ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51348

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 5, 8, 6, 12, 4, 2, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.008, 0.020, 0.031, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.007, 0.022, 0.038, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.002, 0.018, 0.034, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.018 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.020 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.002, 0.024, 0.047, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.024 std_dev=0.022
N2 A 0, 0.002, 0.025, 0.048, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.025 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.008, 0.034, 0.061, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.034 std_dev=0.026
O6 A 0, 0.013, 0.044, 0.076, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.044 std_dev=0.031
N7 A 0, 0.018, 0.053, 0.087, 0.197 max_d=0.197 avg_d=0.053 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.019, 0.064, 0.109, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.064 std_dev=0.045
P B 0, 0.275, 0.436, 0.597, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.436 std_dev=0.161
OP2 B 0, 0.279, 0.446, 0.613, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.446 std_dev=0.167
O4' A 0, -0.024, 0.146, 0.316, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.146 std_dev=0.170
C2' A 0, 0.017, 0.203, 0.389, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.203 std_dev=0.186
O2' A 0, 0.053, 0.355, 0.656, 1.353 max_d=1.353 avg_d=0.355 std_dev=0.301
C5' A 0, 0.061, 0.371, 0.682, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.371 std_dev=0.310
C4' A 0, -0.062, 0.263, 0.588, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.263 std_dev=0.325
O5' A 0, 0.048, 0.391, 0.734, 1.955 max_d=1.955 avg_d=0.391 std_dev=0.343
OP1 B 0, 0.170, 0.540, 0.909, 1.771 max_d=1.771 avg_d=0.540 std_dev=0.370
P A 0, 0.120, 0.499, 0.879, 1.815 max_d=1.815 avg_d=0.499 std_dev=0.380
OP1 A 0, 0.266, 0.665, 1.064, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.665 std_dev=0.399
OP2 A 0, 0.191, 0.609, 1.028, 1.998 max_d=1.998 avg_d=0.609 std_dev=0.419
C3' A 0, -0.130, 0.315, 0.761, 1.780 max_d=1.780 avg_d=0.315 std_dev=0.445
O5' B 0, 0.261, 0.710, 1.159, 1.814 max_d=1.814 avg_d=0.710 std_dev=0.449
C3' B 0, 0.242, 1.001, 1.760, 3.031 max_d=3.031 avg_d=1.001 std_dev=0.759
C2' B 0, 0.236, 1.033, 1.829, 3.432 max_d=3.432 avg_d=1.033 std_dev=0.797
C1' B 0, 0.211, 1.015, 1.819, 2.928 max_d=2.928 avg_d=1.015 std_dev=0.804
O3' A 0, -0.280, 0.527, 1.333, 3.265 max_d=3.265 avg_d=0.527 std_dev=0.806
N1 B 0, 0.126, 0.960, 1.793, 2.752 max_d=2.752 avg_d=0.960 std_dev=0.834
C6 B 0, 0.065, 0.911, 1.756, 2.480 max_d=2.480 avg_d=0.911 std_dev=0.846
C4' B 0, 0.212, 1.060, 1.908, 2.609 max_d=2.609 avg_d=1.060 std_dev=0.848
O4' B 0, 0.160, 1.022, 1.883, 2.637 max_d=2.637 avg_d=1.022 std_dev=0.862
O3' B 0, 0.192, 1.069, 1.946, 3.662 max_d=3.662 avg_d=1.069 std_dev=0.877
O2' B 0, 0.251, 1.137, 2.023, 3.979 max_d=3.979 avg_d=1.137 std_dev=0.886
C2 B 0, 0.073, 0.998, 1.922, 3.535 max_d=3.535 avg_d=0.998 std_dev=0.924
C5 B 0, -0.015, 0.915, 1.845, 2.635 max_d=2.635 avg_d=0.915 std_dev=0.930
O2 B 0, 0.086, 1.050, 2.015, 4.131 max_d=4.131 avg_d=1.050 std_dev=0.965
C5' B 0, 0.111, 1.109, 2.106, 3.100 max_d=3.100 avg_d=1.109 std_dev=0.997
N3 B 0, -0.015, 1.010, 2.034, 3.731 max_d=3.731 avg_d=1.010 std_dev=1.024
C4 B 0, -0.051, 0.975, 2.000, 3.158 max_d=3.158 avg_d=0.975 std_dev=1.026
N4 B 0, -0.142, 1.034, 2.209, 3.635 max_d=3.635 avg_d=1.034 std_dev=1.176

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.21 0.01 0.15 0.01 0.16 0.21 0.14
C2 0.02 0.00 0.17 0.15 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.17 0.21 0.08 0.19 0.02 0.18 0.20 0.19
C2' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.09 0.01 0.07 0.13 0.10 0.08 0.14 0.20 0.16 0.06 0.03 0.01 0.03 0.01 0.25 0.08 0.34 0.33 0.28
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.16 0.01 0.23 0.02 0.24 0.24 0.20 0.14 0.12 0.27 0.15 0.02 0.01 0.01 0.15 0.27 0.18 0.10 0.12
C4 0.01 0.01 0.09 0.16 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.14 0.12 0.05 0.20 0.01 0.18 0.18 0.18
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.07 0.12 0.04 0.04 0.03 0.12 0.06 0.17 0.03 0.00 0.02 0.09 0.08 0.13 0.03
C5 0.01 0.01 0.07 0.23 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.13 0.03 0.25 0.01 0.22 0.21 0.23
C5' 0.05 0.07 0.13 0.02 0.07 0.01 0.11 0.00 0.11 0.12 0.09 0.06 0.06 0.13 0.07 0.05 0.14 0.02 0.01 0.14 0.09 0.13 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.24 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.20 0.15 0.05 0.26 0.01 0.24 0.25 0.26
C8 0.01 0.01 0.08 0.24 0.00 0.12 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.18 0.18 0.04 0.25 0.03 0.20 0.18 0.21
N1 0.02 0.01 0.14 0.20 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.19 0.16 0.07 0.23 0.02 0.21 0.23 0.23
N2 0.03 0.00 0.20 0.14 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.27 0.09 0.17 0.03 0.17 0.20 0.17
N3 0.02 0.00 0.16 0.12 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.22 0.07 0.17 0.02 0.17 0.18 0.16
N7 0.01 0.01 0.06 0.27 0.01 0.12 0.00 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.20 0.02 0.28 0.03 0.24 0.23 0.26
N9 0.01 0.01 0.03 0.15 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.09 0.01 0.19 0.02 0.17 0.18 0.16
O2' 0.02 0.17 0.01 0.02 0.14 0.17 0.19 0.05 0.20 0.18 0.19 0.18 0.15 0.20 0.12 0.00 0.06 0.13 0.16 0.22 0.26 0.37 0.23
O3' 0.21 0.21 0.03 0.01 0.12 0.03 0.13 0.14 0.15 0.18 0.16 0.27 0.22 0.20 0.09 0.06 0.00 0.16 0.23 0.19 0.32 0.24 0.25
O4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.02 0.05 0.04 0.07 0.09 0.07 0.02 0.01 0.13 0.16 0.00 0.09 0.05 0.09 0.21 0.11
O5' 0.15 0.19 0.25 0.15 0.20 0.02 0.25 0.01 0.26 0.25 0.23 0.17 0.17 0.28 0.19 0.16 0.23 0.09 0.00 0.30 0.02 0.01 0.01
O6 0.01 0.02 0.08 0.27 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.22 0.19 0.05 0.30 0.00 0.28 0.30 0.30
OP1 0.16 0.18 0.34 0.18 0.18 0.08 0.22 0.09 0.24 0.20 0.21 0.17 0.17 0.24 0.17 0.26 0.32 0.09 0.02 0.28 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.20 0.33 0.10 0.18 0.13 0.21 0.13 0.25 0.18 0.23 0.20 0.18 0.23 0.18 0.37 0.24 0.21 0.01 0.30 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.19 0.28 0.12 0.18 0.03 0.23 0.01 0.26 0.21 0.23 0.17 0.16 0.26 0.16 0.23 0.25 0.11 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.66 0.50 0.76 0.74 0.33 0.82 0.55 1.03 0.61 0.57 0.38 0.21 0.56 0.79 0.75 0.72 0.40 0.18 0.17 0.17
C2 0.40 0.30 0.51 0.57 0.39 0.66 0.17 0.91 0.25 0.28 0.39 0.61 0.35 0.53 0.57 0.49 0.36 0.21 0.18 0.18
C2' 0.58 0.42 0.64 0.63 0.28 0.76 0.55 1.01 0.58 0.50 0.32 0.23 0.50 0.69 0.64 0.69 0.30 0.16 0.24 0.16
C3' 0.58 0.46 0.71 0.67 0.25 0.77 0.48 1.02 0.53 0.48 0.35 0.22 0.58 0.78 0.72 0.68 0.30 0.21 0.32 0.23
C4 0.53 0.42 0.63 0.64 0.30 0.73 0.28 0.96 0.43 0.44 0.40 0.41 0.48 0.65 0.63 0.60 0.38 0.17 0.17 0.18
C4' 0.62 0.46 0.75 0.73 0.32 0.81 0.53 1.03 0.58 0.53 0.35 0.25 0.55 0.80 0.78 0.70 0.37 0.16 0.19 0.16
C5 0.45 0.47 0.55 0.54 0.48 0.64 0.33 0.88 0.37 0.41 0.53 0.62 0.50 0.56 0.54 0.50 0.36 0.17 0.18 0.19
C5' 0.64 0.53 0.77 0.75 0.35 0.83 0.49 1.06 0.57 0.56 0.45 0.23 0.61 0.82 0.79 0.72 0.42 0.18 0.20 0.21
C6 0.36 0.47 0.44 0.44 0.59 0.53 0.43 0.77 0.34 0.37 0.57 0.74 0.48 0.44 0.44 0.38 0.32 0.17 0.18 0.19
C8 0.57 0.54 0.66 0.64 0.44 0.73 0.39 0.96 0.48 0.51 0.54 0.48 0.59 0.68 0.63 0.62 0.39 0.16 0.18 0.19
N1 0.32 0.41 0.41 0.44 0.55 0.54 0.38 0.79 0.28 0.32 0.52 0.71 0.42 0.41 0.45 0.37 0.32 0.17 0.17 0.18
N2 0.34 0.27 0.47 0.57 0.49 0.66 0.27 0.89 0.20 0.19 0.45 0.69 0.30 0.49 0.59 0.46 0.35 0.28 0.19 0.19
N3 0.52 0.32 0.64 0.67 0.19 0.75 0.27 0.98 0.43 0.40 0.28 0.44 0.39 0.66 0.67 0.61 0.38 0.21 0.18 0.18
N7 0.49 0.53 0.58 0.56 0.53 0.66 0.38 0.88 0.41 0.46 0.58 0.65 0.56 0.59 0.55 0.53 0.37 0.17 0.18 0.20
N9 0.60 0.49 0.69 0.68 0.31 0.77 0.40 1.00 0.52 0.52 0.43 0.29 0.55 0.72 0.68 0.66 0.39 0.17 0.17 0.18
O2' 0.75 0.64 0.83 0.78 0.54 0.85 0.70 1.02 0.72 0.69 0.54 0.50 0.69 0.88 0.80 0.80 0.50 0.28 0.20 0.25
O3' 0.70 0.57 0.92 0.88 0.29 0.87 0.49 1.05 0.56 0.58 0.42 0.27 0.72 1.01 1.00 0.76 0.46 0.24 0.26 0.21
O4' 0.67 0.51 0.80 0.79 0.35 0.84 0.55 1.04 0.62 0.59 0.39 0.25 0.57 0.84 0.82 0.74 0.44 0.22 0.18 0.21
O5' 0.68 0.63 0.80 0.77 0.47 0.85 0.49 1.07 0.58 0.61 0.59 0.41 0.71 0.84 0.79 0.74 0.46 0.26 0.27 0.28
O6 0.33 0.53 0.37 0.35 0.69 0.43 0.56 0.63 0.41 0.42 0.65 0.84 0.52 0.36 0.35 0.30 0.29 0.21 0.21 0.20
OP1 0.71 0.73 0.83 0.78 0.59 0.84 0.53 1.05 0.60 0.66 0.74 0.59 0.83 0.88 0.80 0.73 0.47 0.26 0.27 0.28
OP2 0.71 0.77 0.81 0.76 0.71 0.84 0.57 1.04 0.61 0.68 0.82 0.79 0.84 0.84 0.76 0.72 0.50 0.27 0.31 0.32
P 0.70 0.69 0.80 0.77 0.57 0.86 0.53 1.08 0.60 0.64 0.69 0.57 0.76 0.84 0.78 0.74 0.49 0.28 0.30 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.33 0.40 0.32 0.43
C2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01 0.03 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.09 0.03 0.52 0.57 0.61 0.65
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.06 0.02 0.06 0.02 0.06 0.03 0.07 0.06 0.11 0.00 0.03 0.01 0.24 0.22 0.20 0.27
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.08 0.01 0.09 0.02 0.08 0.05 0.09 0.10 0.12 0.02 0.01 0.02 0.18 0.18 0.11 0.16
C4 0.03 0.01 0.06 0.08 0.00 0.09 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.11 0.05 0.61 0.73 0.78 0.79
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.11 0.05 0.05 0.10 0.06 0.07 0.02 0.00 0.02 0.17 0.16 0.07
C5 0.03 0.01 0.06 0.09 0.01 0.12 0.00 0.27 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.10 0.06 0.60 0.75 0.75 0.79
C5' 0.05 0.13 0.02 0.02 0.24 0.01 0.27 0.00 0.24 0.14 0.18 0.26 0.07 0.06 0.09 0.02 0.01 0.29 0.36 0.02
C6 0.03 0.01 0.06 0.08 0.01 0.11 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.08 0.05 0.56 0.67 0.61 0.71
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.05 0.02 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.49 0.56 0.53 0.61
N3 0.02 0.00 0.07 0.09 0.01 0.05 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.11 0.04 0.58 0.65 0.72 0.73
N4 0.03 0.01 0.06 0.10 0.01 0.10 0.02 0.26 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.13 0.06 0.63 0.78 0.84 0.82
O2 0.04 0.01 0.11 0.12 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.13 0.13 0.04 0.47 0.50 0.55 0.58
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.06 0.07 0.05 0.06 0.04 0.03 0.08 0.07 0.13 0.00 0.08 0.04 0.11 0.14 0.14 0.16
O3' 0.03 0.09 0.03 0.01 0.11 0.02 0.10 0.09 0.08 0.05 0.11 0.13 0.13 0.08 0.00 0.02 0.14 0.23 0.20 0.14
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.06 0.02 0.05 0.03 0.04 0.06 0.04 0.04 0.02 0.00 0.28 0.43 0.22 0.39
O5' 0.33 0.52 0.24 0.18 0.61 0.02 0.60 0.01 0.56 0.49 0.58 0.63 0.47 0.11 0.14 0.28 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.40 0.57 0.22 0.18 0.73 0.17 0.75 0.29 0.67 0.56 0.65 0.78 0.50 0.14 0.23 0.43 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.32 0.61 0.20 0.11 0.78 0.16 0.75 0.36 0.61 0.53 0.72 0.84 0.55 0.14 0.20 0.22 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.43 0.65 0.27 0.16 0.79 0.07 0.79 0.02 0.71 0.61 0.73 0.82 0.58 0.16 0.14 0.39 0.01 0.01 0.01 0.00