0.075
OP1 B 0, 0.146, 0.229, 0.313, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.229 std_dev=0.083
P B 0, 0.211, 0.295, 0.379, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.295 std_dev=0.084
C5' B 0, 0.213, 0.305, 0.396, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.305 std_dev=0.092
C5' A 0, 0.054, 0.146, 0.238, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.146 std_dev=0.092
O5' B 0, 0.223, 0.315, 0.407, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.315 std_dev=0.092
O5' A 0, 0.139, 0.235, 0.331, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.235 std_dev=0.096
OP2 B 0, 0.241, 0.346, 0.451, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.346 std_dev=0.105
C4' B 0, 0.218, 0.324, 0.430, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.324 std_dev=0.106
C3' B 0, 0.206, 0.315, 0.425, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.315 std_dev=0.109
O3' B 0, 0.174, 0.290, 0.406, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.290 std_dev=0.116
P A 0, 0.243, 0.361, 0.479, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.361 std_dev=0.118
O4' B 0, 0.220, 0.345, 0.470, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.345 std_dev=0.125
C2' B 0, 0.221, 0.349, 0.477, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.349 std_dev=0.128
OP2 A 0, 0.241, 0.371, 0.500, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.371 std_dev=0.130
C1' B 0, 0.226, 0.366, 0.505, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.366 std_dev=0.140
OP1 A 0, 0.352, 0.493, 0.635, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.493 std_dev=0.141
O2' B 0, 0.176, 0.325, 0.474, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.325 std_dev=0.149
N1 B 0, 0.220, 0.373, 0.527, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.373 std_dev=0.153
C6 B 0, 0.219, 0.377, 0.534, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.377 std_dev=0.157
C5 B 0, 0.215, 0.388, 0.561, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.388 std_dev=0.173
C2 B 0, 0.216, 0.391, 0.566, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.391 std_dev=0.175
O2 B 0, 0.225, 0.407, 0.589, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.407 std_dev=0.182
N3 B 0, 0.218, 0.407, 0.596, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.407 std_dev=0.189
C4 B 0, 0.210, 0.402, 0.593, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.402 std_dev=0.191
N4 B 0, 0.222, 0.431, 0.641, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.431 std_dev=0.210

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.07 0.03
C2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.06 0.05 0.05 0.01 0.04 0.07 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.03 0.08 0.04 0.04
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.02 0.08 0.04 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.05 0.01 0.04 0.08 0.04
C4' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.06 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.06 0.01 0.05 0.09 0.05
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.06 0.00 0.06 0.00 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.07 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.01 0.04 0.01
C6 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.03 0.07 0.00 0.05 0.09 0.05
C8 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.03 0.03 0.07 0.01 0.07 0.10 0.06
N1 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.04 0.06 0.00 0.04 0.08 0.04
N2 0.03 0.00 0.04 0.04 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.08 0.06 0.06 0.01 0.05 0.08 0.05
N3 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.05 0.05 0.01 0.04 0.07 0.04
N7 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.02 0.08 0.01 0.07 0.10 0.07
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.05 0.01 0.04 0.08 0.04
O2' 0.01 0.07 0.00 0.03 0.05 0.02 0.05 0.02 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.06 0.04 0.00 0.06 0.01 0.07 0.06 0.10 0.04 0.05
O3' 0.02 0.06 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.08 0.06 0.02 0.02 0.06 0.00 0.03 0.04 0.04 0.08 0.05 0.04
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.10 0.05
O5' 0.03 0.05 0.06 0.05 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.07 0.06 0.06 0.05 0.08 0.05 0.07 0.04 0.01 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.03 0.07 0.00 0.06 0.09 0.06
OP1 0.03 0.04 0.08 0.08 0.04 0.04 0.05 0.01 0.05 0.07 0.04 0.05 0.04 0.07 0.04 0.10 0.08 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.07 0.04 0.04 0.08 0.06 0.09 0.04 0.09 0.10 0.08 0.08 0.07 0.10 0.08 0.04 0.05 0.10 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.01 0.05 0.06 0.04 0.05 0.04 0.07 0.04 0.05 0.04 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.06 0.04 0.05 0.07 0.04 0.06 0.05 0.05 0.05 0.07 0.09 0.06 0.05 0.06 0.05 0.04 0.05 0.06 0.04
C2 0.04 0.06 0.04 0.04 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.07 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.07 0.05
C2' 0.05 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.07 0.08 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05
C3' 0.04 0.06 0.04 0.04 0.07 0.04 0.06 0.04 0.05 0.05 0.07 0.09 0.06 0.05 0.06 0.05 0.04 0.05 0.06 0.04
C4 0.05 0.06 0.04 0.05 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.07 0.08 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05
C4' 0.06 0.07 0.06 0.06 0.08 0.05 0.07 0.05 0.06 0.06 0.07 0.09 0.07 0.07 0.07 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06
C5 0.06 0.07 0.06 0.06 0.08 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.08 0.09 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06
C5' 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08
C6 0.06 0.07 0.06 0.06 0.08 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.08 0.09 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.08 0.07 0.06
C8 0.06 0.08 0.06 0.06 0.09 0.06 0.08 0.06 0.07 0.07 0.09 0.11 0.08 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.08 0.06
N1 0.05 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.07 0.08 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05
N2 0.06 0.07 0.05 0.05 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07
N3 0.04 0.05 0.04 0.04 0.06 0.04 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.08 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.04
N7 0.07 0.08 0.07 0.07 0.10 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.09 0.11 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.09 0.07
N9 0.05 0.06 0.05 0.05 0.08 0.05 0.07 0.05 0.06 0.05 0.07 0.09 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.07 0.05
O2' 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.07 0.09 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07
O3' 0.06 0.07 0.06 0.06 0.08 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.08 0.09 0.08 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06
O4' 0.05 0.06 0.06 0.06 0.08 0.05 0.07 0.05 0.06 0.06 0.07 0.09 0.06 0.07 0.07 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06
O5' 0.07 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.09 0.10 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07
O6 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.10 0.09 0.08
OP1 0.07 0.08 0.06 0.06 0.09 0.06 0.09 0.06 0.08 0.07 0.09 0.10 0.07 0.07 0.06 0.07 0.05 0.06 0.07 0.05
OP2 0.10 0.10 0.08 0.08 0.12 0.09 0.12 0.09 0.11 0.10 0.11 0.12 0.10 0.09 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09 0.08
P 0.07 0.08 0.06 0.06 0.09 0.06 0.09 0.06 0.08 0.07 0.08 0.10 0.07 0.07 0.06 0.07 0.05 0.06 0.06 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.02 0.04 0.05 0.05 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.06 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.06 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.06 0.02 0.00 0.01 0.03 0.06 0.06 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.05 0.06 0.07 0.06
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.06 0.06 0.07 0.06
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.05 0.05 0.06 0.04
N1 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.05 0.05 0.06 0.05
N4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.06 0.07 0.08 0.07
O2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.02 0.04 0.05 0.05 0.04
O2' 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.00 0.03 0.03 0.04 0.06 0.06 0.04
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.05 0.04 0.07 0.03 0.00 0.01 0.04 0.08 0.07 0.05
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03
O5' 0.03 0.04 0.03 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.05 0.04 0.05 0.06 0.04 0.04 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.05 0.05 0.06 0.06 0.04 0.06 0.03 0.05 0.04 0.05 0.07 0.05 0.06 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.05 0.06 0.06 0.07 0.03 0.07 0.01 0.06 0.05 0.06 0.08 0.05 0.06 0.07 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.04 0.03 0.04 0.06 0.01 0.06 0.01 0.04 0.04 0.05 0.07 0.04 0.04 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00